Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gttaatgttgtggaaagttttggttttacaatggtagtattgactctgattatctagcctctgtgatggctgatgggtttgcaatttttacattagGGGTCAGAGTTCTTCCGTGGTTTTCGCTCTGTTGATCAGAATGGTTTGGGTGCAGCTTGGGATGAGGTACAGCAAGGTGGACCTATGCCTCCAATGGGAC

Basic information

species Arabidopsis thaliana
transcript AT5G56290.1
intron # 2
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|164043770|gb|ES080806.1|ES080806
EST:     GCCACTTCTGCAACCGGGTGCTCAG                         GGGTCAGAGTTCTTCCGTGGTTTTCGCTCTGTTGATCAGAATGGTTTGGGT
genomic: GCCACTTCTGCAACCGGGTGCTCAGgttaatgttg ... tttacattagGGGTCAGAGTTCTTCCGTGGTTTTCGCTCTGTTGATCAGAATGGTTTGGGT
EST: gi|86063589|gb|DR359346.1|DR359346
EST:     CACTTCCTGGTTCTGAGTTAGATCAGCCACTTCTGCAACCGGGTGCTCAG                         GGGTCAGAGTTCTTCCGTGGTTTTCGCTCTGTTGATCAGAATGGTTTGGGT
genomic: CACTTCCTGGTTCTGAGTTAGATCAGCCACTTCTGCAACCGGGTGCTCAGgttaatgttg ... tttacattagGGGTCAGAGTTCTTCCGTGGTTTTCGCTCTGTTGATCAGAATGGTTTGGGT
EST: gi|86063591|gb|DR359348.1|DR359348
EST:     CACTTCCTGGTTCTGAGTTAGATCAGCCACTTCTGCAACCGGGTGCTCAG                         GGGTCAGAGTTCTTCCGTGGTTTTCGCTCTGTTGATCAGAATGGTTTGGGT
genomic: CACTTCCTGGTTCTGAGTTAGATCAGCCACTTCTGCAACCGGGTGCTCAGgttaatgttg ... tttacattagGGGTCAGAGTTCTTCCGTGGTTTTCGCTCTGTTGATCAGAATGGTTTGGGT
EST: gi|125135355|gb|EL175723.1|EL175723
EST:     CACTTCCTGGTTCTGAGTTAGATCAGCCACTTCTGCAACCGGGTGCTCAG                         GGGTCAGAGTTCTTCCGTGGTTTTCGCTCTGTTGATCAGAATGGTTT
genomic: CACTTCCTGGTTCTGAGTTAGATCAGCCACTTCTGCAACCGGGTGCTCAGgttaatgttg ... tttacattagGGGTCAGAGTTCTTCCGTGGTTTTCGCTCTGTTGATCAGAATGGTTT
EST: gi|86063590|gb|DR359347.1|DR359347
EST:     CACTTCCTGGTTCTGAGTTANATCAGCCACTTCTGCAACCGGGTGCTCAG                         GGGTCAAAGTTCTTCCGTGGTTTTCGCTCTGTTGATCA
genomic: CACTTCCTGGTTCTGAGTTAGATCAGCCACTTCTGCAACCGGGTGCTCAGgttaatgttg ... tttacattagGGGTCAGAGTTCTTCCGTGGTTTTCGCTCTGTTGATCA
EST: gi|86063588|gb|DR359345.1|DR359345
EST:     CACTTCCTGGTTCTGAGTTAGATCAGCCACTTCTGCAACCGGGTGCTCAG                         GGGTCAGAGTTCTTCCGTGGTTTTCGCTCTGTTGATCAGAATGGTTTGGGT
genomic: CACTTCCTGGTTCTGAGTTAGATCAGCCACTTCTGCAACCGGGTGCTCAGgttaatgttg ... tttacattagGGGTCAGAGTTCTTCCGTGGTTTTCGCTCTGTTGATCAGAATGGTTTGGGT
EST: gi|116461838|gb|EG504430.1|EG504430
EST:     CACTTCCTGGTTCTGAGTTAGATCAGCCACTTCTGCAACCGGGTGCTCAG                         GGGTCAGAGTTCTTCCGTGGTTTTCGCTCTGTTGATCAGAATGGTTTGGGT
genomic: CACTTCCTGGTTCTGAGTTAGATCAGCCACTTCTGCAACCGGGTGCTCAGgttaatgttg ... tttacattagGGGTCAGAGTTCTTCCGTGGTTTTCGCTCTGTTGATCAGAATGGTTTGGGT


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

gactctgattatctagcctctgtgatggctgatgggtttgcaatttttacattagGGGTCAGAGTTCTTCCGTGGTTTTCGCTCTGTTGATCAGAATGGTTTGGGTGCAGCTTGGGATGAGGTACAGCAAGGTGGACCTATGCCTCCAATGGGAC
                                           tttttac  CT-rich tract
                                         aatttttacatta  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gttaatgttgtggaaagttttggttttacaatggtagtattgactctgattatctagcctctgtgatggctgatgggtttgcaatttttacattagGGGTCAGAGTTCTTCCGTGGTTTTCGCTCTGTTGATCAGAATGGTTTGGGTGCAGCTTGGGATGAGGTACAGCAAGGTGGACCTATGCCTCCAATGGGAC

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GCAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GGTGGA