Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

ATATGGAGATGGTGAGCCTACCGACAATGCAGCGAGATTCTACAAATGGTTCACCGAGgttagtctttttttttggcttggctcaactagttgttgtaacgtgtgttgtttttgttttcttgtttctgaagttgtaaacatgtgtttacag

Basic information

species Arabidopsis thaliana
transcript AT4G30210.1
intron # 4
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: AT4G30210.1 (Arabidopsis thaliana), 5'ss of exon 4
lower sequence: GLYMA13G00990.1 (Glycine max), 5'ss of exon 4
ATATGGAGATGGTGAGCCTACCGACAATGCAGCGAGATTCTACAAATGGTTCACCGAGgttagtctttttttttggcttggctcaactagttgttgtaacgtgtgttgtttttgttttcttgtttctgaagttgtaaacatgtgtttacag
|||||| ||||||||||| || || |||||||||||||| || |||||||| || ||||| |||  ||      ||||  | |    |   |||||  | |||   || ||  ||| | | |||      ||  |     |||  ||  ||
ATATGGTGATGGTGAGCCAACTGATAATGCAGCGAGATTTTATAAATGGTTTACGGAGgtgagt--ttgagacgggctccggtggcattaatgttgaga-gtgaaatgattgggttatgt-gttgactttgtgctctttttgttgttttag
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|124997149|gb|EL069418.1|EL069418
EST:     GTGAGCCTACCGACAATGCAGCGAGATTCTACAAATGGTTCACCGAG                         GGGAATGACAGAGGAGAATGGCTTAAGAACTTGAAGTATGGAGTGTTTGGA
genomic: GTGAGCCTACCGACAATGCAGCGAGATTCTACAAATGGTTCACCGAGgttagtcttt ... gtgtttacagGGGAATGACAGAGGAGAATGGCTTAAGAACTTGAAGTATGGAGTGTTTGGA
EST: gi|116435705|gb|EG478297.1|EG478297
EST:     ATGGTGAGCCTACCGACAATGCAGCGAGATTCTACAAATGGTTCACCGAG                         GGGAATGACAGAGGAGAATGGCTTAAGAACTTGAAGTATGGAGTGTTTGGA
genomic: ATGGTGAGCCTACCGACAATGCAGCGAGATTCTACAAATGGTTCACCGAGgttagtcttt ... gtgtttacagGGGAATGACAGAGGAGAATGGCTTAAGAACTTGAAGTATGGAGTGTTTGGA
EST: gi|124775235|gb|EH865364.1|EH865364
EST:     GAGATTCTACAAATGGTTCACCGAG                         GGGAATGACAGAGGAGAATGGCTTAAGAACTTGAAGTATGGAGTGTTTGGA
genomic: GAGATTCTACAAATGGTTCACCGAGgttagtcttt ... gtgtttacagGGGAATGACAGAGGAGAATGGCTTAAGAACTTGAAGTATGGAGTGTTTGGA
EST: gi|124928347|gb|EL006001.1|EL006001
EST:     TGAGCCTACCGACAATGCAGCGAGATTCTACAAATGGTTCACCGAG                         GGGAATGACAGAGGAGAATGGCTTAAGAACTTGAAGTATGGAGTGTTTGGA
genomic: TGAGCCTACCGACAATGCAGCGAGATTCTACAAATGGTTCACCGAGgttagtcttt ... gtgtttacagGGGAATGACAGAGGAGAATGGCTTAAGAACTTGAAGTATGGAGTGTTTGGA
EST: gi|124860009|gb|EH944446.1|EH944446
EST:     TGAGCCTACCGACAATGCAGCGAGATTCTACAAATGGTTCAC-GAG                         GGGAATGACAGAGGAGA
genomic: TGAGCCTACCGACAATGCAGCGAGATTCTACAAATGGTTCACCGAGgttagtcttt ... gtgtttacagGGGAATGACAGAGGAGA