Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

TTCTTCTGTTATCTTCATAACTTCTATTGCTGGATTTTCACCACAAGGAGCTATGGCTATGTATGGTGTCACTAAAACTGCTCTTCTCGGACTAACTAAGgtatgtgtatcattgtccccatctcatgattgaatagttatgatgatgatggttatgagattatttatcatgtgtttcag

Basic information

species Arabidopsis thaliana
transcript AT4G05530.1
intron # 4
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|124981104|gb|EL053994.1|EL053994
EST:     CTATGGCTATGTATGGTGTCACTAAAACTGCTCTTCTCGGACTAACTAAG                         GCGCTTGCTGCTGAGATGGCCCCCGA
genomic: CTATGGCTATGTATGGTGTCACTAAAACTGCTCTTCTCGGACTAACTAAGgtatgtgtat ... tgtgtttcagGCGCTTGCTGCTGAGATGGCCCCCGA
EST: gi|47828188|gb|CK117872.1|CK117872
EST:     CTATGGCTATGTATGGTGTCACTAAAACTGCTCTTCTCGGACTAACTAAG                         GCGCTTGCTGCTGAGATGGCCCCCGATACACGTGTGAACGCAGTTGCACCC
genomic: CTATGGCTATGTATGGTGTCACTAAAACTGCTCTTCTCGGACTAACTAAGgtatgtgtat ... tgtgtttcagGCGCTTGCTGCTGAGATGGCCCCCGATACACGTGTGAACGCAGTTGCACCC
EST: gi|47829878|gb|CK119562.1|CK119562
EST:     CTATGGCTATGTATGGTGTCACTAAAACTGCTCTTCTCGGACTAACTAAG                         GCGCTTGCTGCTGAGATGGCCCCCGATACACGTGTGAACGCAGTTGCACCC
genomic: CTATGGCTATGTATGGTGTCACTAAAACTGCTCTTCTCGGACTAACTAAGgtatgtgtat ... tgtgtttcagGCGCTTGCTGCTGAGATGGCCCCCGATACACGTGTGAACGCAGTTGCACCC
EST: gi|125004727|gb|EL076996.1|EL076996
EST:     CTATGGCTATGTATGGTGTCACTAAAACTGCTCTTCTCGGACTAACTAAG                         GCGCTTGCTGCTGAGATGGCCCCCGATACACGTGTGAACG
genomic: CTATGGCTATGTATGGTGTCACTAAAACTGCTCTTCTCGGACTAACTAAGgtatgtgtat ... tgtgtttcagGCGCTTGCTGCTGAGATGGCCCCCGATACACGTGTGAACG
EST: gi|124949123|gb|EL024782.1|EL024782
EST:     CTATGTATGGTGTCACTAAAACTGCTCTTCTCGGACTAACTAAG                         GCGCTTGCTGCTGAGATGGCCCCCGATACACGTGTGAACGCAGTTGCACCC
genomic: CTATGTATGGTGTCACTAAAACTGCTCTTCTCGGACTAACTAAGgtatgtgtat ... tgtgtttcagGCGCTTGCTGCTGAGATGGCCCCCGATACACGTGTGAACGCAGTTGCACCC
EST: gi|125017855|gb|EL090124.1|EL090124
EST:     TCACTAAAACTGCTCTTCTCGGACTAACTAAG                         GCGCTTGCTGCTGAGATGGCCCCCGATACACGTGTGAACGCAGTTGCACCC
genomic: TCACTAAAACTGCTCTTCTCGGACTAACTAAGgtatgtgtat ... tgtgtttcagGCGCTTGCTGCTGAGATGGCCCCCGATACACGTGTGAACGCAGTTGCACCC