1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' |
gtaacacatcctacgagcttttggttcaaagctcattgaaaaatttgatcatgaacagctttacataaccaagaagtttgtttttttattgttgttgatttgttgtgtgctttaagctcttactatctcacatttgcgcatctttgatttttacttaagagatgtcttctgtgtttttggattcagAAATATGGGAAGATAGATATCGTTGTCTGTAACGCTGCTGCCAATCCATCTACAGACCCAATCTTGTCTAGCAAAGAAGCTGTTCTTGACAAGCTTTGGG
species | Arabidopsis thaliana |
transcript | AT4G05530.1 |
intron # | 2 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: GAAAAGACGGTTCAG AAATATGGGAAGATAGATATCGTTGTCTGTAACGCTGCTGCCAATCCATCTEST: gi|164153167|gb|ES193852.1|ES193852
genomic: GAAAAGACGGTTCAGgtaacacatc ... ttggattcagAAATATGGGAAGATAGATATCGTTGTCTGTAACGCTGCTGCCAATCCATCT
EST: TTGTCGAAAAGACGGTTCAG AAATATGGGAAGATAGATATTGTTGTCTGTAACGCTGCTGCCAATCCATCTEST: gi|47828188|gb|CK117872.1|CK117872
genomic: TTGTCGAAAAGACGGTTCAGgtaacacatc ... ttggattcagAAATATGGGAAGATAGATATCGTTGTCTGTAACGCTGCTGCCAATCCATCT
EST: ATGTTTCCAATGCTCAACATCGCCGCAATCTTGTCGAAAAGACGGTTCAG AAATATGGGAAGATAGATATCGTTGTCTGTAACGCTGCTGCCAATCCATCTEST: gi|47829878|gb|CK119562.1|CK119562
genomic: ATGTTTCCAATGCTCAACATCGCCGCAATCTTGTCGAAAAGACGGTTCAGgtaacacatc ... ttggattcagAAATATGGGAAGATAGATATCGTTGTCTGTAACGCTGCTGCCAATCCATCT
EST: ATGTTTCCAATGCTCAACATCGCCGCAATCTTGTCGAAAAGACGGTTCAG AAATATGGGAAGATAGATATCGTTGTCTGTAACGCTGCTGCCAATCCATCT
genomic: ATGTTTCCAATGCTCAACATCGCCGCAATCTTGTCGAAAAGACGGTTCAGgtaacacatc ... ttggattcagAAATATGGGAAGATAGATATCGTTGTCTGTAACGCTGCTGCCAATCCATCT
atttgcgcatctttgatttttacttaagagatgtcttctgtgtttttggattcagAAATATGGGAAGATAGATATCGTTGTCTGTAACGCTGCTGCCAATCCATCTACAGACCCAATCTTGTCTAGCAAAGAAGCTGTTCTTGACAAGCTTTGGG
ctttgat putative branch site (score: 5)
tcttctgtgttttt putative PPT
tttgatttttacttaa TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gtaacacatcctacgagcttttggttcaaagctcattgaaaaatttgatcatgaacagctttacataaccaagaagtttgtttttttattgttgttgatttgttgtgtgctttaagctcttactatctcacatttgcgcatctttgatttttacttaagagatgtcttctgtgtttttggattcagAAATATGGGAAGATAGATATCGTTGTCTGTAACGCTGCTGCCAATCCATCTACAGACCCAATCTTGTCTAGCAAAGAAGCTGTTCTTGACAAGCTTTGGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCAAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAAGAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAAGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGTT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CAAGCT