1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' |
GATACTGAATACTATAACAAACTTGAAGAACCAACAGATGAAGAGAATGATATGCTTGATCTTGCTTTTGGGCTCACAGAAACgtaaagtcctctcttactcttaaagcaaacacaaaacaagaagtctaattgtttactttaatgagaaagtatcatatgttcccggacaaatgtttcag
species | Arabidopsis thaliana |
transcript | AT4G05450.1 |
intron # | 7 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: ACAGATGAAGAGAATGATATGCTTGATCTTGCTTTTGGGCTCACAGAAAC GTCACGACTCGGATGCCAAGTCATTGCAAGACCAGAGCTAGATGGTGTGCGEST: gi|116443713|gb|EG486305.1|EG486305
genomic: ACAGATGAAGAGAATGATATGCTTGATCTTGCTTTTGGGCTCACAGAAACgtaaagtcct ... aatgtttcagGTCACGACTCGGATGCCAAGTCATTGCAAGACCAGAGCTAGATGGTGTGCG
EST: ACAGATGAAGAGAATGATATGCTTGATCTTGCTTTTGGGCTCACAGAAAC GTCACGACTCGGATGCCAAGTCATTGCAAGACCAGAGCTAGATGGTGTGCAEST: gi|116443730|gb|EG486322.1|EG486322
genomic: ACAGATGAAGAGAATGATATGCTTGATCTTGCTTTTGGGCTCACAGAAACgtaaagtcct ... aatgtttcagGTCACGACTCGGATGCCAAGTCATTGCAAGACCAGAGCTAGATGGTGTGCG
EST: ACAGATGAAGAGAATGATATGCTTGATCTTGCTTTTGGGCTCACAGAAAC GTCACGACTCGGATGCCAAGTCATTEST: gi|116443725|gb|EG486317.1|EG486317
genomic: ACAGATGAAGAGAATGATATGCTTGATCTTGCTTTTGGGCTCACAGAAACgtaaagtcct ... aatgtttcagGTCACGACTCGGATGCCAAGTCATT
EST: ACAGATGAAGAGAATGATATGCTTGATCTTGCTTTTGGGCTCACAGAAAC GTCACGACTCGGATGCCAAGTCATTGCAAGACCAGAGCTAGATGGTGTGCGEST: gi|164073954|gb|ES214436.1|ES214436
genomic: ACAGATGAAGAGAATGATATGCTTGATCTTGCTTTTGGGCTCACAGAAACgtaaagtcct ... aatgtttcagGTCACGACTCGGATGCCAAGTCATTGCAAGACCAGAGCTAGATGGTGTGCG
EST: TGCTTGATCTTGCTTTTGGGCTCACAGAAAC GTCACGACTCGGATGCCAAGTCATTGCAAGACCAGAGCTAGATGGTGTGCGEST: gi|164016689|gb|ES210241.1|ES210241
genomic: TGCTTGATCTTGCTTTTGGGCTCACAGAAACgtaaagtcct ... aatgtttcagGTCACGACTCGGATGCCAAGTCATTGCAAGACCAGAGCTAGATGGTGTGCG
EST: ATGAAGAGAATGATATGCTTGATCTTGCTTTTGGGCTCACAGAAAC GTCACGACTCGGATGCCAAGTCATTGCAAGACCAGAGCEST: gi|116443734|gb|EG486326.1|EG486326
genomic: ATGAAGAGAATGATATGCTTGATCTTGCTTTTGGGCTCACAGAAACgtaaagtcct ... aatgtttcagGTCACGACTCGGATGCCAAGTCATTGCAAGACCAGAGC
EST: ACAGATGAAGAGAATGATATGCTTGATCTTGCTTTTGGGCTCACAGAAAC GTCACGACTCGGATGCCAAGTCATTGCAAGACCAGAGCTAGATGGTGTGCGEST: gi|116443712|gb|EG486304.1|EG486304
genomic: ACAGATGAAGAGAATGATATGCTTGATCTTGCTTTTGGGCTCACAGAAACgtaaagtcct ... aatgtttcagGTCACGACTCGGATGCCAAGTCATTGCAAGACCAGAGCTAGATGGTGTGCG
EST: ACAGATGAAGAGAATGATATGCTTGATCTTGCTTTTGGGCTCACAGAAAC GTCACGACTCGGATGCCAAGTCATTGCAAGACCAGAGCTAGATGGTGTGCAEST: gi|86076925|gb|DR372682.1|DR372682
genomic: ACAGATGAAGAGAATGATATGCTTGATCTTGCTTTTGGGCTCACAGAAACgtaaagtcct ... aatgtttcagGTCACGACTCGGATGCCAAGTCATTGCAAGACCAGAGCTAGATGGTGTGCG
EST: ACAGATGAAGAGAATGATATGCTTGATCTTGCTTTTGGGCTCACAGAAAC GTCACGACTCGGATGCCAAGTCATTGCAAGACCAGAGCTAGATGGTGTGCG
genomic: ACAGATGAAGAGAATGATATGCTTGATCTTGCTTTTGGGCTCACAGAAACgtaaagtcct ... aatgtttcagGTCACGACTCGGATGCCAAGTCATTGCAAGACCAGAGCTAGATGGTGTGCG
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| GATACTGAATACTATAACAAACTTGAAGAACCAACAGATGAAGAGAATGATATGCTTGATCTTGCTTTTGGGCTCACAGAAACgtaaagtcctctcttactcttaaagcaaacacaaaacaagaagtctaattgtttactttaatgagaaagtatcatatgttcccggacaaatgtttcag
- - - - - - - - - - - - - - - - - CAGATG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAGA