Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtaaagtcctctcttactcttaaagcaaacacaaaacaagaagtctaattgtttactttaatgagaaagtatcatatgttcccggacaaatgtttcagGTCACGACTCGGATGCCAAGTCATTGCAAGACCAGAGCTAGATGGTGTGCGCTTGGCTATTCCTTCAGCAACAAGGAATTTCGCGGTTGACGGGTTTGTT

Basic information

species Arabidopsis thaliana
transcript AT4G05450.1
intron # 7
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|116443733|gb|EG486325.1|EG486325
EST:     ACAGATGAAGAGAATGATATGCTTGATCTTGCTTTTGGGCTCACAGAAAC                         GTCACGACTCGGATGCCAAGTCATTGCAAGACCAGAGCTAGATGGTGTGCG
genomic: ACAGATGAAGAGAATGATATGCTTGATCTTGCTTTTGGGCTCACAGAAACgtaaagtcct ... aatgtttcagGTCACGACTCGGATGCCAAGTCATTGCAAGACCAGAGCTAGATGGTGTGCG
EST: gi|116443713|gb|EG486305.1|EG486305
EST:     ACAGATGAAGAGAATGATATGCTTGATCTTGCTTTTGGGCTCACAGAAAC                         GTCACGACTCGGATGCCAAGTCATTGCAAGACCAGAGCTAGATGGTGTGCA
genomic: ACAGATGAAGAGAATGATATGCTTGATCTTGCTTTTGGGCTCACAGAAACgtaaagtcct ... aatgtttcagGTCACGACTCGGATGCCAAGTCATTGCAAGACCAGAGCTAGATGGTGTGCG
EST: gi|116443730|gb|EG486322.1|EG486322
EST:     ACAGATGAAGAGAATGATATGCTTGATCTTGCTTTTGGGCTCACAGAAAC                         GTCACGACTCGGATGCCAAGTCATT
genomic: ACAGATGAAGAGAATGATATGCTTGATCTTGCTTTTGGGCTCACAGAAACgtaaagtcct ... aatgtttcagGTCACGACTCGGATGCCAAGTCATT
EST: gi|116443725|gb|EG486317.1|EG486317
EST:     ACAGATGAAGAGAATGATATGCTTGATCTTGCTTTTGGGCTCACAGAAAC                         GTCACGACTCGGATGCCAAGTCATTGCAAGACCAGAGCTAGATGGTGTGCG
genomic: ACAGATGAAGAGAATGATATGCTTGATCTTGCTTTTGGGCTCACAGAAACgtaaagtcct ... aatgtttcagGTCACGACTCGGATGCCAAGTCATTGCAAGACCAGAGCTAGATGGTGTGCG
EST: gi|164073954|gb|ES214436.1|ES214436
EST:     TGCTTGATCTTGCTTTTGGGCTCACAGAAAC                         GTCACGACTCGGATGCCAAGTCATTGCAAGACCAGAGCTAGATGGTGTGCG
genomic: TGCTTGATCTTGCTTTTGGGCTCACAGAAACgtaaagtcct ... aatgtttcagGTCACGACTCGGATGCCAAGTCATTGCAAGACCAGAGCTAGATGGTGTGCG
EST: gi|164016689|gb|ES210241.1|ES210241
EST:     ATGAAGAGAATGATATGCTTGATCTTGCTTTTGGGCTCACAGAAAC                         GTCACGACTCGGATGCCAAGTCATTGCAAGACCAGAGC
genomic: ATGAAGAGAATGATATGCTTGATCTTGCTTTTGGGCTCACAGAAACgtaaagtcct ... aatgtttcagGTCACGACTCGGATGCCAAGTCATTGCAAGACCAGAGC
EST: gi|116443734|gb|EG486326.1|EG486326
EST:     ACAGATGAAGAGAATGATATGCTTGATCTTGCTTTTGGGCTCACAGAAAC                         GTCACGACTCGGATGCCAAGTCATTGCAAGACCAGAGCTAGATGGTGTGCG
genomic: ACAGATGAAGAGAATGATATGCTTGATCTTGCTTTTGGGCTCACAGAAACgtaaagtcct ... aatgtttcagGTCACGACTCGGATGCCAAGTCATTGCAAGACCAGAGCTAGATGGTGTGCG
EST: gi|116443712|gb|EG486304.1|EG486304
EST:     ACAGATGAAGAGAATGATATGCTTGATCTTGCTTTTGGGCTCACAGAAAC                         GTCACGACTCGGATGCCAAGTCATTGCAAGACCAGAGCTAGATGGTGTGCA
genomic: ACAGATGAAGAGAATGATATGCTTGATCTTGCTTTTGGGCTCACAGAAACgtaaagtcct ... aatgtttcagGTCACGACTCGGATGCCAAGTCATTGCAAGACCAGAGCTAGATGGTGTGCG
EST: gi|86076925|gb|DR372682.1|DR372682
EST:     ACAGATGAAGAGAATGATATGCTTGATCTTGCTTTTGGGCTCACAGAAAC                         GTCACGACTCGGATGCCAAGTCATTGCAAGACCAGAGCTAGATGGTGTGCG
genomic: ACAGATGAAGAGAATGATATGCTTGATCTTGCTTTTGGGCTCACAGAAACgtaaagtcct ... aatgtttcagGTCACGACTCGGATGCCAAGTCATTGCAAGACCAGAGCTAGATGGTGTGCG


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tctaattgtttactttaatgagaaagtatcatatgttcccggacaaatgtttcagGTCACGACTCGGATGCCAAGTCATTGCAAGACCAGAGCTAGATGGTGTGCGCTTGGCTATTCCTTCAGCAACAAGGAATTTCGCGGTTGACGGGTTTGTT
     ttgtttactttaat  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gtaaagtcctctcttactcttaaagcaaacacaaaacaagaagtctaattgtttactttaatgagaaagtatcatatgttcccggacaaatgtttcagGTCACGACTCGGATGCCAAGTCATTGCAAGACCAGAGCTAGATGGTGTGCGCTTGGCTATTCCTTCAGCAACAAGGAATTTCGCGGTTGACGGGTTTGTT

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGGAA