Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtgcacacttctcttccattttcttctcgttttcaattgcttactctcatagctttagatgggttctattaattatattgatcctttttcgaattgaaaattcatggattgcttttacttgatctccagGGGCTTGTGAGGCTTCTCTAGCGTGTTCAACGTGTCATGTGATTGTGATG

Basic information

species Arabidopsis thaliana
transcript AT4G05450.1
intron # 5
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|164148048|gb|ES032852.1|ES032852
EST:     TGGAATGTCAGTGCTCGAAGCTGCTCATGAAAATGATATAGACCTTGAAG                         GGGCTTGTGAGGCTTCTCTAGCGTGTTCAACGTGTC
genomic: TGGAATGTCAGTGCTCGAAGCTGCTCATGAAAATGATATAGACCTTGAAGgtgcacactt ... tgatctccagGGGCTTGTGAGGCTTCTCTAGCGTGTTCAACGTGTC
EST: gi|116443733|gb|EG486325.1|EG486325
EST:     TGGAATGTCAGTGCTCGAAGCTGCTCATGAAAATGATATAGACCTTGAAG                         GGGCTTGTGAGGCTTCTCTAGCGTGTTCAACGTGTCATGTGATTGTGATG
genomic: TGGAATGTCAGTGCTCGAAGCTGCTCATGAAAATGATATAGACCTTGAAGgtgcacactt ... tgatctccagGGGCTTGTGAGGCTTCTCTAGCGTGTTCAACGTGTCATGTGATTGTGATG
EST: gi|116443713|gb|EG486305.1|EG486305
EST:     TGGAATGTCAGTGCTCGAAGCTGCTCATGAAAATGATATAGACCTTGAAG                         GGGCTTGTGAGGCTTCTCTAGCGTGTTCAACGTGTCATGTGATTGTGATG
genomic: TGGAATGTCAGTGCTCGAAGCTGCTCATGAAAATGATATAGACCTTGAAGgtgcacactt ... tgatctccagGGGCTTGTGAGGCTTCTCTAGCGTGTTCAACGTGTCATGTGATTGTGATG
EST: gi|116443730|gb|EG486322.1|EG486322
EST:     TGGAATGTCAGTGCTCGAAGCTGCTCATGAAAATGATATAGACCTTGAAG                         GGGCTTGTGAGGCTTCTCTAGCGTGTTCAACGTGTCATGCGATTGTGATG
genomic: TGGAATGTCAGTGCTCGAAGCTGCTCATGAAAATGATATAGACCTTGAAGgtgcacactt ... tgatctccagGGGCTTGTGAGGCTTCTCTAGCGTGTTCAACGTGTCATGTGATTGTGATG
EST: gi|116443725|gb|EG486317.1|EG486317
EST:     TGGAATGTCAGTGCTCGAAGCTGCTCATGAAAATGATATAGACCTTGAAG                         GGGCTTGTGAGGCTTCTCTAGCGTGTTCAACGTGTCATGCGATTGTGATG
genomic: TGGAATGTCAGTGCTCGAAGCTGCTCATGAAAATGATATAGACCTTGAAGgtgcacactt ... tgatctccagGGGCTTGTGAGGCTTCTCTAGCGTGTTCAACGTGTCATGTGATTGTGATG
EST: gi|116443734|gb|EG486326.1|EG486326
EST:     TGGAATGTCAGTGCTCGAAGCTGCTCATGAAAATGATATAGACCTTGAAG                         GGGCTTGTGAGGCTTCTCTAGCGTGTTCAACGTGTCATGTGATTGTGATG
genomic: TGGAATGTCAGTGCTCGAAGCTGCTCATGAAAATGATATAGACCTTGAAGgtgcacactt ... tgatctccagGGGCTTGTGAGGCTTCTCTAGCGTGTTCAACGTGTCATGTGATTGTGATG
EST: gi|116443712|gb|EG486304.1|EG486304
EST:     TGGAATGTCAGTGCTCGAAGCTGCTCATGAAAATGATATAGACCTTGAAG                         GGGCTTGTGAGGCTTCTCTAGCGTGTTCAACGTGTCATGTGATTGTGATG
genomic: TGGAATGTCAGTGCTCGAAGCTGCTCATGAAAATGATATAGACCTTGAAGgtgcacactt ... tgatctccagGGGCTTGTGAGGCTTCTCTAGCGTGTTCAACGTGTCATGTGATTGTGATG
EST: gi|86076925|gb|DR372682.1|DR372682
EST:     TGGAATGTCAGTGCTCGAAGCTGCTCATGAAAATGATATAGACCTTGAAG                         GGGCTTGTGAGGCTTCTCTAGCGTGTTCAACGTGTCATGTGATTGTGATG
genomic: TGGAATGTCAGTGCTCGAAGCTGCTCATGAAAATGATATAGACCTTGAAGgtgcacactt ... tgatctccagGGGCTTGTGAGGCTTCTCTAGCGTGTTCAACGTGTCATGTGATTGTGATG


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

atattgatcctttttcgaattgaaaattcatggattgcttttacttgatctccagGGGCTTGTGAGGCTTCTCTAGCGTGTTCAACGTGTCATGTGATTGTGATG
                                     cttttactt  CT-rich tract
                 aattgaaaattcat  TA-rich tract