1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' |
AGCAAGGGAAGAAGGGTTACGTTCACTATGGAAAGGTGTTGTACCTGGATTGCATCGTCAATGCCTATTTGGAGGTCTTAGGATTGGAATGTATGAGCCGgtgggttacaaattcttcttctttcatgctccagaaaagtgcttaaactcagtgttttcctagttactacttaaagccttaaccaatttattctactcag
species | Arabidopsis thaliana |
transcript | AT3G54110.1 |
intron # | 2 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: TGCATCGTCAATGCCTATTTGGAGGTCTTAGGATTGGAATGTATGAGCCG GTGAAAAACTTGTATGTTGGAAAAGACTTTGTAGGTGATGTTCCATTGAGCEST: gi|86059197|gb|DR354954.1|DR354954
genomic: TGCATCGTCAATGCCTATTTGGAGGTCTTAGGATTGGAATGTATGAGCCGgtgggttaca ... ttctactcagGTGAAAAACTTGTATGTTGGAAAAGACTTTGTAGGTGATGTTCCATTGAGC
EST: TGCATCGTCAATGCCTATTTGGAGGTCTTAGGATTGGAATGTATGAGCCG GTGAAAAACTTGTATGTTGGAAAAGACTTTGTAGGTGATGTTEST: gi|86059192|gb|DR354949.1|DR354949
genomic: TGCATCGTCAATGCCTATTTGGAGGTCTTAGGATTGGAATGTATGAGCCGgtgggttaca ... ttctactcagGTGAAAAACTTGTATGTTGGAAAAGACTTTGTAGGTGATGTT
EST: TGCATCGTCAATGCCTATTTGGAGGTCTTAGGATTGGAATGTATGAGCCG GTGAAAA-CTTGTATGTTEST: gi|86059204|gb|DR354961.1|DR354961
genomic: TGCATCGTCAATGCCTATTTGGAGGTCTTAGGATTGGAATGTATGAGCCGgtgggttaca ... ttctactcagGTGAAAAACTTGTATGTT
EST: TGCATCGTCAATGCCTATTTGGAGGTCTTAGGATTGGAATGTATGAGCCG GTGAAAAACTTGTATGTTGGAAAAGACTTTGTAGGTGATGTTCCATTGAGCEST: gi|86059186|gb|DR354943.1|DR354943
genomic: TGCATCGTCAATGCCTATTTGGAGGTCTTAGGATTGGAATGTATGAGCCGgtgggttaca ... ttctactcagGTGAAAAACTTGTATGTTGGAAAAGACTTTGTAGGTGATGTTCCATTGAGC
EST: TGCATCGTCAATGCCTATTTGGAGGTCTTAGGATTGGAATGTATGAGCCG GTGAAAAACTTGTATGTTGGAAAAGACTTTGTAGGTGATGTTCCATTGAGCEST: gi|86059203|gb|DR354960.1|DR354960
genomic: TGCATCGTCAATGCCTATTTGGAGGTCTTAGGATTGGAATGTATGAGCCGgtgggttaca ... ttctactcagGTGAAAAACTTGTATGTTGGAAAAGACTTTGTAGGTGATGTTCCATTGAGC
EST: TGCATCGTCAATGCCTATTTGGAGGTCTTAGGATTGGAATGTATGAGCCG GTGAAAAACTTGTATGTTGGAAAAGACTTTGTAGGTGATGTTC-ATTGAGCEST: gi|86059198|gb|DR354955.1|DR354955
genomic: TGCATCGTCAATGCCTATTTGGAGGTCTTAGGATTGGAATGTATGAGCCGgtgggttaca ... ttctactcagGTGAAAAACTTGTATGTTGGAAAAGACTTTGTAGGTGATGTTCCATTGAGC
EST: TGCATCGTCAATGCCTATTTGGAGGTCTTAGGATTGGAATGTATGAGCCG GTGAAAAACTTEST: gi|125273918|gb|EL288003.1|EL288003
genomic: TGCATCGTCAATGCCTATTTGGAGGTCTTAGGATTGGAATGTATGAGCCGgtgggttaca ... ttctactcagGTGAAAAACTT
EST: TGCATCGTCAATGCCTATTTGGAGGTCTTAGGATTGGAATGTATGAGCCG GTGAAAAACTTGTATGTTGGAAAAGAEST: gi|86059194|gb|DR354951.1|DR354951
genomic: TGCATCGTCAATGCCTATTTGGAGGTCTTAGGATTGGAATGTATGAGCCGgtgggttaca ... ttctactcagGTGAAAAACTTGTATGTTGGAAAAGA
EST: TGCATCGTCAATGCCTATTTGGAGGTCTTAGGATTGGAATGTATGARCCG GTGAAAAACTTGTATGTEST: gi|86059201|gb|DR354958.1|DR354958
genomic: TGCATCGTCAATGCCTATTTGGAGGTCTTAGGATTGGAATGTATGAGCCGgtgggttaca ... ttctactcagGTGAAAAACTTGTATGT
EST: TGCATCGTCAATGCCTATTTGGAGGTCTTAGGATTGGAATGTATGAGCCG GTGAAAAACTTGTAEST: gi|86059207|gb|DR354964.1|DR354964
genomic: TGCATCGTCAATGCCTATTTGGAGGTCTTAGGATTGGAATGTATGAGCCGgtgggttaca ... ttctactcagGTGAAAAACTTGTA
EST: TGCATCGTCAATGCCTATTTGGAGGTCTTAGGATTGGAATGTATGAGCCG GTGAAAAACTTGTATGTTGGAAAAGAEST: gi|86059185|gb|DR354942.1|DR354942
genomic: TGCATCGTCAATGCCTATTTGGAGGTCTTAGGATTGGAATGTATGAGCCGgtgggttaca ... ttctactcagGTGAAAAACTTGTATGTTGGAAAAGA
EST: TGCATCGTCAATGCCTATTTGGAGGTCTTAGGATTGGAATGTATGAGCCG GTGAAAAACTTGTATGTTG
genomic: TGCATCGTCAATGCCTATTTGGAGGTCTTAGGATTGGAATGTATGAGCCGgtgggttaca ... ttctactcagGTGAAAAACTTGTATGTTG
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| AGCAAGGGAAGAAGGGTTACGTTCACTATGGAAAGGTGTTGTACCTGGATTGCATCGTCAATGCCTATTTGGAGGTCTTAGGATTGGAATGTATGAGCCGgtgggttacaaattcttcttctttcatgctccagaaaagtgcttaaactcagtgttttcctagttactacttaaagccttaaccaatttattctactcag
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TTGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAGG