Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtgggttacaaattcttcttctttcatgctccagaaaagtgcttaaactcagtgttttcctagttactacttaaagccttaaccaatttattctactcagGTGAAAAACTTGTATGTTGGAAAAGACTTTGTAGGTGATGTTCCATTGAGCAAGAAAATTCTTGCTGGTTTGACAACAG

Basic information

species Arabidopsis thaliana
transcript AT3G54110.1
intron # 2
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|86059190|gb|DR354947.1|DR354947
EST:     TGCATCGTCAATGCCTATTTGGAGGTCTTAGGATTGGAATGTATGAGCCG                         GTGAAAAACTTGTATGTTGGAAAAGACTTTGTAGGTGATGTTCCATTGAGC
genomic: TGCATCGTCAATGCCTATTTGGAGGTCTTAGGATTGGAATGTATGAGCCGgtgggttaca ... ttctactcagGTGAAAAACTTGTATGTTGGAAAAGACTTTGTAGGTGATGTTCCATTGAGC
EST: gi|86059197|gb|DR354954.1|DR354954
EST:     TGCATCGTCAATGCCTATTTGGAGGTCTTAGGATTGGAATGTATGAGCCG                         GTGAAAAACTTGTATGTTGGAAAAGACTTTGTAGGTGATGTT
genomic: TGCATCGTCAATGCCTATTTGGAGGTCTTAGGATTGGAATGTATGAGCCGgtgggttaca ... ttctactcagGTGAAAAACTTGTATGTTGGAAAAGACTTTGTAGGTGATGTT
EST: gi|86059192|gb|DR354949.1|DR354949
EST:     TGCATCGTCAATGCCTATTTGGAGGTCTTAGGATTGGAATGTATGAGCCG                         GTGAAAA-CTTGTATGTT
genomic: TGCATCGTCAATGCCTATTTGGAGGTCTTAGGATTGGAATGTATGAGCCGgtgggttaca ... ttctactcagGTGAAAAACTTGTATGTT
EST: gi|86059204|gb|DR354961.1|DR354961
EST:     TGCATCGTCAATGCCTATTTGGAGGTCTTAGGATTGGAATGTATGAGCCG                         GTGAAAAACTTGTATGTTGGAAAAGACTTTGTAGGTGATGTTCCATTGAGC
genomic: TGCATCGTCAATGCCTATTTGGAGGTCTTAGGATTGGAATGTATGAGCCGgtgggttaca ... ttctactcagGTGAAAAACTTGTATGTTGGAAAAGACTTTGTAGGTGATGTTCCATTGAGC
EST: gi|86059186|gb|DR354943.1|DR354943
EST:     TGCATCGTCAATGCCTATTTGGAGGTCTTAGGATTGGAATGTATGAGCCG                         GTGAAAAACTTGTATGTTGGAAAAGACTTTGTAGGTGATGTTCCATTGAGC
genomic: TGCATCGTCAATGCCTATTTGGAGGTCTTAGGATTGGAATGTATGAGCCGgtgggttaca ... ttctactcagGTGAAAAACTTGTATGTTGGAAAAGACTTTGTAGGTGATGTTCCATTGAGC
EST: gi|86059203|gb|DR354960.1|DR354960
EST:     TGCATCGTCAATGCCTATTTGGAGGTCTTAGGATTGGAATGTATGAGCCG                         GTGAAAAACTTGTATGTTGGAAAAGACTTTGTAGGTGATGTTC-ATTGAGC
genomic: TGCATCGTCAATGCCTATTTGGAGGTCTTAGGATTGGAATGTATGAGCCGgtgggttaca ... ttctactcagGTGAAAAACTTGTATGTTGGAAAAGACTTTGTAGGTGATGTTCCATTGAGC
EST: gi|86059198|gb|DR354955.1|DR354955
EST:     TGCATCGTCAATGCCTATTTGGAGGTCTTAGGATTGGAATGTATGAGCCG                         GTGAAAAACTT
genomic: TGCATCGTCAATGCCTATTTGGAGGTCTTAGGATTGGAATGTATGAGCCGgtgggttaca ... ttctactcagGTGAAAAACTT
EST: gi|125273918|gb|EL288003.1|EL288003
EST:     TGCATCGTCAATGCCTATTTGGAGGTCTTAGGATTGGAATGTATGAGCCG                         GTGAAAAACTTGTATGTTGGAAAAGA
genomic: TGCATCGTCAATGCCTATTTGGAGGTCTTAGGATTGGAATGTATGAGCCGgtgggttaca ... ttctactcagGTGAAAAACTTGTATGTTGGAAAAGA
EST: gi|86059194|gb|DR354951.1|DR354951
EST:     TGCATCGTCAATGCCTATTTGGAGGTCTTAGGATTGGAATGTATGARCCG                         GTGAAAAACTTGTATGT
genomic: TGCATCGTCAATGCCTATTTGGAGGTCTTAGGATTGGAATGTATGAGCCGgtgggttaca ... ttctactcagGTGAAAAACTTGTATGT
EST: gi|86059201|gb|DR354958.1|DR354958
EST:     TGCATCGTCAATGCCTATTTGGAGGTCTTAGGATTGGAATGTATGAGCCG                         GTGAAAAACTTGTA
genomic: TGCATCGTCAATGCCTATTTGGAGGTCTTAGGATTGGAATGTATGAGCCGgtgggttaca ... ttctactcagGTGAAAAACTTGTA
EST: gi|86059207|gb|DR354964.1|DR354964
EST:     TGCATCGTCAATGCCTATTTGGAGGTCTTAGGATTGGAATGTATGAGCCG                         GTGAAAAACTTGTATGTTGGAAAAGA
genomic: TGCATCGTCAATGCCTATTTGGAGGTCTTAGGATTGGAATGTATGAGCCGgtgggttaca ... ttctactcagGTGAAAAACTTGTATGTTGGAAAAGA
EST: gi|86059185|gb|DR354942.1|DR354942
EST:     TGCATCGTCAATGCCTATTTGGAGGTCTTAGGATTGGAATGTATGAGCCG                         GTGAAAAACTTGTATGTTG
genomic: TGCATCGTCAATGCCTATTTGGAGGTCTTAGGATTGGAATGTATGAGCCGgtgggttaca ... ttctactcagGTGAAAAACTTGTATGTTG


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

aactcagtgttttcctagttactacttaaagccttaaccaatttattctactcagGTGAAAAACTTGTATGTTGGAAAAGACTTTGTAGGTGATGTTCCATTGAGCAAGAAAATTCTTGCTGGTTTGACAACAG
                               ccttaac  putative branch site (score: 3)
                                         tttattct  putative PPT
                                 ttaaccaatttatt  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gtgggttacaaattcttcttctttcatgctccagaaaagtgcttaaactcagtgttttcctagttactacttaaagccttaaccaatttattctactcagGTGAAAAACTTGTATGTTGGAAAAGACTTTGTAGGTGATGTTCCATTGAGCAAGAAAATTCTTGCTGGTTTGACAACAG

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GCAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AAGAAA