1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' |
gtaaacaaaaacaaaaaaaaaactgtttttacactttttaactaccatgataatattttccattagcatgaacagaaaaagtgttttattatggcttttggtccatcttgcttaccggtaaatgagaaactgtctgagtctagtgaggactgattcatattagattggtctaatattcgttgttcttgtaccaaaacagCTTCAGAAGCAATTAGAAAATGCGGGTTTTGAGCCGGAGGCGTCTCTTTTGTCAGGAGAGGAAATGGAGGAAGCTGGAAGAAGAAGAGTTTCACCTGTTT
species | Arabidopsis thaliana |
transcript | AT3G27050.1 |
intron # | 6 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: AGTATATGCGTAAATTCTCTCTGGATGATCAATCTGCTATCCTTCAAAAG CTTCAGAAGCAATTAGAAGATGCGGGTTTTGAGCCGGAGGCGTEST: gi|164111158|gb|ES189844.1|ES189844
genomic: AGTATATGCGTAAATTCTCTCTGGATGATCAATCTGCTATCCTTCAAAAGgtaaacaaaa ... accaaaacagCTTCAGAAGCAATTAGAAAATGCGGGTTTTGAGCCGGAGGCGT
EST: TTCTCTCTGGATGATCAATCTGCTATCCTTCAAAAG CTTCAGAAGCAATTAGAAAATGCGGGTTTTGAGCCGGAGGCGTCTCTTTTGEST: gi|125060056|gb|EL128733.1|EL128733
genomic: TTCTCTCTGGATGATCAATCTGCTATCCTTCAAAAGgtaaacaaaa ... accaaaacagCTTCAGAAGCAATTAGAAAATGCGGGTTTTGAGCCGGAGGCGTCTCTTTTG
EST: CGTAAATTCTCTCTGGATGATCAATCTGCTATCCTTCAAAAG CTTCAGAAGCAATTAGAAAATGCGGGTTTTGAGCCGGAGGCGTCTCTTTTG
genomic: CGTAAATTCTCTCTGGATGATCAATCTGCTATCCTTCAAAAGgtaaacaaaa ... accaaaacagCTTCAGAAGCAATTAGAAAATGCGGGTTTTGAGCCGGAGGCGTCTCTTTTG
gaggactgattcatattagattggtctaatattcgttgttcttgtaccaaaacagCTTCAGAAGCAATTAGAAAATGCGGGTTTTGAGCCGGAGGCGTCTCTTTTGTCAGGAGAGGAAATGGAGGAAGCTGGAAGAAGAAGAGTTTCACCTGTTT
gtctaat putative branch site (score: 3)
attcatattagatt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gtaaacaaaaacaaaaaaaaaactgtttttacactttttaactaccatgataatattttccattagcatgaacagaaaaagtgttttattatggcttttggtccatcttgcttaccggtaaatgagaaactgtctgagtctagtgaggactgattcatattagattggtctaatattcgttgttcttgtaccaaaacagCTTCAGAAGCAATTAGAAAATGCGGGTTTTGAGCCGGAGGCGTCTCTTTTGTCAGGAGAGGAAATGGAGGAAGCTGGAAGAAGAAGAGTTTCACCTGTTT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGGAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGAGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAG