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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtaggatcacttacttaacttccacccattctattatataacttaatgttcatattttgagggttgatgaaacaactgtatctgtgcagCCCTTTCAATCTAATCCTGCTCCGGCTCCTAATGCCAATGCTTTAGCTGGATGGATGGCAAACCCAAATCCTTCTTCATCAGTTCCATCTGGTGTTGTCG

Basic information

species Arabidopsis thaliana
transcript AT3G16830.1
intron # 5
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: AT3G16830.1 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 5
lower sequence: PP1S99_260V6.1 (Physcomitrella patens), 3'ss of exon 5
----gtaggatcacttacttaacttccacccattctattatat---aacttaatgttcatattttgagggttgatgaaacaactgtatctgtgcagCCCTTTCAATCTAATCCTGCTCCGGCTCCTAATGCCAATGCTTTAGCTGGATGGATGGCAAACCCAAATCCTTCTTCATCAGTTCCATCTGGTGTTGTCG---------
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gtttatttcaaaacttgtttt-catccactcatattttaatgttctgttttggtgcggttgttcttaagttctgctaaccggtggtatttg-atgacttcagCCATTTCAACCAGCACCACCCTCT---GCAAGTGCTTTAGCTGGATGGATGGCTAACCCAAACCCACCAGCTCCACATGCCCCAGTCGCGAATGGGCCAGCTG


















 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tatataacttaatgttcatattttgagggttgatgaaacaactgtatctgtgcagCCCTTTCAATCTAATCCTGCTCCGGCTCCTAATGCCAATGCTTTAGCTGGATGGATGGCAAACCCAAATCCTTCTTCATCAGTTCCATCTGGTGTTGTCG
        ttaatgttcatatttt  TA-rich tract