Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   		22  
 5'  3'   		23  
 5'  3'   		24  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtatggtagatggagattgttctcctaaaaacgttttaaagatatatagttgtaatttcaagtagacacgaagtttgaactttgtaacattttccatgtacagGGGTTTCTTTTACTAAACATCTGATCCATGTATATGCTTACCAAGGCTCAGACCTACGTCAACACCTCGAG

Basic information

species Arabidopsis thaliana
transcript AT3G16830.1
intron # 10
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|86059274|gb|DR355031.1|DR355031
EST:     ATCGATATCCGTCACTCGTGTAGCATGGAGCCCAGATGGAAACTTGCTTG                         GGGTTTCTTTTACTAAACATCTGATCCATGTATATGCTTACCAAGGCTCAG
genomic: ATCGATATCCGTCACTCGTGTAGCATGGAGCCCAGATGGAAACTTGCTTGgtatggtaga ... ccatgtacagGGGTTTCTTTTACTAAACATCTGATCCATGTATATGCTTACCAAGGCTCAG






















 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

gttgtaatttcaagtagacacgaagtttgaactttgtaacattttccatgtacagGGGTTTCTTTTACTAAACATCTGATCCATGTATATGCTTACCAAGGCTCAGACCTACGTCAACACCTCGAG
                                 ttgtaac  putative branch site (score: 2)
                                       cattttcc  CT-rich tract
                                    taacatttt  TA-rich tract