Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   		22  
 5'  3'   		23  
 5'  3'   		24  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GGGTTTCTTTTACTAAACATCTGATCCATGTATATGCTTACCAAGGCTCAGACCTACGTCAACACCTCGAGgtatgtttaattgtcttttcgtacttagtttcttgcctttgcatctgcaccaaacttaatcgatcatctgtttctgtggattag

Basic information

species Arabidopsis thaliana
transcript AT3G16830.1
intron # 11
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|47831151|gb|CK120835.1|CK120835
EST:     AAGGCTCAGACCTACGTCAACACCTCGAG                         ATTGATGCTCATGTAGGCTGTGTGAATGACTTGGCGTTCGCCCACCCAAAT
genomic: AAGGCTCAGACCTACGTCAACACCTCGAGgtatgtttaa ... tgtggattagATTGATGCTCATGTAGGCTGTGTGAATGACTTGGCGTTCGCCCACCCAAAT
EST: gi|86059274|gb|DR355031.1|DR355031
EST:     TGATCCATGTATATGCTTACCAAGGCTCAGACCTACGTCAACACCTCGAG                         ATTGATGCTCATGTAGGCTGTGTGAATGACTTGGCGTTCGCCCACCCAAAT
genomic: TGATCCATGTATATGCTTACCAAGGCTCAGACCTACGTCAACACCTCGAGgtatgtttaa ... tgtggattagATTGATGCTCATGTAGGCTGTGTGAATGACTTGGCGTTCGCCCACCCAAAT