Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

AGGTATATGCAGCAGTACAATGATGTTGAATTGTCTGCCCTTGGCATGGgtatgtttgttcttaatcacttcattaagctaacattcctctgaataaatggtttattggtaaatactaattaagattactcttcaacatgaatgtgcag

Basic information

species Arabidopsis thaliana
transcript AT2G34160.1
intron # 2
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|86055022|gb|DR350779.1|DR350779
EST:     AGGTATATGCAGCAGTACAATGATGTTGAATTGTCTGCCCTTGGCATGG                         CCATTTCAACTGTTGTTACTGTTACTGAAATACTGAAGAACAATGGTTTTG
genomic: AGGTATATGCAGCAGTACAATGATGTTGAATTGTCTGCCCTTGGCATGGgtatgtttgt ... gaatgtgcagCCATTGCAACTGTTGTTACTGTTACTGAAATACTGAAGAACAATGGTTTTG
EST: gi|86055028|gb|DR350785.1|DR350785
EST:     AGGTATATGCAGCAGTACAATGATGTTGAATTGTCTGCCCTTGGCATGG                         CCATTGCAACTGTTGTTACTGTTACTGAAATACTGAAGAACAATGGTTTTG
genomic: AGGTATATGCAGCAGTACAATGATGTTGAATTGTCTGCCCTTGGCATGGgtatgtttgt ... gaatgtgcagCCATTGCAACTGTTGTTACTGTTACTGAAATACTGAAGAACAATGGTTTTG
EST: gi|86055024|gb|DR350781.1|DR350781
EST:     AGGTATATGCAGCAGTACAATGATGTTGAATTGTCTGCCCTTGGCATGG                         CCATTGCAACTGTTGTTACTGTTACTGAAATACTGAAGAACAATGGTTTTG
genomic: AGGTATATGCAGCAGTACAATGATGTTGAATTGTCTGCCCTTGGCATGGgtatgtttgt ... gaatgtgcagCCATTGCAACTGTTGTTACTGTTACTGAAATACTGAAGAACAATGGTTTTG
EST: gi|86055023|gb|DR350780.1|DR350780
EST:     AGGTATATGCAGCAGTACAATGATGTTGAATTGTCTGCCCTTGGCATGG                         CCATTGCAACTGTTGTTACTGTTACTGAAATACTGAAGAACAATGGTTTTG
genomic: AGGTATATGCAGCAGTACAATGATGTTGAATTGTCTGCCCTTGGCATGGgtatgtttgt ... gaatgtgcagCCATTGCAACTGTTGTTACTGTTACTGAAATACTGAAGAACAATGGTTTTG
EST: gi|86055017|gb|DR350774.1|DR350774
EST:     AGGTATATGCAGCAGTACAATGATGTTGAATTGTCTGCCCTTGGCATGG                         CCATTGCAACTGTTGTTACTGTTACTGAAATACTGAAGAACAATGGTTTTG
genomic: AGGTATATGCAGCAGTACAATGATGTTGAATTGTCTGCCCTTGGCATGGgtatgtttgt ... gaatgtgcagCCATTGCAACTGTTGTTACTGTTACTGAAATACTGAAGAACAATGGTTTTG
EST: gi|86055013|gb|DR350770.1|DR350770
EST:     AGGTATATGCAGCAGTACAATGATGTTGAATTGTCTGCCCTTGGCATGG                         CCATTGCAACTGTTGTTACTGTTACTGAAATACTGAAGAACAATGGTTTTG
genomic: AGGTATATGCAGCAGTACAATGATGTTGAATTGTCTGCCCTTGGCATGGgtatgtttgt ... gaatgtgcagCCATTGCAACTGTTGTTACTGTTACTGAAATACTGAAGAACAATGGTTTTG
EST: gi|19877512|gb|AU238343.1|AU238343
EST:     AGGTATATGCAGCAGTACAATGATGTTGAATTGTCTGCCCTTGGCATGG                         CCATTGCAACTGTTGTTACTGTTACTGAAATACTGAAGAACAATGGTTTTG
genomic: AGGTATATGCAGCAGTACAATGATGTTGAATTGTCTGCCCTTGGCATGGgtatgtttgt ... gaatgtgcagCCATTGCAACTGTTGTTACTGTTACTGAAATACTGAAGAACAATGGTTTTG
EST: gi|86055027|gb|DR350784.1|DR350784
EST:     AGGTATATGCAGCAGTACAATGATGTTGAATTGTCTGCCCTTGGCATGG                         CCATTGCAACTGTTGTTACTGTTACTGAAATACTGAAGAACAATGGTTTTG
genomic: AGGTATATGCAGCAGTACAATGATGTTGAATTGTCTGCCCTTGGCATGGgtatgtttgt ... gaatgtgcagCCATTGCAACTGTTGTTACTGTTACTGAAATACTGAAGAACAATGGTTTTG
EST: gi|86055018|gb|DR350775.1|DR350775
EST:     AGGTATATGCAGCAGTACAATGATGTTGAATTGTCTGCCCTTGGCATGG                         CCATTGCAACTGTTGTTACTGTTACTGAAATACTGAAGAACAATGGTTTTG
genomic: AGGTATATGCAGCAGTACAATGATGTTGAATTGTCTGCCCTTGGCATGGgtatgtttgt ... gaatgtgcagCCATTGCAACTGTTGTTACTGTTACTGAAATACTGAAGAACAATGGTTTTG
EST: gi|86055016|gb|DR350773.1|DR350773
EST:     AGGTATATGCAGCAGTACAATGATGTTGAATTGTCTGCCCTTGGCATGG                         CCATTGCAACTGTTGTTACTGTTACTGAAATACTGAAGAACAATGGTTTTG
genomic: AGGTATATGCAGCAGTACAATGATGTTGAATTGTCTGCCCTTGGCATGGgtatgtttgt ... gaatgtgcagCCATTGCAACTGTTGTTACTGTTACTGAAATACTGAAGAACAATGGTTTTG
EST: gi|86055021|gb|DR350778.1|DR350778
EST:     AGGTATATGCAGCAGTACAATGATGTTGAATTGTCTGCCCTTGGCATGG                         CCATTGCAACTGTTGTTACTGTTACTGAAATACTGAAGAACAATGGTTTTG
genomic: AGGTATATGCAGCAGTACAATGATGTTGAATTGTCTGCCCTTGGCATGGgtatgtttgt ... gaatgtgcagCCATTGCAACTGTTGTTACTGTTACTGAAATACTGAAGAACAATGGTTTTG
EST: gi|86055030|gb|DR350787.1|DR350787
EST:     AGGTATATGCAGCAGTACAATGATGTTGAATTGTCTGCCCTTGGCATGG                         CCATTGCAACTGTTGTTACTGTTACTGAAATACTGAAGAACAATGGTTTTG
genomic: AGGTATATGCAGCAGTACAATGATGTTGAATTGTCTGCCCTTGGCATGGgtatgtttgt ... gaatgtgcagCCATTGCAACTGTTGTTACTGTTACTGAAATACTGAAGAACAATGGTTTTG
EST: gi|116440750|gb|EG483342.1|EG483342
EST:     AGGTATATGCAGCAGTACAATGATGTTGAATTGTCTGCCCTTGGCATGG                         CCATTGCAACTGTTGTTACTGTTACTGAAATACTGAAGAACAATGGTTTTG
genomic: AGGTATATGCAGCAGTACAATGATGTTGAATTGTCTGCCCTTGGCATGGgtatgtttgt ... gaatgtgcagCCATTGCAACTGTTGTTACTGTTACTGAAATACTGAAGAACAATGGTTTTG
EST: gi|86055020|gb|DR350777.1|DR350777
EST:     AGGTATATGCAGCAGTACAATGATGTTGAATTGTCTGCCCTTGGCATGG                         CCATTGCAACTGTTGTTACTGTTACTGAAATACTGAAGAACAATGGTTTTG
genomic: AGGTATATGCAGCAGTACAATGATGTTGAATTGTCTGCCCTTGGCATGGgtatgtttgt ... gaatgtgcagCCATTGCAACTGTTGTTACTGTTACTGAAATACTGAAGAACAATGGTTTTG
EST: gi|86055012|gb|DR350769.1|DR350769
EST:     AGGTATATGCAGCAGTACAATGATGTTGAATTGTCTGCCCTTGGCATGG                         CCATTGCAACTGTTGTTACTGTTACTGAAATACTGAAGAACAATGGTTTTG
genomic: AGGTATATGCAGCAGTACAATGATGTTGAATTGTCTGCCCTTGGCATGGgtatgtttgt ... gaatgtgcagCCATTGCAACTGTTGTTACTGTTACTGAAATACTGAAGAACAATGGTTTTG
EST: gi|164104895|gb|ES021322.1|ES021322
EST:     TGTTGAATTGTCTGCCCTTGGCATGG                         CCATTGCAACTGTTGTTACTGTTACTGAAATACTGAAGAACAATGGTTTTG
genomic: TGTTGAATTGTCTGCCCTTGGCATGGgtatgtttgt ... gaatgtgcagCCATTGCAACTGTTGTTACTGTTACTGAAATACTGAAGAACAATGGTTTTG
EST: gi|86055011|gb|DR350768.1|DR350768
EST:     AGGTATATGCAGCANTACAATGATGTTGAATTGTCTGCCCTTGGCATGG                         CCATTGCAACTGTTGTTACTGTTACTGAAATACTGAAGAACAATGGTTTTG
genomic: AGGTATATGCAGCAGTACAATGATGTTGAATTGTCTGCCCTTGGCATGGgtatgtttgt ... gaatgtgcagCCATTGCAACTGTTGTTACTGTTACTGAAATACTGAAGAACAATGGTTTTG
EST: gi|86055029|gb|DR350786.1|DR350786
EST:     AGGTATATGCAGCAGTACAATGATGTTGAATTGTCTGCCCTTGGCATGG                         CCATTGCAACTGTTGTTACTGTTACTGAAATACTGAAGAACAATGGTTTTG
genomic: AGGTATATGCAGCAGTACAATGATGTTGAATTGTCTGCCCTTGGCATGGgtatgtttgt ... gaatgtgcagCCATTGCAACTGTTGTTACTGTTACTGAAATACTGAAGAACAATGGTTTTG
EST: gi|86055015|gb|DR350772.1|DR350772
EST:     AGGTATATGCAGCAGTACAATGATGTTGAATTGTCTGCCCTTGGCATGG                         CCATTGCAACTGTTGTTACTGTTACTGAAATACTGAAGAACAATGGTTTTG
genomic: AGGTATATGCAGCAGTACAATGATGTTGAATTGTCTGCCCTTGGCATGGgtatgtttgt ... gaatgtgcagCCATTGCAACTGTTGTTACTGTTACTGAAATACTGAAGAACAATGGTTTTG
EST: gi|86055026|gb|DR350783.1|DR350783
EST:     AGGTATATGCAGCAGTACAATGATGTTGAATTGTCTGCCCTTGGCATGG                         CCATTGCAACTGTTGTTACTGTTACTGAAATACTGAAGAACAATGGTTTTG
genomic: AGGTATATGCAGCAGTACAATGATGTTGAATTGTCTGCCCTTGGCATGGgtatgtttgt ... gaatgtgcagCCATTGCAACTGTTGTTACTGTTACTGAAATACTGAAGAACAATGGTTTTG
EST: gi|301501311|gb|HO206851.1|HO206851
EST:     AGGTATATGCAGCAGTACAATGATGTTGAATTGTCTGCCCTTGGCATGG                         CCATTGCAACTGTTGTTACTGTTACTGAAATACTGAAGAACAATGGTGTTG
genomic: AGGTATATGCAGCAGTACAATGATGTTGAATTGTCTGCCCTTGGCATGGgtatgtttgt ... gaatgtgcagCCATTGCAACTGTTGTTACTGTTACTGAAATACTGAAGAACAATGGTTTTG
EST: gi|86055014|gb|DR350771.1|DR350771
EST:     AGGTATATGCAGCAGTACAATGATGTTGAATTGTCTGCCCTTGGCATGG                         CCATTGCAACTGTTGTTACTGTTACTGAAATACTGAAGAACAATGGTTTTG
genomic: AGGTATATGCAGCAGTACAATGATGTTGAATTGTCTGCCCTTGGCATGGgtatgtttgt ... gaatgtgcagCCATTGCAACTGTTGTTACTGTTACTGAAATACTGAAGAACAATGGTTTTG
EST: gi|86055025|gb|DR350782.1|DR350782
EST:     AGGTATATGCAGCAGTACAATGATGTTGAATTGTCTGCCCTTGGCATGG                         CCATTGCAACTGTTGTTACTGTTACTGAAATACTGAAGAACAATGGTTTTG
genomic: AGGTATATGCAGCAGTACAATGATGTTGAATTGTCTGCCCTTGGCATGGgtatgtttgt ... gaatgtgcagCCATTGCAACTGTTGTTACTGTTACTGAAATACTGAAGAACAATGGTTTTG