Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...aagagccaataagtattttagcttgggttggtttagggattagtttttttggttatgattgattgatgtaacaaagttttgttgtttggattttgttcagAGGTATATGCAGCAGTACAATGATGTTGAATTGTCTGCCCTTGGCATGG

Basic information

species Arabidopsis thaliana
transcript AT2G34160.1
intron # 1
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|86055022|gb|DR350779.1|DR350779
EST:     AGGTTTCCAACACTAAGAAACCATTGTTCTTCTATGTCAATCTCGCCAAG                         AGGTATATGCAGCAGTACAATGATGTTGAATTGTCTGCCCTTGGCATGG
genomic: AGGTTTCCAACACTAAGAAACCATTGTTCTTCTATGTCAATCTCGCCAAGgtacatacac ... ttttgttcagAGGTATATGCAGCAGTACAATGATGTTGAATTGTCTGCCCTTGGCATGG
EST: gi|86055028|gb|DR350785.1|DR350785
EST:     AGGTTTCCAACACTAAGAAACCATTGTTCTTCTATGTCAATCTCTCCAAG                         AGGTATATGCAGCAGTACAATGATGTTGAATTGTCTGCCCTTGGCATGG
genomic: AGGTTTCCAACACTAAGAAACCATTGTTCTTCTATGTCAATCTCGCCAAGgtacatacac ... ttttgttcagAGGTATATGCAGCAGTACAATGATGTTGAATTGTCTGCCCTTGGCATGG
EST: gi|86055024|gb|DR350781.1|DR350781
EST:     AGGTTTCCAACACTAAGAAACCATTGTTCTTCTATGTCAATCTCGCCAAG                         AGGTATATGCAGCAGTACAATGATGTTGAATTGTCTGCCCTTGGCATGG
genomic: AGGTTTCCAACACTAAGAAACCATTGTTCTTCTATGTCAATCTCGCCAAGgtacatacac ... ttttgttcagAGGTATATGCAGCAGTACAATGATGTTGAATTGTCTGCCCTTGGCATGG
EST: gi|86055023|gb|DR350780.1|DR350780
EST:     AGGTTTCCAACACTAAGAAACCATTGTTCTTCTATGTCAATCTCGCCAAG                         AGGTATATGCAGCAGTACAATGATGTTGAATTGTCTGCCCTTGGCATGG
genomic: AGGTTTCCAACACTAAGAAACCATTGTTCTTCTATGTCAATCTCGCCAAGgtacatacac ... ttttgttcagAGGTATATGCAGCAGTACAATGATGTTGAATTGTCTGCCCTTGGCATGG
EST: gi|86055017|gb|DR350774.1|DR350774
EST:     AGGTTTCCAACACTAAGAAACCATTGTTCTTCTATGTCAATCTCGCCAAG                         AGGTATATGCAGCAGTACAATGATGTTGAATTGTCTGCCCTTGGCATGG
genomic: AGGTTTCCAACACTAAGAAACCATTGTTCTTCTATGTCAATCTCGCCAAGgtacatacac ... ttttgttcagAGGTATATGCAGCAGTACAATGATGTTGAATTGTCTGCCCTTGGCATGG
EST: gi|86055013|gb|DR350770.1|DR350770
EST:     AGGTTTCCAACACTAAGAAACCATTGTTCTTCTATGTCAATCTCGCCAAG                         AGGTATATGCAGCAGTACAATGATGTTGAATTGTCTGCCCTTGGCATGG
genomic: AGGTTTCCAACACTAAGAAACCATTGTTCTTCTATGTCAATCTCGCCAAGgtacatacac ... ttttgttcagAGGTATATGCAGCAGTACAATGATGTTGAATTGTCTGCCCTTGGCATGG
EST: gi|19877512|gb|AU238343.1|AU238343
EST:     AGGTTTCCAACACTAAGAAACCATTGTTCTTCTATGTCAATCTCGCCAAG                         AGGTATATGCAGCAGTACAATGATGTTGAATTGTCTGCCCTTGGCATGG
genomic: AGGTTTCCAACACTAAGAAACCATTGTTCTTCTATGTCAATCTCGCCAAGgtacatacac ... ttttgttcagAGGTATATGCAGCAGTACAATGATGTTGAATTGTCTGCCCTTGGCATGG
EST: gi|86055027|gb|DR350784.1|DR350784
EST:     AGGTTTCCAACACTAAGAAACCATTGTTCTTCTATGTCAATCTCTCCAAG                         AGGTATATGCAGCAGTACAATGATGTTGAATTGTCTGCCCTTGGCATGG
genomic: AGGTTTCCAACACTAAGAAACCATTGTTCTTCTATGTCAATCTCGCCAAGgtacatacac ... ttttgttcagAGGTATATGCAGCAGTACAATGATGTTGAATTGTCTGCCCTTGGCATGG
EST: gi|86055018|gb|DR350775.1|DR350775
EST:     AGGTTTCCAACACTAAGAAACCATTGTTCTTCTATGTCAATCTCGCCAAG                         AGGTATATGCAGCAGTACAATGATGTTGAATTGTCTGCCCTTGGCATGG
genomic: AGGTTTCCAACACTAAGAAACCATTGTTCTTCTATGTCAATCTCGCCAAGgtacatacac ... ttttgttcagAGGTATATGCAGCAGTACAATGATGTTGAATTGTCTGCCCTTGGCATGG
EST: gi|86055016|gb|DR350773.1|DR350773
EST:     AGGTTTCCAACACTAAGAAACCATTGTTCTTCTATGTCAATCTCGCCAAG                         AGGTATATGCAGCAGTACAATGATGTTGAATTGTCTGCCCTTGGCATGG
genomic: AGGTTTCCAACACTAAGAAACCATTGTTCTTCTATGTCAATCTCGCCAAGgtacatacac ... ttttgttcagAGGTATATGCAGCAGTACAATGATGTTGAATTGTCTGCCCTTGGCATGG
EST: gi|86055021|gb|DR350778.1|DR350778
EST:     AGGTTTCCAACACTAAGAAACCATTGTTCTTCTATGTCAATCTCGCCAAG                         AGGTATATGCAGCAGTACAATGATGTTGAATTGTCTGCCCTTGGCATGG
genomic: AGGTTTCCAACACTAAGAAACCATTGTTCTTCTATGTCAATCTCGCCAAGgtacatacac ... ttttgttcagAGGTATATGCAGCAGTACAATGATGTTGAATTGTCTGCCCTTGGCATGG
EST: gi|86055030|gb|DR350787.1|DR350787
EST:     AGGTTTCCAACACTAAGAAACCATTGTTCTTCTATGTCAATCTCGCCAAG                         AGGTATATGCAGCAGTACAATGATGTTGAATTGTCTGCCCTTGGCATGG
genomic: AGGTTTCCAACACTAAGAAACCATTGTTCTTCTATGTCAATCTCGCCAAGgtacatacac ... ttttgttcagAGGTATATGCAGCAGTACAATGATGTTGAATTGTCTGCCCTTGGCATGG
EST: gi|116440750|gb|EG483342.1|EG483342
EST:     AGGTTTCCAACACTAAGAAACCATTGTTCTTCTATGTCAATCTCGCCAAG                         AGGTATATGCAGCAGTACAATGATGTTGAATTGTCTGCCCTTGGCATGG
genomic: AGGTTTCCAACACTAAGAAACCATTGTTCTTCTATGTCAATCTCGCCAAGgtacatacac ... ttttgttcagAGGTATATGCAGCAGTACAATGATGTTGAATTGTCTGCCCTTGGCATGG
EST: gi|86055020|gb|DR350777.1|DR350777
EST:     AGGTTTCCAACACTAAGAAACCATTGTTCTTCTATGTCAATCTCGCCAAG                         AGGTATATGCAGCAGTACAATGATGTTGAATTGTCTGCCCTTGGCATGG
genomic: AGGTTTCCAACACTAAGAAACCATTGTTCTTCTATGTCAATCTCGCCAAGgtacatacac ... ttttgttcagAGGTATATGCAGCAGTACAATGATGTTGAATTGTCTGCCCTTGGCATGG
EST: gi|86055012|gb|DR350769.1|DR350769
EST:     AGGTTTCCAACACTAAGAAACCATTGTTCTTCTATGTCAATCTCGCCAAG                         AGGTATATGCAGCAGTACAATGATGTTGAATTGTCTGCCCTTGGCATGG
genomic: AGGTTTCCAACACTAAGAAACCATTGTTCTTCTATGTCAATCTCGCCAAGgtacatacac ... ttttgttcagAGGTATATGCAGCAGTACAATGATGTTGAATTGTCTGCCCTTGGCATGG
EST: gi|86055011|gb|DR350768.1|DR350768
EST:     AGGTTTCCAACACTAAGAAACCATTGTTCTTCTATGTCAATCTCGCCAAG                         AGGTATATGCAGCANTACAATGATGTTGAATTGTCTGCCCTTGGCATGG
genomic: AGGTTTCCAACACTAAGAAACCATTGTTCTTCTATGTCAATCTCGCCAAGgtacatacac ... ttttgttcagAGGTATATGCAGCAGTACAATGATGTTGAATTGTCTGCCCTTGGCATGG
EST: gi|86055029|gb|DR350786.1|DR350786
EST:     AGGTTTCCAACACTAAGAAACCATTGTTCTTCTATGTCAATCTCGCCAAG                         AGGTATATGCAGCAGTACAATGATGTTGAATTGTCTGCCCTTGGCATGG
genomic: AGGTTTCCAACACTAAGAAACCATTGTTCTTCTATGTCAATCTCGCCAAGgtacatacac ... ttttgttcagAGGTATATGCAGCAGTACAATGATGTTGAATTGTCTGCCCTTGGCATGG
EST: gi|86055015|gb|DR350772.1|DR350772
EST:     AGGTTTCCAACACTAAGAAACCATTGTTCTTCTATGTCAATCTCGCCAAG                         AGGTATATGCAGCAGTACAATGATGTTGAATTGTCTGCCCTTGGCATGG
genomic: AGGTTTCCAACACTAAGAAACCATTGTTCTTCTATGTCAATCTCGCCAAGgtacatacac ... ttttgttcagAGGTATATGCAGCAGTACAATGATGTTGAATTGTCTGCCCTTGGCATGG
EST: gi|86055026|gb|DR350783.1|DR350783
EST:     AGGTTTCCAACACTAAGAAACCATTGTTCTTCTATGTCAATCTCGCCAAG                         AGGTATATGCAGCAGTACAATGATGTTGAATTGTCTGCCCTTGGCATGG
genomic: AGGTTTCCAACACTAAGAAACCATTGTTCTTCTATGTCAATCTCGCCAAGgtacatacac ... ttttgttcagAGGTATATGCAGCAGTACAATGATGTTGAATTGTCTGCCCTTGGCATGG
EST: gi|301501311|gb|HO206851.1|HO206851
EST:     TGGTTTCCAACACTAAGAAACCATTGTTCTTCTATGTCAATCTCGCCAAG                         AGGTATATGCAGCAGTACAATGATGTTGAATTGTCTGCCCTTGGCATGG
genomic: AGGTTTCCAACACTAAGAAACCATTGTTCTTCTATGTCAATCTCGCCAAGgtacatacac ... ttttgttcagAGGTATATGCAGCAGTACAATGATGTTGAATTGTCTGCCCTTGGCATGG
EST: gi|86055014|gb|DR350771.1|DR350771
EST:     AGGTTTCCAACACTAAGAAACCATTGTTCTTCTATGTCAATCTCGCCAAG                         AGGTATATGCAGCAGTACAATGATGTTGAATTGTCTGCCCTTGGCATGG
genomic: AGGTTTCCAACACTAAGAAACCATTGTTCTTCTATGTCAATCTCGCCAAGgtacatacac ... ttttgttcagAGGTATATGCAGCAGTACAATGATGTTGAATTGTCTGCCCTTGGCATGG
EST: gi|86055025|gb|DR350782.1|DR350782
EST:     AGGTTTCCAACACTAAGAAACCATTGTTCTTCTATGTCAATCTCGCCAAG                         AGGTATATGCAGCAGTACAATGATGTTGAATTGTCTGCCCTTGGCATGG
genomic: AGGTTTCCAACACTAAGAAACCATTGTTCTTCTATGTCAATCTCGCCAAGgtacatacac ... ttttgttcagAGGTATATGCAGCAGTACAATGATGTTGAATTGTCTGCCCTTGGCATGG


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tttttggttatgattgattgatgtaacaaagttttgttgtttggattttgttcagAGGTATATGCAGCAGTACAATGATGTTGAATTGTCTGCCCTTGGCATGG
                    atgtaac  putative branch site (score: 3)
                                             ttttgttc  putative PPT
       ttatgatt  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
aagagccaataagtattttagcttgggttggtttagggattagtttttttggttatgattgattgatgtaacaaagttttgttgtttggattttgttcagAGGTATATGCAGCAGTACAATGATGTTGAATTGTCTGCCCTTGGCATGG

- - - caataag
- - - - - - - - - - - - - - -ggtttag
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - taacaaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -gttttgt
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - tgtttgg