1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' |
gtaaagaactacacttccactgtttttttcacttttcagatatatatttgagtttattttgatgtgaacataaaaatgaatcagGAGATTAGTTTTGTATGTTAATGGTAATCAAAACGATGGTGGAAATAACCATATTTCACTTTACGTGAGGATCGAAGAGACAGAATCTCTTCCAAAAGGC
species | Arabidopsis thaliana |
transcript | AT2G04170.4 |
intron # | 2 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
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EST: TGGTTACAAATG GAGATTAGTTTTGTATGTTAATGGTAATCAAAACGATGGTGGAAATAACCAEST: gi|116387839|gb|EG430431.1|EG430431
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EST: TTTGAGGCCGGTGGTTACAAATG GAGATTAGTTTTGTATGTTAATGGTAATCAAAACGATGGTGGAAATAACCAEST: gi|116389961|gb|EG432553.1|EG432553
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EST: GAGGAGAACCCTACGAATCCTCGGTCTTTGAGGCCGGTGGTTACAAATG GAGATTAGTTTTGTATGTTAATGGTAATCAAAACGATGGTGGAAATAACCAEST: gi|116389935|gb|EG432527.1|EG432527
genomic: GAGGAGAACCCTACGAATCCTCGGTCTTTGAGGCCGGTGGTTACAAATGgtaaagaact ... aatgaatcagGAGATTAGTTTTGTATGTTAATGGTAATCAAAACGATGGTGGAAATAACCA
EST: TTTGAGGCCGGTGGTTACAAATG GAGATTAGTTTTGTATGTTAATGGTAATCAAAACGATGGTAGGAAATAACCEST: gi|116387833|gb|EG430425.1|EG430425
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genomic: AGAGGAGAACCCTACGAATCCTCGGTCTTTGAGGCCGGTGGTTACAAATGgtaaagaact ... aatgaatcagGAGATTAGTTTTGTATGTTAATGGTAATCAAAACGATGGTGGAAATAACCA
EST: AGAGGAGAACCCTACGAATCCTCGGTCTTTGAGGCCGGTGGTTACAAATG GAGATTAGTTTTGTATGTTAATGGTAATCAAAACGATGGTGGAAATAACCAEST: gi|116387896|gb|EG430488.1|EG430488
genomic: AGAGGAGAACCCTACGAATCCTCGGTCTTTGAGGCCGGTGGTTACAAATGgtaaagaact ... aatgaatcagGAGATTAGTTTTGTATGTTAATGGTAATCAAAACGATGGTGGAAATAACCA
EST: TTTGAGGCCGGTGGTTACAAATG GAGATTAGTTTTGTATGTTAATGGTAATCAAAACGATGGTGGAAATAACCAEST: gi|116387834|gb|EG430426.1|EG430426
genomic: TTTGAGGCCGGTGGTTACAAATGgtaaagaact ... aatgaatcagGAGATTAGTTTTGTATGTTAATGGTAATCAAAACGATGGTGGAAATAACCA
EST: AGAGGAGAACCCTACGAATCCTCGGTCTTTAAGGCCGGTGGTTACAAATG GAGATTAGTTTTGTATGTTAATGGTAATCAAAACGATGGTGGAAATAACCAEST: gi|116389924|gb|EG432516.1|EG432516
genomic: AGAGGAGAACCCTACGAATCCTCGGTCTTTGAGGCCGGTGGTTACAAATGgtaaagaact ... aatgaatcagGAGATTAGTTTTGTATGTTAATGGTAATCAAAACGATGGTGGAAATAACCA
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genomic: GGTTACAAATGgtaaagaact ... aatgaatcagGAGATTAGTTTTGTATGTTAATGGTAATCAAAACGATG-GTGGAAATAACC
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genomic: TTTGAGGCCGGTGGTTACAAATGgtaaagaact ... aatgaatcagGAGATTAGTTTTGTATGTTAATGGTAATCAAAACGATGGTGGAAATAACCA
EST: GGTTAC-AATG GAGATTAGTTTTGTATGTTAATGGTAATCAAAACGATGGTGGAAATAACCAEST: gi|116389966|gb|EG432558.1|EG432558
genomic: GGTTACAAATGgtaaagaact ... aatgaatcagGAGATTAGTTTTGTATGTTAATGGTAATCAAAACGATGGTGGAAATAACCA
EST: AGAGGAGAACCCTACGAATCCTCGGTCTTTGAGGCCGGTGGTTACAAATG GAGATTAGTTTTGTATGTTAATGGTAATCAAAACGATGGTGGAAATAACCAEST: gi|116387841|gb|EG430433.1|EG430433
genomic: AGAGGAGAACCCTACGAATCCTCGGTCTTTGAGGCCGGTGGTTACAAATGgtaaagaact ... aatgaatcagGAGATTAGTTTTGTATGTTAATGGTAATCAAAACGATGGTGGAAATAACCA
EST: AGAGGAGAACCCTACGAATCCTCGGTCTTTAAGGCCGGTGGTTACAAATG GAGATTAGTTTTGTATGTTAATGGTAATCAAAACGATGGTGGAAATAACCA
genomic: AGAGGAGAACCCTACGAATCCTCGGTCTTTGAGGCCGGTGGTTACAAATGgtaaagaact ... aatgaatcagGAGATTAGTTTTGTATGTTAATGGTAATCAAAACGATGGTGGAAATAACCA
cacttttcagatatatatttgagtttattttgatgtgaacataaaaatgaatcagGAGATTAGTTTTGTATGTTAATGGTAATCAAAACGATGGTGGAAATAACCATATTTCACTTTACGTGAGGATCGAAGAGACAGAATCTCTTCCAAAAGGC
ttttgat putative branch site (score: 4)
atatatatttgagttt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gtaaagaactacacttccactgtttttttcacttttcagatatatatttgagtttattttgatgtgaacataaaaatgaatcagGAGATTAGTTTTGTATGTTAATGGTAATCAAAACGATGGTGGAAATAACCATATTTCACTTTACGTGAGGATCGAAGAGACAGAATCTCTTCCAAAAGGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGGAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CGAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAGA