1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' |
gtaattgtattgatcacttcaaatatctataactatttattcatttgtgtttaatttgattgtttttttttttcctttagCTAAATTCATGGGAATTCCTAAAATCTCTCCGATTCTCCTAACCACGGCGGATTTTTCTCACGGAGCTAATTTCGCCATCGCCGACGCTACCGTTCTTGG
species | Arabidopsis thaliana |
transcript | AT1G54030.1 |
intron # | 1 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: ACAAGCCACCGGACGGTGGTCCGATGGTTCTATCGTTCCTGATTATCTTG CTAAATTCATGGGAATTCCTAAAATCTCTCCGATTCTCCTAACCACGGCGGEST: gi|125170552|gb|EL193971.1|EL193971
genomic: ACAAGCCACCGGACGGTGGTCCGATGGTTCTATCGTTCCTGATTATCTTGgtaattgtat ... tttcctttagCTAAATTCATGGGAATTCCTAAAATCTCTCCGATTCTCCTAACCACGGCGG
EST: ACAAGCCACCGGACGGTGG-CCGATGGTTCTATCGTTCCTGATTATCTTG CTAAAATTCATGGGAATTCCTAAAATCTCTCCGATTCTCCEST: gi|164210933|gb|ES179242.1|ES179242
genomic: ACAAGCCACCGGACGGTGGTCCGATGGTTCTATCGTTCCTGATTATCTTGgtaattgtat ... tttcctttagCTAAA-TTCATGGGAATTCCTAAAATCTCTCCGATTCTCC
EST: ACAAGCCACCGGACGGTGGTCCGATGGTTCAATCGTTCCTGATTATCTTG CTAAATTCATGGGAATTCEST: gi|125312545|gb|EL326630.1|EL326630
genomic: ACAAGCCACCGGACGGTGGTCCGATGGTTCTATCGTTCCTGATTATCTTGgtaattgtat ... tttcctttagCTAAATTCATGGGAATTC
EST: ACAAGCCACCGGACGGTGGTCCGATGGTTCTATCGTTCCTGATTATCTTG CTAAATTCATGGGAATTCCTAAAATCTCTCCGATTCTCC
genomic: ACAAGCCACCGGACGGTGGTCCGATGGTTCTATCGTTCCTGATTATCTTGgtaattgtat ... tttcctttagCTAAATTCATGGGAATTCCTAAAATCTCTCCGATTCTCC
tctataactatttattcatttgtgtttaatttgattgtttttttttttcctttagCTAAATTCATGGGAATTCCTAAAATCTCTCCGATTCTCCTAACCACGGCGGATTTTTCTCACGGAGCTAATTTCGCCATCGCCGACGCTACCGTTCTTGG
tttgattgtttttttt CT-rich tract
tatttattcatttgtg TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gtaattgtattgatcacttcaaatatctataactatttattcatttgtgtttaatttgattgtttttttttttcctttagCTAAATTCATGGGAATTCCTAAAATCTCTCCGATTCTCCTAACCACGGCGGATTTTTCTCACGGAGCTAATTTCGCCATCGCCGACGCTACCGTTCTTGG
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