Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtatgtaagatgttgaaatcaaattgatggatacctcatgacttataaatgaaacatgatctttgttatcactatctttgattaattgacttccctcactgaacaacgtaaacttggcagATTCTACCGCAGAATGAAGGCCAAGTTTATGTTAATGGTATGCTTGCATTCTGTTTAATTGAGCTTGGACATTTGAGAGAAGCTGAGGAAGCTGCTAGGA

Basic information

species Arabidopsis thaliana
transcript AT1G27110.3
intron # 4
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|116378181|gb|EG420773.1|EG420773
EST:     TGTGTTCCTACATGGGTCGACACGATCTCTCTTTGCCTCTTTTCCGGAAG                         ATTCTACCGCAGAATGAAGGCCAAGTTTATGTTAATGGTATGCTTGCATTC
genomic: TGTGTTCCTACATGGGTCGACACGATCTCTCTTTGCCTCTTTTCCGGAAGgtatgtaaga ... aacttggcagATTCTACCGCAGAATGAAGGCCAAGTTTATGTTAATGGTATGCTTGCATTC
EST: gi|116428736|gb|EG471328.1|EG471328
EST:     TGTGTTCCTACATGGGTCGACACGATCTCTCTTTGCCTCTTTTCCGGAAG                         ATTCTACCGCAGAATGAAGGCCAAGTTTATGTTAATGGTATGCTTGCATTC
genomic: TGTGTTCCTACATGGGTCGACACGATCTCTCTTTGCCTCTTTTCCGGAAGgtatgtaaga ... aacttggcagATTCTACCGCAGAATGAAGGCCAAGTTTATGTTAATGGTATGCTTGCATTC
EST: gi|116423252|gb|EG465844.1|EG465844
EST:     TGTGTTCCTACATGGGTCGACACGATCTCTCTTTGCCTCTTTTCCGGAAG                         ATTCTACCGCAGAATGAAGGCCAAGTTTATGTTAATGGTATGCTTGCATTC
genomic: TGTGTTCCTACATGGGTCGACACGATCTCTCTTTGCCTCTTTTCCGGAAGgtatgtaaga ... aacttggcagATTCTACCGCAGAATGAAGGCCAAGTTTATGTTAATGGTATGCTTGCATTC
EST: gi|116428741|gb|EG471333.1|EG471333
EST:     TGTGTTCCTACATGGGTCGACACGATCTCTCTTTGCCTCTTTTCCGGAAG                         ATTCTACCGCAGAATGAAGGCCAAGTTTATGTTAATGGTATGCTTGCATTC
genomic: TGTGTTCCTACATGGGTCGACACGATCTCTCTTTGCCTCTTTTCCGGAAGgtatgtaaga ... aacttggcagATTCTACCGCAGAATGAAGGCCAAGTTTATGTTAATGGTATGCTTGCATTC
EST: gi|116428746|gb|EG471338.1|EG471338
EST:     TGTGTTCCTACATGGGTCGACACGATCTCTCTTTGCCTCTTTTCCGGAAG                         ATTCTACCGCAGAATGAAGGCCAAGTTTATGTTAATGGTATGCTTGCATTC
genomic: TGTGTTCCTACATGGGTCGACACGATCTCTCTTTGCCTCTTTTCCGGAAGgtatgtaaga ... aacttggcagATTCTACCGCAGAATGAAGGCCAAGTTTATGTTAATGGTATGCTTGCATTC
EST: gi|116401614|gb|EG444206.1|EG444206
EST:     TGTGTTCCTACATGGGTCGACACGATCTCTCTTTGCCTCTTTTCCGGAAG                         ATTCTACCGCAGA
genomic: TGTGTTCCTACATGGGTCGACACGATCTCTCTTTGCCTCTTTTCCGGAAGgtatgtaaga ... aacttggcagATTCTACCGCAGA
EST: gi|116428724|gb|EG471316.1|EG471316
EST:     TGTGTTCCTACATGGGTCGACACGATCTCTCTTTGCCTCTTTTCCGGAAG                         ATTCTACCGCAGAATGAAGGCCAAGTTTATGTTAATGGTATGCTTGCATTC
genomic: TGTGTTCCTACATGGGTCGACACGATCTCTCTTTGCCTCTTTTCCGGAAGgtatgtaaga ... aacttggcagATTCTACCGCAGAATGAAGGCCAAGTTTATGTTAATGGTATGCTTGCATTC
EST: gi|116378186|gb|EG420778.1|EG420778
EST:     TGTGTTCCTACATGGGTCGACACGATCTCTCTTTGCCTCTTTTCCGGAAG                         ATTCTACCGCAGAATGAAGGCCAAGTTTATGTTAATGGTATGCTTGCATTC
genomic: TGTGTTCCTACATGGGTCGACACGATCTCTCTTTGCCTCTTTTCCGGAAGgtatgtaaga ... aacttggcagATTCTACCGCAGAATGAAGGCCAAGTTTATGTTAATGGTATGCTTGCATTC
EST: gi|116452142|gb|EG494734.1|EG494734
EST:     TGTGTTCCTACATGGGTCGACACGATCTCTCTTTGCCTCTTTTCCGGAAG                         ATTCTACCGCAGAATGAAGGCCAAGTTTATGTTAATGGTATGCTTGCATTC
genomic: TGTGTTCCTACATGGGTCGACACGATCTCTCTTTGCCTCTTTTCCGGAAGgtatgtaaga ... aacttggcagATTCTACCGCAGAATGAAGGCCAAGTTTATGTTAATGGTATGCTTGCATTC
EST: gi|116423221|gb|EG465813.1|EG465813
EST:     TGTGTTCCTACATGGGTCGACACGATCTCTCTTTGCCTCTTTTCCGGAAG                         ATTCTACCGCAGAATGAAGACCAAGTTTATGTTAATGGTATGCTTGCATTC
genomic: TGTGTTCCTACATGGGTCGACACGATCTCTCTTTGCCTCTTTTCCGGAAGgtatgtaaga ... aacttggcagATTCTACCGCAGAATGAAGGCCAAGTTTATGTTAATGGTATGCTTGCATTC
EST: gi|116423253|gb|EG465845.1|EG465845
EST:     TGTGTTCCTACATGGGTCGACACGATCTCTCTTTGCCTCTTTTCCGGAAG                         ATTCTACCGCAGAATGAAGGCCAAGTTTATGTTAATGGTATGCTTGCATTC
genomic: TGTGTTCCTACATGGGTCGACACGATCTCTCTTTGCCTCTTTTCCGGAAGgtatgtaaga ... aacttggcagATTCTACCGCAGAATGAAGGCCAAGTTTATGTTAATGGTATGCTTGCATTC
EST: gi|116452153|gb|EG494745.1|EG494745
EST:     TGTGTTCCTACATGGGTCGACACGATCTCTCTTTGCCTCTTTTCCGGAAG                         ATTCTACCGCAGAATGAAGGCCAAGTTTATGTTAATGGTATGCTTGCATTC
genomic: TGTGTTCCTACATGGGTCGACACGATCTCTCTTTGCCTCTTTTCCGGAAGgtatgtaaga ... aacttggcagATTCTACCGCAGAATGAAGGCCAAGTTTATGTTAATGGTATGCTTGCATTC
EST: gi|116423246|gb|EG465838.1|EG465838
EST:     CGTGTCCCTACATGGGTCGACACGATCTCTCTTTGCCTCTTTTCCGGAAG                         ATTCTACCGCAGAATGAAGGCCAAGTTTATGTTAATGGTATGCTTGCATTC
genomic: TGTGTTCCTACATGGGTCGACACGATCTCTCTTTGCCTCTTTTCCGGAAGgtatgtaaga ... aacttggcagATTCTACCGCAGAATGAAGGCCAAGTTTATGTTAATGGTATGCTTGCATTC
EST: gi|116428726|gb|EG471318.1|EG471318
EST:     TGTGTTCCTACATGGGTCGACACGATCTCTCTTTGCCTCTTTTCCGGAAG                         ATTCTACCGCAGAATGAAGGCCAAGTTTATGTTAATGGTATGCTTGCATTC
genomic: TGTGTTCCTACATGGGTCGACACGATCTCTCTTTGCCTCTTTTCCGGAAGgtatgtaaga ... aacttggcagATTCTACCGCAGAATGAAGGCCAAGTTTATGTTAATGGTATGCTTGCATTC
EST: gi|116452144|gb|EG494736.1|EG494736
EST:     TGTGTTCCTACATGGGTCGACACGATCTCTCTTTGCCTCTTTTCCGGAAG                         ATTCTACCGCAGAATGAAGGCCAAGTTTATGTTAATGGTATGCTTGCATTC
genomic: TGTGTTCCTACATGGGTCGACACGATCTCTCTTTGCCTCTTTTCCGGAAGgtatgtaaga ... aacttggcagATTCTACCGCAGAATGAAGGCCAAGTTTATGTTAATGGTATGCTTGCATTC
EST: gi|116423254|gb|EG465846.1|EG465846
EST:     TGTGTTCCTACATGGGTCGACACGATCTCTCTTTGCCTCTTTTCCGGAAG                         ATTCTACCGCAGAATGAAGGCCAAGTTTATGTTAATGGTATGCTTGCATTC
genomic: TGTGTTCCTACATGGGTCGACACGATCTCTCTTTGCCTCTTTTCCGGAAGgtatgtaaga ... aacttggcagATTCTACCGCAGAATGAAGGCCAAGTTTATGTTAATGGTATGCTTGCATTC
EST: gi|116452150|gb|EG494742.1|EG494742
EST:     TGTGTTCCTACATGGGTCGACACGATCTCTCTTTGCCTCTTTTCCGGAAG                         ATTCTACCGCAGAATGAAGGCCAAGTTTATGTTAATGGTATGCTTGCATTC
genomic: TGTGTTCCTACATGGGTCGACACGATCTCTCTTTGCCTCTTTTCCGGAAGgtatgtaaga ... aacttggcagATTCTACCGCAGAATGAAGGCCAAGTTTATGTTAATGGTATGCTTGCATTC
EST: gi|116428743|gb|EG471335.1|EG471335
EST:     TGTGTTCCTACATGGGTCGACACGATCTCTCTTTGCCTCTTTTCCGGAAG                         ATTCTACCGCAGAATGAAGGCCAAGTTTATGTTAATGGTATGCTTGCATTC
genomic: TGTGTTCCTACATGGGTCGACACGATCTCTCTTTGCCTCTTTTCCGGAAGgtatgtaaga ... aacttggcagATTCTACCGCAGAATGAAGGCCAAGTTTATGTTAATGGTATGCTTGCATTC
EST: gi|116428737|gb|EG471329.1|EG471329
EST:     TGTGTTCCTACATGGGTCGACACGATCTCTCTTTGCCTCTTTTTCGGAAG                         ATTCTACCGCAGAATGAAGGCCAAGTTTATGTTAATGGTATGCTTGCATTC
genomic: TGTGTTCCTACATGGGTCGACACGATCTCTCTTTGCCTCTTTTCCGGAAGgtatgtaaga ... aacttggcagATTCTACCGCAGAATGAAGGCCAAGTTTATGTTAATGGTATGCTTGCATTC
EST: gi|116452149|gb|EG494741.1|EG494741
EST:     TGTGTTCCTACATGGGTCGACACGATCTCTCTTTGCCTCTTTTCCGGAAG                         ATTCTACCGCAGAATGAAGGCCAAGTTTATGTTAATGGTATGCTTGCATTC
genomic: TGTGTTCCTACATGGGTCGACACGATCTCTCTTTGCCTCTTTTCCGGAAGgtatgtaaga ... aacttggcagATTCTACCGCAGAATGAAGGCCAAGTTTATGTTAATGGTATGCTTGCATTC
EST: gi|116423244|gb|EG465836.1|EG465836
EST:     TGTGTTCCTACATGGGTCGACACGATCTCTCTTTGCCTCTTTTCCGGAAG                         ATTCTACCGCAGAATGAAGGCCAAGTTTATGTTAATGGTATGCTTGCATTC
genomic: TGTGTTCCTACATGGGTCGACACGATCTCTCTTTGCCTCTTTTCCGGAAGgtatgtaaga ... aacttggcagATTCTACCGCAGAATGAAGGCCAAGTTTATGTTAATGGTATGCTTGCATTC
EST: gi|116428729|gb|EG471321.1|EG471321
EST:     TGTGTTCCTACATGGGTCGACACGATCTCTCTTTGCCTCTTTTCCGGAAG                         ATTCTACCGCAGAATGAAGGCCAAGTTTATGTTAATGGTATGCTTGCATTC
genomic: TGTGTTCCTACATGGGTCGACACGATCTCTCTTTGCCTCTTTTCCGGAAGgtatgtaaga ... aacttggcagATTCTACCGCAGAATGAAGGCCAAGTTTATGTTAATGGTATGCTTGCATTC
EST: gi|116428721|gb|EG471313.1|EG471313
EST:     TGTGTTCCTACATGGGTCGACACGATCTCTCTTTGCCTCTTTTTCGGAAG                         ATTCTACCGCAGAATGAAGGCCAAGTTTATGTTAATGGTATGCTTGCATTC
genomic: TGTGTTCCTACATGGGTCGACACGATCTCTCTTTGCCTCTTTTCCGGAAGgtatgtaaga ... aacttggcagATTCTACCGCAGAATGAAGGCCAAGTTTATGTTAATGGTATGCTTGCATTC
EST: gi|116423255|gb|EG465847.1|EG465847
EST:     TGTGTTCCTACATGGGTCGACACGATCTCTCTTTGCCTCTTTTCCGGAAG                         ATTCTACCGCAGAATGAAGGCCAAGTTTATGTTAATGGTATGCTTGCATTC
genomic: TGTGTTCCTACATGGGTCGACACGATCTCTCTTTGCCTCTTTTCCGGAAGgtatgtaaga ... aacttggcagATTCTACCGCAGAATGAAGGCCAAGTTTATGTTAATGGTATGCTTGCATTC
EST: gi|116423222|gb|EG465814.1|EG465814
EST:     TGTGTTCCTACATGGGTCGACACGATCTCTCTTTGCCTCTTTTCCGGAAG                         ATTCTACCGCAGAATGAAGACCAAGTTTATGTTAATGGTATGCTTGCATTC
genomic: TGTGTTCCTACATGGGTCGACACGATCTCTCTTTGCCTCTTTTCCGGAAGgtatgtaaga ... aacttggcagATTCTACCGCAGAATGAAGGCCAAGTTTATGTTAATGGTATGCTTGCATTC
EST: gi|116428745|gb|EG471337.1|EG471337
EST:     TGTGTTCCTACATGGGTCGACACGATCTCTCTTTGCCTCTTTTCCGGAAG                         ATTCTACCGCAGAATGAAGGCCAAGTTTATGTTAATGGTATGCTTGCATTC
genomic: TGTGTTCCTACATGGGTCGACACGATCTCTCTTTGCCTCTTTTCCGGAAGgtatgtaaga ... aacttggcagATTCTACCGCAGAATGAAGGCCAAGTTTATGTTAATGGTATGCTTGCATTC
EST: gi|116428731|gb|EG471323.1|EG471323
EST:     TGTGTTCCTACATGGGTCGACACGATCTCTCTTTGCCTCTTTTCCGGAAG                         ATTCTACCGCAGAATGAAGGCCAAGTTTATGTTAATGGTATGCTTGCATTC
genomic: TGTGTTCCTACATGGGTCGACACGATCTCTCTTTGCCTCTTTTCCGGAAGgtatgtaaga ... aacttggcagATTCTACCGCAGAATGAAGGCCAAGTTTATGTTAATGGTATGCTTGCATTC
EST: gi|116452154|gb|EG494746.1|EG494746
EST:     TGTGTTCCTACATGGGTCGACACGATCTCTCTTTGCCTCTTTTCCGGAAG                         ATTCTACCGCAGAATGAAGGCCAAGTTTATGTTAATGGTATGCTTGCATTC
genomic: TGTGTTCCTACATGGGTCGACACGATCTCTCTTTGCCTCTTTTCCGGAAGgtatgtaaga ... aacttggcagATTCTACCGCAGAATGAAGGCCAAGTTTATGTTAATGGTATGCTTGCATTC


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ttatcactatctttgattaattgacttccctcactgaacaacgtaaacttggcagATTCTACCGCAGAATGAAGGCCAAGTTTATGTTAATGGTATGCTTGCATTCTGTTTAATTGAGCTTGGACATTTGAGAGAAGCTGAGGAAGCTGCTAGGA
                           ccctcac  putative branch site (score: 3)
       tatctttgattaatt  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gtatgtaagatgttgaaatcaaattgatggatacctcatgacttataaatgaaacatgatctttgttatcactatctttgattaattgacttccctcactgaacaacgtaaacttggcagATTCTACCGCAGAATGAAGGCCAAGTTTATGTTAATGGTATGCTTGCATTCTGTTTAATTGAGCTTGGACATTTGAGAGAAGCTGAGGAAGCTGCTAGGA

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGCTT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AGAAGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AAGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCTGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AGCTGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGCT