Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   		22  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtaagctggcttcatatatgctcctttgggacagcatgattttataacttggattaactaataaattttgtcttatttttttaacagATGCTTCGGTTGTCTCGTAATTGAAGGATATGGAATGACAGAGACATCCTGTGTCATCGCTACAATGGATTGTGATGATAGGTTAATTGGTCATGTTGGA

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os11g04980.2
intron # 15
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: LOC_Os11g04980.2 (Oryza sativa), 3'ss of exon 15
lower sequence: GRMZM2G176546_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 6
gtaagctggcttcatatatgctcctttgggacagcatgattttataacttggattaactaataaattttgtcttatttttttaacagATGCTTCGGTTGTCTCGTAATTGAAGGATATGGAATGACAGAGACATCCTGTGTCATCGCTACAATGGATTGTGATGATAGGTTAATTGGTCATGTTGGA
|||||||| || | | |  ||||| ||||      ||||||||  ||||||| ||   | | |  |  ||| | | ||| |  | |||||||| ||| ||   ||  ||||||| ||||||||||| |||||||||||| ||||  || ||||||||  || ||| || | ||||||||||||||||
gtaagctgtctccttttgagctcccttgg------atgattttggaacttggcttgg-tgacatttactgtttcaatttct--atagATGCTTTGGTGGTGAAGTTCTTGAAGGCTATGGAATGACGGAGACATCCTGTATCATATCTGCAATGGATATTGGTGACAGATCAATTGGTCATGTTGGA

upper sequence: LOC_Os11g04980.2 (Oryza sativa), 3'ss of exon 15
lower sequence: Vv14s0128g00720.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 15
--------------------------------------------------------------------------------------------gtaagctggcttcat-atatgctcctttgggacagcatgattttataacttggattaactaataa-attttgtctt----------attttttta-acagATGCTTCGGTTGTCTCGTAATTGAAGGATATGGAATGACAGAGACATCCTGTGTCATCGCTACAATGGATTGTGATGATAGGTTAATTGGTCATGTTGGA
                                                                                              ||| |    | ||  | |  |  |||     || |  |    |  |   | | | |||||| |  |||| |  |          || |    | |||||||||| ||||| |  ||||||||||| ||||||||||| ||||| || ||| ||||       ||||||   | ||| |  |||  |||||||||||||
gtaagttgattattcttctgaggataatgcattattgcatggttgcttgtttaaaagttgtgataaatccattattccacagttacctgtttaaaagttattgttattgtttcttgttttctagaaggaaaaacaaaatatcagtagtgactaattatgttttattgttccataatgaatgtacccatacagATGCTTTGGTTGCCAAGTAATTGAAGGCTATGGAATGACCGAGACCTCTTGTCTCATAAGCTGTATGGATAAGGGTGACAACTTATCTGGTCATGTTGGA
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|29679209|gb|CB675484.1|CB675484
EST:     TCTTCAGGTGCTTCTCCATTGTCAGCAGATGTCATGGAATTCCTAAGAGT                         ATGCTTCGGTTGTCTCGTAATTGAAGGATATGGAATGACAGAGACATCCTG
genomic: TCTTCAGGTGCTTCTCCATTGTCAGCAGATGTCATGGAATTCCTAAGAGTgtaagctggc ... tttttaacagATGCTTCGGTTGTCTCGTAATTGAAGGATATGGAATGACAGAGACATCCTG
EST: gi|29679207|gb|CB675482.1|CB675482
EST:     TCTTCAGGTGCTTCTCCATTGTCAGCAGATGTCATGGAATTCCTAAGAGT                         ATGCTTCGGTTGTCTCGTAATTGAAGGATATGGAATGACAGAGACATCCTG
genomic: TCTTCAGGTGCTTCTCCATTGTCAGCAGATGTCATGGAATTCCTAAGAGTgtaagctggc ... tttttaacagATGCTTCGGTTGTCTCGTAATTGAAGGATATGGAATGACAGAGACATCCTG
EST: gi|29671403|gb|CB667678.1|CB667678
EST:     TCTTCAGGTGCTTCTCCATTGTCAGCAGATGTCATGGAATTCCTAAGAGT                         ATGCTTCGGTTGT
genomic: TCTTCAGGTGCTTCTCCATTGTCAGCAGATGTCATGGAATTCCTAAGAGTgtaagctggc ... tttttaacagATGCTTCGGTTGT
EST: gi|109974356|gb|DT806865.1|DT806865
EST:     TCTTCAGGTGCTTCTCCATTGTCAGCAGATGTCATGGAATTCCTAAGAGT                         ATGCTTCGGTTGTCTCGTAATTGAAGGATATGGAATGACAGAGACATCCTG
genomic: TCTTCAGGTGCTTCTCCATTGTCAGCAGATGTCATGGAATTCCTAAGAGTgtaagctggc ... tttttaacagATGCTTCGGTTGTCTCGTAATTGAAGGATATGGAATGACAGAGACATCCTG


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

agcatgattttataacttggattaactaataaattttgtcttatttttttaacagATGCTTCGGTTGTCTCGTAATTGAAGGATATGGAATGACAGAGACATCCTGTGTCATCGCTACAATGGATTGTGATGATAGGTTAATTGGTCATGTTGGA
                       aactaat  putative branch site (score: 2)
                                 ttttgtcttatttttt  putative PPT
                ttggattaactaataa  TA-rich tract