Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...taaattttgttattaggattattttttctcagcatagtacataaaaccatattacttgtcacatatgttcattatcttctatatactttttttgtcacagATGTGGAATGTGCAATGGTAAAGGAATGTTACCTTGTATAGCATGTGGATCACGTGGATTAGTGACATGCAACACATGTACTGGATATGGTTCCCTCCTT

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM5G892742_T02
intron # 4
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM5G892742_T03 (Zea mays), 3'ss of exon 5
lower sequence: LOC_Os05g25210.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 5
taaattttgttattaggattattttttctcagcatagtacataaaaccatattactt--gtcacatatgttcattatcttctatatactttttttgtcacagATGTGGAATGTGCAATGGTAAAGGAATGTTACCTTGTATAGCATGTGGATCACGTGGATTAGTGACATGCAACACATGTACTGGATATGGTTCCCTCCTT
 ||| |   ||  ||  |||    | | | |          |||||  ||   ||||  ||   | ||| ||| | | | |  ||| |||| ||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||  |||| |||||||| ||||||| ||| ||||||||||| || 
aaaaatgctttcctattattgagatattttacatctactggtaaaagtatgccacttctgttgaaaatgctcactttgtgc-gtat-ctttatttgtaacagATGTGGAATGTGCAGTGGTAAAGGAATGTTGCCTTGTATAGCATGTGGATCGCGTGGCCTAGTAACATGCAAGACATGTAGTGGCTATGGTTCCCTTCTC
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|71330803|gb|DR802197.1|DR802197
EST:     GCATGTCATGGCAGAGGTTTACTTGCTCCCCAAGATGGATCTGATACAGT                         ATGTGGAATGTGCAATGGTAAAGGAATGTTACCTTGTATAGCATGTGGATC
genomic: GCATGTCATGGCAGAGGTTTACTTGCTCACCAAGATGGATCTGATACAGTgttagttgtt ... tttgtcacagATGTGGAATGTGCAATGGTAAAGGAATGTTACCTTGTATAGCATGTGGATC
EST: gi|5325047|gb|AI783238.1|AI783238
EST:     GCATGTCATGGCAGAGGTTTACTTGCTCACCAAGATGGATCTGATACAGT                         ATGTGGAATGTGCAATGGTAAAGGAATGTTACCTTGTATAGCATGTGGATC
genomic: GCATGTCATGGCAGAGGTTTACTTGCTCACCAAGATGGATCTGATACAGTgttagttgtt ... tttgtcacagATGTGGAATGTGCAATGGTAAAGGAATGTTACCTTGTATAGCATGTGGATC
EST: gi|5846859|gb|AI999942.1|AI999942
EST:     GCATGTNATGGCAGAGGTTTACTTGCTCACCAAGATGGATCTGATACAGT                         ATGTGGAATGTGCAATGGTAAAGGAATGTTACCTTGTATAGCATGTGGATC
genomic: GCATGTCATGGCAGAGGTTTACTTGCTCACCAAGATGGATCTGATACAGTgttagttgtt ... tttgtcacagATGTGGAATGTGCAATGGTAAAGGAATGTTACCTTGTATAGCATGTGGATC
EST: gi|22472922|gb|BU037402.1|BU037402
EST:     GCATGTCATGGCAGAGGTTTACTTGCTCACCAAGATGGATCTGATACAGT                         ATGTGGAATGTGCAATGGTAAAG
genomic: GCATGTCATGGCAGAGGTTTACTTGCTCACCAAGATGGATCTGATACAGTgttagttgtt ... tttgtcacagATGTGGAATGTGCAATGGTAAAG
EST: gi|32851314|gb|CD990995.1|CD990995
EST:     GCATGTCATGGCAGAGGTTTACTTGCTCACCAAGATGGATCTGATACAGT                         ATGTGGAATGTGCAATGGTAAAGGAATGTTACCTTGTATAGCATGTGGATC
genomic: GCATGTCATGGCAGAGGTTTACTTGCTCACCAAGATGGATCTGATACAGTgttagttgtt ... tttgtcacagATGTGGAATGTGCAATGGTAAAGGAATGTTACCTTGTATAGCATGTGGATC
EST: gi|87155688|gb|DY400477.1|DY400477
EST:     GCATGTCATGGCAGAGGTTTACTTGCTCACCAAGATGGATCTGATACAGT                         ATGTGGAATGTGCAATGGTAAAGGAATGTTACCTTGTATAGCATGTGGATC
genomic: GCATGTCATGGCAGAGGTTTACTTGCTCACCAAGATGGATCTGATACAGTgttagttgtt ... tttgtcacagATGTGGAATGTGCAATGGTAAAGGAATGTTACCTTGTATAGCATGTGGATC
EST: gi|71446189|gb|DR827239.1|DR827239
EST:     GCATGTCATGGCAGAGGTTTACTTGCTCACCAAGATGGATCTGATACAGT                         ATGTGGAATGTGCAATGGTAAAGGAATGTTACCTTGTATAGCATGTGGATC
genomic: GCATGTCATGGCAGAGGTTTACTTGCTCACCAAGATGGATCTGATACAGTgttagttgtt ... tttgtcacagATGTGGAATGTGCAATGGTAAAGGAATGTTACCTTGTATAGCATGTGGATC
EST: gi|26558823|gb|CA831058.1|CA831058
EST:     GCATGTCATGGCAGAGGTTTACTTGCTCACCAAGATGGATCTGATACAGT                         ATGTGGAATGTGCAATG
genomic: GCATGTCATGGCAGAGGTTTACTTGCTCACCAAGATGGATCTGATACAGTgttagttgtt ... tttgtcacagATGTGGAATGTGCAATG
EST: gi|5847487|gb|AW000566.1|AW000566
EST:     GCATGTCATGGCAGAGGTTTACTTGCTCACCAAGATGGATCTGATACAGT                         ATGTGGAATGTGCAATGGTAAAGGAATGTTACCTTGTATAGCATGTGGATC
genomic: GCATGTCATGGCAGAGGTTTACTTGCTCACCAAGATGGATCTGATACAGTgttagttgtt ... tttgtcacagATGTGGAATGTGCAATGGTAAAGGAATGTTACCTTGTATAGCATGTGGATC


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

accatattacttgtcacatatgttcattatcttctatatactttttttgtcacagATGTGGAATGTGCAATGGTAAAGGAATGTTACCTTGTATAGCATGTGGATCACGTGGATTAGTGACATGCAACACATGTACTGGATATGGTTCCCTCCTT
                                        ctttttttgtc  CT-rich tract
                         attatcttctatatac  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
taaattttgttattaggattattttttctcagcatagtacataaaaccatattacttgtcacatatgttcattatcttctatatactttttttgtcacagATGTGGAATGTGCAATGGTAAAGGAATGTTACCTTGTATAGCATGTGGATCACGTGGATTAGTGACATGCAACACATGTACTGGATATGGTTCCCTCCTT

- - ttttgtt
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - acataaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -ttacttg