Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtgtgcctttataactctgcaggtttttaatgatacattttcagatgttctcctttcttaagatttacctttgtacagattttgtgactacctttcctgattgtatgtagGTTAAGGGAGCTGCATATGAAGAACAAAGTTCTTTAAGCCATGGCAAATATGCTTACCCAAAGAATGGTGGTCAAATTTCAAAAGAGTCGTTGAGGCATC

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM5G886883_T03
intron # 3
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|71305066|gb|DR788670.1|DR788670
EST:     AACACTATCCAAACTCAAGTTGTACTACATCTACAAAGACCTATACCCAG                         GTTAAGGGAGCTGCATATGAAGAACAAAGTTCTTTAAGCCATGGCAAATAT
genomic: AACACTATCCAAACTCAAGTTGTACTACATCTACAAAGACCTATACCCAGgtgtgccttt ... ttgtatgtagGTTAAGGGAGCTGCATATGAAGAACAAAGTTCTTTAAGCCATGGCAAATAT
EST: gi|78109684|gb|DV528100.1|DV528100
EST:     AACACTATCCAAACTCAAGTTGTACTACATCTACAAAGACCTATACCCAG                         GTTAAGGGAGCTGCATATGAAGAACAAAGTTCTTTAAGCCATGGCAAATAT
genomic: AACACTATCCAAACTCAAGTTGTACTACATCTACAAAGACCTATACCCAGgtgtgccttt ... ttgtatgtagGTTAAGGGAGCTGCATATGAAGAACAAAGTTCTTTAAGCCATGGCAAATAT
EST: gi|148947131|gb|EC892444.2|EC892444
EST:     AACACTATCCAAACTCAAGTTGTACTACATCTACAAAGACCTATACCCAG                         GTTAAGGGAGCTGCATATGAAGAACAAAGTTCTTTAAGCCATGGCAAATAT
genomic: AACACTATCCAAACTCAAGTTGTACTACATCTACAAAGACCTATACCCAGgtgtgccttt ... ttgtatgtagGTTAAGGGAGCTGCATATGAAGAACAAAGTTCTTTAAGCCATGGCAAATAT
EST: gi|93014964|gb|EB640484.1|EB640484
EST:     AACACTATCCAAACTCAAGTTGTACTACATCTACAAAGACCTATACCCAG                         GTTAAGGGAGCTGCATATGAAGAACAAAGTTCTTTAAGCCATGGCAAATAT
genomic: AACACTATCCAAACTCAAGTTGTACTACATCTACAAAGACCTATACCCAGgtgtgccttt ... ttgtatgtagGTTAAGGGAGCTGCATATGAAGAACAAAGTTCTTTAAGCCATGGCAAATAT
EST: gi|149000423|gb|EE037594.2|EE037594
EST:     AACACTATCCAAACTCAAGTTGTACTACATCTACAAAGACCTATACCCAG                         GTTAAGGGAGCTGCATATGAAGAACAAAGTTCTTTAAGCCATGGCAAATAT
genomic: AACACTATCCAAACTCAAGTTGTACTACATCTACAAAGACCTATACCCAGgtgtgccttt ... ttgtatgtagGTTAAGGGAGCTGCATATGAAGAACAAAGTTCTTTAAGCCATGGCAAATAT
EST: gi|148992844|gb|EE033671.2|EE033671
EST:     AACACTATCCAAACTCAAGTTGTACTACATCTACAAAGACCTATACCCAG                         GTTAAGGGAGCTGCATATGAAGAACAAAGTTCTTTAAGCCATGGCAAATAT
genomic: AACACTATCCAAACTCAAGTTGTACTACATCTACAAAGACCTATACCCAGgtgtgccttt ... ttgtatgtagGTTAAGGGAGCTGCATATGAAGAACAAAGTTCTTTAAGCCATGGCAAATAT
EST: gi|89251283|gb|DY623069.1|DY623069
EST:     AACACTATCCAAACTCAAGTTGTACTACATCTACAAAGACCTATACCCAG                         GTTAAGGGAGCTGCATATGAAGAACAAAGTTCTTTAAGCCCTGGGCAA-TA
genomic: AACACTATCCAAACTCAAGTTGTACTACATCTACAAAGACCTATACCCAGgtgtgccttt ... ttgtatgtagGTTAAGGGAGCTGCATATGAAGAACAAAGTTCTTTAAGCCATGG-CAAATA
EST: gi|148982611|gb|EE028409.2|EE028409
EST:     AACACTATCCAAACTCAAGTTGTACTACATCTACAAAGACCTATACCCAG                         GTTAAGGGAGCTGCATATGAAGAACAAAGTTCTTTAAGCCATGGCAAATAT
genomic: AACACTATCCAAACTCAAGTTGTACTACATCTACAAAGACCTATACCCAGgtgtgccttt ... ttgtatgtagGTTAAGGGAGCTGCATATGAAGAACAAAGTTCTTTAAGCCATGGCAAATAT
EST: gi|149088271|gb|EE177365.2|EE177365
EST:     AACACTATCCAAACTCAAGTTGTACTACATCTACAAAGACCTATACCCAG                         GTTAAGGGAGCTGCATATGAAGAACAAAGTTCTTTAAGCCATGGCAAATAT
genomic: AACACTATCCAAACTCAAGTTGTACTACATCTACAAAGACCTATACCCAGgtgtgccttt ... ttgtatgtagGTTAAGGGAGCTGCATATGAAGAACAAAGTTCTTTAAGCCATGGCAAATAT
EST: gi|148996312|gb|EE035595.2|EE035595
EST:     AACACTATCCAAACTCAAGTTGTACTACATCTACAAAGACCTATACCCAG                         GTTAAGGGAGCTGCATATGAAGAACAAAGTTCTTTAAGCCATGGCAAATAT
genomic: AACACTATCCAAACTCAAGTTGTACTACATCTACAAAGACCTATACCCAGgtgtgccttt ... ttgtatgtagGTTAAGGGAGCTGCATATGAAGAACAAAGTTCTTTAAGCCATGGCAAATAT
EST: gi|149000477|gb|EE037653.2|EE037653
EST:     AACACTATCCAAACTCAAGTTGTACTACATCTACAAAGACCTATACCCAG                         GTTAAGGGAGCTGCATATGAAGAACAAAGTTCTTTAAGCCATGGCAAATAT
genomic: AACACTATCCAAACTCAAGTTGTACTACATCTACAAAGACCTATACCCAGgtgtgccttt ... ttgtatgtagGTTAAGGGAGCTGCATATGAAGAACAAAGTTCTTTAAGCCATGGCAAATAT
EST: gi|67031282|gb|CO460031.1|CO460031
EST:     AACACTATCCAAACTCAAGTTGTACTACATCTACAAAGACCTATACCCAG                         GTTAAGGGAGCTGCATATGAAGAACAAAGTTCTTTAAGCCATGGCAAATAT
genomic: AACACTATCCAAACTCAAGTTGTACTACATCTACAAAGACCTATACCCAGgtgtgccttt ... ttgtatgtagGTTAAGGGAGCTGCATATGAAGAACAAAGTTCTTTAAGCCATGGCAAATAT
EST: gi|71767172|gb|DR965109.1|DR965109
EST:     AACACTATCCAAACTCAAGTTGTACTACATCTACAAAGACCTATACCCAG                         GTTAAGGGAGCTGCATATGAAGAACAAAGTTCTTTAAGCCATGGCAAATAT
genomic: AACACTATCCAAACTCAAGTTGTACTACATCTACAAAGACCTATACCCAGgtgtgccttt ... ttgtatgtagGTTAAGGGAGCTGCATATGAAGAACAAAGTTCTTTAAGCCATGGCAAATAT
EST: gi|60339883|gb|DN206856.1|DN206856
EST:     AACACTATCCAAACTCAAGTTGTACTACATCTACAAAGACCTATACCCAG                         GTTAAGGGAGCTGCATATGAAGAACAA-GTTCTTTAAGCCATGGCAAATAT
genomic: AACACTATCCAAACTCAAGTTGTACTACATCTACAAAGACCTATACCCAGgtgtgccttt ... ttgtatgtagGTTAAGGGAGCTGCATATGAAGAACAAAGTTCTTTAAGCCATGGCAAATAT
EST: gi|149078105|gb|EE166854.2|EE166854
EST:     AACACTATCCAAACTCAAGTTGTACTACATCTACAAAGACCTATACCCAG                         GTTAAGGGAGCTGCATATGAAGAACAAAGTTCTTTAAGCCATGGCAAATAT
genomic: AACACTATCCAAACTCAAGTTGTACTACATCTACAAAGACCTATACCCAGgtgtgccttt ... ttgtatgtagGTTAAGGGAGCTGCATATGAAGAACAAAGTTCTTTAAGCCATGGCAAATAT


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tcttaagatttacctttgtacagattttgtgactacctttcctgattgtatgtagGTTAAGGGAGCTGCATATGAAGAACAAAGTTCTTTAAGCCATGGCAAATATGCTTACCCAAAGAATGGTGGTCAAATTTCAAAAGAGTCGTTGAGGCATC
                                       tcctgat  putative branch site (score: 3)
     agattta  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gtgtgcctttataactctgcaggtttttaatgatacattttcagatgttctcctttcttaagatttacctttgtacagattttgtgactacctttcctgattgtatgtagGTTAAGGGAGCTGCATATGAAGAACAAAGTTCTTTAAGCCATGGCAAATATGCTTACCCAAAGAATGGTGGTCAAATTTCAAAAGAGTCGTTGAGGCATC

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AAAGAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  TGGTGG