Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

TCTCTGCTACGGCTGGGTGAGGCGGGGGGCTACTGCCGCCGCCTAACGCCAGGTTCCGAGGCCTTCGTCGGTCTATTTGCCGGCGATGAACATCCACCAGgtaatcccctccttctgttcccttcccgctgtgtgaaaccgagcacccaaaccctatcatagagctatttgctagtatttgatgcctgccaacttccaac...

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM5G863152_T01
intron # 1
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|211224001|gb|FL296369.1|FL296369
EST:     AGGTTCCGAGGCCTTCGTCGGTCTATTTGCCGGCGATGAACATCCACCAG                         GGATGGTTGCNACAATTTGGGCATAGCGTTGGTATCAGTGGTTCGAAGATG
genomic: AGGTTCCGAGGCCTTCGTCGGTCTATTTGCCGGCGATGAACATCCACCAGgtaatcccct ... tatgttgtagGGATGGTTGCAACAATTTGGGCATAGCGTTGGTATCAGTGGTTCGAAGATG
EST: gi|211226061|gb|FL296377.1|FL296377
EST:     AGGTTCCGAGGCCTTCGTCGGTCTATTTGCCGGCGATGAACATCCACCAG                         GGATGGTTGCWACAATTTGGGCATAGCGTTGGTATCAGTGGTTCGAAGATG
genomic: AGGTTCCGAGGCCTTCGTCGGTCTATTTGCCGGCGATGAACATCCACCAGgtaatcccct ... tatgttgtagGGATGGTTGCAACAATTTGGGCATAGCGTTGGTATCAGTGGTTCGAAGATG
EST: gi|211223994|gb|FL296362.1|FL296362
EST:     AGGTTCCGAGGCCTTCGTCGGTCTATTTGCCGGCGATGAACATCCACCAG                         GGATGGTTGCAACAATTTGGGCATAGCGTTGGTATCAGTGGTTCGAAGATG
genomic: AGGTTCCGAGGCCTTCGTCGGTCTATTTGCCGGCGATGAACATCCACCAGgtaatcccct ... tatgttgtagGGATGGTTGCAACAATTTGGGCATAGCGTTGGTATCAGTGGTTCGAAGATG
EST: gi|211223996|gb|FL296364.1|FL296364
EST:     AGGTTCCGAGGCCTTCGTCGGTCTATTTGCCGGCGATGAACATCCACCAG                         GGATGGTTGCAACAATTTGGGCATAGCGTTGGTATCAGTGGTTCGAAGATG
genomic: AGGTTCCGAGGCCTTCGTCGGTCTATTTGCCGGCGATGAACATCCACCAGgtaatcccct ... tatgttgtagGGATGGTTGCAACAATTTGGGCATAGCGTTGGTATCAGTGGTTCGAAGATG
EST: gi|211226059|gb|FL296375.1|FL296375
EST:     AGGTTCCGAGGCCTTCGTCGGTCTATTTGCCGGCGATGAACATCCACCAG                         GGATGGTTGCAACAATTTGGGCATAGCGTTGGTATCA-KGGTTCGAAGATG
genomic: AGGTTCCGAGGCCTTCGTCGGTCTATTTGCCGGCGATGAACATCCACCAGgtaatcccct ... tatgttgtagGGATGGTTGCAACAATTTGGGCATAGCGTTGGTATCAGTGGTTCGAAGATG
EST: gi|211226060|gb|FL296376.1|FL296376
EST:     AGGTTCCGAGGCCTTCGTCGGTCTATTTGCCGGCGATGAACATCCACCAG                         GGATGGTTGCRACAGATTTGGGCATAGCGTTGGTATCAGTGGTTCGAAGAT
genomic: AGGTTCCGAGGCCTTCGTCGGTCTATTTGCCGGCGATGAACATCCACCAGgtaatcccct ... tatgttgtagGGATGGTTGCAACA-ATTTGGGCATAGCGTTGGTATCAGTGGTTCGAAGAT
EST: gi|211135925|gb|FL188995.1|FL188995
EST:     AGGTTCCGAGGCCTTCGTCGGTCTATTTGCCGGCGATGAACATCCACCAG                         GGATGGTTGCAACAATTTGGGCATAGCGTTGGTATCAGTGGTTCGAANATG
genomic: AGGTTCCGAGGCCTTCGTCGGTCTATTTGCCGGCGATGAACATCCACCAGgtaatcccct ... tatgttgtagGGATGGTTGCAACAATTTGGGCATAGCGTTGGTATCAGTGGTTCGAAGATG