Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...cctttgttgtcattaaccattgaatgctcgcttgccttgccatttgttctcattcactcatgactcatgtatcacaaatttctttgttctcatgaaacagGTGGTGGCGGTATACAAATTGTGGACCAGTGACACCAGGTCCTTGGGCGGACTACCCAATTCTGCGACGCCCAACTTCATTACAGCTGCATTGAGCATGG

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM5G841900_T03
intron # 6
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|148935198|gb|EC879233.2|EC879233
EST:     AGGAAAGTTGCAAAGGTGGAATAGATGTGCTGTGGCCCTCCTGATAAATG                         GTGGTGGCGGTATACAAATTGTGGACCAGTGACACCAGGTCCTTGGGCGGA
genomic: AGGAAAGTTGCAAAGGTGGAATAGATGTGCTGTGGCCCTCCTGATAAATGgtaaacatgt ... catgaaacagGTGGTGGCGGTATACAAATTGTGGACCAGTGACACCAGGTCCTTGGGCGGA
EST: gi|60336704|gb|DN203677.1|DN203677
EST:     AGGAAAGTTGCAAAGGTGGAATAGATGTGCTGTGGCCCTCCTGATAAATG                         GTGGTGGCGGTATACAAATTGTGGACCAGTGACACCAGGTCCTTGGGCGGA
genomic: AGGAAAGTTGCAAAGGTGGAATAGATGTGCTGTGGCCCTCCTGATAAATGgtaaacatgt ... catgaaacagGTGGTGGCGGTATACAAATTGTGGACCAGTGACACCAGGTCCTTGGGCGGA
EST: gi|148991615|gb|EE033149.2|EE033149
EST:     AGGAAAGTTGCAAAGGTGGAATAGATGTGCTGTGGCCCTCCTGATAAATG                         GTGGTGGCGGTATACAAATTGTGGACCAGTGACACCAGGTCCTTGGGCGGA
genomic: AGGAAAGTTGCAAAGGTGGAATAGATGTGCTGTGGCCCTCCTGATAAATGgtaaacatgt ... catgaaacagGTGGTGGCGGTATACAAATTGTGGACCAGTGACACCAGGTCCTTGGGCGGA
EST: gi|78180011|gb|DV550384.1|DV550384
EST:     AGGAAAGTTGCAAAGGTGGAATAGATGTGCTGTGGCCCTCCTGATAAATG                         GTGGTGGCGGTATACAAATTGTGGACCAGTGACACCAGGTCCTTGGGCGGA
genomic: AGGAAAGTTGCAAAGGTGGAATAGATGTGCTGTGGCCCTCCTGATAAATGgtaaacatgt ... catgaaacagGTGGTGGCGGTATACAAATTGTGGACCAGTGACACCAGGTCCTTGGGCGGA
EST: gi|12046009|gb|BF728044.1|BF728044
EST:     AGGAAAGTTGCAAAGGTGGAATAGATGTGCTGTGGCCCTCCTGATAAATG                         GTGGTGGCGGTATACAAATTGTGGACCAGTGACACCAGGTCCTTGGGCGGA
genomic: AGGAAAGTTGCAAAGGTGGAATAGATGTGCTGTGGCCCTCCTGATAAATGgtaaacatgt ... catgaaacagGTGGTGGCGGTATACAAATTGTGGACCAGTGACACCAGGTCCTTGGGCGGA
EST: gi|211326704|gb|FL445906.1|FL445906
EST:     AGGAAAGTTGCAAAGGTGGAATAGATGTGCTG-G-CCCTCCTGATAAATG                         TTGGTGGCGGTATACAAATTGTGGACCAGTGATACCAGGTCCTTGGGCGGA
genomic: AGGAAAGTTGCAAAGGTGGAATAGATGTGCTGTGGCCCTCCTGATAAATGgtaaacatgt ... catgaaacagGTGGTGGCGGTATACAAATTGTGGACCAGTGACACCAGGTCCTTGGGCGGA
EST: gi|60341943|gb|DN208916.1|DN208916
EST:     AGGAAAGTTGCAAAGGTGGAATAGATGTGCTGTGGCCCTCCTGATAAATG                         GTGGTGGCGGTATACAAATTGTGGACCAGTGACACCAGGTCCTTGGGCGGA
genomic: AGGAAAGTTGCAAAGGTGGAATAGATGTGCTGTGGCCCTCCTGATAAATGgtaaacatgt ... catgaaacagGTGGTGGCGGTATACAAATTGTGGACCAGTGACACCAGGTCCTTGGGCGGA
EST: gi|213183241|gb|FM192423.1|FM192423
EST:     AGGAAAGTTGCAAAGGTGGAATAGATGTGCTGTGGCCCTCCTGATAAATG                         GTGGTGGCGGTATACAAATTGTGGACCAGTGACACCAGGTCCTTGGGCGGA
genomic: AGGAAAGTTGCAAAGGTGGAATAGATGTGCTGTGGCCCTCCTGATAAATGgtaaacatgt ... catgaaacagGTGGTGGCGGTATACAAATTGTGGACCAGTGACACCAGGTCCTTGGGCGGA
EST: gi|148965500|gb|EE016317.2|EE016317
EST:     AGGAAAGTTGCAAAGGTGGAATAGATGTGCTGTGGCCCTCCTGATAAATG                         GTGGTGGCGGTATACAAATTGTGGACCAGTGACACCAGGTCCTTGGGCGGA
genomic: AGGAAAGTTGCAAAGGTGGAATAGATGTGCTGTGGCCCTCCTGATAAATGgtaaacatgt ... catgaaacagGTGGTGGCGGTATACAAATTGTGGACCAGTGACACCAGGTCCTTGGGCGGA
EST: gi|18180077|gb|BM381287.1|BM381287
EST:     AGGAAAGTTGCAAAGGTGGAATAGATGTGCTGTGGCCCTCCTGATAAATG                         GTGGTGGCGGTATACAAATTGTGGACCAGTGACACCAGGTCCTTGGGCGGA
genomic: AGGAAAGTTGCAAAGGTGGAATAGATGTGCTGTGGCCCTCCTGATAAATGgtaaacatgt ... catgaaacagGTGGTGGCGGTATACAAATTGTGGACCAGTGACACCAGGTCCTTGGGCGGA
EST: gi|71439027|gb|DR820077.1|DR820077
EST:     AGGAAAGTTGCAAAGGTGGAATAGATGTGCTGTGGCCCTCCTGATAAATG                         GTGGTGGCGGTATACAAATTGTGGACCAGTGACACCAGGTCCTTGGGCGGA
genomic: AGGAAAGTTGCAAAGGTGGAATAGATGTGCTGTGGCCCTCCTGATAAATGgtaaacatgt ... catgaaacagGTGGTGGCGGTATACAAATTGTGGACCAGTGACACCAGGTCCTTGGGCGGA
EST: gi|71759867|gb|DR957804.1|DR957804
EST:     AGGAAAGTTGCAAAGGTGGAATAGATGTGCTGTGGCCCTCCTGATAAATG                         GTGGTGGCGGTATACAAATTGTGGACCAGTGACACCAGGTCCTTGGGCGGA
genomic: AGGAAAGTTGCAAAGGTGGAATAGATGTGCTGTGGCCCTCCTGATAAATGgtaaacatgt ... catgaaacagGTGGTGGCGGTATACAAATTGTGGACCAGTGACACCAGGTCCTTGGGCGGA
EST: gi|148935199|gb|EC879234.2|EC879234
EST:     AGGAAAGTTGCAAAGGTGGAATAGATGTGCTGTGGCCCTCCTGATAAATG                         GTGGTGGCGGTATACAAATTGTGGACCAGTGACACCAGGTCCTTGGGCGGA
genomic: AGGAAAGTTGCAAAGGTGGAATAGATGTGCTGTGGCCCTCCTGATAAATGgtaaacatgt ... catgaaacagGTGGTGGCGGTATACAAATTGTGGACCAGTGACACCAGGTCCTTGGGCGGA


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

gttctcattcactcatgactcatgtatcacaaatttctttgttctcatgaaacagGTGGTGGCGGTATACAAATTGTGGACCAGTGACACCAGGTCCTTGGGCGGACTACCCAATTCTGCGACGCCCAACTTCATTACAGCTGCATTGAGCATGG
                                 tttctttgttctcat  CT-rich tract
                              aaatttcttt  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
cctttgttgtcattaaccattgaatgctcgcttgccttgccatttgttctcattcactcatgactcatgtatcacaaatttctttgttctcatgaaacagGTGGTGGCGGTATACAAATTGTGGACCAGTGACACCAGGTCCTTGGGCGGACTACCCAATTCTGCGACGCCCAACTTCATTACAGCTGCATTGAGCATGG

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CAGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AGCTGC