Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GCAGCAAGATGTTCGTGCAACTGAAATTGACAAGGTGGATATGTACCAATCATATCGTCCTGGGGACATTGTTAAAGCTATGGTTgtatccttaattgacgaaaatgatgcagtacaaataatctctgttttcttctcttgttatcaaccttggttaggtttacttgcccttaggttatccacat...

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM5G841900_T03
intron # 4
splice site 5'
intron type U12 (go to U12 genes for details)

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM5G841900_T03 (Zea mays), 5'ss of exon 4
lower sequence: LOC_Os02g57070.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 4
GCAGCAAGATGTTCGTGCAACTGAAATTGACAAGGTGGATATGTACCAATCATATCGTCCTGGGGACATTGTTAAAGCTATGGTTgtatccttaattgacgaaaatgatgca---gtacaaataatctctgttttcttctcttgt-tatcaaccttggttaggtttacttgccct-----taggttatccacat-----------------------------------------------------------------------------------
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||  || ||||| || ||||| || ||||| | |||  |||||||||||||||  |   || ||| |||     |   | ||||||  ||| |   ||  |||  ||     |   ||| |     ||    |     ||  || ||  |||                                                                                   
GCAGCAAGATGTTCGTGCAACTGAAATCGACAAGGTGGATATGTTTCAGTCATACCGACCTGGTGATATTGTCAGAGCCCTGGTTgtatccttaaggggaaaatatggtgcccctatttgattaatcttggttatgaactgatgtacatttgtatgttttaagccactttattttataagtattttgtctgcatgtgattatttacatatcaacttctagtcttgacaagctacttgataattttgattggcttggcatccttaaatcatcttaaag

upper sequence: GRMZM5G841900_T03 (Zea mays), 5'ss of exon 4
lower sequence: AT5G38890.1 (Arabidopsis thaliana), 5'ss of exon 4
GCAGCAAGATGTTCGTGCAACTGAAATTGACAAGGTGGATATGTACCAATCATATCGTCCTGGGGACATTGTTAAAGCTATGGTTgtatccttaattgacgaaaatgatgcagtacaaataatctctgttttcttctcttgttatcaaccttggttag--gtttacttgcccttaggttatccacat-------
||| ||||||||| | ||||| || |||||||| || || ||| | || || |  | | |||| |||||||||| ||||||||||||||||||            | |||    |||  || | |||  |   | |  | |||| ||   ||  ||||  |          || || ||    ||||       
GCAACAAGATGTTAGAGCAACAGAGATTGACAAAGTTGACATGCATCAGTCTTTCCATGCTGGTGACATTGTTAGAGCTATGGTTgtatccttgc--------gcttatgtttcacacttattgtctagtag-tacagtggttaacattgtttattagaggagagacaattctaagatttgttacattatgcca
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|211118858|gb|FL110173.1|FL110173
EST:     TGGATATGTACCAATCATATCGTCCTGGGGACATTGTTAAAGCTATGGTT                         CTTTCTCTTGGTGATGCAAGGGCATATTACCTTTCCACTGCG
genomic: TGGATATGTACCAATCATATCGTCCTGGGGACATTGTTAAAGCTATGGTTgtatccttaa ... aatgttaaagCTTTCTCTTGGTGATGCAAGGGCATATTACCTTTCCACTGCG
EST: gi|148935198|gb|EC879233.2|EC879233
EST:     TGGATATGTACCAATCATATCGTCCTGGGGACATTGTTAAAGCTATGGTT                         CTTTCTCTTGGTGATGCAAGGGCATATTACCTTTCCACTGCGAAAAATGAA
genomic: TGGATATGTACCAATCATATCGTCCTGGGGACATTGTTAAAGCTATGGTTgtatccttaa ... aatgttaaagCTTTCTCTTGGTGATGCAAGGGCATATTACCTTTCCACTGCGAAAAATGAA
EST: gi|60336704|gb|DN203677.1|DN203677
EST:     TGGATATGTACCAATCATATCGTCCTGGGGACATTGTTAAAGCTATGGTT                         CTTTCTCTTGGTGATGCAAGGGCATATTACCTTTCCACTGCGAAAAATGAA
genomic: TGGATATGTACCAATCATATCGTCCTGGGGACATTGTTAAAGCTATGGTTgtatccttaa ... aatgttaaagCTTTCTCTTGGTGATGCAAGGGCATATTACCTTTCCACTGCGAAAAATGAA
EST: gi|211102907|gb|FK962288.1|FK962288
EST:     TGGATATGTACCAATCATATCGTCCTGGGGACATTGTTAAAGCTATGGTT                         CTTTCTCTTGGTGATGCAAGGGCATATTACCTTTCCACTGCGAAAAATGAA
genomic: TGGATATGTACCAATCATATCGTCCTGGGGACATTGTTAAAGCTATGGTTgtatccttaa ... aatgttaaagCTTTCTCTTGGTGATGCAAGGGCATATTACCTTTCCACTGCGAAAAATGAA
EST: gi|148991615|gb|EE033149.2|EE033149
EST:     TGGATATGTACCAATCATATCGTCCTGGGGACATTGTTAAAGCTATGGTT                         CTTTCTCTTGGTGATGCAAGGGCATATTACCTTTCCACTGCGAAAAATGAA
genomic: TGGATATGTACCAATCATATCGTCCTGGGGACATTGTTAAAGCTATGGTTgtatccttaa ... aatgttaaagCTTTCTCTTGGTGATGCAAGGGCATATTACCTTTCCACTGCGAAAAATGAA
EST: gi|211102910|gb|FK962291.1|FK962291
EST:     TGGATATGTACCAATCATATCGTCCTGGGGACATTGTTAAAGCTATGGTT                         CTTTCTCTTGGTGATGCAAGGGCATATTACCTTTCCACTGCG
genomic: TGGATATGTACCAATCATATCGTCCTGGGGACATTGTTAAAGCTATGGTTgtatccttaa ... aatgttaaagCTTTCTCTTGGTGATGCAAGGGCATATTACCTTTCCACTGCG
EST: gi|78180011|gb|DV550384.1|DV550384
EST:     TGGATATGTACCAATCATATCGTCCTGGGGACATTGTTAAAGCTATGGTT                         CTTTCTCTTGGTGATGCAAGGGCATATTACCTTTCCACTACGAAAAATGAA
genomic: TGGATATGTACCAATCATATCGTCCTGGGGACATTGTTAAAGCTATGGTTgtatccttaa ... aatgttaaagCTTTCTCTTGGTGATGCAAGGGCATATTACCTTTCCACTGCGAAAAATGAA
EST: gi|12046009|gb|BF728044.1|BF728044
EST:     TGGATATGTACCAATCATATCGTCCTGGGGACATTGTTAAAGCTATGGTT                         CTTTCTCTTGGTGATGCAAGGGCATATTACCTTTCCACTACGAAAAATGAA
genomic: TGGATATGTACCAATCATATCGTCCTGGGGACATTGTTAAAGCTATGGTTgtatccttaa ... aatgttaaagCTTTCTCTTGGTGATGCAAGGGCATATTACCTTTCCACTGCGAAAAATGAA
EST: gi|211326704|gb|FL445906.1|FL445906
EST:     TGGATATGTACCAATCATATCGTCCTGGGGACATTGTTAAAGCTATGGTT                         CTTTCTCTTGGTGATGCAAGGGCATATTACCTTTCCACTGCGAAAAATGAA
genomic: TGGATATGTACCAATCATATCGTCCTGGGGACATTGTTAAAGCTATGGTTgtatccttaa ... aatgttaaagCTTTCTCTTGGTGATGCAAGGGCATATTACCTTTCCACTGCGAAAAATGAA
EST: gi|60341943|gb|DN208916.1|DN208916
EST:     TGGATATGTACCAATCATATCGTCCTGGGGACATTGTTAAAGCTATGGTT                         CTTTCTCTTGGTGATGCAAGGGCATATTACCTTTCCACTGCGAAAAATGAA
genomic: TGGATATGTACCAATCATATCGTCCTGGGGACATTGTTAAAGCTATGGTTgtatccttaa ... aatgttaaagCTTTCTCTTGGTGATGCAAGGGCATATTACCTTTCCACTGCGAAAAATGAA
EST: gi|28873659|gb|CB329617.1|CB329617
EST:     TGGATATGTACCAATCATATCGTCCTGGGGACATTGTTAAAGCTATGGTT                         CTTTCTCTTGGTGATGCAAGGGCATATTACCTTTCCACTGCGAAAAATGAA
genomic: TGGATATGTACCAATCATATCGTCCTGGGGACATTGTTAAAGCTATGGTTgtatccttaa ... aatgttaaagCTTTCTCTTGGTGATGCAAGGGCATATTACCTTTCCACTGCGAAAAATGAA
EST: gi|148965500|gb|EE016317.2|EE016317
EST:     TGGATATGTACCAATCATATCGTCCTGGGGACATTGTTAAAGCTATGGTT                         CTTTCTCTTGGTGATGCAAGGGCATATTACCTTTCCACTGCGAAAAATGAA
genomic: TGGATATGTACCAATCATATCGTCCTGGGGACATTGTTAAAGCTATGGTTgtatccttaa ... aatgttaaagCTTTCTCTTGGTGATGCAAGGGCATATTACCTTTCCACTGCGAAAAATGAA
EST: gi|18180077|gb|BM381287.1|BM381287
EST:     TGGATATGTACCAATCATATCGTCCTGGGGACATTGTTAAAGCTATGGTT                         CTTTCTCTTGGTGATGCAAGGGCATATTACCTTTCCACTGCGAAAAATGAA
genomic: TGGATATGTACCAATCATATCGTCCTGGGGACATTGTTAAAGCTATGGTTgtatccttaa ... aatgttaaagCTTTCTCTTGGTGATGCAAGGGCATATTACCTTTCCACTGCGAAAAATGAA
EST: gi|211102908|gb|FK962289.1|FK962289
EST:     TGGATATGTACCAATCATATCGTCCTGGGGACATTGTTAAAGCTATGGTT                         CTTTCTCTTGGTGATGCAAGG
genomic: TGGATATGTACCAATCATATCGTCCTGGGGACATTGTTAAAGCTATGGTTgtatccttaa ... aatgttaaagCTTTCTCTTGGTGATGCAAGG
EST: gi|211102903|gb|FK962284.1|FK962284
EST:     TGGATATGTACCAATCATATCGTCCTGGGGACATTGTTAAAGCTATGGTT                         CTTTCTCTTGGTGATGCAAGGGCATATT
genomic: TGGATATGTACCAATCATATCGTCCTGGGGACATTGTTAAAGCTATGGTTgtatccttaa ... aatgttaaagCTTTCTCTTGGTGATGCAAGGGCATATT
EST: gi|71439027|gb|DR820077.1|DR820077
EST:     TGGATATGTACCAATCATATCGTCCTGGGGACATTGTTAAAGCTATGGTT                         CTTTCTCTTGGTGATGCAAGGGCATATTACCTTTCCACTGCGAAAAATGAA
genomic: TGGATATGTACCAATCATATCGTCCTGGGGACATTGTTAAAGCTATGGTTgtatccttaa ... aatgttaaagCTTTCTCTTGGTGATGCAAGGGCATATTACCTTTCCACTGCGAAAAATGAA
EST: gi|211102902|gb|FK962283.1|FK962283
EST:     GGATATGTACCAATCATATCGTCCTGGGGACATTGTTTAAAGCTATGGTT                         CTTTCTCTTGGTGATGCAA
genomic: GGATATGTACCAATCATATCGTCCTGGGGACATTGTT-AAAGCTATGGTTgtatccttaa ... aatgttaaagCTTTCTCTTGGTGATGCAA
EST: gi|71759867|gb|DR957804.1|DR957804
EST:     TGGATATGTACCAATCATATCGTCCTGGGGACATTGTTAAAGCTATGGTT                         CTTTCTCTTGGTGATGCAAGGGCATATTACCTTTCCACTGCGAAAAATGAA
genomic: TGGATATGTACCAATCATATCGTCCTGGGGACATTGTTAAAGCTATGGTTgtatccttaa ... aatgttaaagCTTTCTCTTGGTGATGCAAGGGCATATTACCTTTCCACTGCGAAAAATGAA
EST: gi|148935199|gb|EC879234.2|EC879234
EST:     TGGATATGTACCAATCATATCGTCCTGGGGACATTGTTAAAGCTATGGTT                         CTTTCTCTTGGTGATGCAAGGGCATATTACCTTTCCACTGCGAAAAATGAA
genomic: TGGATATGTACCAATCATATCGTCCTGGGGACATTGTTAAAGCTATGGTTgtatccttaa ... aatgttaaagCTTTCTCTTGGTGATGCAAGGGCATATTACCTTTCCACTGCGAAAAATGAA

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
GCAGCAAGATGTTCGTGCAACTGAAATTGACAAGGTGGATATGTACCAATCATATCGTCCTGGGGACATTGTTAAAGCTATGGTTgtatccttaattgacgaaaatgatgcagtacaaataatctctgttttcttctcttgttatcaaccttggttaggtttacttgcccttaggttatccacat

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - gacgaaaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -acaaataa