Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtaattaaactctcgcagctgcatgctgtatgcagtcagaaaagctgccgcatgaacgaaacacgcataattagccaaagaaaaatccttgtagtgaattatattccctcacattttagttttatcgcagGGGATTTGGTCCGGCATGCTTTGTGGTATCACCCTTCAGACGCTCATCTTGCTAGGTGTGGTTTGGAGGACAGATTGGAAAGCAGAG

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM5G801875_T01
intron # 3
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|93283393|gb|EB675657.1|EB675657
EST:     GCCTGCCCCTGGGCTACTTGCTCGGATACAAGTTCAGCTTTGGAGTTGGG                         GGGATTTGGTCCGGCATGCTTTGTGGTATCACCCTTCAGACGCTCATCTTG
genomic: GCCTGCCCCTGGGCTACTTGCTCGGATACAAGTTCAGCTTTGGAGTTGGGgtaattaaac ... tttatcgcagGGGATTTGGTCCGGCATGCTTTGTGGTATCACCCTTCAGACGCTCATCTTG
EST: gi|88754717|gb|DY538858.1|DY538858
EST:     GCCTGCCCCTGGGCTACTTGCTCGGATACAAGTTCAGCTTTGGAGTTGGG                         GGGATTTGGTCCGGCATGCTTTGTGGTATCACCCTTCAGACGCTCATCTTG
genomic: GCCTGCCCCTGGGCTACTTGCTCGGATACAAGTTCAGCTTTGGAGTTGGGgtaattaaac ... tttatcgcagGGGATTTGGTCCGGCATGCTTTGTGGTATCACCCTTCAGACGCTCATCTTG
EST: gi|101400896|gb|EB822137.1|EB822137
EST:     GCCTGCCCCTGGGCTACTTGCTCGGATACAAGTTCAGCTTTGGAGTTGGG                         GGGATTTGGTCCGGCATGCTTTGTGGTATCACCCTTCAGACGCTCATCTTG
genomic: GCCTGCCCCTGGGCTACTTGCTCGGATACAAGTTCAGCTTTGGAGTTGGGgtaattaaac ... tttatcgcagGGGATTTGGTCCGGCATGCTTTGTGGTATCACCCTTCAGACGCTCATCTTG
EST: gi|149071073|gb|EE159475.2|EE159475
EST:     GCCTGCCCCTGGGCTACTTGTTCGGATACAAGTTCAGCTTTGGAGTTGGG                         GGGATTTGGTCCGGCATGCTTTGTGGTATCACCCTTCAGACGCTCATCTTG
genomic: GCCTGCCCCTGGGCTACTTGCTCGGATACAAGTTCAGCTTTGGAGTTGGGgtaattaaac ... tttatcgcagGGGATTTGGTCCGGCATGCTTTGTGGTATCACCCTTCAGACGCTCATCTTG
EST: gi|78113347|gb|DV531739.1|DV531739
EST:     GCCTGCCCCTGGGCTACTTGCTCGGATACAAGTTCAGCTTTGGAGTTGGG                         GGGATTTGGTCCGGCATGCTTTGTGGTATCACCCTTCAGACGCTCATCTTG
genomic: GCCTGCCCCTGGGCTACTTGCTCGGATACAAGTTCAGCTTTGGAGTTGGGgtaattaaac ... tttatcgcagGGGATTTGGTCCGGCATGCTTTGTGGTATCACCCTTCAGACGCTCATCTTG
EST: gi|78112237|gb|DV530631.1|DV530631
EST:     GCCTGCCCCTGGGCTACTTGCTCGGATACAAGTTCAGCTTTGGAGTTGGG                         GGGATTTGGTCCGGCATGCTTTGTGGTATCACCCTTCAGACGCTCATCTTG
genomic: GCCTGCCCCTGGGCTACTTGCTCGGATACAAGTTCAGCTTTGGAGTTGGGgtaattaaac ... tttatcgcagGGGATTTGGTCCGGCATGCTTTGTGGTATCACCCTTCAGACGCTCATCTTG
EST: gi|149071668|gb|EE160059.2|EE160059
EST:     GCCTGCCCCTGGGCTACTTGTTCGGATACAAGTTCAGCTTTGGAGTTGGG                         GGGATTTGGTCCGGCATGCTTTGTGGTATCACCCTTCAGACGCTCATCTTG
genomic: GCCTGCCCCTGGGCTACTTGCTCGGATACAAGTTCAGCTTTGGAGTTGGGgtaattaaac ... tttatcgcagGGGATTTGGTCCGGCATGCTTTGTGGTATCACCCTTCAGACGCTCATCTTG
EST: gi|93281974|gb|EB674238.1|EB674238
EST:     GCCTGCCCCTGGGCTACTTGCTCGGATACAAGTTCAGCTTTGGAGTTGGG                         GGGATTTGGTCCGGCATGCTTTGTGGTATCACCCTTCAGACGCTCATCTTG
genomic: GCCTGCCCCTGGGCTACTTGCTCGGATACAAGTTCAGCTTTGGAGTTGGGgtaattaaac ... tttatcgcagGGGATTTGGTCCGGCATGCTTTGTGGTATCACCCTTCAGACGCTCATCTTG
EST: gi|50325176|gb|CO520302.1|CO520302
EST:     GCCTGCCCCTGGGCTACTTGCTCGGATACAAGTTCAGCTTTGGAGTTGGG                         GGGATTTGGTCCGGCATGCTTTGTGGTATCACCCTTCAGACGCTCATCTTG
genomic: GCCTGCCCCTGGGCTACTTGCTCGGATACAAGTTCAGCTTTGGAGTTGGGgtaattaaac ... tttatcgcagGGGATTTGGTCCGGCATGCTTTGTGGTATCACCCTTCAGACGCTCATCTTG
EST: gi|148981022|gb|EE027385.2|EE027385
EST:     GCCTGCCCCTGGGCTACTTGTTCGGATACAAGTTCAGCTTTGGAGTTGGG                         GGGATTTGGTCCGGCATGCTTTGTGGTATCACCCTTCAGACGCTCATCTTG
genomic: GCCTGCCCCTGGGCTACTTGCTCGGATACAAGTTCAGCTTTGGAGTTGGGgtaattaaac ... tttatcgcagGGGATTTGGTCCGGCATGCTTTGTGGTATCACCCTTCAGACGCTCATCTTG
EST: gi|149107618|gb|EE189500.2|EE189500
EST:     GCCTGCCCCTGGGCTACTTGCTCGGATACAAGTTCAGCTTTGGAGTTGGG                         GGGATTTGGTCCGGCATGCTTTGTGGTATCACCCTTCAGACGCTCATCTTG
genomic: GCCTGCCCCTGGGCTACTTGCTCGGATACAAGTTCAGCTTTGGAGTTGGGgtaattaaac ... tttatcgcagGGGATTTGGTCCGGCATGCTTTGTGGTATCACCCTTCAGACGCTCATCTTG
EST: gi|74232274|gb|DT640188.1|DT640188
EST:     GCCTGCCCCTGGGCTACTTGCTCGGATACAAGTTCAGCTTTGGAGTTGGG                         GGGATTTGGTCCGGCATGCTTTGTGGTATCACCCTTCAGACGCTCATCTTG
genomic: GCCTGCCCCTGGGCTACTTGCTCGGATACAAGTTCAGCTTTGGAGTTGGGgtaattaaac ... tttatcgcagGGGATTTGGTCCGGCATGCTTTGTGGTATCACCCTTCAGACGCTCATCTTG
EST: gi|93014014|gb|EB639534.1|EB639534
EST:     GCCTGCCCCTGGGCTACTTGCTCGGATACAAGTTCAGCTTTGGAGTTGGG                         GGGATTTGGTCCGGGCATGCTTTGTGGTATCACCCTTCAGACGCTCATCTT
genomic: GCCTGCCCCTGGGCTACTTGCTCGGATACAAGTTCAGCTTTGGAGTTGGGgtaattaaac ... tttatcgcagGGGATTTGGTCC-GGCATGCTTTGTGGTATCACCCTTCAGACGCTCATCTT
EST: gi|74240798|gb|DT648712.1|DT648712
EST:     GCCTGCCCCTGGGCTACTTGTTCGGATACAAGTTCAGCTTTGGAGTTGGG                         GGGATTTGGTCCGGCATGCTTTGTGGTATCACCCTTCAGACGCTCATCTTG
genomic: GCCTGCCCCTGGGCTACTTGCTCGGATACAAGTTCAGCTTTGGAGTTGGGgtaattaaac ... tttatcgcagGGGATTTGGTCCGGCATGCTTTGTGGTATCACCCTTCAGACGCTCATCTTG
EST: gi|71766953|gb|DR964890.1|DR964890
EST:     GCCTGCCCCTGGGCTACTTGCTCGGATACAAGTTCAGCTTTGGAGTTGGG                         GGGATTTGGTCCGGCATGCTTTGTGGTATCACCCTTCAGACGCTCATCTTG
genomic: GCCTGCCCCTGGGCTACTTGCTCGGATACAAGTTCAGCTTTGGAGTTGGGgtaattaaac ... tttatcgcagGGGATTTGGTCCGGCATGCTTTGTGGTATCACCCTTCAGACGCTCATCTTG
EST: gi|86472261|gb|DY238631.1|DY238631
EST:     GCCTGCCCCTGGGCTACTTGCTCGGATACAAGTTCAGCTTTGGAGTTGGG                         GGGATTTGGTCCGGCATGCTTTGTGGTATCACCCTTCAGACGCTCATCTTG
genomic: GCCTGCCCCTGGGCTACTTGCTCGGATACAAGTTCAGCTTTGGAGTTGGGgtaattaaac ... tttatcgcagGGGATTTGGTCCGGCATGCTTTGTGGTATCACCCTTCAGACGCTCATCTTG
EST: gi|78084110|gb|DV512503.1|DV512503
EST:     GCCTGCCCCTGGGCTACTTGCTCGGATACAAGTTCAGCTTTGGAGTTGGG                         GGGAGTTGGTCCGGCATGCTTTGTGGTATCACCCTTCAGACGCTCATCTTG
genomic: GCCTGCCCCTGGGCTACTTGCTCGGATACAAGTTCAGCTTTGGAGTTGGGgtaattaaac ... tttatcgcagGGGATTTGGTCCGGCATGCTTTGTGGTATCACCCTTCAGACGCTCATCTTG
EST: gi|78109341|gb|DV527757.1|DV527757
EST:     GCCTGCCCCTGGGCTACTTGCTCGGATACAAGTTCAGCTTTGGAGTTGGG                         GGGATTTGGTCCGGCATGCTTTGTGGTATCACCCTTCAGACGCTCATCTTG
genomic: GCCTGCCCCTGGGCTACTTGCTCGGATACAAGTTCAGCTTTGGAGTTGGGgtaattaaac ... tttatcgcagGGGATTTGGTCCGGCATGCTTTGTGGTATCACCCTTCAGACGCTCATCTTG
EST: gi|8577251|gb|BE129888.1|BE129888
EST:     GCCTGCCCCTGGGCTACTTGCTCGGATACAAGTTCAGCTTTGGAGTTGGG                         GGAATTTGGTCCGGCATGCTTTGTGGTATCACCCTTCAGACGCTCATCTTG
genomic: GCCTGCCCCTGGGCTACTTGCTCGGATACAAGTTCAGCTTTGGAGTTGGGgtaattaaac ... tttatcgcagGGGATTTGGTCCGGCATGCTTTGTGGTATCACCCTTCAGACGCTCATCTTG
EST: gi|101385095|gb|EB814593.1|EB814593
EST:     GCCTGCCCCTGGGCTACTTGCTCGGATACAAGTTCAGCTTTGGAGTTGGG                         GGGATTTGGTCCGGCATGCTTTGTGGTATCACCCTTCAGACGCTCATCTTG
genomic: GCCTGCCCCTGGGCTACTTGCTCGGATACAAGTTCAGCTTTGGAGTTGGGgtaattaaac ... tttatcgcagGGGATTTGGTCCGGCATGCTTTGTGGTATCACCCTTCAGACGCTCATCTTG
EST: gi|76012741|gb|DT939911.1|DT939911
EST:     GCCTGCCCCTGGGCTACTTGCTCGGATACAAGTTCAGCTTTGGAGTTGGG                         GGGATTTGGTCCGGCATGCTTTGTGGTATCACCCTTCAGACGCTCATCTTG
genomic: GCCTGCCCCTGGGCTACTTGCTCGGATACAAGTTCAGCTTTGGAGTTGGGgtaattaaac ... tttatcgcagGGGATTTGGTCCGGCATGCTTTGTGGTATCACCCTTCAGACGCTCATCTTG
EST: gi|110219323|gb|EC901221.1|EC901221
EST:     GCCTGCCCCTGGGCTACTTGCTCGGATACAAGTTCAGCTTTGGAGTTGGG                         GGGATTTGGTCCGGCATGCTTTGTGGTATCACCCTTCAGACGCTCATCTTG
genomic: GCCTGCCCCTGGGCTACTTGCTCGGATACAAGTTCAGCTTTGGAGTTGGGgtaattaaac ... tttatcgcagGGGATTTGGTCCGGCATGCTTTGTGGTATCACCCTTCAGACGCTCATCTTG
EST: gi|31405798|gb|CD484530.1|CD484530
EST:     ACCTGCCCCTGGGCTACTTGCTCGGATACAAGTTCAGCTTTGGAGTTGGG                         GGGATTTGGTCCGGCATGCTTTGTGGTATCACCCTTCAGACGCTCATCTTG
genomic: GCCTGCCCCTGGGCTACTTGCTCGGATACAAGTTCAGCTTTGGAGTTGGGgtaattaaac ... tttatcgcagGGGATTTGGTCCGGCATGCTTTGTGGTATCACCCTTCAGACGCTCATCTTG
EST: gi|101393242|gb|EB818552.1|EB818552
EST:     GCCTGCCCCTGGGCTACTTGCTCGGATACAAGTTCAGCTTTGGAGTTGGG                         GGGATTTGGTCCGGCATGCTTTGTGGTATCACCCTTCAGACGCTCATCTTG
genomic: GCCTGCCCCTGGGCTACTTGCTCGGATACAAGTTCAGCTTTGGAGTTGGGgtaattaaac ... tttatcgcagGGGATTTGGTCCGGCATGCTTTGTGGTATCACCCTTCAGACGCTCATCTTG
EST: gi|211531308|gb|FL320549.1|FL320549
EST:     GCCTGCCCCTGGGCTACTTGCTCGGATACAAGTTCAGCTTTGGAGTTGGG                         GGAATTTGGTCCGGCATGCTTTGTGGTATCACCCTTCAGACGCTCATCTTG
genomic: GCCTGCCCCTGGGCTACTTGCTCGGATACAAGTTCAGCTTTGGAGTTGGGgtaattaaac ... tttatcgcagGGGATTTGGTCCGGCATGCTTTGTGGTATCACCCTTCAGACGCTCATCTTG
EST: gi|78180304|gb|DV550677.1|DV550677
EST:     GCCTGCCCCTGGGCTACTTGCTCGGATACAAGTTCAGCTTTGGAGTTGGG                         GGAATTTGGTCCGGCATGCTTTGTGGTATCACCCTTCAGACGCTCATCTTG
genomic: GCCTGCCCCTGGGCTACTTGCTCGGATACAAGTTCAGCTTTGGAGTTGGGgtaattaaac ... tttatcgcagGGGATTTGGTCCGGCATGCTTTGTGGTATCACCCTTCAGACGCTCATCTTG
EST: gi|149021961|gb|EE154491.2|EE154491
EST:     GCCTGCCCCTGGGCTACTTGTTCGGATACAAGTTCAGCTTTGGAGTTGGG                         GGGATTTGGTCCGGCATGCTTTGTGGTATCACCCTTCAGACGCTCATCTTG
genomic: GCCTGCCCCTGGGCTACTTGCTCGGATACAAGTTCAGCTTTGGAGTTGGGgtaattaaac ... tttatcgcagGGGATTTGGTCCGGCATGCTTTGTGGTATCACCCTTCAGACGCTCATCTTG
EST: gi|110195775|gb|EC877672.1|EC877672
EST:     GCCTGCCCCTGGGCTACTTGCTCGGATACAAGTTCAGCTTTGGAGTTGGG                         GGGATTTGGTCCGGCATGCTTTGTGGTATCACCCTTCAGACGCTCATCTTG
genomic: GCCTGCCCCTGGGCTACTTGCTCGGATACAAGTTCAGCTTTGGAGTTGGGgtaattaaac ... tttatcgcagGGGATTTGGTCCGGCATGCTTTGTGGTATCACCCTTCAGACGCTCATCTTG
EST: gi|12047293|gb|BF729432.1|BF729432
EST:     GCCTGCCCCTGGGCTACTTGCTCGGATACAAGTTCAGCTTTGGAGTTGGG                         GGAATTTGGTCCGGCATGCTTTGTGGTATCACCCTTCAGACGCTCATCTTG
genomic: GCCTGCCCCTGGGCTACTTGCTCGGATACAAGTTCAGCTTTGGAGTTGGGgtaattaaac ... tttatcgcagGGGATTTGGTCCGGCATGCTTTGTGGTATCACCCTTCAGACGCTCATCTTG
EST: gi|78075389|gb|DV503823.1|DV503823
EST:     GCCTGCCCCTGGGCTACTTGCTCGGATACAAGTTCAGCTTTGGAGTTGGG                         GGGATTTGGTCCGGCATGCTTTGTGGTATCACCCTTCAGACGCTCATCTTG
genomic: GCCTGCCCCTGGGCTACTTGCTCGGATACAAGTTCAGCTTTGGAGTTGGGgtaattaaac ... tttatcgcagGGGATTTGGTCCGGCATGCTTTGTGGTATCACCCTTCAGACGCTCATCTTG
EST: gi|76292460|gb|DV032028.1|DV032028
EST:     GCCTGCCCCTGGGCTACTTGCTCGGATACAAGTTCAGCTTTGGAGTTGGG                         GGGATTTGGTCCGGCATGCTTTGTGGTATCACCCTTCAGACGCTCATCTTG
genomic: GCCTGCCCCTGGGCTACTTGCTCGGATACAAGTTCAGCTTTGGAGTTGGGgtaattaaac ... tttatcgcagGGGATTTGGTCCGGCATGCTTTGTGGTATCACCCTTCAGACGCTCATCTTG
EST: gi|149084838|gb|EE174343.2|EE174343
EST:     GCCTGCCCCTGGGCTACTTGCTCGGATACAAGTTCAGCTTTGGAGTTGGG                         GGGATTTGGTCCGGCATGCTTTGTGGTATCACCCTTCAGACGCTCATCTTG
genomic: GCCTGCCCCTGGGCTACTTGCTCGGATACAAGTTCAGCTTTGGAGTTGGGgtaattaaac ... tttatcgcagGGGATTTGGTCCGGCATGCTTTGTGGTATCACCCTTCAGACGCTCATCTTG
EST: gi|148942624|gb|EC887643.2|EC887643
EST:     GCCTGCCCCTGGGCTACTTGCTCGGATACAAGTTCAGCTTTGGAGTTGGG                         GGGATTTGGTCCGGCATGCTTTGTGGTATCACCCTTCAGACGCTCATCTTG
genomic: GCCTGCCCCTGGGCTACTTGCTCGGATACAAGTTCAGCTTTGGAGTTGGGgtaattaaac ... tttatcgcagGGGATTTGGTCCGGCATGCTTTGTGGTATCACCCTTCAGACGCTCATCTTG
EST: gi|84969426|gb|DW467863.1|DW467863
EST:     GCCTGCCCCTGGGCTACTTGCTCGGATACAAGTTCAGCTTTGGAGTTGGG                         GGGATTTGGTCCGGCATGCTTTGTGGTATCACCCTTCAGACGCTCATCTTG
genomic: GCCTGCCCCTGGGCTACTTGCTCGGATACAAGTTCAGCTTTGGAGTTGGGgtaattaaac ... tttatcgcagGGGATTTGGTCCGGCATGCTTTGTGGTATCACCCTTCAGACGCTCATCTTG
EST: gi|149089699|gb|EE178961.2|EE178961
EST:     GCCTGCCCCTGGGCTACTTGCTCGGATACAAGTTCAGCTTTGGAGTTGGG                         GGGATTTGGTCCGGCATGCTTTGTGGTATCACCCTTCAGACGCTCATCTTG
genomic: GCCTGCCCCTGGGCTACTTGCTCGGATACAAGTTCAGCTTTGGAGTTGGGgtaattaaac ... tttatcgcagGGGATTTGGTCCGGCATGCTTTGTGGTATCACCCTTCAGACGCTCATCTTG
EST: gi|32863635|gb|CF003317.1|CF003317
EST:     GCCTGCCCCTGGGCTACTTGCTCGGATACAAGTTCAGCTTTGGAGTTGGG                         GGAATTTGGTCCGGCATGCTTTGTGGTATCACCCTTCAGACGCTCATCTTG
genomic: GCCTGCCCCTGGGCTACTTGCTCGGATACAAGTTCAGCTTTGGAGTTGGGgtaattaaac ... tttatcgcagGGGATTTGGTCCGGCATGCTTTGTGGTATCACCCTTCAGACGCTCATCTTG
EST: gi|88753828|gb|DY537969.1|DY537969
EST:     GCCTGCCCCTGGGCTACTTGCTCGGATACAAGTTCAGCTTTGGAGTTGGG                         GGGATTTGGTCCGGCATGCTTTGTGGTATCACCCTTCAGACGCTCATCTTG
genomic: GCCTGCCCCTGGGCTACTTGCTCGGATACAAGTTCAGCTTTGGAGTTGGGgtaattaaac ... tttatcgcagGGGATTTGGTCCGGCATGCTTTGTGGTATCACCCTTCAGACGCTCATCTTG
EST: gi|211531307|gb|FL320548.1|FL320548
EST:     GCCTGCCCCTGGGCTACTTGCTCGGATACAAGTTCAGCTTTGGAGTTGGG                         GGAATTTGGTCCGGCATGCTTTGTGGTATCACCCTTCAGACGCTCATCTTG
genomic: GCCTGCCCCTGGGCTACTTGCTCGGATACAAGTTCAGCTTTGGAGTTGGGgtaattaaac ... tttatcgcagGGGATTTGGTCCGGCATGCTTTGTGGTATCACCCTTCAGACGCTCATCTTG
EST: gi|101392885|gb|EB818373.1|EB818373
EST:     GCCTGCCCCTGGGCTACTTGCTCGGATACAAGTTCAGCTTTGGAGTTGGG                         GGGATTTGGTCCGGCATGCTTTGTGGTATCACCCTTCAGACGCTCATCTTG
genomic: GCCTGCCCCTGGGCTACTTGCTCGGATACAAGTTCAGCTTTGGAGTTGGGgtaattaaac ... tttatcgcagGGGATTTGGTCCGGCATGCTTTGTGGTATCACCCTTCAGACGCTCATCTTG
EST: gi|211248605|gb|FL451981.1|FL451981
EST:     GCCTGCCCCTGGGCTACTTGCTCGGATACAAGTTCAGCTTTGGAGTTGGG                         GGGATTTGGTCCGGCATGCTTTGTGGTATCACCCTTCAGACGCTCATCTTG
genomic: GCCTGCCCCTGGGCTACTTGCTCGGATACAAGTTCAGCTTTGGAGTTGGGgtaattaaac ... tttatcgcagGGGATTTGGTCCGGCATGCTTTGTGGTATCACCCTTCAGACGCTCATCTTG
EST: gi|71771581|gb|DR969518.1|DR969518
EST:     GCCTGCCCCTGGGCTACTTGCTCGGATACAAGTTCAGCTTTGGAGTTGGG                         GGGATTTGGTCCGGCATGCTTTGTGGTATCACCCTTCAGACGCTCATCTTG
genomic: GCCTGCCCCTGGGCTACTTGCTCGGATACAAGTTCAGCTTTGGAGTTGGGgtaattaaac ... tttatcgcagGGGATTTGGTCCGGCATGCTTTGTGGTATCACCCTTCAGACGCTCATCTTG
EST: gi|149108091|gb|EE292442.2|EE292442
EST:     GCCTGCCCCTGGGCTACTTGCTCGGATACAAGTTCAGCTTTGGAGTTGGG                         GGGATTTGGTCCGGCATGCTTTGTGGTATCACCCTTCAGACGCTCATCTTG
genomic: GCCTGCCCCTGGGCTACTTGCTCGGATACAAGTTCAGCTTTGGAGTTGGGgtaattaaac ... tttatcgcagGGGATTTGGTCCGGCATGCTTTGTGGTATCACCCTTCAGACGCTCATCTTG
EST: gi|50336552|gb|CO531678.1|CO531678
EST:     GCCTGCCCCTGGGCTACTTGCTCGGATACAAGTTCAGCTTTGGAGTTGGG                         GGGATTTGGTCCGGCATGCTTTGTGGTATCACCCTTCAGACGCTCATCTTG
genomic: GCCTGCCCCTGGGCTACTTGCTCGGATACAAGTTCAGCTTTGGAGTTGGGgtaattaaac ... tttatcgcagGGGATTTGGTCCGGCATGCTTTGTGGTATCACCCTTCAGACGCTCATCTTG
EST: gi|78079087|gb|DV507499.1|DV507499
EST:     TGGGTTACTTGTTCGGATACAAGTTCAGCTTTGGAGTTGGG                         GGGATTTGGTCCGGCATGCTTTGTGGTATCACCCTTCAGACGCTCATCTTG
genomic: TGGGCTACTTGCTCGGATACAAGTTCAGCTTTGGAGTTGGGgtaattaaac ... tttatcgcagGGGATTTGGTCCGGCATGCTTTGTGGTATCACCCTTCAGACGCTCATCTTG
EST: gi|110518216|gb|EE022803.1|EE022803
EST:     GCCTGCCCCTGGGCTACTTGCTCGGATACAAGTTCAGCTTTGGAGTTGGG                         GGGATTTGGTCCGGCATGCTTTGTGGTATCACCCTTCAGACGCTCATCTTG
genomic: GCCTGCCCCTGGGCTACTTGCTCGGATACAAGTTCAGCTTTGGAGTTGGGgtaattaaac ... tttatcgcagGGGATTTGGTCCGGCATGCTTTGTGGTATCACCCTTCAGACGCTCATCTTG
EST: gi|149084389|gb|EE173839.2|EE173839
EST:     GCCTGCCCCTGGGCTACTTGCTCGGATACAAGTTCAGCTTTGGAGTTGGG                         GGGATTTGGTCCGGCATGCTTTGTGGTATCACCCTTCAGACGCTCATCTTG
genomic: GCCTGCCCCTGGGCTACTTGCTCGGATACAAGTTCAGCTTTGGAGTTGGGgtaattaaac ... tttatcgcagGGGATTTGGTCCGGCATGCTTTGTGGTATCACCCTTCAGACGCTCATCTTG
EST: gi|148934493|gb|EC878534.2|EC878534
EST:     GCCTGCCCCTGGGCTACTTGCTCGGATACAAGTTCAGCTTTGGAGTTGGG                         GGGATTTGGTCCGGCATGCTTTGTGGTATCACCCTTCAGACGCTCATCTTG
genomic: GCCTGCCCCTGGGCTACTTGCTCGGATACAAGTTCAGCTTTGGAGTTGGGgtaattaaac ... tttatcgcagGGGATTTGGTCCGGCATGCTTTGTGGTATCACCCTTCAGACGCTCATCTTG
EST: gi|71332337|gb|DR803108.1|DR803108
EST:     GCCTGCCCCTGGGCTACTTGCTCGGATACAAGTTCAGCTTTGGAGTTGGG                         GGGATTTGGTCCGGCATGCTTTGTGGTATCACCCTTCAGACGCTCATCTTG
genomic: GCCTGCCCCTGGGCTACTTGCTCGGATACAAGTTCAGCTTTGGAGTTGGGgtaattaaac ... tttatcgcagGGGATTTGGTCCGGCATGCTTTGTGGTATCACCCTTCAGACGCTCATCTTG

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 4 RNA-Seq libraries.


Block sizes: 49 (upstream exon), 44 (downstream exon)
Score: 34

ATGGCAGGGCCTCGTCGCCTACATCAACCTCGGCTGCTACTATATCTTCGGCCTGCCCCTGGGCTACTTGCTCGGATACAAGTTCAGCTTTGGAGTTGGGgtaattaaac ... tttatcgcagGGGATTTGGTCCGGCATGCTTTGTGGTATCACCCTTCAGACGCTCATCTTGCTAGGTGTGGTTTGGAGGACAGATTGGAAAGCAGAG


Block sizes: 49 (upstream exon), 41 (downstream exon)
Score: 26

ATGGCAGGGCCTCGTCGCCTACATCAACCTCGGCTGCTACTATATCTTCGGCCTGCCCCTGGGCTACTTGCTCGGATACAAGTTCAGCTTTGGAGTTGGGgtaattaaac ... tttatcgcagGGGATTTGGTCCGGCATGCTTTGTGGTATCACCCTTCAGACGCTCATCTTGCTAGGTGTGGTTTGGAGGACAGATTGGAAAGCAGAG


Block sizes: 48 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 10

ATGGCAGGGCCTCGTCGCCTACATCAACCTCGGCTGCTACTATATCTTCGGCCTGCCCCTGGGCTACTTGCTCGGATACAAGTTCAGCTTTGGAGTTGGGgtaattaaac ... tttatcgcagGGGATTTGGTCCGGCATGCTTTGTGGTATCACCCTTCAGACGCTCATCTTGCTAGGTGTGGTTTGGAGGACAGATTGGAAAGCAGAG


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 213

ATGGCAGGGCCTCGTCGCCTACATCAACCTCGGCTGCTACTATATCTTCGGCCTGCCCCTGGGCTACTTGCTCGGATACAAGTTCAGCTTTGGAGTTGGGgtaattaaac ... tttatcgcagGGGATTTGGTCCGGCATGCTTTGTGGTATCACCCTTCAGACGCTCATCTTGCTAGGTGTGGTTTGGAGGACAGATTGGAAAGCAGAG




 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

caaagaaaaatccttgtagtgaattatattccctcacattttagttttatcgcagGGGATTTGGTCCGGCATGCTTTGTGGTATCACCCTTCAGACGCTCATCTTGCTAGGTGTGGTTTGGAGGACAGATTGGAAAGCAGAG
                              ccctcac  putative branch site (score: 213)
                                            ttttatc  putative PPT
                                   acattttagttttat  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gtaattaaactctcgcagctgcatgctgtatgcagtcagaaaagctgccgcatgaacgaaacacgcataattagccaaagaaaaatccttgtagtgaattatattccctcacattttagttttatcgcagGGGATTTGGTCCGGCATGCTTTGTGGTATCACCCTTCAGACGCTCATCTTGCTAGGTGTGGTTTGGAGGACAGATTGGAAAGCAGAG

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TTGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  TGGAGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGGA