Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GGCTGTGAAATCTAAACGTGACTATCTAAGGCACAGAAGGAGCTTTAATTGGCTGTACCTCTCACGACTTGCAGCCTTGAAAGAATTTGCCTTTATGAAGgtcttttttttctcattctatttcttttaagtatatctgagctatgtgctcttttcattttcctttttgtttgattaacccatgactgcttatatgtccag

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G472991_T01
intron # 7
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G472991_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 7
lower sequence: LOC_Os01g66520.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 5
GGCTGTGAAATCTAAACGTGACTATCTAAGGCACAGAAGGAGCTTTAATTGGCTGTACCTCTCACGACTTGCAGCCTTGAAAGAATTTGCCTTTATGAAGgtcttttttttctcattctatttctt-ttaagtatatctgagctatgtgc-tcttttcattttcctttttgtttgattaacccatgactgcttatatgtccag
|||||||||||| || ||||||||| |    ||| | ||||||||||||||| | ||||| |||||||| || ||| | || |||||||| |||||||||||    |||| || | | || || |  | ||||   |   |||||  | | | ||| | |  |  |  ||  | | |||    ||||      |         
GGCTGTGAAATCCAAGCGTGACTATTTGGCACACCGGAGGAGCTTTAATTGGTTATACCTGTCACGACTAGCGGCCCTAAAGGAATTTGCTTTTATGAAGgt----ttttgctgactatacttttcatcaagttagttgtagctagattcatatttgcttgataatcatttctagtttactttatgaaattccag--------
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|33094905|gb|CF054899.1|CF054899
EST:     GTACCTCTCACGACTTGCAGCCTTGAAAGAATTTGCCTTTATGAAG                         GCTTTAGGGGACCATGGTTTCCCTGTTCCAACTGCTGTAGATTGCAATCGC
genomic: GTACCTCTCACGACTTGCAGCCTTGAAAGAATTTGCCTTTATGAAGgtcttttttt ... atatgtccagGCTTTAGGGGACCATGGTTTCCCTGTTCCAGCTGCTGTAGATTGCAATCGC
EST: gi|71429251|gb|DR810301.1|DR810301
EST:     GGCTGTACCTCTCACGACTTGCAGCCTTGAAAGAATTTGCCTTTATGAAG                         GCTTTAGGGGACCATGGTTTCCCTGTTCCAGCTGCTGTAGATTGCAATCGC
genomic: GGCTGTACCTCTCACGACTTGCAGCCTTGAAAGAATTTGCCTTTATGAAGgtcttttttt ... atatgtccagGCTTTAGGGGACCATGGTTTCCCTGTTCCAGCTGCTGTAGATTGCAATCGC
EST: gi|93016530|gb|EB642050.1|EB642050
EST:     GGCTGTACCTCTCACGACTTGCAGCCTTGAAAGAATTTGCCTTTATGAAG                         GCTTTAGGGGACCATGGTTTCCCTGTTCCAGCTGCTGTAGATTGCAATCGC
genomic: GGCTGTACCTCTCACGACTTGCAGCCTTGAAAGAATTTGCCTTTATGAAGgtcttttttt ... atatgtccagGCTTTAGGGGACCATGGTTTCCCTGTTCCAGCTGCTGTAGATTGCAATCGC
EST: gi|91056420|gb|EB166838.1|EB166838
EST:     GGCTGTACCTCTCACGACTTGCAGCCTTGAAAGAATTTGCCTTTATGAAG                         GCTTTAGGGGACCATGGTTTCCCTGTTCCAGCTGCTGTAGATTGCAATCGC
genomic: GGCTGTACCTCTCACGACTTGCAGCCTTGAAAGAATTTGCCTTTATGAAGgtcttttttt ... atatgtccagGCTTTAGGGGACCATGGTTTCCCTGTTCCAGCTGCTGTAGATTGCAATCGC
EST: gi|33095027|gb|CF055021.1|CF055021
EST:     GGCTGTATCTCTCACGACTTGCAGCCTTGAAAGAATTTGCCTTTATGAAG                         GCTTTAGGGGACCATGGTTTCCCTGTTCCAACTGCTGTAGATTGCAATCGC
genomic: GGCTGTACCTCTCACGACTTGCAGCCTTGAAAGAATTTGCCTTTATGAAGgtcttttttt ... atatgtccagGCTTTAGGGGACCATGGTTTCCCTGTTCCAGCTGCTGTAGATTGCAATCGC
EST: gi|26456479|gb|CA828062.1|CA828062
EST:     GGCTGTACCTCTCACGACTTGCAGCCTTGAAAGAATTTGCCTTTATGAAG                         GCTTTAGGGGACCATGATTTCCCTGTTCCAACTGCTGTAGATTGCAATCGC
genomic: GGCTGTACCTCTCACGACTTGCAGCCTTGAAAGAATTTGCCTTTATGAAGgtcttttttt ... atatgtccagGCTTTAGGGGACCATGGTTTCCCTGTTCCAGCTGCTGTAGATTGCAATCGC
EST: gi|20301471|gb|BQ164414.1|BQ164414
EST:     GGCTGTACCTCTCACGACTTGCAGCCTTGAAAGAATTTGCCTTTATGAAG                         GCTTTAGGGGACCATGATTTCCCTGTTCCAACTGCTGTAGATTGCAATCGC
genomic: GGCTGTACCTCTCACGACTTGCAGCCTTGAAAGAATTTGCCTTTATGAAGgtcttttttt ... atatgtccagGCTTTAGGGGACCATGGTTTCCCTGTTCCAGCTGCTGTAGATTGCAATCGC
EST: gi|78112924|gb|DV531318.1|DV531318
EST:     GGCTGTACCTCTCACGACTTGCAGCCTTGAAAGAATTTGCCTTTATGAAG                         GCTTTAGGGGACCATGGTTTCCCTGTTCCAGCTGCTGTAGATTGCAATCGC
genomic: GGCTGTACCTCTCACGACTTGCAGCCTTGAAAGAATTTGCCTTTATGAAGgtcttttttt ... atatgtccagGCTTTAGGGGACCATGGTTTCCCTGTTCCAGCTGCTGTAGATTGCAATCGC
EST: gi|76014835|gb|DT942005.1|DT942005
EST:     GGCTGTACCTCTCACGACTTGCAGCCTTGAAAGAATTTGCCTTTATGAAG                         GCTTTAGGGGACCATGGTTTCCCTGTTCCAGCTGCTGTAGATTGCAATCGC
genomic: GGCTGTACCTCTCACGACTTGCAGCCTTGAAAGAATTTGCCTTTATGAAGgtcttttttt ... atatgtccagGCTTTAGGGGACCATGGTTTCCCTGTTCCAGCTGCTGTAGATTGCAATCGC
EST: gi|76014878|gb|DT942048.1|DT942048
EST:     GGCTGTACCTCTCACGACTTGCAGCCTTGAAAGAATTTGCCTTTATGAAG                         GCTTTAGGGGACCATGGTTTCCCTGTTCCAGCTGCTGTAGATTGNCA-TCG
genomic: GGCTGTACCTCTCACGACTTGCAGCCTTGAAAGAATTTGCCTTTATGAAGgtcttttttt ... atatgtccagGCTTTAGGGGACCATGGTTTCCCTGTTCCAGCTGCTGTAGATTG-CAATCG
EST: gi|78120952|gb|DV539336.1|DV539336
EST:     GGCTGTACCTCTCACGACTTGCAGCCTTGAAAGAATTTGCCTTTATGAGG                         GCTTTAGGGGACCATGGTTTCCCTGTTCCAGCTGCTGTAGATTGCAATCGC
genomic: GGCTGTACCTCTCACGACTTGCAGCCTTGAAAGAATTTGCCTTTATGAAGgtcttttttt ... atatgtccagGCTTTAGGGGACCATGGTTTCCCTGTTCCAGCTGCTGTAGATTGCAATCGC

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
GGCTGTGAAATCTAAACGTGACTATCTAAGGCACAGAAGGAGCTTTAATTGGCTGTACCTCTCACGACTTGCAGCCTTGAAAGAATTTGCCTTTATGAAGgtcttttttttctcattctatttcttttaagtatatctgagctatgtgctcttttcattttcctttttgtttgattaacccatgactgcttatatgtccag

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AAAGAA