Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtgagtcattgacagctaatcatgtttataggattttcggttgctagggcaccagcacttagctccaagtctttattgctttattggttccgttccatacagACGATGGGTATAGACTCACCTATCTAGGATATGACTTCCTTGCCATCAAGACTTTGGTTAATCGGGGAGTTTTTGCTTCAGTTGGCCGTCAGATCGGTGT

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G472991_T01
intron # 5
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G472991_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 5
lower sequence: LOC_Os01g66520.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 3
gtgagtcattgacagctaatcatgtttataggattttcggttgctagggcaccagcacttagctccaagtctttattgctttattggttccgttccatacagACGATGGGTATAGACTCACCTATCTAGGATATGACTTCCTTGCCATCAAGACTTTGGTTAATCGGGGAGTTTTTGCTTCAGTTGGCCGTCAGATCGGTGT
              |  | |  |   |   | | |||    |  |||   |  |  | || | |  |  |   |  |  |||  ||||     |  |  |||| ||||| ||| | ||||| ||||| || ||||| ||||| |||||||| || ||||||||||| ||||| |||||||||||||| || || || |||||
--------------gtgagttctcgatgctgaaattt--acttttag---atgaaaatttgggttaacatagctgct-ttttgctggtctgtctggacgcagATGATGGTTATCGGCTCACATATCTTGGGTATGATTTCCTCGCCATCAAAACCTTGGTTAATCGTGGAGTATTTGCTTCAGTTGGTCGGCAAATTGGTGT
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|211277358|gb|FL192926.1|FL192926
EST:     GCTGAGGAATCTTTTGAAGAACAAGCTAGTGCATCATGATGCCACTAAAT                         ACGATGGGTATAGACTCACCTATCTAGGATATGACTTCCTTGCCATCAAGA
genomic: GCTGAGGAATCTTTTGAAGAACAAGCTAGTGCATCATGATGCCACTAAATgtgagtcatt ... ttccatacagACGATGGGTATAGACTCACCTATCTAGGATATGACTTCCTTGCCATCAAGA
EST: gi|20300018|gb|BQ162961.1|BQ162961
EST:     GCTGAGGAATCTTTTGAAGAACAAGCTAGTGCATCATGATGCCACTAAAT                         ACGATGGGTATAGACTCACCTATCTAGGATATGACTTCCTTGCCATCAAGA
genomic: GCTGAGGAATCTTTTGAAGAACAAGCTAGTGCATCATGATGCCACTAAATgtgagtcatt ... ttccatacagACGATGGGTATAGACTCACCTATCTAGGATATGACTTCCTTGCCATCAAGA
EST: gi|71429251|gb|DR810301.1|DR810301
EST:     GCTGAGGAATCTTTTGAAGAACAAGCTAGTGCATCATGATGCCACTAAAT                         ACGATGGGTATAGACTCACCTATCTAGGATATGACTTCCTTGCCATCAAGA
genomic: GCTGAGGAATCTTTTGAAGAACAAGCTAGTGCATCATGATGCCACTAAATgtgagtcatt ... ttccatacagACGATGGGTATAGACTCACCTATCTAGGATATGACTTCCTTGCCATCAAGA
EST: gi|18384971|gb|BM418170.1|BM418170
EST:     GCTGAGGAATCTTTTGAAGAACAAGCTAGTGCATCATGATGCCACTAAAT                         ACGATGGGTATAGACTCACCTATCTAGGATATGACTTCCTTGCCATCAAGA
genomic: GCTGAGGAATCTTTTGAAGAACAAGCTAGTGCATCATGATGCCACTAAATgtgagtcatt ... ttccatacagACGATGGGTATAGACTCACCTATCTAGGATATGACTTCCTTGCCATCAAGA
EST: gi|93016530|gb|EB642050.1|EB642050
EST:     GCTGAGGAATCTTTTGAAGAACAAGCTAGTGCATCATGATGCCACTAAAT                         ACGATGGGTATAGACTCACCTATCTAGGATATGACTTCCTTGCCATCAAGA
genomic: GCTGAGGAATCTTTTGAAGAACAAGCTAGTGCATCATGATGCCACTAAATgtgagtcatt ... ttccatacagACGATGGGTATAGACTCACCTATCTAGGATATGACTTCCTTGCCATCAAGA
EST: gi|91056420|gb|EB166838.1|EB166838
EST:     GCTGAGGAATCTTTTGAAGAACAAGCTAGTGCATCATGATGCCACTAAAT                         ACGATGGGTATAGACTCACCTATCTAGGATATGACTTCCTTGCCATCAAGA
genomic: GCTGAGGAATCTTTTGAAGAACAAGCTAGTGCATCATGATGCCACTAAATgtgagtcatt ... ttccatacagACGATGGGTATAGACTCACCTATCTAGGATATGACTTCCTTGCCATCAAGA
EST: gi|89106284|gb|DY576501.1|DY576501
EST:     GCTGAGGAATCTTTTGAAGAACAAGCTAGTGCATCATGATGCCACTAAAT                         ACGATGGGTATAGACTCACCTATCTAGGATATGACTTCCTTGCCATCAAGA
genomic: GCTGAGGAATCTTTTGAAGAACAAGCTAGTGCATCATGATGCCACTAAATgtgagtcatt ... ttccatacagACGATGGGTATAGACTCACCTATCTAGGATATGACTTCCTTGCCATCAAGA
EST: gi|78112924|gb|DV531318.1|DV531318
EST:     GCTGAGGAATCTTTTGAAGAACAAGCTAGTGCATCATGATGCCACTAAAT                         ACGATGGGTATAGACTCACCTATCTAGGATATGACTTCCTTGCCATCAAGA
genomic: GCTGAGGAATCTTTTGAAGAACAAGCTAGTGCATCATGATGCCACTAAATgtgagtcatt ... ttccatacagACGATGGGTATAGACTCACCTATCTAGGATATGACTTCCTTGCCATCAAGA
EST: gi|20299997|gb|BQ162940.1|BQ162940
EST:     GCTGAGGAATCTTTTGAAGAACAAGCTAGTGCATCATGATGCCACTAAAT                         ACGATGGGTATAGACTCACCTATCTAGGATATGACTTCCTTGCCATCAAGA
genomic: GCTGAGGAATCTTTTGAAGAACAAGCTAGTGCATCATGATGCCACTAAATgtgagtcatt ... ttccatacagACGATGGGTATAGACTCACCTATCTAGGATATGACTTCCTTGCCATCAAGA
EST: gi|18384009|gb|BM417209.1|BM417209
EST:     GCTGAGGAATCTTTTGAAGAACAAGCTAGTGCATCATGATGCCACTAAAT                         ACGATGGGTATAGACTCACCTATCTAGGATATGACTTCCTTGCCATCAAGA
genomic: GCTGAGGAATCTTTTGAAGAACAAGCTAGTGCATCATGATGCCACTAAATgtgagtcatt ... ttccatacagACGATGGGTATAGACTCACCTATCTAGGATATGACTTCCTTGCCATCAAGA
EST: gi|18383990|gb|BM417190.1|BM417190
EST:     GCTGAGGAATCTTTTGAAGAACAAGCTAGTGCATCATGATGCCACTAAAT                         ACGATGGGTATAGACTCACCTATCTAGGATATGACTTCCTTGCCATCAAGA
genomic: GCTGAGGAATCTTTTGAAGAACAAGCTAGTGCATCATGATGCCACTAAATgtgagtcatt ... ttccatacagACGATGGGTATAGACTCACCTATCTAGGATATGACTTCCTTGCCATCAAGA
EST: gi|76014835|gb|DT942005.1|DT942005
EST:     GCTGAGGAATCTTTTGAAGAACAAGCTAGTGCATCATGATGCCACTAAAT                         ACGATGGGTATAGACTCACCTATCTAGGATATGACTTCCTTGCCATCAAGA
genomic: GCTGAGGAATCTTTTGAAGAACAAGCTAGTGCATCATGATGCCACTAAATgtgagtcatt ... ttccatacagACGATGGGTATAGACTCACCTATCTAGGATATGACTTCCTTGCCATCAAGA
EST: gi|18384955|gb|BM418154.1|BM418154
EST:     GCTGAGGAATCTTTTGAAGAACAAGCTAGTGCATCATGATGCCACTAAAT                         ACGATGGGTATAGACTCACCTATCTAGGATATGACTTCCTTGCCATCAAGA
genomic: GCTGAGGAATCTTTTGAAGAACAAGCTAGTGCATCATGATGCCACTAAATgtgagtcatt ... ttccatacagACGATGGGTATAGACTCACCTATCTAGGATATGACTTCCTTGCCATCAAGA
EST: gi|76014878|gb|DT942048.1|DT942048
EST:     GCTGAGGAATCTTTTGAAGAACAAGCTAGTGCATCATGATGCCACTAAAT                         ACGATGGGTATAGACTCACCTATCTAGGATATGACTTCCTTGCCATCAAGA
genomic: GCTGAGGAATCTTTTGAAGAACAAGCTAGTGCATCATGATGCCACTAAATgtgagtcatt ... ttccatacagACGATGGGTATAGACTCACCTATCTAGGATATGACTTCCTTGCCATCAAGA
EST: gi|22489226|gb|BU049149.1|BU049149
EST:     GCTGAGGAATCTTTTGAAGAACAAGCTAGTGCATCATGATGCCACTAAAT                         ACGATGGGTATAGACTCACCTATCTAGGATATGACTTCCTTGCCATCAAGA
genomic: GCTGAGGAATCTTTTGAAGAACAAGCTAGTGCATCATGATGCCACTAAATgtgagtcatt ... ttccatacagACGATGGGTATAGACTCACCTATCTAGGATATGACTTCCTTGCCATCAAGA
EST: gi|78120952|gb|DV539336.1|DV539336
EST:     GCTGAGGAATCTTTTGAAAAACAAGCTAGTGCATCATGATGCCACTAAAT                         ACGATGGGTATAGACTCACCTATCTAGGATATGACTTCCTTGCCATCAAGA
genomic: GCTGAGGAATCTTTTGAAGAACAAGCTAGTGCATCATGATGCCACTAAATgtgagtcatt ... ttccatacagACGATGGGTATAGACTCACCTATCTAGGATATGACTTCCTTGCCATCAAGA


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ggcaccagcacttagctccaagtctttattgctttattggttccgttccatacagACGATGGGTATAGACTCACCTATCTAGGATATGACTTCCTTGCCATCAAGACTTTGGTTAATCGGGGAGTTTTTGCTTCAGTTGGCCGTCAGATCGGTGT
                                        ttccgttcc  CT-rich tract
                        tttattgctttatt  TA-rich tract