Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtcttttttttctcattctatttcttttaagtatatctgagctatgtgctcttttcattttcctttttgtttgattaacccatgactgcttatatgtccagGCTTTAGGGGACCATGGTTTCCCTGTTCCAGCTGCTGTAGATTGCAATCGCCATTGTGTGATCATGTCACTTGTGCAGGGATATCCTCT

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G472991_T01
intron # 7
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G472991_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 7
lower sequence: LOC_Os01g66520.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 5
gtcttttttttctcattctatttctt-ttaagtatatctgagctatgtgc-tcttttcattttcctttttgtttgattaacccatgactgcttatatgtccagGCTTTAGGGGACCATGGTTTCCCTGTTCCAGCTGCTGTAGATTGCAATCGCCATTGTGTGATCATGTCACTTGTGCAGGGATATCCTCT
     ||||| || | | || || |  | ||||   |   |||||  | | | ||| | |  |  |  ||  | | |||    ||||        |  ||||||||||||| |||||||| || || |||||  ||||||| || ||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
----gtttttgctgactatacttttcatcaagttagttgtagctagattcatatttgcttgataatcatttctagtttactttatga--------aattccagGCTTTAGGAGACCATGGATTTCCAGTTCCCACTGCTGTTGACTGCAACCGGCATTGTGTGATCATGTCACTTGTGCAGGGATATCCACT
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|33094905|gb|CF054899.1|CF054899
EST:     GTACCTCTCACGACTTGCAGCCTTGAAAGAATTTGCCTTTATGAAG                         GCTTTAGGGGACCATGGTTTCCCTGTTCCAACTGCTGTAGATTGCAATCGC
genomic: GTACCTCTCACGACTTGCAGCCTTGAAAGAATTTGCCTTTATGAAGgtcttttttt ... atatgtccagGCTTTAGGGGACCATGGTTTCCCTGTTCCAGCTGCTGTAGATTGCAATCGC
EST: gi|71429251|gb|DR810301.1|DR810301
EST:     GGCTGTACCTCTCACGACTTGCAGCCTTGAAAGAATTTGCCTTTATGAAG                         GCTTTAGGGGACCATGGTTTCCCTGTTCCAGCTGCTGTAGATTGCAATCGC
genomic: GGCTGTACCTCTCACGACTTGCAGCCTTGAAAGAATTTGCCTTTATGAAGgtcttttttt ... atatgtccagGCTTTAGGGGACCATGGTTTCCCTGTTCCAGCTGCTGTAGATTGCAATCGC
EST: gi|93016530|gb|EB642050.1|EB642050
EST:     GGCTGTACCTCTCACGACTTGCAGCCTTGAAAGAATTTGCCTTTATGAAG                         GCTTTAGGGGACCATGGTTTCCCTGTTCCAGCTGCTGTAGATTGCAATCGC
genomic: GGCTGTACCTCTCACGACTTGCAGCCTTGAAAGAATTTGCCTTTATGAAGgtcttttttt ... atatgtccagGCTTTAGGGGACCATGGTTTCCCTGTTCCAGCTGCTGTAGATTGCAATCGC
EST: gi|91056420|gb|EB166838.1|EB166838
EST:     GGCTGTACCTCTCACGACTTGCAGCCTTGAAAGAATTTGCCTTTATGAAG                         GCTTTAGGGGACCATGGTTTCCCTGTTCCAGCTGCTGTAGATTGCAATCGC
genomic: GGCTGTACCTCTCACGACTTGCAGCCTTGAAAGAATTTGCCTTTATGAAGgtcttttttt ... atatgtccagGCTTTAGGGGACCATGGTTTCCCTGTTCCAGCTGCTGTAGATTGCAATCGC
EST: gi|33095027|gb|CF055021.1|CF055021
EST:     GGCTGTATCTCTCACGACTTGCAGCCTTGAAAGAATTTGCCTTTATGAAG                         GCTTTAGGGGACCATGGTTTCCCTGTTCCAACTGCTGTAGATTGCAATCGC
genomic: GGCTGTACCTCTCACGACTTGCAGCCTTGAAAGAATTTGCCTTTATGAAGgtcttttttt ... atatgtccagGCTTTAGGGGACCATGGTTTCCCTGTTCCAGCTGCTGTAGATTGCAATCGC
EST: gi|26456479|gb|CA828062.1|CA828062
EST:     GGCTGTACCTCTCACGACTTGCAGCCTTGAAAGAATTTGCCTTTATGAAG                         GCTTTAGGGGACCATGATTTCCCTGTTCCAACTGCTGTAGATTGCAATCGC
genomic: GGCTGTACCTCTCACGACTTGCAGCCTTGAAAGAATTTGCCTTTATGAAGgtcttttttt ... atatgtccagGCTTTAGGGGACCATGGTTTCCCTGTTCCAGCTGCTGTAGATTGCAATCGC
EST: gi|20301471|gb|BQ164414.1|BQ164414
EST:     GGCTGTACCTCTCACGACTTGCAGCCTTGAAAGAATTTGCCTTTATGAAG                         GCTTTAGGGGACCATGATTTCCCTGTTCCAACTGCTGTAGATTGCAATCGC
genomic: GGCTGTACCTCTCACGACTTGCAGCCTTGAAAGAATTTGCCTTTATGAAGgtcttttttt ... atatgtccagGCTTTAGGGGACCATGGTTTCCCTGTTCCAGCTGCTGTAGATTGCAATCGC
EST: gi|78112924|gb|DV531318.1|DV531318
EST:     GGCTGTACCTCTCACGACTTGCAGCCTTGAAAGAATTTGCCTTTATGAAG                         GCTTTAGGGGACCATGGTTTCCCTGTTCCAGCTGCTGTAGATTGCAATCGC
genomic: GGCTGTACCTCTCACGACTTGCAGCCTTGAAAGAATTTGCCTTTATGAAGgtcttttttt ... atatgtccagGCTTTAGGGGACCATGGTTTCCCTGTTCCAGCTGCTGTAGATTGCAATCGC
EST: gi|76014835|gb|DT942005.1|DT942005
EST:     GGCTGTACCTCTCACGACTTGCAGCCTTGAAAGAATTTGCCTTTATGAAG                         GCTTTAGGGGACCATGGTTTCCCTGTTCCAGCTGCTGTAGATTGCAATCGC
genomic: GGCTGTACCTCTCACGACTTGCAGCCTTGAAAGAATTTGCCTTTATGAAGgtcttttttt ... atatgtccagGCTTTAGGGGACCATGGTTTCCCTGTTCCAGCTGCTGTAGATTGCAATCGC
EST: gi|76014878|gb|DT942048.1|DT942048
EST:     GGCTGTACCTCTCACGACTTGCAGCCTTGAAAGAATTTGCCTTTATGAAG                         GCTTTAGGGGACCATGGTTTCCCTGTTCCAGCTGCTGTAGATTGNCA-TCG
genomic: GGCTGTACCTCTCACGACTTGCAGCCTTGAAAGAATTTGCCTTTATGAAGgtcttttttt ... atatgtccagGCTTTAGGGGACCATGGTTTCCCTGTTCCAGCTGCTGTAGATTG-CAATCG
EST: gi|78120952|gb|DV539336.1|DV539336
EST:     GGCTGTACCTCTCACGACTTGCAGCCTTGAAAGAATTTGCCTTTATGAGG                         GCTTTAGGGGACCATGGTTTCCCTGTTCCAGCTGCTGTAGATTGCAATCGC
genomic: GGCTGTACCTCTCACGACTTGCAGCCTTGAAAGAATTTGCCTTTATGAAGgtcttttttt ... atatgtccagGCTTTAGGGGACCATGGTTTCCCTGTTCCAGCTGCTGTAGATTGCAATCGC


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tgctcttttcattttcctttttgtttgattaacccatgactgcttatatgtccagGCTTTAGGGGACCATGGTTTCCCTGTTCCAGCTGCTGTAGATTGCAATCGCCATTGTGTGATCATGTCACTTGTGCAGGGATATCCTCT
                          gattaac  putative branch site (score: 2)
                 tttttgtttgattaa  TA-rich tract