Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtaatgtgtcttcttcatactatgaagtttattggttgtattattcaaacatagcattgatcttaactgtaacttgtggtgcgcaactgccctaaataattgagtaacacagtttcatctgtttatggtcttacagATTATGGGATGCAAATCTTATGCTGAATTTGCTATTCGTCCTAACATGGCCGCGTCAGCCGATGTGGTTATGTCATTTCTTGAAAATTTGAGCAACACTG

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G450659_T02
intron # 1
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G450659_T02 (Zea mays), 3'ss of exon 1
lower sequence: LOC_Os06g47210.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 8
gtaatgtgtcttcttcatactatgaagtttattggttgtattattcaaacatagcattgatcttaactgtaacttgtggtgcgcaactgccctaa-ataattgagtaacacagtttcatctgtttatggtcttacagATTATGGGATGCAAATCTTATGCTGAATTTGCTATTCGTCCTAACATGGCCGCGTCAGCCGATGTGGTTATGTCATTTCTTGAAAATTTGAGCAACACTG
                                       |||| | |   |  |         | | | |   |     |   |  ||   | |  | ||   || |      | | ||   | |    | || |||| ||||||||||||||| |||| ||| ||||||||||||||||||||||| || || |  ||||| || |||||||||||  || |||||||   |   |
------------------------------------cacattagtaacttacgggcaaatgactgaatatttttcagtatctactgctattccaggacaagctag-actgttttcttattcttgtccttttttccagACTATGGGATGCAAATCATATGGTGATTTTGCTATTCGTCCTAACATGGCTGCATCTGTAGATGTCGTGATGTCATTTCTCAAAGATTTGAGTGGCGTGG
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|26557906|gb|CA830141.1|CA830141
EST:     ATATTGGCGTTCTTAATGAACTTATACATGCTCGTGATGAACTTGCAAAG                         ATTATGGGATGCAAATCTTATGCTGAATTTGCTATTCGTCCTAACATGGCC
genomic: ATATTGGCGTTCTTAATGAACTTATACATGCTCGTGATGAACTTGCAAAGgtaatgtgtc ... ggtcttacagATTATGGGATGCAAATCTTATGCTGAATTTGCTATTCGTCCTAACATGGCC
EST: gi|21891714|gb|BQ744927.1|BQ744927
EST:     ATATTGGCGTTCTTAATGAACTTATACATGCTCGTGATGAACTTGCAAAG                         ATTATGGGATGCAAATCTTATGCTGAATTTGCTATTCGTCCTAACATGGCC
genomic: ATATTGGCGTTCTTAATGAACTTATACATGCTCGTGATGAACTTGCAAAGgtaatgtgtc ... ggtcttacagATTATGGGATGCAAATCTTATGCTGAATTTGCTATTCGTCCTAACATGGCC


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

cgcaactgccctaaataattgagtaacacagtttcatctgtttatggtcttacagATTATGGGATGCAAATCTTATGCTGAATTTGCTATTCGTCCTAACATGGCCGCGTCAGCCGATGTGGTTATGTCATTTCTTGAAAATTTGAGCAACACTG
                    gagtaac  putative branch site (score: 2)
           taaataattgagtaa  TA-rich tract