Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...ccacatgctactaacttgtacccagatcagataaattctttcagtaaattgatttataaatctctctgcgctacatctgttggttttgtttcatgcacagGCTGGAGGATGCTGGTTATGCTGTTGGTGCAAGGGTGCTTGAACTACTCTGTCACAGGGAGAAG

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G439457_T01
intron # 3
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G439457_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 3
lower sequence: LOC_Os01g51220.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 2
ccacatgctactaacttgtacccagatcagataaattctttcagtaaattgatttataaatctctctgcgctac-atctgttggttttgtttcatgcacagGCTGGAGGATGCTGGTTATGCTGTTGGTGCAAGGGTGCTTGAACTACTCTGTCACAGGGAGAAG
 |      | |  | |   |  |   |     |  || ||   ||  |||   | ||   |   || |   ||  |||| ||  | |||||| | |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||| ||||||
-ccttctttgcggaatgaaattcctttgctgaatctttttcatgtgtattctgtcatgcctacatcggtcttaggatctctttctattgttttacgcacagGCTGGAAGATGCTGGTTATGCTGTTGGTGCAAGAGTTCTTGAACTACTCTGTCACAGAGAGAAG
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|211015960|gb|FL234136.1|FL234136
EST:     GTTCAGTACAACCAGACTCAAGTTGACAACATTACTGAGCTGGAACGGAG                         GCTGGAGGATGCTGGTTATGCTGTTGGTGCAAGGGTGCTTGAACTACTCTG
genomic: GTTCAGTACAACCAGACTCAAGTTGACAACATTACTGAGCTGGAACGGAGgtaactctat ... tcatgcacagGCTGGAGGATGCTGGTTATGCTGTTGGTGCAAGGGTGCTTGAACTACTCTG
EST: gi|211167225|gb|FL234175.1|FL234175
EST:     GTTCAGTACAACCAGACTCAAGTTGACAACATTACTGAGCTGGAACGGAG                         GCTGGAGGATGCTGGTTATGCTGTTGGTGCAAGGGTGCTTGAACTACTCTG
genomic: GTTCAGTACAACCAGACTCAAGTTGACAACATTACTGAGCTGGAACGGAGgtaactctat ... tcatgcacagGCTGGAGGATGCTGGTTATGCTGTTGGTGCAAGGGTGCTTGAACTACTCTG
EST: gi|211015955|gb|FL234131.1|FL234131
EST:     GTTCAGTACAACCAGACTCAAGTTGACAACATTACTGAGCTGGAACGGAG                         GCTGGAGGATGCTGGTTATGCTGTTGGTGCAAGGGTGCTTGAACTACTCTG
genomic: GTTCAGTACAACCAGACTCAAGTTGACAACATTACTGAGCTGGAACGGAGgtaactctat ... tcatgcacagGCTGGAGGATGCTGGTTATGCTGTTGGTGCAAGGGTGCTTGAACTACTCTG
EST: gi|211015954|gb|FL234130.1|FL234130
EST:     GTTCAGTACAACCAGACTCAAGTTGACAACATTACTGAGCTGGAACGGAG                         GCTGGAGGATGCTGGTTATGCTGTTGGTGCAAGGGTGCTTGAACTACTCTG
genomic: GTTCAGTACAACCAGACTCAAGTTGACAACATTACTGAGCTGGAACGGAGgtaactctat ... tcatgcacagGCTGGAGGATGCTGGTTATGCTGTTGGTGCAAGGGTGCTTGAACTACTCTG
EST: gi|211165565|gb|FL234161.1|FL234161
EST:     GTTCAGTACAACCAGACTCAAGTTGACAACATTACTGAGCTGGAACGGAG                         GCTGGAGGATGCTGGTTATGCTGTTGGTGCAAGGGTGC
genomic: GTTCAGTACAACCAGACTCAAGTTGACAACATTACTGAGCTGGAACGGAGgtaactctat ... tcatgcacagGCTGGAGGATGCTGGTTATGCTGTTGGTGCAAGGGTGC
EST: gi|211015961|gb|FL234137.1|FL234137
EST:     GTTCAGTACAACCAGACTCAAGTTGACAACATTACTGAGCTGGAACGGAG                         GCTGGAGGATGCTGGTTATGCTGTTGGTGCAAGGGTGCTTGAACTACTCTG
genomic: GTTCAGTACAACCAGACTCAAGTTGACAACATTACTGAGCTGGAACGGAGgtaactctat ... tcatgcacagGCTGGAGGATGCTGGTTATGCTGTTGGTGCAAGGGTGCTTGAACTACTCTG
EST: gi|211015950|gb|FL234126.1|FL234126
EST:     GTTCAGTACAACCAGACTCAAGTTGACAACATTACTGAGCTGGAACGGAG                         GCTGGAGGATGCTGGTTATGCTGTTGGTGCAAGGGTGCTTGAACTACTCTG
genomic: GTTCAGTACAACCAGACTCAAGTTGACAACATTACTGAGCTGGAACGGAGgtaactctat ... tcatgcacagGCTGGAGGATGCTGGTTATGCTGTTGGTGCAAGGGTGCTTGAACTACTCTG
EST: gi|211165560|gb|FL234156.1|FL234156
EST:     GTTCAGTACAACCAGACTCAAGTTGACAACATTACTGAGCTGGAACGGAG                         GCTGGAGGATGCTGGTTATGCTGTTGGTGCAAGGGTGCTTGAACTACTCTG
genomic: GTTCAGTACAACCAGACTCAAGTTGACAACATTACTGAGCTGGAACGGAGgtaactctat ... tcatgcacagGCTGGAGGATGCTGGTTATGCTGTTGGTGCAAGGGTGCTTGAACTACTCTG
EST: gi|211018735|gb|FL234139.1|FL234139
EST:     GTTCAGTACAACCAGACTCAAGTTGACAACATTACTGAGCTGGAACGGAG                         GCTGGAGGATGCTGGTTATGCTGTTGGTGCAAGGGTGCTTGAACTACTCTG
genomic: GTTCAGTACAACCAGACTCAAGTTGACAACATTACTGAGCTGGAACGGAGgtaactctat ... tcatgcacagGCTGGAGGATGCTGGTTATGCTGTTGGTGCAAGGGTGCTTGAACTACTCTG
EST: gi|211165559|gb|FL234155.1|FL234155
EST:     GTTCAGTACAACCAGACTCAAGTTGACAACATTACTGAGCTGGAACGGAG                         GCTGGAGGATGCTGGTTATGCTGTTGGTGCAAGGGTGCTTGAACTACTCTG
genomic: GTTCAGTACAACCAGACTCAAGTTGACAACATTACTGAGCTGGAACGGAGgtaactctat ... tcatgcacagGCTGGAGGATGCTGGTTATGCTGTTGGTGCAAGGGTGCTTGAACTACTCTG
EST: gi|211165566|gb|FL234162.1|FL234162
EST:     GTTCAGTACAACCAGACTCAAGTTGACAACATTACTGAGCTGGAACGGAG                         GCTGGAGGATGCTGGTTATGCTGTTGGTGCAAGGGTGCTTGAACTACTCTG
genomic: GTTCAGTACAACCAGACTCAAGTTGACAACATTACTGAGCTGGAACGGAGgtaactctat ... tcatgcacagGCTGGAGGATGCTGGTTATGCTGTTGGTGCAAGGGTGCTTGAACTACTCTG
EST: gi|26558784|gb|CA831019.1|CA831019
EST:     GTTCAGTACAACCAGACTCAAGTTGACAACATTACTGAGCTGGAACGGAG                         GCTGGAGGATGCTGGTTATGCTGTTGGTGCAAGGGTGCTTGAACTACTCTG
genomic: GTTCAGTACAACCAGACTCAAGTTGACAACATTACTGAGCTGGAACGGAGgtaactctat ... tcatgcacagGCTGGAGGATGCTGGTTATGCTGTTGGTGCAAGGGTGCTTGAACTACTCTG
EST: gi|211165562|gb|FL234158.1|FL234158
EST:     GTTCAGTACAACCAGACTCAAGTTGACAACATTACTGAGCTGGAACGGAG                         GCTGGAGGATGCTGGTTATGCTGTTGGTGCAAGGGTGCTTGAACTACTCTG
genomic: GTTCAGTACAACCAGACTCAAGTTGACAACATTACTGAGCTGGAACGGAGgtaactctat ... tcatgcacagGCTGGAGGATGCTGGTTATGCTGTTGGTGCAAGGGTGCTTGAACTACTCTG
EST: gi|9952789|gb|BE639372.1|BE639372
EST:     GTTCAGTACAACCAGACTCAAGTTGACAACATTACTGAGCTGGAACGGAG                         GCTGGAGGATGCTGGTTATGCTGTTGGTGCAAGGGTGCTTGAACTACTCTG
genomic: GTTCAGTACAACCAGACTCAAGTTGACAACATTACTGAGCTGGAACGGAGgtaactctat ... tcatgcacagGCTGGAGGATGCTGGTTATGCTGTTGGTGCAAGGGTGCTTGAACTACTCTG
EST: gi|211013170|gb|FL234112.1|FL234112
EST:     GTTCAGTACAACCAGACTCAAGTTGACAACATTACTGAGCTGGAACGGAG                         GCTGGAGGATGCTGGTTATGCTGTTGGTGCAAGGGTGCTTGAACTACTCTG
genomic: GTTCAGTACAACCAGACTCAAGTTGACAACATTACTGAGCTGGAACGGAGgtaactctat ... tcatgcacagGCTGGAGGATGCTGGTTATGCTGTTGGTGCAAGGGTGCTTGAACTACTCTG
EST: gi|211018736|gb|FL234140.1|FL234140
EST:     GTTCAGTACAACCAGACTCAAGTTGACAACATTACTGAGCTGGAACGGAG                         GCTGGAGGATGCTGGTTATGCTGTTGGTGCAAGGGTGCTYNAACTACTCTG
genomic: GTTCAGTACAACCAGACTCAAGTTGACAACATTACTGAGCTGGAACGGAGgtaactctat ... tcatgcacagGCTGGAGGATGCTGGTTATGCTGTTGGTGCAAGGGTGCTTGAACTACTCTG
EST: gi|211013167|gb|FL234109.1|FL234109
EST:     GTTCAGTACAACCAGACTCAAGTTGACAACATTACTGAGCTGGAACGGAG                         GCTGGAGGATGCTGGTTATGCTGTTGGTGCAAGGGTGCTTGAACTACTCTG
genomic: GTTCAGTACAACCAGACTCAAGTTGACAACATTACTGAGCTGGAACGGAGgtaactctat ... tcatgcacagGCTGGAGGATGCTGGTTATGCTGTTGGTGCAAGGGTGCTTGAACTACTCTG
EST: gi|211013180|gb|FL234122.1|FL234122
EST:     GTTCAGTACAACCAGACTCAAGTTGACAACATTACTGAGCTGGAACGGAG                         GCTKGAGGATGCTGGTTATGCTGTTGGTGCAAGGGTGCTTGAACTAATCTG
genomic: GTTCAGTACAACCAGACTCAAGTTGACAACATTACTGAGCTGGAACGGAGgtaactctat ... tcatgcacagGCTGGAGGATGCTGGTTATGCTGTTGGTGCAAGGGTGCTTGAACTACTCTG
EST: gi|211167219|gb|FL234169.1|FL234169
EST:     GTTCAGTACAACCAGACTCAAGTTGACAACATTACTGAGCTGGAACGGAG                         GCTGGAGGATGCTGGTTATGCTGTTGGTGCAAGGGTGCTTGAACTACTCTG
genomic: GTTCAGTACAACCAGACTCAAGTTGACAACATTACTGAGCTGGAACGGAGgtaactctat ... tcatgcacagGCTGGAGGATGCTGGTTATGCTGTTGGTGCAAGGGTGCTTGAACTACTCTG
EST: gi|211167223|gb|FL234173.1|FL234173
EST:     GTTCAGTACAACCAGACTCAAGTTGACAACATTACTGAGCTGGAACGGAG                         GCTGGAGGATGCTGGTTATGCTGTTGGTGCAAGGGTGCTTGAACTACTCTG
genomic: GTTCAGTACAACCAGACTCAAGTTGACAACATTACTGAGCTGGAACGGAGgtaactctat ... tcatgcacagGCTGGAGGATGCTGGTTATGCTGTTGGTGCAAGGGTGCTTGAACTACTCTG
EST: gi|32837786|gb|CD977464.1|CD977464
EST:     ACAACCAGACTCAAGTTGACAACATTACTGAGCTGGAACGGAG                         GCTGGAGGATGCTGGTTATGCTGTTGGTGCAAGGGTGCTTGAACTACTCTG
genomic: ACAACCAGACTCAAGTTGACAACATTACTGAGCTGGAACGGAGgtaactctat ... tcatgcacagGCTGGAGGATGCTGGTTATGCTGTTGGTGCAAGGGTGCTTGAACTACTCTG
EST: gi|211010399|gb|FL234105.1|FL234105
EST:     GTTCAGTACAACCAGACTCAAGTTGACAACATTACTGAGCTGGAACGGAG                         GCTGGAGGATGCTGGTTATGCTGTTGGTGCAAGGGTGCTTGAACTACTCTG
genomic: GTTCAGTACAACCAGACTCAAGTTGACAACATTACTGAGCTGGAACGGAGgtaactctat ... tcatgcacagGCTGGAGGATGCTGGTTATGCTGTTGGTGCAAGGGTGCTTGAACTACTCTG
EST: gi|211013174|gb|FL234116.1|FL234116
EST:     GTTCAGTACAACCAGACTCAAGTTGACAACATTACTGAGCTGGAACGGAG                         GCTGGAGGATGCTGGTTATGCTGTTGGTGCAAGGGTGCTTGAACTACTCTG
genomic: GTTCAGTACAACCAGACTCAAGTTGACAACATTACTGAGCTGGAACGGAGgtaactctat ... tcatgcacagGCTGGAGGATGCTGGTTATGCTGTTGGTGCAAGGGTGCTTGAACTACTCTG
EST: gi|211167227|gb|FL234177.1|FL234177
EST:     GTTCAGTACAACCAGACTCAAGTTGACAACATTACTGAGCTGGAACGGAG                         GCTGGAGGATGCTGGTTATGCTGTTGGTGCAAG
genomic: GTTCAGTACAACCAGACTCAAGTTGACAACATTACTGAGCTGGAACGGAGgtaactctat ... tcatgcacagGCTGGAGGATGCTGGTTATGCTGTTGGTGCAAG
EST: gi|211015957|gb|FL234133.1|FL234133
EST:     GTTCAGTACAACCAGACTCAAGTTGACAACATTACTGAGCTGGAACGGAG                         GCTGGAGGATGCTGGTTATGCTGTTGGTGCAAGGGTGCTTGAACTACTCTG
genomic: GTTCAGTACAACCAGACTCAAGTTGACAACATTACTGAGCTGGAACGGAGgtaactctat ... tcatgcacagGCTGGAGGATGCTGGTTATGCTGTTGGTGCAAGGGTGCTTGAACTACTCTG
EST: gi|60339805|gb|DN206778.1|DN206778
EST:     GTTCAGTACAACCAGACTCAAGTTGACAACATTACTGAGCTGGAACGGAG                         GCTGGAGGATGCTGGTTATGCTGTTGGTGCAAGGGTGCTTGAACTACTCTG
genomic: GTTCAGTACAACCAGACTCAAGTTGACAACATTACTGAGCTGGAACGGAGgtaactctat ... tcatgcacagGCTGGAGGATGCTGGTTATGCTGTTGGTGCAAGGGTGCTTGAACTACTCTG
EST: gi|211165568|gb|FL234164.1|FL234164
EST:     GTTCAGTACAACCAGACTCAAGTTGACAACATTACTGAGCTGGAACGGAG                         GCTGGAGGATGCTGGTTATGCTGTTGGTGCAAGGGTGCTTGAACTACTCTG
genomic: GTTCAGTACAACCAGACTCAAGTTGACAACATTACTGAGCTGGAACGGAGgtaactctat ... tcatgcacagGCTGGAGGATGCTGGTTATGCTGTTGGTGCAAGGGTGCTTGAACTACTCTG
EST: gi|211018739|gb|FL234143.1|FL234143
EST:     GTTCAGTACAACCAGACTCAAGTTGACAACATTACTGAGCTGGAACGGAG                         GCTGGAGGATGCTGGTTATGCTGTTGGTGCAAGGGTGCTTGAACTACTCTG
genomic: GTTCAGTACAACCAGACTCAAGTTGACAACATTACTGAGCTGGAACGGAGgtaactctat ... tcatgcacagGCTGGAGGATGCTGGTTATGCTGTTGGTGCAAGGGTGCTTGAACTACTCTG
EST: gi|211167220|gb|FL234170.1|FL234170
EST:     GTTCAGTACAACCAGACTCAAGTTGACAACATTACTGAGCTGGAACGGAG                         GCTGGAGGATGCTGGTTATGCTGTTGGTGCAAGGGTGCTTGAACTACTCTG
genomic: GTTCAGTACAACCAGACTCAAGTTGACAACATTACTGAGCTGGAACGGAGgtaactctat ... tcatgcacagGCTGGAGGATGCTGGTTATGCTGTTGGTGCAAGGGTGCTTGAACTACTCTG
EST: gi|211015959|gb|FL234135.1|FL234135
EST:     GTTCAGTACAACCAGACTCAAGTTGACAACATTACTGAGCTGGAACGGAG                         GCTGGAGGATGCTGGTTATGCTGTTGGTGCAAGGGTGCTTGAACTACTCTG
genomic: GTTCAGTACAACCAGACTCAAGTTGACAACATTACTGAGCTGGAACGGAGgtaactctat ... tcatgcacagGCTGGAGGATGCTGGTTATGCTGTTGGTGCAAGGGTGCTTGAACTACTCTG
EST: gi|211167226|gb|FL234176.1|FL234176
EST:     GTTCAGTACAACCAGACTCAAGTTGACAACATTACTGAGCTGGAACGGAG                         GCTGGAGGATGCTGGTTATGCTGTTGGTGCAAAGGGTGCTTGAACTACTCT
genomic: GTTCAGTACAACCAGACTCAAGTTGACAACATTACTGAGCTGGAACGGAGgtaactctat ... tcatgcacagGCTGGAGGATGCTGGTTATGCTGTTGGTGCAA-GGGTGCTTGAACTACTCT
EST: gi|211010396|gb|FL234102.1|FL234102
EST:     GTTCAGTACAACCAGACTCAAGTTGACAACATTACTGAGCTGGAACGGAG                         GCTGGAGGATGCTGGTTATGCTGTTGGTGCAAGGGTGCTTGAACTACTCTG
genomic: GTTCAGTACAACCAGACTCAAGTTGACAACATTACTGAGCTGGAACGGAGgtaactctat ... tcatgcacagGCTGGAGGATGCTGGTTATGCTGTTGGTGCAAGGGTGCTTGAACTACTCTG
EST: gi|211165569|gb|FL234165.1|FL234165
EST:     GTTCAGTACAACCAGACTCAAGTTGACAACATTACTGAGCTGGAACGGAG                         GCTGGAGGATGCTGGTTATGCTGTTGGTGCAAGGGTGCTTGAACTACTCTG
genomic: GTTCAGTACAACCAGACTCAAGTTGACAACATTACTGAGCTGGAACGGAGgtaactctat ... tcatgcacagGCTGGAGGATGCTGGTTATGCTGTTGGTGCAAGGGTGCTTGAACTACTCTG
EST: gi|211165558|gb|FL234154.1|FL234154
EST:     GTTCAGTACAACCAGACTCAAGTTGACAACATTACTGAGCTGGAACGGAG                         GCTGGAGGATGCTGGTTATGCTGTTGGTGCAAGGGTGCTTGAACTACTCTG
genomic: GTTCAGTACAACCAGACTCAAGTTGACAACATTACTGAGCTGGAACGGAGgtaactctat ... tcatgcacagGCTGGAGGATGCTGGTTATGCTGTTGGTGCAAGGGTGCTTGAACTACTCTG
EST: gi|211018743|gb|FL234147.1|FL234147
EST:     GTTCAGTACAACCAGACTCAAGTTGACAACATTACTGAGCTGGAACGGAG                         GCTGGAGGATGCTGGTTATGCTGTTGGTGCAAGGGTGCTTGAACTACTCTG
genomic: GTTCAGTACAACCAGACTCAAGTTGACAACATTACTGAGCTGGAACGGAGgtaactctat ... tcatgcacagGCTGGAGGATGCTGGTTATGCTGTTGGTGCAAGGGTGCTTGAACTACTCTG
EST: gi|211165561|gb|FL234157.1|FL234157
EST:     GTTCAGTACAACCAGACTCAAGTTGACAACATTACTGAGCTGGAACGGAG                         GCTGGAGGATGCTGGTTATGCTGTTGGTGCAAGGGTGCTTGAACTACTCTG
genomic: GTTCAGTACAACCAGACTCAAGTTGACAACATTACTGAGCTGGAACGGAGgtaactctat ... tcatgcacagGCTGGAGGATGCTGGTTATGCTGTTGGTGCAAGGGTGCTTGAACTACTCTG
EST: gi|71424453|gb|DR806315.1|DR806315
EST:     GTTCAGTACAACCAGACTCAAGTTGACAACATTACTGATCTGGAACGGAG                         GCTGGAGGATGCTGGTTATGCTGTTGGTGCAAGGGTGCTTGAACTACTCTG
genomic: GTTCAGTACAACCAGACTCAAGTTGACAACATTACTGAGCTGGAACGGAGgtaactctat ... tcatgcacagGCTGGAGGATGCTGGTTATGCTGTTGGTGCAAGGGTGCTTGAACTACTCTG
EST: gi|22472973|gb|BU037453.1|BU037453
EST:     GTTCAGTACAACCAGACTCAAGTTGACAACATTACTGAGCTGGAACGGAG                         GCTGGAGGATGCTGGTTATGCTGTTGGTGCAAGGGTGCTTGAACTACTCTG
genomic: GTTCAGTACAACCAGACTCAAGTTGACAACATTACTGAGCTGGAACGGAGgtaactctat ... tcatgcacagGCTGGAGGATGCTGGTTATGCTGTTGGTGCAAGGGTGCTTGAACTACTCTG
EST: gi|211013172|gb|FL234114.1|FL234114
EST:     GTTCAGTACAACCAGACTCAAGTTGACAACATTACTGAGCTGGAACGGAG                         GCTGGAGGATGCTGGTTATGCTGTTGGTGCAAGGGTGCTTGAACTACTCTG
genomic: GTTCAGTACAACCAGACTCAAGTTGACAACATTACTGAGCTGGAACGGAGgtaactctat ... tcatgcacagGCTGGAGGATGCTGGTTATGCTGTTGGTGCAAGGGTGCTTGAACTACTCTG
EST: gi|211018741|gb|FL234145.1|FL234145
EST:     GTTCAGTACAACCAGACTCAAGTTGACAACATTACTGAGCTGGAACGGAG                         GCTGGAGGATSCTGGTTATGCTGTTGGTGCAAGGGTGCTTGA
genomic: GTTCAGTACAACCAGACTCAAGTTGACAACATTACTGAGCTGGAACGGAGgtaactctat ... tcatgcacagGCTGGAGGATGCTGGTTATGCTGTTGGTGCAAGGGTGCTTGA
EST: gi|211018745|gb|FL234149.1|FL234149
EST:     GTTCAGTACAACCAGACTCAAGTTGACAACATTACTGAGCTGGAACGGAG                         GCTGGAGGATGCTGGTTATGCTGTTGGTGCAAGGGTGCTTGAACTACTCTG
genomic: GTTCAGTACAACCAGACTCAAGTTGACAACATTACTGAGCTGGAACGGAGgtaactctat ... tcatgcacagGCTGGAGGATGCTGGTTATGCTGTTGGTGCAAGGGTGCTTGAACTACTCTG
EST: gi|211167221|gb|FL234171.1|FL234171
EST:     GTTCAGTACAACCAGACTCAAGTTGACAACATTACTGAGCTGGAACGGAG                         GCTGGAGGATGCTGGTTATGCTGTTGGTGCAAGGGTGCTTGAACTACTCTG
genomic: GTTCAGTACAACCAGACTCAAGTTGACAACATTACTGAGCTGGAACGGAGgtaactctat ... tcatgcacagGCTGGAGGATGCTGGTTATGCTGTTGGTGCAAGGGTGCTTGAACTACTCTG
EST: gi|211010393|gb|FL234099.1|FL234099
EST:     GTTCAGTACAACCAGACTCAAGTTGACAACATTACTGAGCTGGAACGGAG                         GCTGGAGGATGCTGGTTATGCTGTTGGTGCAAGGGTGCTTGAACTACTCTG
genomic: GTTCAGTACAACCAGACTCAAGTTGACAACATTACTGAGCTGGAACGGAGgtaactctat ... tcatgcacagGCTGGAGGATGCTGGTTATGCTGTTGGTGCAAGGGTGCTTGAACTACTCTG
EST: gi|211165571|gb|FL234167.1|FL234167
EST:     GTTCAGTACAACCAGACTCAAGTTGACAACATTACTGAGCTGGAACGGAG                         GCTGGAGGATGCTGGTTATGCTGTTGGTGCAAGGGTGCTTGAACTACTCTG
genomic: GTTCAGTACAACCAGACTCAAGTTGACAACATTACTGAGCTGGAACGGAGgtaactctat ... tcatgcacagGCTGGAGGATGCTGGTTATGCTGTTGGTGCAAGGGTGCTTGAACTACTCTG
EST: gi|211010395|gb|FL234101.1|FL234101
EST:     GTTCAGTACAACCAGACTCAAGTTGACAACATTACTGAGCTGGAACGGAG                         GCTGGAGGATGCTGGTTATGCTGTTGGTGCAAGGGTGCTTGAACTACTCTG
genomic: GTTCAGTACAACCAGACTCAAGTTGACAACATTACTGAGCTGGAACGGAGgtaactctat ... tcatgcacagGCTGGAGGATGCTGGTTATGCTGTTGGTGCAAGGGTGCTTGAACTACTCTG
EST: gi|32847348|gb|CD987029.1|CD987029
EST:     ACAACCAGACTCAAGTTGACAACATTACTGAGCTGGAACGGAG                         GCTGGAGGATGCTGGTTATGCTGTTGGTGCAAGGGTGCTTGAACTACTCTG
genomic: ACAACCAGACTCAAGTTGACAACATTACTGAGCTGGAACGGAGgtaactctat ... tcatgcacagGCTGGAGGATGCTGGTTATGCTGTTGGTGCAAGGGTGCTTGAACTACTCTG
EST: gi|211013168|gb|FL234110.1|FL234110
EST:     GTTCAGTACAACCAGACTCAAGTTGACAACATTACTGAGCTGGAACGGAG                         GCTGGAGGATGCTGGTTATGCTGTTGGTGCAAGGGTGCTTGAACTACTCTG
genomic: GTTCAGTACAACCAGACTCAAGTTGACAACATTACTGAGCTGGAACGGAGgtaactctat ... tcatgcacagGCTGGAGGATGCTGGTTATGCTGTTGGTGCAAGGGTGCTTGAACTACTCTG
EST: gi|211167218|gb|FL234168.1|FL234168
EST:     GTTCAGTACAACCAGACTCAAGTTGACAACATTACTGAGCTGGAACGGAG                         GCTGGAGGATGCTGGTTATGCTGTTGGTGCAAGGGTGCTTGAACTACTCTG
genomic: GTTCAGTACAACCAGACTCAAGTTGACAACATTACTGAGCTGGAACGGAGgtaactctat ... tcatgcacagGCTGGAGGATGCTGGTTATGCTGTTGGTGCAAGGGTGCTTGAACTACTCTG
EST: gi|211010392|gb|FL234098.1|FL234098
EST:     GTTCAGTACAACCAGACTCAAGTTGACAACATTACTGAGCTGGAACGGAG                         GCTGGAGGATGCTGGTTATGCTGTTGGTGCAAGGGTGCTTGAACTACTCTG
genomic: GTTCAGTACAACCAGACTCAAGTTGACAACATTACTGAGCTGGAACGGAGgtaactctat ... tcatgcacagGCTGGAGGATGCTGGTTATGCTGTTGGTGCAAGGGTGCTTGAACTACTCTG
EST: gi|211018747|gb|FL234151.1|FL234151
EST:     GTTCAGTACAACCAGACTCAAGTTGACAACATTACTGAGCTGGAACGGAG                         GCTGGAGGATGCTGGTTATGCTGTTGGTGCAAGGGTGCTTGAACTACTCTG
genomic: GTTCAGTACAACCAGACTCAAGTTGACAACATTACTGAGCTGGAACGGAGgtaactctat ... tcatgcacagGCTGGAGGATGCTGGTTATGCTGTTGGTGCAAGGGTGCTTGAACTACTCTG
EST: gi|211015949|gb|FL234125.1|FL234125
EST:     GTTCAGTACAACCAGACTCAAGTTGACAACATTACTGAGCTGGAACGGAG                         GCTGGAGGATGCTGGTTATGCTGTTGGTGCAAGGGTGCTTGAACTACTCTG
genomic: GTTCAGTACAACCAGACTCAAGTTGACAACATTACTGAGCTGGAACGGAGgtaactctat ... tcatgcacagGCTGGAGGATGCTGGTTATGCTGTTGGTGCAAGGGTGCTTGAACTACTCTG
EST: gi|211165564|gb|FL234160.1|FL234160
EST:     GTTCAGTACAACCAGACTCAAGTTGACAACATTACTGAGCTGGAACGGAG                         GCTGGAGGATGCTGGTTATGCTGTTGGTGCAAGGGTGCTTGAACTACTCTG
genomic: GTTCAGTACAACCAGACTCAAGTTGACAACATTACTGAGCTGGAACGGAGgtaactctat ... tcatgcacagGCTGGAGGATGCTGGTTATGCTGTTGGTGCAAGGGTGCTTGAACTACTCTG
EST: gi|21432154|gb|BQ547644.1|BQ547644
EST:     GTTCAGTACAACCAGACTCAAGTTGACAACATTACTGAGCTGGAACGGAG                         GCTGGAGGATGCTGGTTATGCTGTTGGTGCAAGGGTGCTTGAACTACTCTG
genomic: GTTCAGTACAACCAGACTCAAGTTGACAACATTACTGAGCTGGAACGGAGgtaactctat ... tcatgcacagGCTGGAGGATGCTGGTTATGCTGTTGGTGCAAGGGTGCTTGAACTACTCTG
EST: gi|211167222|gb|FL234172.1|FL234172
EST:     GTTCAGTACAACCAGACTCAAGTTGACAACATTACTGAGCTGGAACGGAG                         GCTGGAGGATGCTGGTTATGCTGTTGGTGCAAGGGTGCTTGAACTACTCTG
genomic: GTTCAGTACAACCAGACTCAAGTTGACAACATTACTGAGCTGGAACGGAGgtaactctat ... tcatgcacagGCTGGAGGATGCTGGTTATGCTGTTGGTGCAAGGGTGCTTGAACTACTCTG
EST: gi|211165563|gb|FL234159.1|FL234159
EST:     GTTCAGTACAACCAGACTCAAGTTGACAACATTACTGAGCTGGAACGGAG                         GCTGGAGGATGCTGGTTATGCTGTTGGTGCAAGGGTGCTTGAACTACTCTG
genomic: GTTCAGTACAACCAGACTCAAGTTGACAACATTACTGAGCTGGAACGGAGgtaactctat ... tcatgcacagGCTGGAGGATGCTGGTTATGCTGTTGGTGCAAGGGTGCTTGAACTACTCTG
EST: gi|211010394|gb|FL234100.1|FL234100
EST:     GTTCAGTACAACCAGACTCAAGTTGACAACATTACTGAGCTGGAACGGAG                         GCTGGAGGATGCTGGTTATGCTGTTGGTGCAAGGGTGCTTGAACTACTCTG
genomic: GTTCAGTACAACCAGACTCAAGTTGACAACATTACTGAGCTGGAACGGAGgtaactctat ... tcatgcacagGCTGGAGGATGCTGGTTATGCTGTTGGTGCAAGGGTGCTTGAACTACTCTG
EST: gi|211010401|gb|FL234107.1|FL234107
EST:     GTTCAGTACAACCAGACTCAAGTTGACAACATTACTGAGCTGGAACGGAG                         GCTGGAGGATGCTGGTTATGCTGTTGGTGCAAGGGTGCTTGAACTACTCTG
genomic: GTTCAGTACAACCAGACTCAAGTTGACAACATTACTGAGCTGGAACGGAGgtaactctat ... tcatgcacagGCTGGAGGATGCTGGTTATGCTGTTGGTGCAAGGGTGCTTGAACTACTCTG
EST: gi|211015947|gb|FL234123.1|FL234123
EST:     GTTCAGTACAACCAGACTCAAGTTGACAACATTACTGAGCTGGAACGGAG                         GCTGGAGGATGCTGGTTATGCTGTTGGTGCAAGGGTGCTTGAACTACTCTG
genomic: GTTCAGTACAACCAGACTCAAGTTGACAACATTACTGAGCTGGAACGGAGgtaactctat ... tcatgcacagGCTGGAGGATGCTGGTTATGCTGTTGGTGCAAGGGTGCTTGAACTACTCTG
EST: gi|211015958|gb|FL234134.1|FL234134
EST:     GTTCAGTACAACCAGACTCAAGTTGACAACATTACTGAGCTGGAACGGAG                         GCTGGAGGATGCTGGTTATGCTGTTGGTGCAAGGGTGCTTGAACTACTCTG
genomic: GTTCAGTACAACCAGACTCAAGTTGACAACATTACTGAGCTGGAACGGAGgtaactctat ... tcatgcacagGCTGGAGGATGCTGGTTATGCTGTTGGTGCAAGGGTGCTTGAACTACTCTG
EST: gi|211015956|gb|FL234132.1|FL234132
EST:     GTTCAGTACAACCAGACTCAAGTTGACAACATTACTGAGCTGGAACGGAG                         GCTGGAGGATGCTGGTTATGCTGTTGGTGCAAGGGTGCTTGAACTACTCTG
genomic: GTTCAGTACAACCAGACTCAAGTTGACAACATTACTGAGCTGGAACGGAGgtaactctat ... tcatgcacagGCTGGAGGATGCTGGTTATGCTGTTGGTGCAAGGGTGCTTGAACTACTCTG
EST: gi|211013176|gb|FL234118.1|FL234118
EST:     GTTCAGTACAACCAGACTCAAGTTGACAACATTACTGAGCTGGAACGGAG                         GCTGGAGGATGCTGGTTATGCTGTTGGTGCAAGGGTGCTTGAACTACTCTG
genomic: GTTCAGTACAACCAGACTCAAGTTGACAACATTACTGAGCTGGAACGGAGgtaactctat ... tcatgcacagGCTGGAGGATGCTGGTTATGCTGTTGGTGCAAGGGTGCTTGAACTACTCTG
EST: gi|211018734|gb|FL234138.1|FL234138
EST:     GTTCAGTACAACCAGACTCAAGTTGACAACATTACTGAGCTGGAACGGAG                         GCTGGAGGATGCTGGTTATGCTGTTGGTGCAAGGGTGCTTGAACTACTCTG
genomic: GTTCAGTACAACCAGACTCAAGTTGACAACATTACTGAGCTGGAACGGAGgtaactctat ... tcatgcacagGCTGGAGGATGCTGGTTATGCTGTTGGTGCAAGGGTGCTTGAACTACTCTG

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 4 RNA-Seq libraries.


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 190

GTCAGTTTGAGTGCATTTGCATTCTTGTTCTCTGAGTTGGTTCAGTACAACCAGACTCAAGTTGACAACATTACTGAGCTGGAACGGAGgtaactctat ... tcatgcacagGCTGGAGGATGCTGGTTATGCTGTTGGTGCAAGGGTGCTTGAACTACTCTGTCACAGGGAGAAG


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 175

GTCAGTTTGAGTGCATTTGCATTCTTGTTCTCTGAGTTGGTTCAGTACAACCAGACTCAAGTTGACAACATTACTGAGCTGGAACGGAGgtaactctat ... tcatgcacagGCTGGAGGATGCTGGTTATGCTGTTGGTGCAAGGGTGCTTGAACTACTCTGTCACAGGGAGAAG


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 229

GTCAGTTTGAGTGCATTTGCATTCTTGTTCTCTGAGTTGGTTCAGTACAACCAGACTCAAGTTGACAACATTACTGAGCTGGAACGGAGgtaactctat ... tcatgcacagGCTGGAGGATGCTGGTTATGCTGTTGGTGCAAGGGTGCTTGAACTACTCTGTCACAGGGAGAAG


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 127

GTCAGTTTGAGTGCATTTGCATTCTTGTTCTCTGAGTTGGTTCAGTACAACCAGACTCAAGTTGACAACATTACTGAGCTGGAACGGAGgtaactctat ... tcatgcacagGCTGGAGGATGCTGGTTATGCTGTTGGTGCAAGGGTGCTTGAACTACTCTGTCACAGGGAGAAG




 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

aaattgatttataaatctctctgcgctacatctgttggttttgtttcatgcacagGCTGGAGGATGCTGGTTATGCTGTTGGTGCAAGGGTGCTTGAACTACTCTGTCACAGGGAGAAG
 aattgat  putative branch site (score: 127)
                                      ttttgtttc  putative PPT
      atttataaatctct  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
ccacatgctactaacttgtacccagatcagataaattctttcagtaaattgatttataaatctctctgcgctacatctgttggttttgtttcatgcacagGCTGGAGGATGCTGGTTATGCTGTTGGTGCAAGGGTGCTTGAACTACTCTGTCACAGGGAGAAG

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  ATGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GCTGTT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GGAGAA
- - -tgctact
- - - - - - - - - - - - - -cagataaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ctacatc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -tgttggt