Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...aaactccttatagcaatgatatgggttgttcattttgctgaacagtattatgttacactgtaaattgtgctgccgtttaatcttagtggtgtttcattagGTGGCAATATGTGCTTGAATACAGCAAAACCATTGGCAGTCTCCTTGGGAACCCAGACCCTTCTGGTTTCATGATTGAAGAACCCAAGACAATTCTTAAG

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G409430_T01
intron # 1
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G409430_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 1
lower sequence: LOC_Os01g54240.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 1
---aaactccttatagcaatgatatgggttgttcattttgctgaacagtattatgttacactgtaaattgtgctgccgtttaatcttagtggtgtttcattagGTGGCAATATGTGCTTGAATACAGCAAAACCATTGGCAGTCTCCTTGGGAACCCAGAC---CCTTCTGGTTTCATGATTGAAGAACCCAAGACAATTCTTAAG
     |||  |||||    | || | | |    | | |  ||         |||   |   | |  || |||||  | | | ||  || |  |||||  | |||||||||||||||||||||||||| |||||||| || ||||||||||||||||||||    | ||||| || ||||||||| || || ||||  || |||   
taatcactgtttatacagttaatctagatcaaacctctgcctagtataagctat-ccattttttccat-gtgcttgcttctgattctacta-tgttttgtcagGTGGCAATATGTGCTTGAATACAGTAAAACCATCGGTAGTCTCCTTGGGAACCCAGATTCTCTTTCTGCTTACATGATTGATGACCCAAAGATGATCCTT---
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|18661883|gb|BM501632.1|BM501632
EST:     GATGTTGCTACTATGTCGCACGTGCCCTCAGTCCCTGATCATGCAGAATG                         GTGGCAATATGTGCTTGAATACAGCAAAACCATTGGCAGTCTCCTTGGGAA
genomic: GATGTTGCTACTATGTCGCACGTGCCCTCAGTCCCTGATCATGCAGAATGgtgaacttca ... gtttcattagGTGGCAATATGTGCTTGAATACAGCAAAACCATTGGCAGTCTCCTTGGGAA
EST: gi|101391554|gb|EB817713.1|EB817713
EST:     GATGTTGCTACTATGTCGCACGTGCCCTCAGTCCCTGATCATGCAGAATG                         GTGGCAATATGTGCTTGAATACAGCAAAACCATTGGCAGTCTCCTTGGGAA
genomic: GATGTTGCTACTATGTCGCACGTGCCCTCAGTCCCTGATCATGCAGAATGgtgaacttca ... gtttcattagGTGGCAATATGTGCTTGAATACAGCAAAACCATTGGCAGTCTCCTTGGGAA
EST: gi|71423081|gb|DR805945.1|DR805945
EST:     GATGTTGCTACTATGTCGCACGTGCCCTCAGTCCCTGATCATGCAGAATG                         GTGGCAATATGTGCTTGAATACAGCAAAACCATTGGCAGTCTCCTTGGGAA
genomic: GATGTTGCTACTATGTCGCACGTGCCCTCAGTCCCTGATCATGCAGAATGgtgaacttca ... gtttcattagGTGGCAATATGTGCTTGAATACAGCAAAACCATTGGCAGTCTCCTTGGGAA
EST: gi|149010019|gb|EE041829.2|EE041829
EST:     GATGTTGCTACTATGTCGCACGTGCCCTCAGTCCCTGATCATGCAGAATG                         GTGGCAATATGTGCTTGAATACAGCAAAACCATTGGCAGTCTCCTTGGGAA
genomic: GATGTTGCTACTATGTCGCACGTGCCCTCAGTCCCTGATCATGCAGAATGgtgaacttca ... gtttcattagGTGGCAATATGTGCTTGAATACAGCAAAACCATTGGCAGTCTCCTTGGGAA
EST: gi|101401938|gb|EB822595.1|EB822595
EST:     GATGTTGCTACTATGTCGCACGTGCCCTCAGTCCCTGATCATGCAGAATG                         GTGGCAATATGTGCTTGAATACAGCAAAACCATTGGCAGTCTCCTTGGGAA
genomic: GATGTTGCTACTATGTCGCACGTGCCCTCAGTCCCTGATCATGCAGAATGgtgaacttca ... gtttcattagGTGGCAATATGTGCTTGAATACAGCAAAACCATTGGCAGTCTCCTTGGGAA
EST: gi|71449560|gb|DR830610.1|DR830610
EST:     GATGTTGCTACTATGTCGCACGTGCCCTCAGTCCCTGATCATGCAGAATG                         GTGGCAATATGTGCTTGAATACAGCAAAACCATTGGCAGTCTCCTTGGGAA
genomic: GATGTTGCTACTATGTCGCACGTGCCCTCAGTCCCTGATCATGCAGAATGgtgaacttca ... gtttcattagGTGGCAATATGTGCTTGAATACAGCAAAACCATTGGCAGTCTCCTTGGGAA
EST: gi|149015081|gb|EE044836.2|EE044836
EST:     GATGTTGCTACTATGTCGCACGTGCCCTCAGTCCCTGATCATGCAGAATG                         GTGGCAATATGTGCTTGAATACAGCAAAACCATTGGCAGTCTCCTTGGGAA
genomic: GATGTTGCTACTATGTCGCACGTGCCCTCAGTCCCTGATCATGCAGAATGgtgaacttca ... gtttcattagGTGGCAATATGTGCTTGAATACAGCAAAACCATTGGCAGTCTCCTTGGGAA
EST: gi|78113107|gb|DV531501.1|DV531501
EST:     GATGTTGCTACTATGTCGCACGTGCCCTCAGTCCCTGATCATGCAGAATG                         GTGGCAATATGTGCTTGAATACAGCAAAACCATTGGCAGTCTCCTTGGGAA
genomic: GATGTTGCTACTATGTCGCACGTGCCCTCAGTCCCTGATCATGCAGAATGgtgaacttca ... gtttcattagGTGGCAATATGTGCTTGAATACAGCAAAACCATTGGCAGTCTCCTTGGGAA
EST: gi|18963165|gb|BM660276.1|BM660276
EST:     GATGTTGCTACTATGTCGCACGTGCCCTCAGTCCCTGATCATGCAGAATG                         GTGGCAATATGTGCTTGAATACAGCAAAACCATTGGCAGTCTCCTTGGGAA
genomic: GATGTTGCTACTATGTCGCACGTGCCCTCAGTCCCTGATCATGCAGAATGgtgaacttca ... gtttcattagGTGGCAATATGTGCTTGAATACAGCAAAACCATTGGCAGTCTCCTTGGGAA


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tattatgttacactgtaaattgtgctgccgtttaatcttagtggtgtttcattagGTGGCAATATGTGCTTGAATACAGCAAAACCATTGGCAGTCTCCTTGGGAACCCAGACCCTTCTGGTTTCATGATTGAAGAACCCAAGACAATTCTTAAG
                             gtttaat  putative branch site (score: 4)
                                              tttcatt  putative PPT
                              tttaatctta  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
aaactccttatagcaatgatatgggttgttcattttgctgaacagtattatgttacactgtaaattgtgctgccgtttaatcttagtggtgtttcattagGTGGCAATATGTGCTTGAATACAGCAAAACCATTGGCAGTCTCCTTGGGAACCCAGACCCTTCTGGTTTCATGATTGAAGAACCCAAGACAATTCTTAAG

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TTGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  TGAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AAGAAC