1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' | 11 5' 3' |
...agttgatggacctagatgacacctccttaaaaaatttaatggacctatggtgcattttaatcttttgttgatcgactatactcaatgttgaactctttagGTACTCTCTTTTTAAACTCGGAACCATGATAGCTTCAAGAGTAGTGATGTTTCTTCCTCGCAACATTGACCTAAACCAATTGGCGGACATGTCCTTGTCT
species | Zea mays |
transcript | GRMZM2G347808_T02 |
intron # | 10 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: GCCAAAGTTGATGTTTATGATATGAAAAGCATGCTTATTCCTTGTGATGG GTACTCTCTTTTTAAACTCGGAACCATGATAGCTTCAAGAGTAGTGATGTTEST: gi|76015415|gb|DT942585.1|DT942585
genomic: GCCAAAGTTGATGTTTATGATATGAAAAGCATGCTTATTCCTTGTGATGGgttagttcct ... aactctttagGTACTCTCTTTTTAAACTCGGAACCATGATAGCTTCAAGAGTAGTGATGTT
EST: GCCAAAGTTGATGTTTATGATATGAAAAGCATGCTTATTCCTTGTGATGG GTACTCTCTTTTTAAACTCGGAACCATGATAGCTTCAAGAGTAGTGATGTTEST: gi|211494134|gb|FK959680.1|FK959680
genomic: GCCAAAGTTGATGTTTATGATATGAAAAGCATGCTTATTCCTTGTGATGGgttagttcct ... aactctttagGTACTCTCTTTTTAAACTCGGAACCATGATAGCTTCAAGAGTAGTGATGTT
EST: GCCAAAGTTGATGTTTATGATATGAAAAGCATGCTTATTCCTTGTGATGG GTACTCTCTTTTTAAACTCGGAACCATGATAGCTTCAAGAGTAGTGATGTTEST: gi|71762989|gb|DR960926.1|DR960926
genomic: GCCAAAGTTGATGTTTATGATATGAAAAGCATGCTTATTCCTTGTGATGGgttagttcct ... aactctttagGTACTCTCTTTTTAAACTCGGAACCATGATAGCTTCAAGAGTAGTGATGTT
EST: GCCAAAGTTGATGTTTATGATATGAAAAGCATGCTTATTCCTTGTGATGG GTACTCTCTTTTTAAACTCGGAACCATGATAGCTTCAAGAGTAGTGATGTTEST: gi|76020625|gb|DT947795.1|DT947795
genomic: GCCAAAGTTGATGTTTATGATATGAAAAGCATGCTTATTCCTTGTGATGGgttagttcct ... aactctttagGTACTCTCTTTTTAAACTCGGAACCATGATAGCTTCAAGAGTAGTGATGTT
EST: GTTGATGTTTATGATATGAAAAGCATGCTTATTCCTTGTGATGG GTACTCTCTTTTTAAACTCGGAACCATGATAGCTTCAAGAGTAGTGATGTTEST: gi|60394235|gb|DN227105.1|DN227105
genomic: GTTGATGTTTATGATATGAAAAGCATGCTTATTCCTTGTGATGGgttagttcct ... aactctttagGTACTCTCTTTTTAAACTCGGAACCATGATAGCTTCAAGAGTAGTGATGTT
EST: GCCAAAGTTGATGTTTATGATATGAAAAGCATGCTTATTCCTTGTGATGG GTACTCTCTTTTTAAACTCGGAACCATGATAGCTTCAAGAGTAGTGATGTTEST: gi|211494133|gb|FK959679.1|FK959679
genomic: GCCAAAGTTGATGTTTATGATATGAAAAGCATGCTTATTCCTTGTGATGGgttagttcct ... aactctttagGTACTCTCTTTTTAAACTCGGAACCATGATAGCTTCAAGAGTAGTGATGTT
EST: GCCAAAGTTGATGTTTATGATATGAAAAGCATGCTTATTCCTTGTGATGG GTACTCTCTTTTTAAACTCGGAACCATGATAGEST: gi|76020624|gb|DT947794.1|DT947794
genomic: GCCAAAGTTGATGTTTATGATATGAAAAGCATGCTTATTCCTTGTGATGGgttagttcct ... aactctttagGTACTCTCTTTTTAAACTCGGAACCATGATAG
EST: AAAAGCATGC-TATTTCTTGGGATGG GTACTCTCTTTTTAAACTCGGAACCATGATAGCTTCAAGAGTAGTGATGTT
genomic: AAAAGCATGCTTATTCCTTGTGATGGgttagttcct ... aactctttagGTACTCTCTTTTTAAACTCGGAACCATGATAGCTTCAAGAGTAGTGATGTT
tatggtgcattttaatcttttgttgatcgactatactcaatgttgaactctttagGTACTCTCTTTTTAAACTCGGAACCATGATAGCTTCAAGAGTAGTGATGTTTCTTCCTCGCAACATTGACCTAAACCAATTGGCGGACATGTCCTTGTCT
ctcttt CT-rich tract
attttaatcttttgtt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| agttgatggacctagatgacacctccttaaaaaatttaatggacctatggtgcattttaatcttttgttgatcgactatactcaatgttgaactctttagGTACTCTCTTTTTAAACTCGGAACCATGATAGCTTCAAGAGTAGTGATGTTTCTTCCTCGCAACATTGACCTAAACCAATTGGCGGACATGTCCTTGTCT
-gttgatg
- - - - - - - - - -cacctcc
- - - - - - - - - - - - - - aaaaaat
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -gtgcatt
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -aatgttg