Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtatgacgctggaacattttgagattgttgtggcaacacctttgtcacccgttgaataaccagatcagtactctttgactataaaaaagGACCTTGGTGCCATCGCAAACCCAATGTTCAAGCTGAAGGGGCCTACAATGCTGCAAGGCAGCTACAGCCCTGCGTTTCCCCTGAAGCATCAGCAGAAGG

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G153984_T01
intron # 6
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|60397979|gb|DN230795.1|DN230795
EST:     CCATTGTATGATGGTATGATTCCTGCATTTGATGTACTGGGGAAGAAGTCATTCTTTCTGGGAGAGATTGGAAATGGGGCAAAGATGAAGCTTGTGGTCAACATGGTCATGGGAA
genomic: CCATTGTATGATGGTATGATTCCTGCATTTGATGTACTGGGGAAGAAGTCATTCTTTCTGGGAGAGATTGGAAATGGGGCAAAGATGAAGCTTGTGGTCAACATGGTCATGGGAA
EST: gi|60350258|gb|DN217231.1|DN217231
EST:     CCATTGTATGATGGTATGATTCCTGCATTTGATGTACTGGGGAAGAAGTCATTCTTTCTGGGAGAGATTGGAAATGGGGCAAAGATGAAGCTTGTGGTCAACATGGTCATGGGAA
genomic: CCATTGTATGATGGTATGATTCCTGCATTTGATGTACTGGGGAAGAAGTCATTCTTTCTGGGAGAGATTGGAAATGGGGCAAAGATGAAGCTTGTGGTCAACATGGTCATGGGAA
EST: gi|13558888|gb|BG550243.1|BG550243
EST:     GTTTGGCCGACAAAAGTGGGCTGAGCCCCCAAACACTTCTTGATGTACTG                         GACCTTGGTGCCATCGCAAACCCAATGTTCAAGCTGAAGGGGCCTACAATG
genomic: GTTTGGCCGACAAAAGTGGGCTGAGCCCCCAAACACTTCTTGATGTACTGgtatgacgct ... tataaaaaagGACCTTGGTGCCATCGCAAACCCAATGTTCAAGCTGAAGGGGCCTACAATG
EST: gi|148969717|gb|EE020589.2|EE020589
EST:     AAAGGGGGGTGAGCCCCCCAAACACTTCTTGATGTACTG                         GACCTTGGTGCCATCGCAAACCCAATGTTCAAGCTGAAGGGGCCTACAATG
genomic: AAAGTGGGCTGAG-CCCCCAAACACTTCTTGATGTACTGgtatgacgct ... tataaaaaagGACCTTGGTGCCATCGCAAACCCAATGTTCAAGCTGAAGGGGCCTACAATG
EST: gi|148969030|gb|EE019740.2|EE019740
EST:     CCATTGTATGATGGTATGATTCCTGCATTTGATGTACTGGGGAAGAAGTCATTCTTTCTGGGAGAGATTGGAAATGGGGCAAAGATGAAGCTTGTGGTCAACATGGTCATGGGAA
genomic: CCATTGTATGATGGTATGATTCCTGCATTTGATGTACTGGGGAAGAAGTCATTCTTTCTGGGAGAGATTGGAAATGGGGCAAAGATGAAGCTTGTGGTCAACATGGTCATGGGAA
EST: gi|149112754|gb|EE295577.2|EE295577
EST:     CCATTGTATGATGGTATGATTCCTGCATTTGATGTACTGGGGAAGAAGTCATTCTTTCTGGGAGAGATTGGAAATGGGGCAAAGATGAAGCTTGTGGTCAACATGGTCATGGGAA
genomic: CCATTGTATGATGGTATGATTCCTGCATTTGATGTACTGGGGAAGAAGTCATTCTTTCTGGGAGAGATTGGAAATGGGGCAAAGATGAAGCTTGTGGTCAACATGGTCATGGGAA
EST: gi|110515150|gb|EE019739.1|EE019739
EST:     CCATTGTATGATGGTATGATTCCTGCATTTGATGTACTGGGGAAGAAGTCATTCTTTTTGGGAGAGATTGGAAATGGGGCAAAGATGAAGCTTGTGGTCAACATGGTCATGGGAA
genomic: CCATTGTATGATGGTATGATTCCTGCATTTGATGTACTGGGGAAGAAGTCATTCTTTCTGGGAGAGATTGGAAATGGGGCAAAGATGAAGCTTGTGGTCAACATGGTCATGGGAA
EST: gi|148969718|gb|EE020590.2|EE020590
EST:     CCATTGTATGATGGTATGATTCCTGCATTTGATGTACTGGGGAAGAAGTCATTCTTTCTGGGAGAGATTGGAAATGGGGCAAAGATGAAGCTTGTGGTCAACATGGTCATGGGAA
genomic: CCATTGTATGATGGTATGATTCCTGCATTTGATGTACTGGGGAAGAAGTCATTCTTTCTGGGAGAGATTGGAAATGGGGCAAAGATGAAGCTTGTGGTCAACATGGTCATGGGAA
EST: gi|78092309|gb|DV520683.1|DV520683
EST:     CCATTGTATGATGGTATGATTCCTGCATTTGATGTACTGGGGAAGAAGTCATTCTTTCTGGGAGAGATTGGAAATGGGGCAAAGATGAAGCTTGTGGTCAACATGGTCATGGGAA
genomic: CCATTGTATGATGGTATGATTCCTGCATTTGATGTACTGGGGAAGAAGTCATTCTTTCTGGGAGAGATTGGAAATGGGGCAAAGATGAAGCTTGTGGTCAACATGGTCATGGGAA
EST: gi|89754425|gb|DY685206.1|DY685206
EST:     ATTGTATGATGGTATGATT-CTGCCATTTGATGTACTGGGGAAGAAGTCATTCTTTCTGGGAGAGATTGGAAATGGGGCAAAGATGAAGCTTGTGGTCAACATGGTCATGGGAA
genomic: ATTGTATGATGGTATGATTCCTG-CATTTGATGTACTGGGGAAGAAGTCATTCTTTCTGGGAGAGATTGGAAATGGGGCAAAGATGAAGCTTGTGGTCAACATGGTCATGGGAA
EST: gi|78084019|gb|DV512412.1|DV512412
EST:     CCATTGTATGATGGTATGATTCCTGCATTTGATGTACTGGGGAAGAAGTCATTCTTTCTGGGAGAGATTGGAAATGGGGCAAAGATGAAGCTTGTGGTCAACATGGTCATGGGAA
genomic: CCATTGTATGATGGTATGATTCCTGCATTTGATGTACTGGGGAAGAAGTCATTCTTTCTGGGAGAGATTGGAAATGGGGCAAAGATGAAGCTTGTGGTCAACATGGTCATGGGAA
EST: gi|60396988|gb|DN229807.1|DN229807
EST:     CCATTGTAATGATGGTATGATTCCTGCATTTGATGTACTGGGGAAGAAGTCATTCTTTCTGGGAGAGATTGGAAATGGGGCAAAGATGAAGCTTGTGGTCAACATGGTCATGGGAA
genomic: CCATTGT-ATGATGGTATGATTCCTGCATTTGATGTACTGGGGAAGAAGTCATTCTTTCTGGGAGAGATTGGAAATGGGGCAAAGATGAAGCTTGTGGTCAACATGGTCATGGGAA
EST: gi|101382897|gb|EB813502.1|EB813502
EST:     CCATTGTATGATGGTATGATTCCTGCATTTGATGTACTGGGGAAGAAGTCATTCTTTCTGGGAGAGATTGGAAATGGGGCAAAGATGAAGCTTGTGGTCAACATGGTCATGGGAA
genomic: CCATTGTATGATGGTATGATTCCTGCATTTGATGTACTGGGGAAGAAGTCATTCTTTCTGGGAGAGATTGGAAATGGGGCAAAGATGAAGCTTGTGGTCAACATGGTCATGGGAA
EST: gi|78119858|gb|DV538242.1|DV538242
EST:     CCATTGTATGATGGTATGATTCCTGCATTTGATGTACTGGGGAAGAAGTCATTCTTTCTGGGAGAGATTGGAAATGGGGCAAAGATGAAGCTTGTGGTCAACATGGTCATGGGAA
genomic: CCATTGTATGATGGTATGATTCCTGCATTTGATGTACTGGGGAAGAAGTCATTCTTTCTGGGAGAGATTGGAAATGGGGCAAAGATGAAGCTTGTGGTCAACATGGTCATGGGAA
EST: gi|29130084|gb|CB380788.1|CB380788
EST:     CCATTGTATGATGGTATGATTCCTGCATTTGATGTACTGGGGAAGAAGTCATTCTTTCTGGGAGAGATTGGAAATGGGGCAAAGATGAAGCTTGTGGTCAACATGGTCATGGGAA
genomic: CCATTGTATGATGGTATGATTCCTGCATTTGATGTACTGGGGAAGAAGTCATTCTTTCTGGGAGAGATTGGAAATGGGGCAAAGATGAAGCTTGTGGTCAACATGGTCATGGGAA
EST: gi|20512918|gb|BQ280104.1|BQ280104
EST:     GTTTGGCCGACAAAAGTGGGCTGAGCCCCCCAACACTTCTTGATGTACTG                         GACCTTGGTGCCATCGCAAACCCAATGTTCAAGCTGAAGGGGCCTACAATG
genomic: GTTTGGCCGACAAAAGTGGGCTGAGCCCCCAAACACTTCTTGATGTACTGgtatgacgct ... tataaaaaagGACCTTGGTGCCATCGCAAACCCAATGTTCAAGCTGAAGGGGCCTACAATG
EST: gi|71448020|gb|DR829070.1|DR829070
EST:     CCATTGTATGATGGTATGATTCCTGCATTTGATGTACTGGGGAAGAAGTCATTCTTTCTGGGAGAGATTGGAAATGGGGCAAAGATGAAGCTTGTGGTCAACATGGTCATGGGAA
genomic: CCATTGTATGATGGTATGATTCCTGCATTTGATGTACTGGGGAAGAAGTCATTCTTTCTGGGAGAGATTGGAAATGGGGCAAAGATGAAGCTTGTGGTCAACATGGTCATGGGAA
EST: gi|78078378|gb|DV506792.1|DV506792
EST:     CCATTGTATGATGGTATGATTCCTGCATTTGATGTACTGGGGAAGAAGTCATTCTTTCTGGGAGAGATTGGAAATGGGGCAAAGATGAAGCTTGTGGTCAACATGGTCATGGGAA
genomic: CCATTGTATGATGGTATGATTCCTGCATTTGATGTACTGGGGAAGAAGTCATTCTTTCTGGGAGAGATTGGAAATGGGGCAAAGATGAAGCTTGTGGTCAACATGGTCATGGGAA
EST: gi|20512919|gb|BQ280105.1|BQ280105
EST:     CCATTGTATGATGGTATGATTCCTGCATTTGATGTACTGGGGAAGAAGTCATTCTTTCTGGGAGAGATTGGAAATGGGGCAAAGATGAAGCTTGTGGTCAACATGGTCATGGGAA
genomic: CCATTGTATGATGGTATGATTCCTGCATTTGATGTACTGGGGAAGAAGTCATTCTTTCTGGGAGAGATTGGAAATGGGGCAAAGATGAAGCTTGTGGTCAACATGGTCATGGGAA
EST: gi|149081804|gb|EE170962.2|EE170962
EST:     CCATTGTATGATGGTATGATTCCTGCATTTGATGTACTGGGGAAGAAGTCATTCTTTCTGGGAGAGATTGGAAATGGGGCAAAGATGAAGCTTGTGGTCAACATGGTCATGGGAA
genomic: CCATTGTATGATGGTATGATTCCTGCATTTGATGTACTGGGGAAGAAGTCATTCTTTCTGGGAGAGATTGGAAATGGGGCAAAGATGAAGCTTGTGGTCAACATGGTCATGGGAA
EST: gi|101388577|gb|EB816275.1|EB816275
EST:     ATGGTATGATTCCTGCATTTGATGTACTGGGGAAGAAGTCATTCTTTCTGGGAGAGATTGGAAATGGGGCAAAGATGAAGCTTGTGGTCAACATGGTCATGGGAA
genomic: ATGGTATGATTCCTGCATTTGATGTACTGGGGAAGAAGTCATTCTTTCTGGGAGAGATTGGAAATGGGGCAAAGATGAAGCTTGTGGTCAACATGGTCATGGGAA
EST: gi|149081805|gb|EE170963.2|EE170963
EST:     CCATTGTATGATGGTATGATTCCTGCATTTGATGTACTGGGGAAGAAGTCATTCTTTCTGGGAGAGATTGGAAATGGGGCAAAGATGAAGCTTGTGGTCAACATGGTCATGGGAA
genomic: CCATTGTATGATGGTATGATTCCTGCATTTGATGTACTGGGGAAGAAGTCATTCTTTCTGGGAGAGATTGGAAATGGGGCAAAGATGAAGCTTGTGGTCAACATGGTCATGGGAA
EST: gi|148954590|gb|EC900032.2|EC900032
EST:     CCATTGTATGATGGTATGATTCCTGCATTTGATGTACTGGGGAAGAAGTCATTCTTTCTGGGAGAGATTGGAAATGGGGCAAAGATGAAGCTTGTGGTCAACATGGTCATGGGAA
genomic: CCATTGTATGATGGTATGATTCCTGCATTTGATGTACTGGGGAAGAAGTCATTCTTTCTGGGAGAGATTGGAAATGGGGCAAAGATGAAGCTTGTGGTCAACATGGTCATGGGAA
EST: gi|89762144|gb|DY689877.1|DY689877
EST:     CCATTGTATGATGGTATGATTCCTGCATTTGATGTACTGGGGAAGAAGTCATTCTTTCTGGGAGAGATTGGAAATGGGGCAAAGATGAAGCTTGTGGTCAACATGGTCATGGGAA
genomic: CCATTGTATGATGGTATGATTCCTGCATTTGATGTACTGGGGAAGAAGTCATTCTTTCTGGGAGAGATTGGAAATGGGGCAAAGATGAAGCTTGTGGTCAACATGGTCATGGGAA
EST: gi|60336934|gb|DN203907.1|DN203907
EST:     CCATTGTATGATGGTATGATTCCTGCATTTGATGTACTGGGGAAGAAGTCATTCTTTCTGGGAGAGATTGGAAATGGGGCAAAGATGAAGCTTGTGGTCAACATGGTCATGGGAA
genomic: CCATTGTATGATGGTATGATTCCTGCATTTGATGTACTGGGGAAGAAGTCATTCTTTCTGGGAGAGATTGGAAATGGGGCAAAGATGAAGCTTGTGGTCAACATGGTCATGGGAA
EST: gi|60341165|gb|DN208138.1|DN208138
EST:     TGGTATGATTCCTGCATTTGATGTACTGGGGAAGAAGTCATTCTTTCTGGGAGAGATTGGAAATGGGGCAAAGATGAAGCTTGTGGTCAACATGGTCATGGGAA
genomic: TGGTATGATTCCTGCATTTGATGTACTGGGGAAGAAGTCATTCTTTCTGGGAGAGATTGGAAATGGGGCAAAGATGAAGCTTGTGGTCAACATGGTCATGGGAA
EST: gi|71328007|gb|DR800650.1|DR800650
EST:     CCATTGTATGATGGTATGATTCCTGCATTTGATGTACTGGGGAAGAAGTCATTCTTTCTGGGAGAGATTGGAAATGGGGCAAAGATGAAGCTTGTGGTCAACATGGTCATGGGAA
genomic: CCATTGTATGATGGTATGATTCCTGCATTTGATGTACTGGGGAAGAAGTCATTCTTTCTGGGAGAGATTGGAAATGGGGCAAAGATGAAGCTTGTGGTCAACATGGTCATGGGAA
EST: gi|78092308|gb|DV520682.1|DV520682
EST:     AAGCCATTGTATGATGGTATGATTCCTGCATTTGATGTACTGGGGAAGAAGTCATTCTTTCTGGGAGAGATTGGAAATGGGGCAAAGATGAAGCTTGTGGTCAACATGGTCATGGGAA
genomic: AAGCCATTGTATGATGGTATGATTCCTGCATTTGATGTACTGGGGAAGAAGTCATTCTTTCTGGGAGAGATTGGAAATGGGGCAAAGATGAAGCTTGTGGTCAACATGGTCATGGGAA
EST: gi|76917423|gb|DV166839.1|DV166839
EST:     CCATTGTATGATGGTATGATTCCTGCATTTGATGTACTGGGGAAGAAGTCATTCTTTCTGGGAGAGATTGGAAATGGGGCAAAGATGAAGCTTGTGGTCAACATGGTCATGGGAA
genomic: CCATTGTATGATGGTATGATTCCTGCATTTGATGTACTGGGGAAGAAGTCATTCTTTCTGGGAGAGATTGGAAATGGGGCAAAGATGAAGCTTGTGGTCAACATGGTCATGGGAA
EST: gi|211111949|gb|FL269637.1|FL269637
EST:     CCATTGTATGATGGTATGATTCCTGCATTTGATGTACTGGGGGAAGAAGTCATTNCTTTCTGGGAGAGATTGGAAATGGGGCAAAGATGAAGCTTGTGGTCA-CATGGTCATGGG
genomic: CCATTGTATGATGGTATGATTCCTGCATTTGATGTACTGGGG-AAGAAGTCATT-CTTTCTGGGAGAGATTGGAAATGGGGCAAAGATGAAGCTTGTGGTCAACATGGTCATGGG
EST: gi|32909381|gb|CF014193.1|CF014193
EST:     GTTTGGCCGACAAAAGTGGGCTGAGCCCCCAAACACTTCTTGATGTACTG                         GACCTTGGTGCCATCGCAAACCCAATGTTCAAGCTGAAGGGGCCTACAATG
genomic: GTTTGGCCGACAAAAGTGGGCTGAGCCCCCAAACACTTCTTGATGTACTGgtatgacgct ... tataaaaaagGACCTTGGTGCCATCGCAAACCCAATGTTCAAGCTGAAGGGGCCTACAATG
EST: gi|60355928|gb|DN222901.1|DN222901
EST:     CCATTGTATGATGGTATGATTCCTGCATTTGATGTACTGGGGAAGAAGTCATTCTTTCTGGGAGAGATTGGAAATGGGGCAAAGATGAAGCTTGTGGTCAACATGGTCATGGGAA
genomic: CCATTGTATGATGGTATGATTCCTGCATTTGATGTACTGGGGAAGAAGTCATTCTTTCTGGGAGAGATTGGAAATGGGGCAAAGATGAAGCTTGTGGTCAACATGGTCATGGGAA
EST: gi|78113466|gb|DV531858.1|DV531858
EST:     GTTTGGCCGACAAAAGTGGGCTGAGCCCCCAAACACTTCTTGATGTACTG                         GACCTTGGTGCCATCGCAAACCCAATGTTCAAGCTGAAGGGGCCTACAATG
genomic: GTTTGGCCGACAAAAGTGGGCTGAGCCCCCAAACACTTCTTGATGTACTGgtatgacgct ... tataaaaaagGACCTTGGTGCCATCGCAAACCCAATGTTCAAGCTGAAGGGGCCTACAATG
EST: gi|37375731|gb|CF624323.1|CF624323
EST:     GATTCCTGCATTTGATGTTCTGGGGAAGAAGTCATTCTTTCTGGGAGAGATTGGAAATGGGGCAAAGATGAAGCTTGTGGTCAACATGGTCATGGGAA
genomic: GATTCCTGCATTTGATGTACTGGGGAAGAAGTCATTCTTTCTGGGAGAGATTGGAAATGGGGCAAAGATGAAGCTTGTGGTCAACATGGTCATGGGAA
EST: gi|40333895|gb|CK367965.1|CK367965
EST:     GATTCCTGCATTTGATGTTCTGGGGAAGAAGTCATTCTTTCTGGGAGAGATTGGAAATGGGGCAAAGATGAAGCTTGTGGTCAACATGGTCATGGGAA
genomic: GATTCCTGCATTTGATGTACTGGGGAAGAAGTCATTCTTTCTGGGAGAGATTGGAAATGGGGCAAAGATGAAGCTTGTGGTCAACATGGTCATGGGAA
EST: gi|93013137|gb|EB638657.1|EB638657
EST:     CCATTGTATGATGGTATGATTCCTGCATTTGATGTACTGGGGAAGAAGTCATTCTTTCTGGGAGAGATTGGAAATGGGGCAAAGATGAAGCTTGTGGTCAACATGGTCATGGGAA
genomic: CCATTGTATGATGGTATGATTCCTGCATTTGATGTACTGGGGAAGAAGTCATTCTTTCTGGGAGAGATTGGAAATGGGGCAAAGATGAAGCTTGTGGTCAACATGGTCATGGGAA
EST: gi|149073536|gb|EE161839.2|EE161839
EST:     CCATTGTATGATGGTATGATTCCTGCATTTGATGTACTGGGGAAGAAGTCATTCTTTCTGGGAGAGATTGGAAATGGGGCAAAGATGAAGCTTGTGGTCAACATGGTCATGGGAA
genomic: CCATTGTATGATGGTATGATTCCTGCATTTGATGTACTGGGGAAGAAGTCATTCTTTCTGGGAGAGATTGGAAATGGGGCAAAGATGAAGCTTGTGGTCAACATGGTCATGGGAA
EST: gi|110944178|gb|EE164335.1|EE164335
EST:     CCATTGTATGATGGTATGATTCCTGCATTTGATGTACTGGGGAAGAAGTCATTCTTTCTGGGAGAGATTGGAAATGGGGCAAAGATGAAGCTTGTGGTCAACATGGTCATGGGAA
genomic: CCATTGTATGATGGTATGATTCCTGCATTTGATGTACTGGGGAAGAAGTCATTCTTTCTGGGAGAGATTGGAAATGGGGCAAAGATGAAGCTTGTGGTCAACATGGTCATGGGAA
EST: gi|148967444|gb|EE018674.2|EE018674
EST:     CCATTGTATGATGGTATGATTCCTGCATTTGATGTACTGGGGAAGAAGTCATTCTTTCTGGGAGAGATTGGAAATGGGGCAAAGATGAAGCTTGTGGTCAACATGGTCATGGGAA
genomic: CCATTGTATGATGGTATGATTCCTGCATTTGATGTACTGGGGAAGAAGTCATTCTTTCTGGGAGAGATTGGAAATGGGGCAAAGATGAAGCTTGTGGTCAACATGGTCATGGGAA
EST: gi|20811286|gb|BQ295764.1|BQ295764
EST:     CCATTGTATGATGGTATGATTCCTGCATTTGATGTACTGGGGAAGAAGTCATTCTTTCTGGGAGAGATTGGAAATGGGGCAAAGATGAAGCTTGTGGTCAACATGGTCATGGGAA
genomic: CCATTGTATGATGGTATGATTCCTGCATTTGATGTACTGGGGAAGAAGTCATTCTTTCTGGGAGAGATTGGAAATGGGGCAAAGATGAAGCTTGTGGTCAACATGGTCATGGGAA
EST: gi|78125845|gb|DV544229.1|DV544229
EST:     CCATTGTATGATGGTATGATTCCTGCATTTGATGTACTGGGGAAGAAGTCATTCTTTCTGGGAGAGATTGGAAATGGGGCAAAGATGAAGCTTGTGGTCAACATGGTCATGGGAA
genomic: CCATTGTATGATGGTATGATTCCTGCATTTGATGTACTGGGGAAGAAGTCATTCTTTCTGGGAGAGATTGGAAATGGGGCAAAGATGAAGCTTGTGGTCAACATGGTCATGGGAA
EST: gi|78113465|gb|DV531857.1|DV531857
EST:     GTTTGGCCGACAAAAGTGGGCTGAGCCCCCAAACACTTCTTGATGTACTG                         GACCTTGGTGCCATCGCAAACCCAATGTTCAAGCTGAAGGGGCCTACAATG
genomic: GTTTGGCCGACAAAAGTGGGCTGAGCCCCCAAACACTTCTTGATGTACTGgtatgacgct ... tataaaaaagGACCTTGGTGCCATCGCAAACCCAATGTTCAAGCTGAAGGGGCCTACAATG

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 4 RNA-Seq libraries.


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 226

TATGATGAATTCTTTGTCCGAGGGACTCTGTTTGGCCGACAAAAGTGGGCTGAGCCCCCAAACACTTCTTGATGTACTGgtatgacgct ... tataaaaaagGACCTTGGTGCCATCGCAAACCCAATGTTCAAGCTGAAGGGGCCTACAATGCTGCAAGGCAGCTACAGCCCTGCGTTTCCCCTGAAGCATCAGCAGAAGG


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 197

TATGATGAATTCTTTGTCCGAGGGACTCTGTTTGGCCGACAAAAGTGGGCTGAGCCCCCAAACACTTCTTGATGTACTGgtatgacgct ... tataaaaaagGACCTTGGTGCCATCGCAAACCCAATGTTCAAGCTGAAGGGGCCTACAATGCTGCAAGGCAGCTACAGCCCTGCGTTTCCCCTGAAGCATCAGCAGAAGG


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 124

TATGATGAATTCTTTGTCCGAGGGACTCTGTTTGGCCGACAAAAGTGGGCTGAGCCCCCAAACACTTCTTGATGTACTGgtatgacgct ... tataaaaaagGACCTTGGTGCCATCGCAAACCCAATGTTCAAGCTGAAGGGGCCTACAATGCTGCAAGGCAGCTACAGCCCTGCGTTTCCCCTGAAGCATCAGCAGAAGG


Block sizes: 45 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 186

TATGATGAATTCTTTGTCCGAGGGACTCTGTTTGGCCGACAAAAGTGGGCTGAGCCCCCAAACACTTCTTGATGTACTGgtatgacgct ... tataaaaaagGACCTTGGTGCCATCGCAAACCCAATGTTCAAGCTGAAGGGGCCTACAATGCTGCAAGGCAGCTACAGCCCTGCGTTTCCCCTGAAGCATCAGCAGAAGG




 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

aacacctttgtcacccgttgaataaccagatcagtactctttgactataaaaaagGACCTTGGTGCCATCGCAAACCCAATGTTCAAGCTGAAGGGGCCTACAATGCTGCAAGGCAGCTACAGCCCTGCGTTTCCCCTGAAGCATCAGCAGAAGG
                                       tttgactataaaaaa  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gtatgacgctggaacattttgagattgttgtggcaacacctttgtcacccgttgaataaccagatcagtactctttgactataaaaaagGACCTTGGTGCCATCGCAAACCCAATGTTCAAGCTGAAGGGGCCTACAATGCTGCAAGGCAGCTACAGCCCTGCGTTTCCCCTGAAGCATCAGCAGAAGG

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GCAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CTGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  TGAAGC