Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

AGTTAAACAAAAAGGGGGAGCTTTCCTTGAAGCTCCAGTTTCAGGGAGCAAGAAGCCAGCTGAAGATGGCCAATTGGTCATTCTTGCTGCAGGGGACAAGgtaaatcactgtgctctgaaatatgatgatcatttgcatctataaagtgcaaactagttgtgtttatggtacttcacaaatcacaaaagctctctcatat...

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G153984_T01
intron # 4
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|60397979|gb|DN230795.1|DN230795
EST:     AGAAGCCAGCTGAAGATGGCCAATTGGTCATTCTTGCTGCAGGGGACAAG                         CCATTGTATGATGGTATGATTCCTGCATTTGATGTACTGGGGAAGAAGTCA
genomic: AGAAGCCAGCTGAAGATGGCCAATTGGTCATTCTTGCTGCAGGGGACAAGgtaaatcact ... aacattccagCCATTGTATGATGGTATGATTCCTGCATTTGATGTACTGGGGAAGAAGTCA
EST: gi|60350258|gb|DN217231.1|DN217231
EST:     AGAAGCCAGCTGAAGATGGCCAATTGGTCATTCTTGCTGCAGGGGACAAG                         CCATTGTATGATGGTATGATTCCTGCATTTGATGTACTGGGGAAGAAGTCA
genomic: AGAAGCCAGCTGAAGATGGCCAATTGGTCATTCTTGCTGCAGGGGACAAGgtaaatcact ... aacattccagCCATTGTATGATGGTATGATTCCTGCATTTGATGTACTGGGGAAGAAGTCA
EST: gi|74244863|gb|DT652777.1|DT652777
EST:     AGAAGCCAGCTGAAGATGGCCAATTGGTCATTCTTGCTGCAGGGGACAAG                         CCATTGTATGATGGTATGATTCCTGCATTTGATGTACTGGGGAAGAAGTCA
genomic: AGAAGCCAGCTGAAGATGGCCAATTGGTCATTCTTGCTGCAGGGGACAAGgtaaatcact ... aacattccagCCATTGTATGATGGTATGATTCCTGCATTTGATGTACTGGGGAAGAAGTCA
EST: gi|71328008|gb|DR800651.1|DR800651
EST:     AGAAGCCAGCTGAAGATGGCCAATTGGTCATTCTTGCTGCAGGGGACAAG                         CCATTGTATGATGGTATGATTCCTGCATTTGATGTACTGGGGAAGAAGTCA
genomic: AGAAGCCAGCTGAAGATGGCCAATTGGTCATTCTTGCTGCAGGGGACAAGgtaaatcact ... aacattccagCCATTGTATGATGGTATGATTCCTGCATTTGATGTACTGGGGAAGAAGTCA
EST: gi|148969030|gb|EE019740.2|EE019740
EST:     AGAAGCCAGCTGAAGATGGCCAATTGGTCATTCTTGCTGCAGGGGACAAG                         CCATTGTATGATGGTATGATTCCTGCATTTGATGTACTGGGGAAGAAGTCA
genomic: AGAAGCCAGCTGAAGATGGCCAATTGGTCATTCTTGCTGCAGGGGACAAGgtaaatcact ... aacattccagCCATTGTATGATGGTATGATTCCTGCATTTGATGTACTGGGGAAGAAGTCA
EST: gi|149112754|gb|EE295577.2|EE295577
EST:     AGAAGCCAGCTGAAGATGGCCAATTGGTCATTCTTGCTGCAGGGGACAAG                         CCATTGTATGATGGTATGATTCCTGCATTTGATGTACTGGGGAAGAAGTCA
genomic: AGAAGCCAGCTGAAGATGGCCAATTGGTCATTCTTGCTGCAGGGGACAAGgtaaatcact ... aacattccagCCATTGTATGATGGTATGATTCCTGCATTTGATGTACTGGGGAAGAAGTCA
EST: gi|110515150|gb|EE019739.1|EE019739
EST:     AGAAGCCAGCTGAAGATGGCCAATTGGTCATTCTTGCTGCAGGGGACAAG                         CCATTGTATGATGGTATGATTCCTGCATTTGATGTACTGGGGAAGAAGTCA
genomic: AGAAGCCAGCTGAAGATGGCCAATTGGTCATTCTTGCTGCAGGGGACAAGgtaaatcact ... aacattccagCCATTGTATGATGGTATGATTCCTGCATTTGATGTACTGGGGAAGAAGTCA
EST: gi|61118227|gb|DN559188.1|DN559188
EST:     AGAAGCCAGCTGAAGATGGCCAATTGGTCATTCTTGCTGCAGGGGACAAG                         CCATTGTATGATGGTATGATTCCTGCATTTGATGTACTGGGGAAGAAGTCA
genomic: AGAAGCCAGCTGAAGATGGCCAATTGGTCATTCTTGCTGCAGGGGACAAGgtaaatcact ... aacattccagCCATTGTATGATGGTATGATTCCTGCATTTGATGTACTGGGGAAGAAGTCA
EST: gi|148969718|gb|EE020590.2|EE020590
EST:     AGAAGCCAGCTGAAGATGGCCAATTGGTCATTCTTGCTGCAGGGGACAAG                         CCATTGTATGATGGTATGATTCCTGCATTTGATGTACTGGGGAAGAAGTCA
genomic: AGAAGCCAGCTGAAGATGGCCAATTGGTCATTCTTGCTGCAGGGGACAAGgtaaatcact ... aacattccagCCATTGTATGATGGTATGATTCCTGCATTTGATGTACTGGGGAAGAAGTCA
EST: gi|78092309|gb|DV520683.1|DV520683
EST:     AGAAGCCAGCTGAAGATGGCCAATTGGTCATTCTTGCTGCAGGGGACAAG                         CCATTGTATGATGGTATGATTCCTGCATTTGATGTACTGGGGAAGAAGTCA
genomic: AGAAGCCAGCTGAAGATGGCCAATTGGTCATTCTTGCTGCAGGGGACAAGgtaaatcact ... aacattccagCCATTGTATGATGGTATGATTCCTGCATTTGATGTACTGGGGAAGAAGTCA
EST: gi|61118228|gb|DN559189.1|DN559189
EST:     AGAAGCCAGCTGAAGATGGCCAATTGGTCATTCTTGCTGCAGGGGACAAG                         CCATTGTATGATGGTATGATTCCTGCATTTGATGTACTGGGGAAGAAGTCA
genomic: AGAAGCCAGCTGAAGATGGCCAATTGGTCATTCTTGCTGCAGGGGACAAGgtaaatcact ... aacattccagCCATTGTATGATGGTATGATTCCTGCATTTGATGTACTGGGGAAGAAGTCA
EST: gi|78084019|gb|DV512412.1|DV512412
EST:     AGAAGCCAGCTGAAGATGGCCAATTGGTCATTCTTGCTGCAGGGGACAAG                         CCATTGTATGATGGTATGATTCCTGCATTTGATGTACTGGGGAAGAAGTCA
genomic: AGAAGCCAGCTGAAGATGGCCAATTGGTCATTCTTGCTGCAGGGGACAAGgtaaatcact ... aacattccagCCATTGTATGATGGTATGATTCCTGCATTTGATGTACTGGGGAAGAAGTCA
EST: gi|60396988|gb|DN229807.1|DN229807
EST:     CAGGGGACAAG                         CCATTGTAATGATGGTATGATTCCTGCATTTGATGTACTGGGGAAGAAGTC
genomic: CAGGGGACAAGgtaaatcact ... aacattccagCCATTGT-ATGATGGTATGATTCCTGCATTTGATGTACTGGGGAAGAAGTC
EST: gi|101382897|gb|EB813502.1|EB813502
EST:     AGAAGCCAGCTGAAGATGGCCAATTGGTCATTCTTGCTGCAGGGGACAAG                         CCATTGTATGATGGTATGATTCCTGCATTTGATGTACTGGGGAAGAAGTCA
genomic: AGAAGCCAGCTGAAGATGGCCAATTGGTCATTCTTGCTGCAGGGGACAAGgtaaatcact ... aacattccagCCATTGTATGATGGTATGATTCCTGCATTTGATGTACTGGGGAAGAAGTCA
EST: gi|78119858|gb|DV538242.1|DV538242
EST:     AGAAGCCAGCTGAAGATGGCCAATTGGTCATTCTTGCTGCAGGGGACAAG                         CCATTGTATGATGGTATGATTCCTGCATTTGATGTACTGGGGAAGAAGTCA
genomic: AGAAGCCAGCTGAAGATGGCCAATTGGTCATTCTTGCTGCAGGGGACAAGgtaaatcact ... aacattccagCCATTGTATGATGGTATGATTCCTGCATTTGATGTACTGGGGAAGAAGTCA
EST: gi|61118229|gb|DN559190.1|DN559190
EST:     AGAAGCCAGCTGAAGATGGCCAATTGGTCATTCTTGCTGCAGGGGACAAG                         CCATTGTATGATGGTATGATTCCTGCATTTGATGTACTGGGGAAGAAGTC-
genomic: AGAAGCCAGCTGAAGATGGCCAATTGGTCATTCTTGCTGCAGGGGACAAGgtaaatcact ... aacattccagCCATTGTATGATGGTATGATTCCTGCATTTGATGTACTGGGGAAGAAGTCA
EST: gi|28931022|gb|CB334383.1|CB334383
EST:     AGAAGCCAGCTGAAGATGGCCAATTGGTCATTCTTGCTGCAGGGGACAAG                         CCATTGTATGATGGTATGATTCCTGCATTTGATGTACTGGGGAAGAAGTCA
genomic: AGAAGCCAGCTGAAGATGGCCAATTGGTCATTCTTGCTGCAGGGGACAAGgtaaatcact ... aacattccagCCATTGTATGATGGTATGATTCCTGCATTTGATGTACTGGGGAAGAAGTCA
EST: gi|71439692|gb|DR820742.1|DR820742
EST:     AGAAGCCAGCTGAAGATGGCCAATTGGTCATTCTTGCTGCAGGGGACAAG                         CCATTGTATGATGGTATGATTCCTGCATTTGATGTACTGGGGAAGAAGTCA
genomic: AGAAGCCAGCTGAAGATGGCCAATTGGTCATTCTTGCTGCAGGGGACAAGgtaaatcact ... aacattccagCCATTGTATGATGGTATGATTCCTGCATTTGATGTACTGGGGAAGAAGTCA
EST: gi|89764409|gb|DY691230.1|DY691230
EST:     AGAAGCCAGCTGAAGATGGCCAATTGGTCATTCTTGCTGCAGGGGACAAG                         CCATTGTATGATGGTATGATTCCTGCATTTGATGTACTGGGGAAGAAGTCA
genomic: AGAAGCCAGCTGAAGATGGCCAATTGGTCATTCTTGCTGCAGGGGACAAGgtaaatcact ... aacattccagCCATTGTATGATGGTATGATTCCTGCATTTGATGTACTGGGGAAGAAGTCA
EST: gi|50326300|gb|CO521426.1|CO521426
EST:     AGAAGCCAGCTGAAGATGGCCAATTGGTCATTCTTGCTGCAGGGGACAAG                         CCATTGTATGATGGTATGATTCCTGCATTTGATGTACTGGGGAAGAAGTCA
genomic: AGAAGCCAGCTGAAGATGGCCAATTGGTCATTCTTGCTGCAGGGGACAAGgtaaatcact ... aacattccagCCATTGTATGATGGTATGATTCCTGCATTTGATGTACTGGGGAAGAAGTCA
EST: gi|149051791|gb|EE155917.2|EE155917
EST:     AGAAGCCAGCTGAAGATGGCCAATTGGTCATTCTTGCTGCAGGGGACAAG                         CCATTGTATGATGGTATGATTTCTGCATTTGATGTACTGGGGAAGAAGTCA
genomic: AGAAGCCAGCTGAAGATGGCCAATTGGTCATTCTTGCTGCAGGGGACAAGgtaaatcact ... aacattccagCCATTGTATGATGGTATGATTCCTGCATTTGATGTACTGGGGAAGAAGTCA
EST: gi|29130084|gb|CB380788.1|CB380788
EST:     AGAAGCCAGCTGAAGATGGCCAATTGGTCATTCTTGCTGCAGGGGACAAG                         CCATTGTATGATGGTATGATTCCTGCATTTGATGTACTGGGGAAGAAGTCA
genomic: AGAAGCCAGCTGAAGATGGCCAATTGGTCATTCTTGCTGCAGGGGACAAGgtaaatcact ... aacattccagCCATTGTATGATGGTATGATTCCTGCATTTGATGTACTGGGGAAGAAGTCA
EST: gi|50334992|gb|CO530118.1|CO530118
EST:     AGAAGCCAGCTGAAGATGGCCAATTGGTCATTCTTGCTGCAGGGGACAAG                         CCATTGTATGATGGTATGATTCCTGCATTTGATGTACTGGGGAAGAAGTCA
genomic: AGAAGCCAGCTGAAGATGGCCAATTGGTCATTCTTGCTGCAGGGGACAAGgtaaatcact ... aacattccagCCATTGTATGATGGTATGATTCCTGCATTTGATGTACTGGGGAAGAAGTCA
EST: gi|71448020|gb|DR829070.1|DR829070
EST:     AGAAGCCAGCTGAAGATGGCCAATTGGTCATTCTTGCTGCAGGGGACAAG                         CCATTGTATGATGGTATGATTCCTGCATTTGATGTACTGGGGAAGAAGTCA
genomic: AGAAGCCAGCTGAAGATGGCCAATTGGTCATTCTTGCTGCAGGGGACAAGgtaaatcact ... aacattccagCCATTGTATGATGGTATGATTCCTGCATTTGATGTACTGGGGAAGAAGTCA
EST: gi|149075802|gb|EE164336.2|EE164336
EST:     AGAAGCCAGCTGAAGATGGCCAATTGGTCATTCTTGCTGCAGGGGACAAG                         CCATTGTATGATGGTATGATTCCTGCATTTGATGTACTGGGGAAGAAGTCA
genomic: AGAAGCCAGCTGAAGATGGCCAATTGGTCATTCTTGCTGCAGGGGACAAGgtaaatcact ... aacattccagCCATTGTATGATGGTATGATTCCTGCATTTGATGTACTGGGGAAGAAGTCA
EST: gi|78078378|gb|DV506792.1|DV506792
EST:     AGAAGCCAGCTGAAGATGGCCAATTGGTCATTCTTGCTGCAGGGGACAAG                         CCATTGTATGATGGTATGATTCCTGCATTTGATGTACTGGGGAAGAAGTCA
genomic: AGAAGCCAGCTGAAGATGGCCAATTGGTCATTCTTGCTGCAGGGGACAAGgtaaatcact ... aacattccagCCATTGTATGATGGTATGATTCCTGCATTTGATGTACTGGGGAAGAAGTCA
EST: gi|20512919|gb|BQ280105.1|BQ280105
EST:     AGAAGCCAGCTGAAGATGGCCAATTGGTCATTCTTGCTGCAGGGGACAAG                         CCATTGTATGATGGTATGATTCCTGCATTTGATGTACTGGGGAAGAAGTCA
genomic: AGAAGCCAGCTGAAGATGGCCAATTGGTCATTCTTGCTGCAGGGGACAAGgtaaatcact ... aacattccagCCATTGTATGATGGTATGATTCCTGCATTTGATGTACTGGGGAAGAAGTCA
EST: gi|149081804|gb|EE170962.2|EE170962
EST:     AGAAGCCAGCTGAAGATGGCCAATTGGTCATTCTTGCTGCAGGGGACAAG                         CCATTGTATGATGGTATGATTCCTGCATTTGATGTACTGGGGAAGAAGTCA
genomic: AGAAGCCAGCTGAAGATGGCCAATTGGTCATTCTTGCTGCAGGGGACAAGgtaaatcact ... aacattccagCCATTGTATGATGGTATGATTCCTGCATTTGATGTACTGGGGAAGAAGTCA
EST: gi|28873957|gb|CB329877.1|CB329877
EST:     AGAAGCCAGCTGAAGATGGCCAATTGGCCATTCTTGCTGCAGGGGACAAG                         CCATTGTATGATGGTATGATTCCTGCATTTGATGTACTGGGGAAGAAGTCA
genomic: AGAAGCCAGCTGAAGATGGCCAATTGGTCATTCTTGCTGCAGGGGACAAGgtaaatcact ... aacattccagCCATTGTATGATGGTATGATTCCTGCATTTGATGTACTGGGGAAGAAGTCA
EST: gi|149081805|gb|EE170963.2|EE170963
EST:     AGAAGCCAGCTGAAGATGGCCAATTGGTCATTCTTGCTGCAGGGGACAAG                         CCATTGTATGATGGTATGATTCCTGCATTTGATGTACTGGGGAAGAAGTCA
genomic: AGAAGCCAGCTGAAGATGGCCAATTGGTCATTCTTGCTGCAGGGGACAAGgtaaatcact ... aacattccagCCATTGTATGATGGTATGATTCCTGCATTTGATGTACTGGGGAAGAAGTCA
EST: gi|148954590|gb|EC900032.2|EC900032
EST:     AGAAGCCAGCTGAAGATGGCCAATTGGTCATTCTTGCTGCAGGGGACAAG                         CCATTGTATGATGGTATGATTCCTGCATTTGATGTACTGGGGAAGAAGTCA
genomic: AGAAGCCAGCTGAAGATGGCCAATTGGTCATTCTTGCTGCAGGGGACAAGgtaaatcact ... aacattccagCCATTGTATGATGGTATGATTCCTGCATTTGATGTACTGGGGAAGAAGTCA
EST: gi|149079137|gb|EE168066.2|EE168066
EST:     AGAAGCCAGCTGAAGATGGCCAATTGGTCATTCTTGCTGCAGGGGACAAG                         CCATTGTATGATGGTATGATTCCTGCATTTGATGTACTGGGGAAGAAGTCA
genomic: AGAAGCCAGCTGAAGATGGCCAATTGGTCATTCTTGCTGCAGGGGACAAGgtaaatcact ... aacattccagCCATTGTATGATGGTATGATTCCTGCATTTGATGTACTGGGGAAGAAGTCA
EST: gi|89762144|gb|DY689877.1|DY689877
EST:     AGAAGCCAGCTGAAGATGGCCAATTGGTCATTCTTGCTGCAGGGGACAAG                         CCATTGTATGATGGTATGATTCCTGCATTTGATGTACTGGGGAAGAAGTCA
genomic: AGAAGCCAGCTGAAGATGGCCAATTGGTCATTCTTGCTGCAGGGGACAAGgtaaatcact ... aacattccagCCATTGTATGATGGTATGATTCCTGCATTTGATGTACTGGGGAAGAAGTCA
EST: gi|60336934|gb|DN203907.1|DN203907
EST:     AGAAGCCAGCTGAAGATGGCCAATTGGTCATTCTTGCTGCAGGGGACAAG                         CCATTGTATGATGGTATGATTCCTGCATTTGATGTACTGGGGAAGAAGTCA
genomic: AGAAGCCAGCTGAAGATGGCCAATTGGTCATTCTTGCTGCAGGGGACAAGgtaaatcact ... aacattccagCCATTGTATGATGGTATGATTCCTGCATTTGATGTACTGGGGAAGAAGTCA
EST: gi|71328007|gb|DR800650.1|DR800650
EST:     AGAAGCCAGCTGAAGATGGCCAATTGGTCATTCTTGCTGCAGGGGACAAG                         CCATTGTATGATGGTATGATTCCTGCATTTGATGTACTGGGGAAGAAGTCA
genomic: AGAAGCCAGCTGAAGATGGCCAATTGGTCATTCTTGCTGCAGGGGACAAGgtaaatcact ... aacattccagCCATTGTATGATGGTATGATTCCTGCATTTGATGTACTGGGGAAGAAGTCA
EST: gi|76917423|gb|DV166839.1|DV166839
EST:     AGAAGCCAGCTGAAGATGGCCAATTGGTCATTCTTGCTGCAGGGGACAAG                         CCATTGTATGATGGTATGATTCCTGCATTTGATGTACTGGGGAAGAAGTCA
genomic: AGAAGCCAGCTGAAGATGGCCAATTGGTCATTCTTGCTGCAGGGGACAAGgtaaatcact ... aacattccagCCATTGTATGATGGTATGATTCCTGCATTTGATGTACTGGGGAAGAAGTCA
EST: gi|211111949|gb|FL269637.1|FL269637
EST:     AGAAGCCAGCTGAAGATGGCCAATTGGTCATTCTTGCTGCAGGGGACAAG                         CCATTGTATGATGGTATGATTCCTGCATTTGATGTACTGGGGGAAGAAGTC
genomic: AGAAGCCAGCTGAAGATGGCCAATTGGTCATTCTTGCTGCAGGGGACAAGgtaaatcact ... aacattccagCCATTGTATGATGGTATGATTCCTGCATTTGATGTACTGGGG-AAGAAGTC
EST: gi|60355928|gb|DN222901.1|DN222901
EST:     AGAAGCCAGCTGAAGATGGCCAATTGGTCATTCTTGCTGCAGGGGACAAG                         CCATTGTATGATGGTATGATTCCTGCATTTGATGTACTGGGGAAGAAGTCA
genomic: AGAAGCCAGCTGAAGATGGCCAATTGGTCATTCTTGCTGCAGGGGACAAGgtaaatcact ... aacattccagCCATTGTATGATGGTATGATTCCTGCATTTGATGTACTGGGGAAGAAGTCA
EST: gi|22133534|gb|BQ833766.1|BQ833766
EST:     AGAAGCCAGCTGAAGATGGCCAATTGGTCATTCTTGCTGCAGGGGACAAG                         CCATTGTATGATGGTATGATTCCTGCATTTGATGTACTGGGGAAGAAGTCA
genomic: AGAAGCCAGCTGAAGATGGCCAATTGGTCATTCTTGCTGCAGGGGACAAGgtaaatcact ... aacattccagCCATTGTATGATGGTATGATTCCTGCATTTGATGTACTGGGGAAGAAGTCA
EST: gi|76917425|gb|DV166840.1|DV166840
EST:     AGAAGCCAGCTGAAGATGGCCAATTGGTCATTCTTGCTGCAGGGGACAAG                         CCATTGTATGATGGTATGATTCCTGCATTTGATGTACTGGGGAAGAAGTCA
genomic: AGAAGCCAGCTGAAGATGGCCAATTGGTCATTCTTGCTGCAGGGGACAAGgtaaatcact ... aacattccagCCATTGTATGATGGTATGATTCCTGCATTTGATGTACTGGGGAAGAAGTCA
EST: gi|93013137|gb|EB638657.1|EB638657
EST:     AGAAGCCAGCTGAAGATGGCCAATTGGTCATTCTTGCTGCAGGGGACAAG                         CCATTGTATGATGGTATGATTCCTGCATTTGATGTACTGGGGAAGAAGTCA
genomic: AGAAGCCAGCTGAAGATGGCCAATTGGTCATTCTTGCTGCAGGGGACAAGgtaaatcact ... aacattccagCCATTGTATGATGGTATGATTCCTGCATTTGATGTACTGGGGAAGAAGTCA
EST: gi|149073536|gb|EE161839.2|EE161839
EST:     AGAAGCCAGCTGAAGATGGCCAATTGGTCATTCTTGCTGCAGGGGACAAG                         CCATTGTATGATGGTATGATTCCTGCATTTGATGTACTGGGGAAGAAGTCA
genomic: AGAAGCCAGCTGAAGATGGCCAATTGGTCATTCTTGCTGCAGGGGACAAGgtaaatcact ... aacattccagCCATTGTATGATGGTATGATTCCTGCATTTGATGTACTGGGGAAGAAGTCA
EST: gi|110944178|gb|EE164335.1|EE164335
EST:     AGAAGCCAGCTGAAGATGGCCAATTGGTCATTCTTGCTGCAGGGGACAAG                         CCATTGTATGATGGTATGATTCCTGCATTTGATGTACTGGGGAAGAAGTCA
genomic: AGAAGCCAGCTGAAGATGGCCAATTGGTCATTCTTGCTGCAGGGGACAAGgtaaatcact ... aacattccagCCATTGTATGATGGTATGATTCCTGCATTTGATGTACTGGGGAAGAAGTCA
EST: gi|22819821|gb|BU499911.1|BU499911
EST:     AGAAGCCAGCTGAAGATGGCCAATTGGTCATTCTTGCTGCAGGGGACAAG                         CCATTGTATGATGGTATGATTCCTGCATTTGATGTACTGGGGAAGAAGTCA
genomic: AGAAGCCAGCTGAAGATGGCCAATTGGTCATTCTTGCTGCAGGGGACAAGgtaaatcact ... aacattccagCCATTGTATGATGGTATGATTCCTGCATTTGATGTACTGGGGAAGAAGTCA
EST: gi|148967444|gb|EE018674.2|EE018674
EST:     AGAAGCCAGCTGAAGATGGCCAATTGGTCATTCTTGCTGCAGGGGACAAG                         CCATTGTATGATGGTATGATTCCTGCATTTGATGTACTGGGGAAGAAGTCA
genomic: AGAAGCCAGCTGAAGATGGCCAATTGGTCATTCTTGCTGCAGGGGACAAGgtaaatcact ... aacattccagCCATTGTATGATGGTATGATTCCTGCATTTGATGTACTGGGGAAGAAGTCA
EST: gi|20811286|gb|BQ295764.1|BQ295764
EST:     AGAAGCCAGCTGAAGATGGCCAATTGGTCATTCTTGCTGCAGGGGACAAG                         CCATTGTATGATGGTATGATTCCTGCATTTGATGTACTGGGGAAGAAGTCA
genomic: AGAAGCCAGCTGAAGATGGCCAATTGGTCATTCTTGCTGCAGGGGACAAGgtaaatcact ... aacattccagCCATTGTATGATGGTATGATTCCTGCATTTGATGTACTGGGGAAGAAGTCA
EST: gi|78125845|gb|DV544229.1|DV544229
EST:     AGAAGCCAGCTGAAGATGGCCAATTGGTCATTCTTGCTGCAGGGGACAAG                         CCATTGTATGATGGTATGATTCCTGCATTTGATGTACTGGGGAAGAAGTCA
genomic: AGAAGCCAGCTGAAGATGGCCAATTGGTCATTCTTGCTGCAGGGGACAAGgtaaatcact ... aacattccagCCATTGTATGATGGTATGATTCCTGCATTTGATGTACTGGGGAAGAAGTCA

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 4 RNA-Seq libraries.


Block sizes: 48 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 120

AGTTAAACAAAAAGGGGGAGCTTTCCTTGAAGCTCCAGTTTCAGGGAGCAAGAAGCCAGCTGAAGATGGCCAATTGGTCATTCTTGCTGCAGGGGACAAGgtaaatcact ... aacattccagCCATTGTATGATGGTATGATTCCTGCATTTGATGTACTGGGGAAGAAGTCATTCTTTCTGGGAGAGATTGGAAATGGGGCAAAGATGAAGCTTGTGGTCA


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 96

AGTTAAACAAAAAGGGGGAGCTTTCCTTGAAGCTCCAGTTTCAGGGAGCAAGAAGCCAGCTGAAGATGGCCAATTGGTCATTCTTGCTGCAGGGGACAAGgtaaatcact ... aacattccagCCATTGTATGATGGTATGATTCCTGCATTTGATGTACTGGGGAAGAAGTCATTCTTTCTGGGAGAGATTGGAAATGGGGCAAAGATGAAGCTTGTGGTCA


Block sizes: 48 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 51

AGTTAAACAAAAAGGGGGAGCTTTCCTTGAAGCTCCAGTTTCAGGGAGCAAGAAGCCAGCTGAAGATGGCCAATTGGTCATTCTTGCTGCAGGGGACAAGgtaaatcact ... aacattccagCCATTGTATGATGGTATGATTCCTGCATTTGATGTACTGGGGAAGAAGTCATTCTTTCTGGGAGAGATTGGAAATGGGGCAAAGATGAAGCTTGTGGTCA


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 67

AGTTAAACAAAAAGGGGGAGCTTTCCTTGAAGCTCCAGTTTCAGGGAGCAAGAAGCCAGCTGAAGATGGCCAATTGGTCATTCTTGCTGCAGGGGACAAGgtaaatcact ... aacattccagCCATTGTATGATGGTATGATTCCTGCATTTGATGTACTGGGGAAGAAGTCATTCTTTCTGGGAGAGATTGGAAATGGGGCAAAGATGAAGCTTGTGGTCA


Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
AGTTAAACAAAAAGGGGGAGCTTTCCTTGAAGCTCCAGTTTCAGGGAGCAAGAAGCCAGCTGAAGATGGCCAATTGGTCATTCTTGCTGCAGGGGACAAGgtaaatcactgtgctctgaaatatgatgatcatttgcatctataaagtgcaaactagttgtgtttatggtacttcacaaatcacaaaagctctctcatat

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAAGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CAGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AGCTGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  CTGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGATG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGCTGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CTGCAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - gctctctc