Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...ccctatctgctagcatattgtagcatcttcttacatgtatacctgtaaattcatggccaacaactattcactcttcggcgacatttgtttgttgctacagTATGATGAATTCTTTGTCCGAGGGACTCTGTTTGGCCGACAAAAGTGGGCTGAGCCCCCAAACACTTCTTGATGTACTG

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G153984_T01
intron # 5
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|60397979|gb|DN230795.1|DN230795
EST:     ATTGGAAATGGGGCAAAGATGAAGCTTGTGGTCAACATGGTCATGGGAAG                         TATGATGAATTCTTTGTCCGAGGGACTCTGTTTGGCCGACAAAAGTGGGCT
genomic: ATTGGAAATGGGGCAAAGATGAAGCTTGTGGTCAACATGGTCATGGGAAGgtgactatta ... gttgctacagTATGATGAATTCTTTGTCCGAGGGACTCTGTTTGGCCGACAAAAGTGGGCT
EST: gi|60350258|gb|DN217231.1|DN217231
EST:     ATTGGAAATGGGGCAAAGATGAAGCTTGTGGTCAACATGGTCATGGGAAG                         TATGATGAATTCTTTGTCCGAGGGACTCTGTTTGGCCGACAAAAGTGGGCT
genomic: ATTGGAAATGGGGCAAAGATGAAGCTTGTGGTCAACATGGTCATGGGAAGgtgactatta ... gttgctacagTATGATGAATTCTTTGTCCGAGGGACTCTGTTTGGCCGACAAAAGTGGGCT
EST: gi|74244863|gb|DT652777.1|DT652777
EST:     ATTGGAAATGGGGCAAAGATGAAGCTTGTGGTCAACATGGTCATGGGAAG                         TATGATGAATTCTTTGTCCGAGGGACTCTGTTTGGCCGACAAAAGTGGGCT
genomic: ATTGGAAATGGGGCAAAGATGAAGCTTGTGGTCAACATGGTCATGGGAAGgtgactatta ... gttgctacagTATGATGAATTCTTTGTCCGAGGGACTCTGTTTGGCCGACAAAAGTGGGCT
EST: gi|13558888|gb|BG550243.1|BG550243
EST:     GAAGCTTGTGGTCAACATGGTCATGGGAAG                         TATGATGAATTCTTTGTCCGAGGGACTCTGTTTGGCCGACAAAAGTGGGCT
genomic: GAAGCTTGTGGTCAACATGGTCATGGGAAGgtgactatta ... gttgctacagTATGATGAATTCTTTGTCCGAGGGACTCTGTTTGGCCGACAAAAGTGGGCT
EST: gi|71328008|gb|DR800651.1|DR800651
EST:     ATTGGAAATGGGGCAAAGATGAAGCTTGTGGTCAACATGGTCATGGGAAG                         TATGATGAATTCTT
genomic: ATTGGAAATGGGGCAAAGATGAAGCTTGTGGTCAACATGGTCATGGGAAGgtgactatta ... gttgctacagTATGATGAATTCTT
EST: gi|148969030|gb|EE019740.2|EE019740
EST:     ATTGGAAATGGGGCAAAGATGAAGCTTGTGGTCAACATGGTCATGGGAAG                         TATGATGAATTCTTTGTCCGAGGGACTCTGTTTGGCCGACAAAAGTGGGCT
genomic: ATTGGAAATGGGGCAAAGATGAAGCTTGTGGTCAACATGGTCATGGGAAGgtgactatta ... gttgctacagTATGATGAATTCTTTGTCCGAGGGACTCTGTTTGGCCGACAAAAGTGGGCT
EST: gi|149112754|gb|EE295577.2|EE295577
EST:     ATTGGAAATGGGGCAAAGATGAAGCTTGTGGTCAACATGGTCATGGGAAG                         TATGATGAATTCTTTGTCCGAGGGACTCTGTTTGGCCGACAAAAGTGGGCT
genomic: ATTGGAAATGGGGCAAAGATGAAGCTTGTGGTCAACATGGTCATGGGAAGgtgactatta ... gttgctacagTATGATGAATTCTTTGTCCGAGGGACTCTGTTTGGCCGACAAAAGTGGGCT
EST: gi|110515150|gb|EE019739.1|EE019739
EST:     ATTGGAAATGGGGCAAAGATGAAGCTTGTGGTCAACATGGTCATGGGAAG                         TATGATGAATTCTTTGTCCGAGGGACTCTGTTTGGCCGACAAAAGTGGGCT
genomic: ATTGGAAATGGGGCAAAGATGAAGCTTGTGGTCAACATGGTCATGGGAAGgtgactatta ... gttgctacagTATGATGAATTCTTTGTCCGAGGGACTCTGTTTGGCCGACAAAAGTGGGCT
EST: gi|148969718|gb|EE020590.2|EE020590
EST:     ATTGGAAATGGGGCAAAGATGAAGCTTGTGGTCAACATGGTCATGGGAAG                         TATGATGAATTCTTTGTCCGAGGGACTCTGTTTGGCCGACAAAAGTGGGCT
genomic: ATTGGAAATGGGGCAAAGATGAAGCTTGTGGTCAACATGGTCATGGGAAGgtgactatta ... gttgctacagTATGATGAATTCTTTGTCCGAGGGACTCTGTTTGGCCGACAAAAGTGGGCT
EST: gi|78092309|gb|DV520683.1|DV520683
EST:     ATTGGAAATGGGGCAAAGATGAAGCTTGTGGTCAACATGGTCATGGGAAG                         TATGATGAATTCTTTGTCCGAGGGACTCTGTTTGGCCGACAAAAGTGGGCT
genomic: ATTGGAAATGGGGCAAAGATGAAGCTTGTGGTCAACATGGTCATGGGAAGgtgactatta ... gttgctacagTATGATGAATTCTTTGTCCGAGGGACTCTGTTTGGCCGACAAAAGTGGGCT
EST: gi|89754425|gb|DY685206.1|DY685206
EST:     ATTGGAAATGGGGCAAAGATGAAGCTTGTGGTCAACATGGTCATGGGAAG                         TATGATGAATTCTTTGTCCGAGGGACTCTGTTTGGCCGACAAAAGTGGGCT
genomic: ATTGGAAATGGGGCAAAGATGAAGCTTGTGGTCAACATGGTCATGGGAAGgtgactatta ... gttgctacagTATGATGAATTCTTTGTCCGAGGGACTCTGTTTGGCCGACAAAAGTGGGCT
EST: gi|78084019|gb|DV512412.1|DV512412
EST:     ATTGGAAATGGGGCAAAGATGAAGCTTGTGGTCAACATGGTCATGGGAAG                         TATGATGAATTCTTTGTCCGAGGGACTCTGTTTGGCCGACAAAAGTGGGCT
genomic: ATTGGAAATGGGGCAAAGATGAAGCTTGTGGTCAACATGGTCATGGGAAGgtgactatta ... gttgctacagTATGATGAATTCTTTGTCCGAGGGACTCTGTTTGGCCGACAAAAGTGGGCT
EST: gi|60396988|gb|DN229807.1|DN229807
EST:     ATTGGAAATGGGGCAAAGATGAAGCTTGTGGTCAACATGGTCATGGGAAG                         TATGATGAATTCTTTGTCCGAGGGACTCTGTTTGGCCGACAAAAGTGGGCT
genomic: ATTGGAAATGGGGCAAAGATGAAGCTTGTGGTCAACATGGTCATGGGAAGgtgactatta ... gttgctacagTATGATGAATTCTTTGTCCGAGGGACTCTGTTTGGCCGACAAAAGTGGGCT
EST: gi|101382897|gb|EB813502.1|EB813502
EST:     ATTGGAAATGGGGCAAAGATGAAGCTTGTGGTCAACATGGTCATGGGAAG                         TATGATGAATTCTTTGTCCGAGGGACTCTGTTTGGCCGACAAAAGTGGGCT
genomic: ATTGGAAATGGGGCAAAGATGAAGCTTGTGGTCAACATGGTCATGGGAAGgtgactatta ... gttgctacagTATGATGAATTCTTTGTCCGAGGGACTCTGTTTGGCCGACAAAAGTGGGCT
EST: gi|78119858|gb|DV538242.1|DV538242
EST:     ATTGGAAATGGGGCAAAGATGAAGCTTGTGGTCAACATGGTCATGGGAAG                         TATGATGAATTCTTTGTCCGAGGGACTCTGTTTGGCCGACAAAAGTGGGCT
genomic: ATTGGAAATGGGGCAAAGATGAAGCTTGTGGTCAACATGGTCATGGGAAGgtgactatta ... gttgctacagTATGATGAATTCTTTGTCCGAGGGACTCTGTTTGGCCGACAAAAGTGGGCT
EST: gi|28931022|gb|CB334383.1|CB334383
EST:     ATTGGAAATGGGGCAAAGATGAAGCTCGTGGTCAACATGGTCATGGGAAG                         TATGATGAATTCTTTGTCCGAGGGACTCTGTTTGGCCGACAAAAGTGGGCT
genomic: ATTGGAAATGGGGCAAAGATGAAGCTTGTGGTCAACATGGTCATGGGAAGgtgactatta ... gttgctacagTATGATGAATTCTTTGTCCGAGGGACTCTGTTTGGCCGACAAAAGTGGGCT
EST: gi|71439692|gb|DR820742.1|DR820742
EST:     ATTGGAAATGGGGCATAGATGAAGCTTGTGGTCAACATGGTCATGGGAAG                         TATGATGAATTCTTTGTCCGAGGGACTCTGTTTGGCCGACAAAAGTGAGCT
genomic: ATTGGAAATGGGGCAAAGATGAAGCTTGTGGTCAACATGGTCATGGGAAGgtgactatta ... gttgctacagTATGATGAATTCTTTGTCCGAGGGACTCTGTTTGGCCGACAAAAGTGGGCT
EST: gi|50326300|gb|CO521426.1|CO521426
EST:     ATTGGAAATGGGGCAAAGATGAAGCTTGTGGTCAACATGGTCATGGGAAG                         TATGATGAATTCTTTGTCCGAGGGACTCTGTTTGGCCGACAAAAGTGGGCT
genomic: ATTGGAAATGGGGCAAAGATGAAGCTTGTGGTCAACATGGTCATGGGAAGgtgactatta ... gttgctacagTATGATGAATTCTTTGTCCGAGGGACTCTGTTTGGCCGACAAAAGTGGGCT
EST: gi|29130084|gb|CB380788.1|CB380788
EST:     ATTGGAAATGGGGCAAAGATGAAGCTTGTGGTCAACATGGTCATGGGAAG                         TATGATGAATTCTTTGTCCGAGGGACTCTGTTTGGCCGACAAAAGTGGGCT
genomic: ATTGGAAATGGGGCAAAGATGAAGCTTGTGGTCAACATGGTCATGGGAAGgtgactatta ... gttgctacagTATGATGAATTCTTTGTCCGAGGGACTCTGTTTGGCCGACAAAAGTGGGCT
EST: gi|20512918|gb|BQ280104.1|BQ280104
EST:     ATTGGAAATGGGGCAAAGATGAAGCTTGTGGTCAACATGGTCATGGGAAG                         TATGATGAATTCTTTGTCCGAGGGACTCTGTTTGGCCGACAAAAGTGGGCT
genomic: ATTGGAAATGGGGCAAAGATGAAGCTTGTGGTCAACATGGTCATGGGAAGgtgactatta ... gttgctacagTATGATGAATTCTTTGTCCGAGGGACTCTGTTTGGCCGACAAAAGTGGGCT
EST: gi|50334992|gb|CO530118.1|CO530118
EST:     ATTGGAAATGGGGCAAAGATGAAGCTTGTGGTCAACATGGTCATGGGAAG                         TATGATGAATTCTTTGTCCGAGGGACTCTGTTTGGCCGACAAAA
genomic: ATTGGAAATGGGGCAAAGATGAAGCTTGTGGTCAACATGGTCATGGGAAGgtgactatta ... gttgctacagTATGATGAATTCTTTGTCCGAGGGACTCTGTTTGGCCGACAAAA
EST: gi|71448020|gb|DR829070.1|DR829070
EST:     ATTGGAAATGGGGCAAAGATGAAGCTTGTGGTCAACATGGTCATGGGAAG                         TATGATGAATTCTTTGTCCGAGGGACTCTGTTTGGTCGACAAAAGTGGGCT
genomic: ATTGGAAATGGGGCAAAGATGAAGCTTGTGGTCAACATGGTCATGGGAAGgtgactatta ... gttgctacagTATGATGAATTCTTTGTCCGAGGGACTCTGTTTGGCCGACAAAAGTGGGCT
EST: gi|149075802|gb|EE164336.2|EE164336
EST:     ATTGGAAATGGGGCAAAGATGAAGCTTGTGGTCAACATGGTCATGGGAAG                         TATGATGAATTCTTTGTCCGAGGGACTCTGTTTGGGCGACAAAAGTGGGCT
genomic: ATTGGAAATGGGGCAAAGATGAAGCTTGTGGTCAACATGGTCATGGGAAGgtgactatta ... gttgctacagTATGATGAATTCTTTGTCCGAGGGACTCTGTTTGGCCGACAAAAGTGGGCT
EST: gi|78078378|gb|DV506792.1|DV506792
EST:     ATTGGAAATGGGGCAAAGATGAAGCTTGTGGTCAACATGGTCATGGGAAG                         TATGATGAATTCTTTGTCCGAGGGACTCTGTTTGGCCGACAAAAGTGGGCT
genomic: ATTGGAAATGGGGCAAAGATGAAGCTTGTGGTCAACATGGTCATGGGAAGgtgactatta ... gttgctacagTATGATGAATTCTTTGTCCGAGGGACTCTGTTTGGCCGACAAAAGTGGGCT
EST: gi|20512919|gb|BQ280105.1|BQ280105
EST:     ATTGGAAATGGGGCAAAGATGAAGCTTGTGGTCAACATGGTCATGGGAAG                         TATGATGAATTCTTTGTCCGAGGGACTCTGTTTGGCCGACAAAAGTGGGCT
genomic: ATTGGAAATGGGGCAAAGATGAAGCTTGTGGTCAACATGGTCATGGGAAGgtgactatta ... gttgctacagTATGATGAATTCTTTGTCCGAGGGACTCTGTTTGGCCGACAAAAGTGGGCT
EST: gi|149081804|gb|EE170962.2|EE170962
EST:     ATTGGAAATGGGGCAAAGATGAAGCTTGTGGTCAACATGGTCATGGGAAG                         TATGATGAATTCTTTGTCCGAGGGACTCTGTTTGGCCGACAAAAGTGGGCT
genomic: ATTGGAAATGGGGCAAAGATGAAGCTTGTGGTCAACATGGTCATGGGAAGgtgactatta ... gttgctacagTATGATGAATTCTTTGTCCGAGGGACTCTGTTTGGCCGACAAAAGTGGGCT
EST: gi|101388577|gb|EB816275.1|EB816275
EST:     ATTGGAAATGGGGCAAAGATGAAGCTTGTGGTCAACATGGTCATGGGAAG                         TATGATGAATTCTTTGTCCGAGGGACTCTGTTTGGCCGACAAAAGTGGGCT
genomic: ATTGGAAATGGGGCAAAGATGAAGCTTGTGGTCAACATGGTCATGGGAAGgtgactatta ... gttgctacagTATGATGAATTCTTTGTCCGAGGGACTCTGTTTGGCCGACAAAAGTGGGCT
EST: gi|149081805|gb|EE170963.2|EE170963
EST:     ATTGGAAATGGGGCAAAGATGAAGCTTGTGGTCAACATGGTCATGGGAAG                         TATGATGAATTCTTTGTCCGAGGGGACTCTGTTTGGCCGACAAAAGTGGGC
genomic: ATTGGAAATGGGGCAAAGATGAAGCTTGTGGTCAACATGGTCATGGGAAGgtgactatta ... gttgctacagTATGATGAATTCTTTGTCCGAGGG-ACTCTGTTTGGCCGACAAAAGTGGGC
EST: gi|148954590|gb|EC900032.2|EC900032
EST:     ATTGGAAATGGGGCAAAGATGAAGCTTGTGGTCAACATGGTCATGGGAAG                         TATGATGAATTCTTTGTCCGAGGGACTCTGTTTGGCCGACAAAAGTGGGCT
genomic: ATTGGAAATGGGGCAAAGATGAAGCTTGTGGTCAACATGGTCATGGGAAGgtgactatta ... gttgctacagTATGATGAATTCTTTGTCCGAGGGACTCTGTTTGGCCGACAAAAGTGGGCT
EST: gi|89762144|gb|DY689877.1|DY689877
EST:     ATTGGAAATGGGGCAAAGATGAAGCTTGTGGTCAACATGGTCATGGGAAG                         TATGATGAATTCTTTGTCCGAGGGACTCTGTTTGGCCGACAAAAGTGGGCT
genomic: ATTGGAAATGGGGCAAAGATGAAGCTTGTGGTCAACATGGTCATGGGAAGgtgactatta ... gttgctacagTATGATGAATTCTTTGTCCGAGGGACTCTGTTTGGCCGACAAAAGTGGGCT
EST: gi|60336934|gb|DN203907.1|DN203907
EST:     ATTGGAAATGGGGCAAAGATGAAGCTTGTGGTCAACATGGTCATGGGAAG                         TATGATGAATTCTTTGTCCGAGGGACTCTGTTTGGCCGACAAAAGTGGGCT
genomic: ATTGGAAATGGGGCAAAGATGAAGCTTGTGGTCAACATGGTCATGGGAAGgtgactatta ... gttgctacagTATGATGAATTCTTTGTCCGAGGGACTCTGTTTGGCCGACAAAAGTGGGCT
EST: gi|60341165|gb|DN208138.1|DN208138
EST:     ATTGGAAATGGGGCAAAGATGAAGCTTGTGGTCAACATGGTCATGGGAAG                         TATGATGAATTCTTTGTCCGAGGGACTCTGTTTGGCCGACAAAAGTGGGCT
genomic: ATTGGAAATGGGGCAAAGATGAAGCTTGTGGTCAACATGGTCATGGGAAGgtgactatta ... gttgctacagTATGATGAATTCTTTGTCCGAGGGACTCTGTTTGGCCGACAAAAGTGGGCT
EST: gi|71328007|gb|DR800650.1|DR800650
EST:     ATTGGAAATGGGGCAAAGATGAAGCTTGTGGTCAACATGGTCATGGGAAG                         TATGATGAATTCTTTGTCCGAGGGACTCTGTTTGGCCGACAAAAGTGGGCT
genomic: ATTGGAAATGGGGCAAAGATGAAGCTTGTGGTCAACATGGTCATGGGAAGgtgactatta ... gttgctacagTATGATGAATTCTTTGTCCGAGGGACTCTGTTTGGCCGACAAAAGTGGGCT
EST: gi|78092308|gb|DV520682.1|DV520682
EST:     ATTGGAAATGGGGCAAAGATGAAGCTTGTGGTCAACATGGTCATGGGAAG                         TATGATGAATTCTTTGTCCGAGGGACTCTGTTTGGCCGACAAAAGTGGGCT
genomic: ATTGGAAATGGGGCAAAGATGAAGCTTGTGGTCAACATGGTCATGGGAAGgtgactatta ... gttgctacagTATGATGAATTCTTTGTCCGAGGGACTCTGTTTGGCCGACAAAAGTGGGCT
EST: gi|76917423|gb|DV166839.1|DV166839
EST:     ATTGGAAATGGGGCAAAGATGAAGCTTGTGGTCAACATGGTCATGGGAAG                         TATGATGAATTCTTTGTCCGAGGGACTCTGTTTGGCCGACAAAAGTGGGCT
genomic: ATTGGAAATGGGGCAAAGATGAAGCTTGTGGTCAACATGGTCATGGGAAGgtgactatta ... gttgctacagTATGATGAATTCTTTGTCCGAGGGACTCTGTTTGGCCGACAAAAGTGGGCT
EST: gi|211111949|gb|FL269637.1|FL269637
EST:     ATTGGAAATGGGGCAAAGATGAAGCTTGTGGTCA-CATGGTCATGGGAAG                         TATGATGAATTCTTTGTCCGAAGGACTCTGTTTGGGCGACAAAAGTGGGCT
genomic: ATTGGAAATGGGGCAAAGATGAAGCTTGTGGTCAACATGGTCATGGGAAGgtgactatta ... gttgctacagTATGATGAATTCTTTGTCCGAGGGACTCTGTTTGGCCGACAAAAGTGGGCT
EST: gi|60355928|gb|DN222901.1|DN222901
EST:     ATTGGAAATGGGGCAAAGATGAAGCTTGTGGTCAACATGGTCATGGGAAG                         TATGATGAATTCTTTGTCCGAGGGACTCTGTTTGGCCGACAAAAGTGGGCT
genomic: ATTGGAAATGGGGCAAAGATGAAGCTTGTGGTCAACATGGTCATGGGAAGgtgactatta ... gttgctacagTATGATGAATTCTTTGTCCGAGGGACTCTGTTTGGCCGACAAAAGTGGGCT
EST: gi|78113466|gb|DV531858.1|DV531858
EST:     ATTGGAAATGGGGCAAAGATGAAGCTTGTGGTCAACATGGTCATGGGAAG                         TATGATGAATTCTTTGTCCGAGGGACTCTGTTTGGCCGACAAAAGTGGGCT
genomic: ATTGGAAATGGGGCAAAGATGAAGCTTGTGGTCAACATGGTCATGGGAAGgtgactatta ... gttgctacagTATGATGAATTCTTTGTCCGAGGGACTCTGTTTGGCCGACAAAAGTGGGCT
EST: gi|37375731|gb|CF624323.1|CF624323
EST:     ATTGGAAATGGGGCAAAGATGAAGCTTGTGGTCAACATGGTCATGGGAAG                         TATGATGAATTCTTTGTCCGAGGGACTCTGTTTGGCCGACAAAAGTGGGCT
genomic: ATTGGAAATGGGGCAAAGATGAAGCTTGTGGTCAACATGGTCATGGGAAGgtgactatta ... gttgctacagTATGATGAATTCTTTGTCCGAGGGACTCTGTTTGGCCGACAAAAGTGGGCT
EST: gi|76917425|gb|DV166840.1|DV166840
EST:     ATTGGAAATGGGGCAAAGATGAAGCTTGTGGTCAACATGGTCATGGGAAG                         TATGATGAATTCTTTGTCCGAGGGACTCTGTTTGGCCGACAAAAGTGGGCT
genomic: ATTGGAAATGGGGCAAAGATGAAGCTTGTGGTCAACATGGTCATGGGAAGgtgactatta ... gttgctacagTATGATGAATTCTTTGTCCGAGGGACTCTGTTTGGCCGACAAAAGTGGGCT
EST: gi|40333895|gb|CK367965.1|CK367965
EST:     ATTGGAAATGGGGCAAAGATGAAGCTTGTGGTCAACATGGTCATGGGAAG                         TATGATGAATTCTTTGTCCGAGGGACTCTGTTTGGCCGACAAAAGTGGGCT
genomic: ATTGGAAATGGGGCAAAGATGAAGCTTGTGGTCAACATGGTCATGGGAAGgtgactatta ... gttgctacagTATGATGAATTCTTTGTCCGAGGGACTCTGTTTGGCCGACAAAAGTGGGCT
EST: gi|93013137|gb|EB638657.1|EB638657
EST:     ATTGGAAATGGGGCAAAGATGAAGCTTGTGGTCAACATGGTCATGGGAAG                         TATGATGAATTCTTTGTCCGAGGGACTCTGTTTGGCCGACAAAAGTGGGCT
genomic: ATTGGAAATGGGGCAAAGATGAAGCTTGTGGTCAACATGGTCATGGGAAGgtgactatta ... gttgctacagTATGATGAATTCTTTGTCCGAGGGACTCTGTTTGGCCGACAAAAGTGGGCT
EST: gi|149073536|gb|EE161839.2|EE161839
EST:     ATTGGAAATGGGGCAAAGATGAAGCTTGTGGTCAACATGGTCATGGGAAG                         TATGATGAATTCTTTGTCCGAGGGACTCTGTTTGGCCGACAAAAGTGGGCT
genomic: ATTGGAAATGGGGCAAAGATGAAGCTTGTGGTCAACATGGTCATGGGAAGgtgactatta ... gttgctacagTATGATGAATTCTTTGTCCGAGGGACTCTGTTTGGCCGACAAAAGTGGGCT
EST: gi|110944178|gb|EE164335.1|EE164335
EST:     ATTGGAAATGGGGCAAAGATGAAGCTTGTGGTCAACATGGTCATGGGAAG                         TATGATGAATTCTTTGTCCGAGGGACTCTGTTTGGCCGACAAAAGTGGGCT
genomic: ATTGGAAATGGGGCAAAGATGAAGCTTGTGGTCAACATGGTCATGGGAAGgtgactatta ... gttgctacagTATGATGAATTCTTTGTCCGAGGGACTCTGTTTGGCCGACAAAAGTGGGCT
EST: gi|148967444|gb|EE018674.2|EE018674
EST:     ATTGGAAATGGGGCAAAGATGAAGCTTGTGGTCAACATGGTCATGGGAAG                         TATGATGAATTCTTTGTCCGAGGGACTCTGTTTGGCCGACAAAAGTGGGCT
genomic: ATTGGAAATGGGGCAAAGATGAAGCTTGTGGTCAACATGGTCATGGGAAGgtgactatta ... gttgctacagTATGATGAATTCTTTGTCCGAGGGACTCTGTTTGGCCGACAAAAGTGGGCT
EST: gi|20811286|gb|BQ295764.1|BQ295764
EST:     ATTGGAAATGGGGCAAAGATGAAGCTTGTGGTCAACATGGTCATGGGAAG                         TATGATGAATTCTTTGTCCGAGGGACTCTGTTTGGCCGACAAAAGTGGGCT
genomic: ATTGGAAATGGGGCAAAGATGAAGCTTGTGGTCAACATGGTCATGGGAAGgtgactatta ... gttgctacagTATGATGAATTCTTTGTCCGAGGGACTCTGTTTGGCCGACAAAAGTGGGCT
EST: gi|78125845|gb|DV544229.1|DV544229
EST:     ATTGGAAATGGGGCAAAGATGAAGCTTGTGGTCAACATGGTCATGGGAAG                         TATGATGAATTCTTTGTCCGAGGGACTCTGTTTGGCCGACAAAAGTGGGCT
genomic: ATTGGAAATGGGGCAAAGATGAAGCTTGTGGTCAACATGGTCATGGGAAGgtgactatta ... gttgctacagTATGATGAATTCTTTGTCCGAGGGACTCTGTTTGGCCGACAAAAGTGGGCT
EST: gi|78113465|gb|DV531857.1|DV531857
EST:     GGCAAAGAGGAAGCTTGTGGTCAACATGGTCATGGGAAG                         TATGATGAATTCTTTGTCCGAGGGACTCTGTTTGGCCGACAAAAGTGGGCT
genomic: GGCAAAGATGAAGCTTGTGGTCAACATGGTCATGGGAAGgtgactatta ... gttgctacagTATGATGAATTCTTTGTCCGAGGGACTCTGTTTGGCCGACAAAAGTGGGCT

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 4 RNA-Seq libraries.


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 253

TGATTCCTGCATTTGATGTACTGGGGAAGAAGTCATTCTTTCTGGGAGAGATTGGAAATGGGGCAAAGATGAAGCTTGTGGTCAACATGGTCATGGGAAGgtgactatta ... gttgctacagTATGATGAATTCTTTGTCCGAGGGACTCTGTTTGGCCGACAAAAGTGGGCTGAGCCCCCAAACACTTCTTGATGTACTG


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 254

TGATTCCTGCATTTGATGTACTGGGGAAGAAGTCATTCTTTCTGGGAGAGATTGGAAATGGGGCAAAGATGAAGCTTGTGGTCAACATGGTCATGGGAAGgtgactatta ... gttgctacagTATGATGAATTCTTTGTCCGAGGGACTCTGTTTGGCCGACAAAAGTGGGCTGAGCCCCCAAACACTTCTTGATGTACTG


Block sizes: 48 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 169

TGATTCCTGCATTTGATGTACTGGGGAAGAAGTCATTCTTTCTGGGAGAGATTGGAAATGGGGCAAAGATGAAGCTTGTGGTCAACATGGTCATGGGAAGgtgactatta ... gttgctacagTATGATGAATTCTTTGTCCGAGGGACTCTGTTTGGCCGACAAAAGTGGGCTGAGCCCCCAAACACTTCTTGATGTACTG


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 213

TGATTCCTGCATTTGATGTACTGGGGAAGAAGTCATTCTTTCTGGGAGAGATTGGAAATGGGGCAAAGATGAAGCTTGTGGTCAACATGGTCATGGGAAGgtgactatta ... gttgctacagTATGATGAATTCTTTGTCCGAGGGACTCTGTTTGGCCGACAAAAGTGGGCTGAGCCCCCAAACACTTCTTGATGTACTG




 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

taaattcatggccaacaactattcactcttcggcgacatttgtttgttgctacagTATGATGAATTCTTTGTCCGAGGGACTCTGTTTGGCCGACAAAAGTGGGCTGAGCCCCCAAACACTTCTTGATGTACTG
                                     atttgttt  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
ccctatctgctagcatattgtagcatcttcttacatgtatacctgtaaattcatggccaacaactattcactcttcggcgacatttgtttgttgctacagTATGATGAATTCTTTGTCCGAGGGACTCTGTTTGGCCGACAAAAGTGGGCTGAGCCCCCAAACACTTCTTGATGTACTG

- - - -tgctagc
- - - - - - - - - tgtagca
- - - - - - - - - - - - - - - - -catgtat
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - acctgta
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - attcatg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -caacaac
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - acatttg