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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GTCCCAGCTACAATTCCACCTTCGATCATTTTGTGTCCTTGAGAATAACACGAAGAGTGACTCATTTGGAAATGCGCTACCTATAATTGGTGGATTTGTGgttagtgatttcctctcttctgcatccgttacattgttggttagttggcaccaatctgcttagaaccagtacatagcagttccgatgccttcctacagaa...

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G144362_T06
intron # 6
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|149014215|gb|EE043769.2|EE043769
EST:     CGAAGAGTGACTCATTTGGAAATGCGCTACCTATAATTGGTGGATTTGTG                         GTTGAAACCTCATCTGGAGTTGTGATACCAGCAACCTTTGATATGGATTCA
genomic: CGAAGAGTGACTCATTTGGAAATGCGCTACCTATAATTGGTGGATTTGTGgttagtgatt ... gtttcttcagGTTGAAACCTCATCTGGAGTTGTGATACCAGCAACCTTTGATATGGATTCA
EST: gi|148933495|gb|EC877204.2|EC877204
EST:     CGAAGAGTGACTCATTTGGAAATGCGCTACCTATAATTGGTGGATTTGTG                         GTTGAAACCTCATCTGGAGTTGTGATACCAGCAACCTTTGATATGGATTCA
genomic: CGAAGAGTGACTCATTTGGAAATGCGCTACCTATAATTGGTGGATTTGTGgttagtgatt ... gtttcttcagGTTGAAACCTCATCTGGAGTTGTGATACCAGCAACCTTTGATATGGATTCA
EST: gi|13237097|gb|BG355111.1|BG355111
EST:     CGAAGAGTGACTCATTTGGAAATGCGCTACCTATAATTGGTGGATTTGTG                         GTTGAAACCTCATCTGGAGTTGTGATACCAGCAACCTTTGATATGGATTCA
genomic: CGAAGAGTGACTCATTTGGAAATGCGCTACCTATAATTGGTGGATTTGTGgttagtgatt ... gtttcttcagGTTGAAACCTCATCTGGAGTTGTGATACCAGCAACCTTTGATATGGATTCA
EST: gi|76291844|gb|DV031412.1|DV031412
EST:     CGAAGAGTGACTCATTTGGAAATGCGCTACCTATAATTGGTGGATTTGTG                         GTTGAAACCTCATCTGGAGTTGTGATACCAGCAACCTTTGATATGGATTCA
genomic: CGAAGAGTGACTCATTTGGAAATGCGCTACCTATAATTGGTGGATTTGTGgttagtgatt ... gtttcttcagGTTGAAACCTCATCTGGAGTTGTGATACCAGCAACCTTTGATATGGATTCA
EST: gi|71441108|gb|DR822158.1|DR822158
EST:     CGAAGAGTGACTCATTTGGAAATGCGCTACCTATAATTGGTGGATTTGTG                         GTTGAAACCTCATCTGGAGTTGTGATACCAGC
genomic: CGAAGAGTGACTCATTTGGAAATGCGCTACCTATAATTGGTGGATTTGTGgttagtgatt ... gtttcttcagGTTGAAACCTCATCTGGAGTTGTGATACCAGC
EST: gi|78088519|gb|DV516912.1|DV516912
EST:     CGAAGAGTGACTCATTTGGAAATGCGCTACCTATAATTGGTGGATTTGTG                         GTTGAAACCTCATCTGGAGTTGTGATACCAGCAACCTTTGATATGGA
genomic: CGAAGAGTGACTCATTTGGAAATGCGCTACCTATAATTGGTGGATTTGTGgttagtgatt ... gtttcttcagGTTGAAACCTCATCTGGAGTTGTGATACCAGCAACCTTTGATATGGA
EST: gi|211211873|gb|FL151948.1|FL151948
EST:     CGAAGAGTGACTCATTTGGAAATGCGCTACCTATAATTGGTGGATTTGTG                         GTTGAAACCTCATCTGGAGTTGTGATACCAGCAACCTTTGATATGGATTCA
genomic: CGAAGAGTGACTCATTTGGAAATGCGCTACCTATAATTGGTGGATTTGTGgttagtgatt ... gtttcttcagGTTGAAACCTCATCTGGAGTTGTGATACCAGCAACCTTTGATATGGATTCA
EST: gi|78123130|gb|DV541514.1|DV541514
EST:     CGAAGAGTGACTCATTTGGAAATGCGCTACCTATAATTGGTGGATTTGTG                         GTTGAAACCTCATCTGGAGTTGTGATACCAGCAACCTTTGATATGGATTCA
genomic: CGAAGAGTGACTCATTTGGAAATGCGCTACCTATAATTGGTGGATTTGTGgttagtgatt ... gtttcttcagGTTGAAACCTCATCTGGAGTTGTGATACCAGCAACCTTTGATATGGATTCA
EST: gi|78079635|gb|DV508047.1|DV508047
EST:     CGAAGAGTGACTCATTTGGAAATGCGCTACCTATAATTGGTGGATTTGTG                         GTTGAAACCTCATCTGGAGTTGTGATACCAGCAACCTTTGATATGGATTCA
genomic: CGAAGAGTGACTCATTTGGAAATGCGCTACCTATAATTGGTGGATTTGTGgttagtgatt ... gtttcttcagGTTGAAACCTCATCTGGAGTTGTGATACCAGCAACCTTTGATATGGATTCA
EST: gi|78079634|gb|DV508046.1|DV508046
EST:     CTACCTATATTTGGTGGATTTGTG                         GTTGAAACCTCATCTGGAGTTGTGATCCCAGCAACCTTTGATATGGATTCA
genomic: CTACCTATAATTGGTGGATTTGTGgttagtgatt ... gtttcttcagGTTGAAACCTCATCTGGAGTTGTGATACCAGCAACCTTTGATATGGATTCA
EST: gi|76291843|gb|DV031411.1|DV031411
EST:     CGAAGAGTGACTCATTTGGAAATGCGCTACCTATAATTGGTGGATTTGTG                         GTTGAAACCTCATCTGGAGTTGTGATACCAGCAACCTTTGATATGGATTCA
genomic: CGAAGAGTGACTCATTTGGAAATGCGCTACCTATAATTGGTGGATTTGTGgttagtgatt ... gtttcttcagGTTGAAACCTCATCTGGAGTTGTGATACCAGCAACCTTTGATATGGATTCA
EST: gi|91055958|gb|EB166376.1|EB166376
EST:     CGAAGAGTGACTCATTTGGAAATGCGCTACCTATAATTGGTGGATTTGTG                         GTTGAAACCTCATCTGGAGTTGTGATACCAGCAACCTTTGATATGGATTCA
genomic: CGAAGAGTGACTCATTTGGAAATGCGCTACCTATAATTGGTGGATTTGTGgttagtgatt ... gtttcttcagGTTGAAACCTCATCTGGAGTTGTGATACCAGCAACCTTTGATATGGATTCA
EST: gi|71430540|gb|DR811590.1|DR811590
EST:     CGAAGAGTGACTCATTTGGAAATGCGCTACCTATAATTGGTGGATTTGTG                         GTTGAAACCTCATCTGGAGTTGTGATACCAGCAACCTTTGATATGGATTCA
genomic: CGAAGAGTGACTCATTTGGAAATGCGCTACCTATAATTGGTGGATTTGTGgttagtgatt ... gtttcttcagGTTGAAACCTCATCTGGAGTTGTGATACCAGCAACCTTTGATATGGATTCA
EST: gi|149014216|gb|EE043770.2|EE043770
EST:     CGAAGAGTGACTCATTTGGAAATGCGCTACCTATAATTGGTGGATTTGTG                         GTTGAAACCTCATCTGGAGTTGTGATACCAGCAACCTTTGATATGGATTCA
genomic: CGAAGAGTGACTCATTTGGAAATGCGCTACCTATAATTGGTGGATTTGTGgttagtgatt ... gtttcttcagGTTGAAACCTCATCTGGAGTTGTGATACCAGCAACCTTTGATATGGATTCA
EST: gi|78088518|gb|DV516911.1|DV516911
EST:     CTATAATTGGTGGATTTGTG                         GTTGAAACCTCATCTGGAGTTGTGATACCAGCAACCTTTGATATGGATTCA
genomic: CTATAATTGGTGGATTTGTGgttagtgatt ... gtttcttcagGTTGAAACCTCATCTGGAGTTGTGATACCAGCAACCTTTGATATGGATTCA
EST: gi|71430541|gb|DR811591.1|DR811591
EST:     CGAAGAGTGACTCATTTGGAAATGCGCTACCTATAATTGGTGGATTTGTG                         GTTGAAACCTCATCTGGAGTTGTGATACCAGCAACCTTTGATATGGATTCA
genomic: CGAAGAGTGACTCATTTGGAAATGCGCTACCTATAATTGGTGGATTTGTGgttagtgatt ... gtttcttcagGTTGAAACCTCATCTGGAGTTGTGATACCAGCAACCTTTGATATGGATTCA
EST: gi|76937601|gb|DV175194.1|DV175194
EST:     CGAAGAGTGACTCATTTGGAAATGCGCTACCTATAATTGGTGGATTTGTG                         GTTGAAACCTCATCTGGAGTTGTGATACCAGCAAACTTTGATATGGATTCA
genomic: CGAAGAGTGACTCATTTGGAAATGCGCTACCTATAATTGGTGGATTTGTGgttagtgatt ... gtttcttcagGTTGAAACCTCATCTGGAGTTGTGATACCAGCAACCTTTGATATGGATTCA
EST: gi|93281830|gb|EB674094.1|EB674094
EST:     CGAAGAGTGACTCATTTGGAAATGCGCTACCTATAATTGGTGGATTTGTG                         GTTGAAACCTCATCTGGAGTTGTGATACCAGCCACCTTTGATATGGATTCA
genomic: CGAAGAGTGACTCATTTGGAAATGCGCTACCTATAATTGGTGGATTTGTGgttagtgatt ... gtttcttcagGTTGAAACCTCATCTGGAGTTGTGATACCAGCAACCTTTGATATGGATTCA
EST: gi|71332805|gb|DR803405.1|DR803405
EST:     CGAAGAGTGACTCATTTGGAAATGCGCTACCTATAATTGGTGGATTTGTG                         GTTGAAACCTCATCTGGAGTTGTGATACCAGCAACCTTTGATATGGATTCA
genomic: CGAAGAGTGACTCATTTGGAAATGCGCTACCTATAATTGGTGGATTTGTGgttagtgatt ... gtttcttcagGTTGAAACCTCATCTGGAGTTGTGATACCAGCAACCTTTGATATGGATTCA
EST: gi|93282997|gb|EB675261.1|EB675261
EST:     GAAATGCGCTACCTATAATTGGTGGATTTGTG                         GTTGAAACCTCATCTGGAGTTGTGATACCAGCAACCTTTGATATGGATTCA
genomic: GAAATGCGCTACCTATAATTGGTGGATTTGTGgttagtgatt ... gtttcttcagGTTGAAACCTCATCTGGAGTTGTGATACCAGCAACCTTTGATATGGATTCA
EST: gi|50333623|gb|CO528749.1|CO528749
EST:     CGAAGAGTGACTCATTTGGAAATGCGCTACCTATAATTGGTGGATTTGTG                         GTTGAAACCTCATCTGGAGTTGTGATACCAGCAACCTTTGATATG
genomic: CGAAGAGTGACTCATTTGGAAATGCGCTACCTATAATTGGTGGATTTGTGgttagtgatt ... gtttcttcagGTTGAAACCTCATCTGGAGTTGTGATACCAGCAACCTTTGATATG
EST: gi|86468332|gb|DY234702.1|DY234702
EST:     AAATGCGCTACCTATAATTGGTGGATTTGTG                         GTTGAAACCTCATCTGGAGTTGTGATACCAGCAACCTTTGATATGGATTCA
genomic: AAATGCGCTACCTATAATTGGTGGATTTGTGgttagtgatt ... gtttcttcagGTTGAAACCTCATCTGGAGTTGTGATACCAGCAACCTTTGATATGGATTCA
EST: gi|94477309|gb|EB706267.1|EB706267
EST:     CGAAGAGTGACTCATTTGGAAATGCGCTACCTATAATTGGTGGATTTGTG                         GTTGAAACCTCATCTGGAGTTGTGATACCAGCAACCTTTGATATGGATTCA
genomic: CGAAGAGTGACTCATTTGGAAATGCGCTACCTATAATTGGTGGATTTGTGgttagtgatt ... gtttcttcagGTTGAAACCTCATCTGGAGTTGTGATACCAGCAACCTTTGATATGGATTCA
EST: gi|76010683|gb|DT937853.1|DT937853
EST:     CGAAGAGTGACTCATTTGGAAATGCGCTACCTATAATTGGTGGATTTGTG                         GTTGAAACCTCATCTGGAGTTGTGATACCAGCAACCTTTGATATGGATTCA
genomic: CGAAGAGTGACTCATTTGGAAATGCGCTACCTATAATTGGTGGATTTGTGgttagtgatt ... gtttcttcagGTTGAAACCTCATCTGGAGTTGTGATACCAGCAACCTTTGATATGGATTCA

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
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GTCCCAGCTACAATTCCACCTTCGATCATTTTGTGTCCTTGAGAATAACACGAAGAGTGACTCATTTGGAAATGCGCTACCTATAATTGGTGGATTTGTGgttagtgatttcctctcttctgcatccgttacattgttggttagttggcaccaatctgcttagaaccagtacatagcagttccgatgccttcctacagaa

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CGAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  TGGTGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGTGGA