Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtttgtatctttaactgtggtttcaatatggggtgtactttatgcacctttcaggcattctcactagtacttactgcagGTTCACCTTATTGGTGGCTTTGCTGATGCTTCCACAAAG

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G144362_T06
intron # 4
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G144362_T02 (Zea mays), 3'ss of exon 4
lower sequence: LOC_Os06g41390.4 (Oryza sativa), 3'ss of exon 4
gtttgtatctttaac-----tgtggtttcaatatggggtgtac-tttatgcacctttcaggcattctcactagtactt-actgcagGTTCACCTTATTGGTGGCTTTGCTGATGCTTCCACAAAG
||||||||||||| |     ||   |   || || |  |   |     ||     |   |  ||||| ||||  | || ||| ||||||||||| ||||||||||||| ||||| ||| ||||||
gtttgtatctttaccccctttgccctccaaacatagaatacgcacccttggtgaatggtgatattcttactaccatttgactacagGTTCACCTGATTGGTGGCTTTGATGATGTTTCTACAAAG
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|76291844|gb|DV031412.1|DV031412
EST:     GGATCAAGCAGATGTTAGAATTACTTGGTGATGACAATGCACCATTTGAT                         GTTCACCTTATTGGTGGCTTTGCTGATGCTTCCACAAAG
genomic: GGATCAAGCAGATGTTAGAATTACTTGGTGATGACAATGCACCATTTGATgtttgtatct ... cttactgcagGTTCACCTTATTGGTGGCTTTGCTGATGCTTCCACAAAG
EST: gi|94474973|gb|EB703931.1|EB703931
EST:     GGATCAAGCAGATGTTAGAATTACTTGGTGATGACAATGCACCATTTGAT                         GTTCACCTTATTGGTGGCTTTGCTGATGCTTCCACAAAG
genomic: GGATCAAGCAGATGTTAGAATTACTTGGTGATGACAATGCACCATTTGATgtttgtatct ... cttactgcagGTTCACCTTATTGGTGGCTTTGCTGATGCTTCCACAAAG
EST: gi|76286746|gb|DV026314.1|DV026314
EST:     GGATCAAGCAGATGTTAGAATTACTTGGTGATGACAATGCACCATTTGAT                         GTTCACCTTATTGGTGGCTTTGCTGATGCTTCCACAAAG
genomic: GGATCAAGCAGATGTTAGAATTACTTGGTGATGACAATGCACCATTTGATgtttgtatct ... cttactgcagGTTCACCTTATTGGTGGCTTTGCTGATGCTTCCACAAAG
EST: gi|71441108|gb|DR822158.1|DR822158
EST:     GGATCAAGCAGATGTTAGAATTACTTGGTGATGACAATGCACCATTTGAT                         GTTCACCTTATTGGTGGCTTTGCTGATGCTTCCACAAAG
genomic: GGATCAAGCAGATGTTAGAATTACTTGGTGATGACAATGCACCATTTGATgtttgtatct ... cttactgcagGTTCACCTTATTGGTGGCTTTGCTGATGCTTCCACAAAG
EST: gi|78088519|gb|DV516912.1|DV516912
EST:     GGATCAAGCAGATGTTAGAATTACTTGGTGATGACAATGCACCATTTGAT                         GTTCACCTTATTGGTGGCTTTGCTGATGCTTCCACAAAG
genomic: GGATCAAGCAGATGTTAGAATTACTTGGTGATGACAATGCACCATTTGATgtttgtatct ... cttactgcagGTTCACCTTATTGGTGGCTTTGCTGATGCTTCCACAAAG
EST: gi|78079635|gb|DV508047.1|DV508047
EST:     GGATCAAGCAGATGTTAGAATTACTTGGTGATGACAATGCACCATTTGAT                         GTTCACCTTATTGGTGGCTTTGCTGATGCTTCCACAAAG
genomic: GGATCAAGCAGATGTTAGAATTACTTGGTGATGACAATGCACCATTTGATgtttgtatct ... cttactgcagGTTCACCTTATTGGTGGCTTTGCTGATGCTTCCACAAAG
EST: gi|148933496|gb|EC877205.2|EC877205
EST:     GGATCAAGCAGATGTTAGAATTACTTGGTGATGACAATGCACCATTTGAT                         GTTCACCTTATTGGTGGCTTTGCTGATGCTTCCACAAAG
genomic: GGATCAAGCAGATGTTAGAATTACTTGGTGATGACAATGCACCATTTGATgtttgtatct ... cttactgcagGTTCACCTTATTGGTGGCTTTGCTGATGCTTCCACAAAG
EST: gi|148981958|gb|EE028016.2|EE028016
EST:     GGATCAAGCAGATGTTAGAATTACTTGGTGATGACAATGCACCATTTGAT                         GTTCACCTTATTGGTGGCTTTGCTGATGCTTCCACAAA
genomic: GGATCAAGCAGATGTTAGAATTACTTGGTGATGACAATGCACCATTTGATgtttgtatct ... cttactgcagGTTCACCTTATTGGTGGCTTTGCTGATGCTTCCACAAA
EST: gi|91055958|gb|EB166376.1|EB166376
EST:     GGATCAAGCAGATGTTAGAATTACTTGGTGATGACAATGCACCATTTGAT                         GTTCACCTTATTGGTGGCTTTGCTGATGCTTCCACAAAG
genomic: GGATCAAGCAGATGTTAGAATTACTTGGTGATGACAATGCACCATTTGATgtttgtatct ... cttactgcagGTTCACCTTATTGGTGGCTTTGCTGATGCTTCCACAAAG
EST: gi|89249445|gb|DY621231.1|DY621231
EST:     GGATCAAGCAGATGTTAGAATTACTTGGTGATGACAATGCACCATTTGAT                         GTTCACCTTATTGGTGGCTTTGCTGATGCTTCCACAAAG
genomic: GGATCAAGCAGATGTTAGAATTACTTGGTGATGACAATGCACCATTTGATgtttgtatct ... cttactgcagGTTCACCTTATTGGTGGCTTTGCTGATGCTTCCACAAAG
EST: gi|148985933|gb|EE029846.2|EE029846
EST:     GGATCAAGCAGATGTTAGAATTACTTGGTGATGACAATGCACCATTTGAT                         GTTCACCTTATTGGTGGCTTTGCTGATGCTTCCACAAAG
genomic: GGATCAAGCAGATGTTAGAATTACTTGGTGATGACAATGCACCATTTGATgtttgtatct ... cttactgcagGTTCACCTTATTGGTGGCTTTGCTGATGCTTCCACAAAG
EST: gi|149014216|gb|EE043770.2|EE043770
EST:     GGATCAAGCAGATGTTAGAATTACTTGGTGATGACAATGCACCATTTGAT                         GTTCACCTTATTGGTGGCTTTGCTGATGCTTCCACAAAG
genomic: GGATCAAGCAGATGTTAGAATTACTTGGTGATGACAATGCACCATTTGATgtttgtatct ... cttactgcagGTTCACCTTATTGGTGGCTTTGCTGATGCTTCCACAAAG
EST: gi|71430541|gb|DR811591.1|DR811591
EST:     GGATCAAGCAGATGTTAGAATTACTTGGTGATGACAATGCACCATTTGAT                         GTTCACCTTATTGGTGGCTTTGCTGATGCTTCCACAAAG
genomic: GGATCAAGCAGATGTTAGAATTACTTGGTGATGACAATGCACCATTTGATgtttgtatct ... cttactgcagGTTCACCTTATTGGTGGCTTTGCTGATGCTTCCACAAAG
EST: gi|93282998|gb|EB675262.1|EB675262
EST:     GGATCAAGCAGATGTTAGAATTACTTGGTGATGACAATGCACCATTTGAT                         GTTCACCTTATTGGTGGCTTTGCTGATGCTTCCACAAAG
genomic: GGATCAAGCAGATGTTAGAATTACTTGGTGATGACAATGCACCATTTGATgtttgtatct ... cttactgcagGTTCACCTTATTGGTGGCTTTGCTGATGCTTCCACAAAG
EST: gi|76937601|gb|DV175194.1|DV175194
EST:     GGATCAAGCAGATGTTAGAATTACTTGGTGATGACAATGCACCATTTGAT                         GTTCACCTTATTGGTGGCTTTGCTGATGCTTCCACAAAG
genomic: GGATCAAGCAGATGTTAGAATTACTTGGTGATGACAATGCACCATTTGATgtttgtatct ... cttactgcagGTTCACCTTATTGGTGGCTTTGCTGATGCTTCCACAAAG
EST: gi|93281830|gb|EB674094.1|EB674094
EST:     GGATCAAGCAGATGTTAGAATTACTTGGTGATGACAATGCACCATTTGAT                         GTTCACCTTATTGGTGGCTTTGCTGATGCTTCCACAAAG
genomic: GGATCAAGCAGATGTTAGAATTACTTGGTGATGACAATGCACCATTTGATgtttgtatct ... cttactgcagGTTCACCTTATTGGTGGCTTTGCTGATGCTTCCACAAAG
EST: gi|71332805|gb|DR803405.1|DR803405
EST:     GGATCAAGCAGATGTTAGAATTACTTGGTGATGACAATGCACCATTTGAT                         GTTCACCTTATTGGTGGCTTTGCTGATGCTTCCACAAAG
genomic: GGATCAAGCAGATGTTAGAATTACTTGGTGATGACAATGCACCATTTGATgtttgtatct ... cttactgcagGTTCACCTTATTGGTGGCTTTGCTGATGCTTCCACAAAG
EST: gi|50333623|gb|CO528749.1|CO528749
EST:     GGATCAAGCAGATGTTAGAATTACTTGGTGATGACAATGCACCATTTGAT                         GTTCACCTTATTGGTGGCTTTGCTGATGCTTCCACAAAG
genomic: GGATCAAGCAGATGTTAGAATTACTTGGTGATGACAATGCACCATTTGATgtttgtatct ... cttactgcagGTTCACCTTATTGGTGGCTTTGCTGATGCTTCCACAAAG
EST: gi|78123131|gb|DV541515.1|DV541515
EST:     GGATCAAGCAGATGTTAGAATTACTTGGTGATGACAATGCACCATTTGAT                         GTTCACCTTATTGGTGGCTTTGCTGATGCTTCCACAAGG
genomic: GGATCAAGCAGATGTTAGAATTACTTGGTGATGACAATGCACCATTTGATgtttgtatct ... cttactgcagGTTCACCTTATTGGTGGCTTTGCTGATGCTTCCACAAAG
EST: gi|94477309|gb|EB706267.1|EB706267
EST:     GGATCAAGCAGATGTTAGAATTACTTGGTGATGACAATGCACCATTTGAT                         GTTCACCTTATTGGTGGCTTTGCTGATGCTTCCACAAAG
genomic: GGATCAAGCAGATGTTAGAATTACTTGGTGATGACAATGCACCATTTGATgtttgtatct ... cttactgcagGTTCACCTTATTGGTGGCTTTGCTGATGCTTCCACAAAG
EST: gi|76010683|gb|DT937853.1|DT937853
EST:     GGATCAAGCAGATGTTAGAATTACTTGGTGATGACAATGCACCATTTGAT                         GTTCACCTTATTGGTGGCTTTGCTGATGCTTCCACAAAG
genomic: GGATCAAGCAGATGTTAGAATTACTTGGTGATGACAATGCACCATTTGATgtttgtatct ... cttactgcagGTTCACCTTATTGGTGGCTTTGCTGATGCTTCCACAAAG
EST: gi|71449941|gb|DR830991.1|DR830991
EST:     GGATCAAGCAGATGTTAGAATTACTTGGTGATGACAATGCACCATTTGAT                         GTTCACCTTATTGGTGGCTTTGCTGATGCTTCCACAAAG
genomic: GGATCAAGCAGATGTTAGAATTACTTGGTGATGACAATGCACCATTTGATgtttgtatct ... cttactgcagGTTCACCTTATTGGTGGCTTTGCTGATGCTTCCACAAAG


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

aatatggggtgtactttatgcacctttcaggcattctcactagtacttactgcagGTTCACCTTATTGGTGGCTTTGCTGATGCTTCCACAAAG
                                           tacttac  putative branch site (score: 1)
           tactttat  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gtttgtatctttaactgtggtttcaatatggggtgtactttatgcacctttcaggcattctcactagtacttactgcagGTTCACCTTATTGGTGGCTTTGCTGATGCTTCCACAAAG

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGTGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGAT