1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' |
GTCCCAGCTACAATTCCACCTTCGATCATTTTGTGTCCTTGAGAATAACACGAAGAGTGACTCATTTGGAAATGCGCTACCTATAATTGGTGGATTTGTGgttagtgatttcctctcttctgcatccgttacattgttggttagttggcaccaatctgcttagaaccagtacatagcagttccgatgccttcctacagaa...
species | Zea mays |
transcript | GRMZM2G144362_T05 |
intron # | 6 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: CGAAGAGTGACTCATTTGGAAATGCGCTACCTATAATTGGTGGATTTGTG GTTGAAACCTCATCTGGAGTTGTGATACCAGCAACCTTTGATATGGATTCAEST: gi|86468332|gb|DY234702.1|DY234702
genomic: CGAAGAGTGACTCATTTGGAAATGCGCTACCTATAATTGGTGGATTTGTGgttagtgatt ... gtttcttcagGTTGAAACCTCATCTGGAGTTGTGATACCAGCAACCTTTGATATGGATTCA
EST: AAATGCGCTACCTATAATTGGTGGATTTGTG GTTGAAACCTCATCTGGAGTTGTGATACCAGCAACCTTTGATATGGATTCAEST: gi|71430540|gb|DR811590.1|DR811590
genomic: AAATGCGCTACCTATAATTGGTGGATTTGTGgttagtgatt ... gtttcttcagGTTGAAACCTCATCTGGAGTTGTGATACCAGCAACCTTTGATATGGATTCA
EST: CGAAGAGTGACTCATTTGGAAATGCGCTACCTATAATTGGTGGATTTGTG GTTGAAACCTCATCTGGAGTTGTGATACCAGCAACCTTTGATATGGATTCAEST: gi|211211873|gb|FL151948.1|FL151948
genomic: CGAAGAGTGACTCATTTGGAAATGCGCTACCTATAATTGGTGGATTTGTGgttagtgatt ... gtttcttcagGTTGAAACCTCATCTGGAGTTGTGATACCAGCAACCTTTGATATGGATTCA
EST: CGAAGAGTGACTCATTTGGAAATGCGCTACCTATAATTGGTGGATTTGTG GTTGAAACCTCATCTGGAGTTGTGATACCAGCAACCTTTGATATGGATTCAEST: gi|149014215|gb|EE043769.2|EE043769
genomic: CGAAGAGTGACTCATTTGGAAATGCGCTACCTATAATTGGTGGATTTGTGgttagtgatt ... gtttcttcagGTTGAAACCTCATCTGGAGTTGTGATACCAGCAACCTTTGATATGGATTCA
EST: CGAAGAGTGACTCATTTGGAAATGCGCTACCTATAATTGGTGGATTTGTG GTTGAAACCTCATCTGGAGTTGTGATACCAGCAACCTTTGATATGGATTCAEST: gi|148933495|gb|EC877204.2|EC877204
genomic: CGAAGAGTGACTCATTTGGAAATGCGCTACCTATAATTGGTGGATTTGTGgttagtgatt ... gtttcttcagGTTGAAACCTCATCTGGAGTTGTGATACCAGCAACCTTTGATATGGATTCA
EST: CGAAGAGTGACTCATTTGGAAATGCGCTACCTATAATTGGTGGATTTGTG GTTGAAACCTCATCTGGAGTTGTGATACCAGCAACCTTTGATATGGATTCAEST: gi|78123130|gb|DV541514.1|DV541514
genomic: CGAAGAGTGACTCATTTGGAAATGCGCTACCTATAATTGGTGGATTTGTGgttagtgatt ... gtttcttcagGTTGAAACCTCATCTGGAGTTGTGATACCAGCAACCTTTGATATGGATTCA
EST: CGAAGAGTGACTCATTTGGAAATGCGCTACCTATAATTGGTGGATTTGTG GTTGAAACCTCATCTGGAGTTGTGATACCAGCAACCTTTGATATGGATTCAEST: gi|76291843|gb|DV031411.1|DV031411
genomic: CGAAGAGTGACTCATTTGGAAATGCGCTACCTATAATTGGTGGATTTGTGgttagtgatt ... gtttcttcagGTTGAAACCTCATCTGGAGTTGTGATACCAGCAACCTTTGATATGGATTCA
EST: CGAAGAGTGACTCATTTGGAAATGCGCTACCTATAATTGGTGGATTTGTG GTTGAAACCTCATCTGGAGTTGTGATACCAGCAACCTTTGATATGGATTCAEST: gi|71441108|gb|DR822158.1|DR822158
genomic: CGAAGAGTGACTCATTTGGAAATGCGCTACCTATAATTGGTGGATTTGTGgttagtgatt ... gtttcttcagGTTGAAACCTCATCTGGAGTTGTGATACCAGCAACCTTTGATATGGATTCA
EST: CGAAGAGTGACTCATTTGGAAATGCGCTACCTATAATTGGTGGATTTGTG GTTGAAACCTCATCTGGAGTTGTGATACCAGCEST: gi|93282997|gb|EB675261.1|EB675261
genomic: CGAAGAGTGACTCATTTGGAAATGCGCTACCTATAATTGGTGGATTTGTGgttagtgatt ... gtttcttcagGTTGAAACCTCATCTGGAGTTGTGATACCAGC
EST: GAAATGCGCTACCTATAATTGGTGGATTTGTG GTTGAAACCTCATCTGGAGTTGTGATACCAGCAACCTTTGATATGGATTCAEST: gi|78079634|gb|DV508046.1|DV508046
genomic: GAAATGCGCTACCTATAATTGGTGGATTTGTGgttagtgatt ... gtttcttcagGTTGAAACCTCATCTGGAGTTGTGATACCAGCAACCTTTGATATGGATTCA
EST: CTACCTATATTTGGTGGATTTGTG GTTGAAACCTCATCTGGAGTTGTGATCCCAGCAACCTTTGATATGGATTCAEST: gi|78088519|gb|DV516912.1|DV516912
genomic: CTACCTATAATTGGTGGATTTGTGgttagtgatt ... gtttcttcagGTTGAAACCTCATCTGGAGTTGTGATACCAGCAACCTTTGATATGGATTCA
EST: CGAAGAGTGACTCATTTGGAAATGCGCTACCTATAATTGGTGGATTTGTG GTTGAAACCTCATCTGGAGTTGTGATACCAGCAACCTTTGATATGGAEST: gi|13237097|gb|BG355111.1|BG355111
genomic: CGAAGAGTGACTCATTTGGAAATGCGCTACCTATAATTGGTGGATTTGTGgttagtgatt ... gtttcttcagGTTGAAACCTCATCTGGAGTTGTGATACCAGCAACCTTTGATATGGA
EST: CGAAGAGTGACTCATTTGGAAATGCGCTACCTATAATTGGTGGATTTGTG GTTGAAACCTCATCTGGAGTTGTGATACCAGCAACCTTTGATATGGATTCAEST: gi|78079635|gb|DV508047.1|DV508047
genomic: CGAAGAGTGACTCATTTGGAAATGCGCTACCTATAATTGGTGGATTTGTGgttagtgatt ... gtttcttcagGTTGAAACCTCATCTGGAGTTGTGATACCAGCAACCTTTGATATGGATTCA
EST: CGAAGAGTGACTCATTTGGAAATGCGCTACCTATAATTGGTGGATTTGTG GTTGAAACCTCATCTGGAGTTGTGATACCAGCAACCTTTGATATGGATTCAEST: gi|78088518|gb|DV516911.1|DV516911
genomic: CGAAGAGTGACTCATTTGGAAATGCGCTACCTATAATTGGTGGATTTGTGgttagtgatt ... gtttcttcagGTTGAAACCTCATCTGGAGTTGTGATACCAGCAACCTTTGATATGGATTCA
EST: CTATAATTGGTGGATTTGTG GTTGAAACCTCATCTGGAGTTGTGATACCAGCAACCTTTGATATGGATTCAEST: gi|91055958|gb|EB166376.1|EB166376
genomic: CTATAATTGGTGGATTTGTGgttagtgatt ... gtttcttcagGTTGAAACCTCATCTGGAGTTGTGATACCAGCAACCTTTGATATGGATTCA
EST: CGAAGAGTGACTCATTTGGAAATGCGCTACCTATAATTGGTGGATTTGTG GTTGAAACCTCATCTGGAGTTGTGATACCAGCAACCTTTGATATGGATTCAEST: gi|149014216|gb|EE043770.2|EE043770
genomic: CGAAGAGTGACTCATTTGGAAATGCGCTACCTATAATTGGTGGATTTGTGgttagtgatt ... gtttcttcagGTTGAAACCTCATCTGGAGTTGTGATACCAGCAACCTTTGATATGGATTCA
EST: CGAAGAGTGACTCATTTGGAAATGCGCTACCTATAATTGGTGGATTTGTG GTTGAAACCTCATCTGGAGTTGTGATACCAGCAACCTTTGATATGGATTCAEST: gi|71430541|gb|DR811591.1|DR811591
genomic: CGAAGAGTGACTCATTTGGAAATGCGCTACCTATAATTGGTGGATTTGTGgttagtgatt ... gtttcttcagGTTGAAACCTCATCTGGAGTTGTGATACCAGCAACCTTTGATATGGATTCA
EST: CGAAGAGTGACTCATTTGGAAATGCGCTACCTATAATTGGTGGATTTGTG GTTGAAACCTCATCTGGAGTTGTGATACCAGCAACCTTTGATATGGATTCAEST: gi|76937601|gb|DV175194.1|DV175194
genomic: CGAAGAGTGACTCATTTGGAAATGCGCTACCTATAATTGGTGGATTTGTGgttagtgatt ... gtttcttcagGTTGAAACCTCATCTGGAGTTGTGATACCAGCAACCTTTGATATGGATTCA
EST: CGAAGAGTGACTCATTTGGAAATGCGCTACCTATAATTGGTGGATTTGTG GTTGAAACCTCATCTGGAGTTGTGATACCAGCAAACTTTGATATGGATTCAEST: gi|93281830|gb|EB674094.1|EB674094
genomic: CGAAGAGTGACTCATTTGGAAATGCGCTACCTATAATTGGTGGATTTGTGgttagtgatt ... gtttcttcagGTTGAAACCTCATCTGGAGTTGTGATACCAGCAACCTTTGATATGGATTCA
EST: CGAAGAGTGACTCATTTGGAAATGCGCTACCTATAATTGGTGGATTTGTG GTTGAAACCTCATCTGGAGTTGTGATACCAGCCACCTTTGATATGGATTCAEST: gi|71332805|gb|DR803405.1|DR803405
genomic: CGAAGAGTGACTCATTTGGAAATGCGCTACCTATAATTGGTGGATTTGTGgttagtgatt ... gtttcttcagGTTGAAACCTCATCTGGAGTTGTGATACCAGCAACCTTTGATATGGATTCA
EST: CGAAGAGTGACTCATTTGGAAATGCGCTACCTATAATTGGTGGATTTGTG GTTGAAACCTCATCTGGAGTTGTGATACCAGCAACCTTTGATATGGATTCAEST: gi|50333623|gb|CO528749.1|CO528749
genomic: CGAAGAGTGACTCATTTGGAAATGCGCTACCTATAATTGGTGGATTTGTGgttagtgatt ... gtttcttcagGTTGAAACCTCATCTGGAGTTGTGATACCAGCAACCTTTGATATGGATTCA
EST: CGAAGAGTGACTCATTTGGAAATGCGCTACCTATAATTGGTGGATTTGTG GTTGAAACCTCATCTGGAGTTGTGATACCAGCAACCTTTGATATGEST: gi|94477309|gb|EB706267.1|EB706267
genomic: CGAAGAGTGACTCATTTGGAAATGCGCTACCTATAATTGGTGGATTTGTGgttagtgatt ... gtttcttcagGTTGAAACCTCATCTGGAGTTGTGATACCAGCAACCTTTGATATG
EST: CGAAGAGTGACTCATTTGGAAATGCGCTACCTATAATTGGTGGATTTGTG GTTGAAACCTCATCTGGAGTTGTGATACCAGCAACCTTTGATATGGATTCAEST: gi|76010683|gb|DT937853.1|DT937853
genomic: CGAAGAGTGACTCATTTGGAAATGCGCTACCTATAATTGGTGGATTTGTGgttagtgatt ... gtttcttcagGTTGAAACCTCATCTGGAGTTGTGATACCAGCAACCTTTGATATGGATTCA
EST: CGAAGAGTGACTCATTTGGAAATGCGCTACCTATAATTGGTGGATTTGTG GTTGAAACCTCATCTGGAGTTGTGATACCAGCAACCTTTGATATGGATTCA
genomic: CGAAGAGTGACTCATTTGGAAATGCGCTACCTATAATTGGTGGATTTGTGgttagtgatt ... gtttcttcagGTTGAAACCTCATCTGGAGTTGTGATACCAGCAACCTTTGATATGGATTCA
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| GTCCCAGCTACAATTCCACCTTCGATCATTTTGTGTCCTTGAGAATAACACGAAGAGTGACTCATTTGGAAATGCGCTACCTATAATTGGTGGATTTGTGgttagtgatttcctctcttctgcatccgttacattgttggttagttggcaccaatctgcttagaaccagtacatagcagttccgatgccttcctacagaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CGAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGTGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGTGGA