Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

AGAATGAGCTGGAACGTAACATTACTATAAAGCTGGGCTATGCTAATGCAAAAATCTACAAATGTGAGGATGACAGATGTCCACGACCAATGTGCTACAAgtatgcttaccatacactgaatgtcagagttctttattaacatcatcatatatttctattttgtcacttgttaataatgaagagtcagcatgattgctct...

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G117900_T02
intron # 4
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G117900_T02 (Zea mays), 5'ss of exon 4
lower sequence: LOC_Os12g07740.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 4
AGAATGAGCTGGAACGTAACATTACTATAAAGCTGGGCTATGCTAATGCAAAAATCTACAAATGTGAGGATGACAGATGTCCACGACCAATGTGCTACAAgtatgcttaccatacactgaatgtca-gagttctttattaacatcatcatatatttctattttgtcacttgttaataatgaagagtcagcatgattgctct-------
||||||||||||| |||||||| ||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||| || || | ||||||||||||||||||||||||||||||  || |  ||||  |   || ||  | |||| |     |||   |||| |       |  |    ||   | |  ||| |||  ||||||| |         
AGAATGAGCTGGAGCGTAACATCACTATAAAGCTTGGCTATGCTAATGCGAAAATCTACAAATGTGAAGACGAGAAATGTCCACGACCAATGTGCTACAAgtatgcaaacaaaccactagacaacatgatctttttagtgtttccattgaatatct-------gatagaaattgtcagtagagactcaa-atgattgattctccaaga

upper sequence: GRMZM2G117900_T02 (Zea mays), 5'ss of exon 4
lower sequence: LOC_Os12g41400.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 4
AGAATGAGCTGGAACGTAACATTACTATAAAGCTGGGCTATGCTAATGCAAAAATCTACAAATGTGAGGATGACAGATGTCCACGACCAATGTGCTACAAgtatgcttaccatacactgaatgtcagagttctttattaacatcatcatatatttctattt-tgtcact-tgttaataatgaagagtca-gcatgattgctct---
||||||||||||| |||||||| ||||||||||| || ||||||||||| ||||||||||||||||| || || | ||| ||||||||||||||||||||||||||  |  |  |||| |||| ||   ||  || |   ||     ||  | ||| |||| | | ||  |||||| ||     |   |   |  |||  | |   
AGAATGAGCTGGAGCGTAACATCACTATAAAGCTTGGTTATGCTAATGCGAAAATCTACAAATGTGAAGACGAGAAATGCCCACGACCAATGTGCTACAAgtatgca-ataaaccactaaatggcatgatttgttctatgca-----atgaacttccatttgtattaccatgttaaaaacacttatctatataaaattagttttcc

upper sequence: GRMZM2G117900_T02 (Zea mays), 5'ss of exon 4
lower sequence: GLYMA08G18240.2 (Glycine max), 5'ss of exon 4
AGAATGAGCTGGAACGTAACATTACTATAAAGCTGGGCTATGCTAATGCAAAAATCTACAAATGTGAGGATGACAGATGTCCACGACCAATGTGCTACAAgtatgcttaccatacactgaatgtcagagttctttattaacatcatcatatatttctattttgtcacttgttaataatgaagagtcagcatgattgctct
| |||||| |||| ||||||||||| || ||||| |||||||| ||||||||||| ||||| ||||| |||||  |||||||| | || |||||||||||||  |  |   ||    ||  || ||   |  | |      |   | |  | |    |  |  ||| || ||    |                       
AAAATGAGTTGGAGCGTAACATTACAATCAAGCTTGGCTATGCAAATGCAAAAATATACAAGTGTGAAGATGAACGATGTCCAAGGCCTATGTGCTACAAgtgggtat-ttat---ttgtgtgccattatgttatcaagttagtttaacttttggtgagctgatcaatttttttctacag--------------------

upper sequence: GRMZM2G117900_T02 (Zea mays), 5'ss of exon 4
lower sequence: GLYMA15G40750.1 (Glycine max), 5'ss of exon 4
AGAATGAGCTGGAACGTAACATTACTATAAAGCTGGGCTATGCTAATGCAAAAATCTACAAATGTGAGGATGACAGATGTCCACGACCAATGTGCTACAAgta--tgcttaccatacactgaatgtcagagttctttattaacatcatcatatatttctattttgtcacttgttaataatgaagagtcagcatgattgctct
| |||||| |||| ||||||||||| || ||||| |||||||||||||||||||| ||||| ||||| |||||  | |||||| | || |||||||||||||   |  |||   |||| |     | |   |     ||||   || | |  | |    |  |  ||| || ||    |                       
AAAATGAGTTGGAGCGTAACATTACAATCAAGCTTGGCTATGCTAATGCAAAAATATACAAGTGTGAAGATGAACGGTGTCCAAGGCCTATGTGCTACAAgtgggtatttattttacatttgccattatgatatcagatta---tcttaacttttggtgaggtgatcaatttttttctacag--------------------

upper sequence: GRMZM2G117900_T02 (Zea mays), 5'ss of exon 4
lower sequence: AT4G18330.1 (Arabidopsis thaliana), 5'ss of exon 3
AGAATGAGCTGGAACGTAACATTACTATAAAGCTGGGCTATGCTAATGCAAAAATCTACAAATGTGAGGATGACAGATGTCCACGACCAATGTGCTACAAgtatgcttaccatacactgaatgtcagagttctttattaacatcatcatatatttctattttgtcacttgttaataatgaagagtcagcatgattgctct
|||||||  | || ||||||||||| || ||||| || ||||| |||||||| || ||||| |||||||||||||  || ||  ||||||||||||||||||  | | |  ||   ||   ||  | | |      | |   | || || | |  |       | |  |||||||  |                      
AGAATGAATTAGAGCGTAACATTACCATTAAGCTTGGTTATGCAAATGCAAAGATTTACAAGTGTGAGGATGACAAGTGCCCTAGACCAATGTGCTACAAgtgag-tcataatcttctttttgatataataaggc-taagtgttattatgtgtagcagcagc-taatctgttaattttag--------------------

upper sequence: GRMZM2G117900_T02 (Zea mays), 5'ss of exon 4
lower sequence: AT1G04170.1 (Arabidopsis thaliana), 5'ss of exon 4
AGAATGAGCTGGAACGTAACATTACTATAAAGCTGGGCTATGCTAATGCAAAAATCTACAAATGTGAGGATGACAGATGTCCACGACCAATGTGCTACAAgtatgcttaccatacactgaatgtcagagttctttattaacatcatcatatatttctattttgtcacttgttaataatgaagagtcagcatgattgctct
| |||||  |||| ||||||||||| || ||||| || ||||| || || || || ||||||||||||||||| | ||| ||  ||||||||||||||||||  |     | ||||   | |||     |  | || |   |  || |  |       ||  ||||     ||| ||   |      | || |       
AAAATGAATTGGAGCGTAACATTACCATTAAGCTTGGATATGCAAACGCCAAGATTTACAAATGTGAGGATGAGAAATGCCCTAGACCAATGTGCTACAAgtgagtccttcttacaac-agtgtttttatcttctacttctactataaggt-------ttgagtcaaggtctaacaacttatctgttgtattag------

upper sequence: GRMZM2G117900_T02 (Zea mays), 5'ss of exon 4
lower sequence: Vv13s0074g00310.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 4
AGAATGAGCTGGAACGTAACATTACTATAAAGCTGGGCTATGCTAATGCAAAAATCTACAAATGTGAGGATGACAGATGTCCACGACCAATGTGCTACAAgtatgcttaccatacactga-atgtcagagttctttattaacatcatcatatatttctattttgtcacttgttaataatgaagagtcagcatgattgctct
| ||||||||||| || || |||||||| || || || ||||| |||||||| || ||||||||||| |||||  | || || || || |||||||||||||| | | |   |  | ||| |  ||    || |  |||||  |||       | | |   |||| |  | || | ||||  |   |||            
AAAATGAGCTGGAGCGAAATATTACTATCAAACTTGGATATGCAAATGCAAAGATATACAAATGTGAAGATGAACGGTGCCCTCGTCCCATGTGCTACAAgtaggttgatatttaattgatacatctattttttacattaatttca------gtcttttcattgtta--tattcaaaatgttgttgcag------------

upper sequence: GRMZM2G117900_T02 (Zea mays), 5'ss of exon 4
lower sequence: Vv10s0042g01220.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 3
AGAATGAGCTGGAACGTAACATTACTATAAAGCTGGGCTATGCTAATGCAAAAATCTACAAATGTGAGGATGACAGATGTCCACGACCAATGTGCTACAAgtatgcttaccatacactgaatgtcagagttctttattaacatcatcatatatttctattttgtcacttgttaataatgaagagtcagcatgattgctct
| ||||||||||| || ||||||||||| || || || ||||| ||||| || || ||||||||||| |||||  | || || ||||| |||||||||||||| | | |   |  | |  || |   |  | | |||  | |||    | |  |  ||  ||    ||| | | |  |  |     |  || |||||   
AAAATGAGCTGGAGCGCAACATTACTATCAAACTTGGATATGCAAATGCCAAGATATACAAATGTGAAGATGAACGGTGCCCTCGACCCATGTGCTACAAgtagggtgat-gtctaatatatat---atatatatatatatatctgtttttcatgttaacttcaggcttttcattgttatattcaaaatattattgcag-

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|211221672|gb|FL287024.1|FL287024
EST:     AAAATCTACAAATGTGAGGATGACAGATGTCCACGACCAATGTGCTACAA                         GGCCTATGGAAGCGGAAAAGAAGATAGCCCTCTATGTGATGTGCCTGGATT
genomic: AAAATCTACAAATGTGAGGATGACAGATGTCCACGACCAATGTGCTACAAgtatgcttac ... tttaattaagGGCCTATGGAAGCGGAAAAGAAGATAGCCCTCTATGTGATGTGCCTGGATT
EST: gi|211221673|gb|FL287025.1|FL287025
EST:     AAAATCTACAAATGTGASGATGACAGATGTCCACGACCAATGTGCTACAA                         GGCCTATGGAAGCGGAAAAGAAGATAGCCCTCTATGTGATGTGCCTGGATT
genomic: AAAATCTACAAATGTGAGGATGACAGATGTCCACGACCAATGTGCTACAAgtatgcttac ... tttaattaagGGCCTATGGAAGCGGAAAAGAAGATAGCCCTCTATGTGATGTGCCTGGATT
EST: gi|32932475|gb|CF037287.1|CF037287
EST:     AAAATCTACAAATGTGAGGATGACAGATGTCCACGACCAATGTGCTACAA                         GGCCTATGGAAGCGGAAAAGAAGATAGCCCTCTATGTGATGTACCTGGATT
genomic: AAAATCTACAAATGTGAGGATGACAGATGTCCACGACCAATGTGCTACAAgtatgcttac ... tttaattaagGGCCTATGGAAGCGGAAAAGAAGATAGCCCTCTATGTGATGTGCCTGGATT
EST: gi|32935513|gb|CF040325.1|CF040325
EST:     AAAATCTACAAATGTGAGGATGACAGATGTCCACGACCAATGTGCTACAA                         GGCCTATGGAAGCGGAAAAGAAGATAGCCCTCTATGTGATGTGCCTGGATT
genomic: AAAATCTACAAATGTGAGGATGACAGATGTCCACGACCAATGTGCTACAAgtatgcttac ... tttaattaagGGCCTATGGAAGCGGAAAAGAAGATAGCCCTCTATGTGATGTGCCTGGATT
EST: gi|32944740|gb|CF049559.1|CF049559
EST:     AAAATCTACAAATGTGAGGATGACAGATGTCCACGACCAATGTGCTACAA                         GGCCTATGGAAGCGGAAAAGAAGATAGCCCTCTATGTGATGTGCCTGGATT
genomic: AAAATCTACAAATGTGAGGATGACAGATGTCCACGACCAATGTGCTACAAgtatgcttac ... tttaattaagGGCCTATGGAAGCGGAAAAGAAGATAGCCCTCTATGTGATGTGCCTGGATT
EST: gi|148932915|gb|EE285716.2|EE285716
EST:     AAAATCTACAAATGTGAGGATGACAGATGTCCACGACCAATGTGCTACAA                         GGCCTATGGAAGCGGAAAAGAAGATAGCCCTCTATGTGATGTGCCTGGATT
genomic: AAAATCTACAAATGTGAGGATGACAGATGTCCACGACCAATGTGCTACAAgtatgcttac ... tttaattaagGGCCTATGGAAGCGGAAAAGAAGATAGCCCTCTATGTGATGTGCCTGGATT
EST: gi|32945952|gb|CF050771.1|CF050771
EST:     AAAATCTACAAATGTGAGGATGACAGATGTCCACGACCAATGTGCTACAA                         GGCCTATGGAAGCGGAAAAGAAGATAGCCCTCTATGTGATGTGCCTGGATT
genomic: AAAATCTACAAATGTGAGGATGACAGATGTCCACGACCAATGTGCTACAAgtatgcttac ... tttaattaagGGCCTATGGAAGCGGAAAAGAAGATAGCCCTCTATGTGATGTGCCTGGATT
EST: gi|148952113|gb|EC897906.2|EC897906
EST:     AAAATCTACAAATGTGAGGATGACAGATGTCCACGACCAATGTGCTACAA                         GGCCTATGGAAGCGGAAAAGAAGATAGCCCTCTATGTGATGTGCCTGGATT
genomic: AAAATCTACAAATGTGAGGATGACAGATGTCCACGACCAATGTGCTACAAgtatgcttac ... tttaattaagGGCCTATGGAAGCGGAAAAGAAGATAGCCCTCTATGTGATGTGCCTGGATT

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
AGAATGAGCTGGAACGTAACATTACTATAAAGCTGGGCTATGCTAATGCAAAAATCTACAAATGTGAGGATGACAGATGTCCACGACCAATGTGCTACAAgtatgcttaccatacactgaatgtcagagttctttattaacatcatcatatatttctattttgtcacttgttaataatgaagagtcagcatgattgctct

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GAGGAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGGATG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  CAGATG