1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' |
...tatttagcatttgatgatcaaatgtgaagaattatatgctgtgtcatgactcatgacgcccttgttcaccatctgttgattatgtttcattttaattaagGGCCTATGGAAGCGGAAAAGAAGATAGCCCTCTATGTGATGTGCCTGGATTTGAAAACACTAGAATGAAGCTCCTGAGACATGTTTCTTTTGTTGATTGC
species | Zea mays |
transcript | GRMZM2G117900_T02 |
intron # | 4 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: AAAATCTACAAATGTGAGGATGACAGATGTCCACGACCAATGTGCTACAA GGCCTATGGAAGCGGAAAAGAAGATAGCCCTCTATGTGATGTGCCTGGATTEST: gi|211221673|gb|FL287025.1|FL287025
genomic: AAAATCTACAAATGTGAGGATGACAGATGTCCACGACCAATGTGCTACAAgtatgcttac ... tttaattaagGGCCTATGGAAGCGGAAAAGAAGATAGCCCTCTATGTGATGTGCCTGGATT
EST: AAAATCTACAAATGTGASGATGACAGATGTCCACGACCAATGTGCTACAA GGCCTATGGAAGCGGAAAAGAAGATAGCCCTCTATGTGATGTGCCTGGATTEST: gi|32932475|gb|CF037287.1|CF037287
genomic: AAAATCTACAAATGTGAGGATGACAGATGTCCACGACCAATGTGCTACAAgtatgcttac ... tttaattaagGGCCTATGGAAGCGGAAAAGAAGATAGCCCTCTATGTGATGTGCCTGGATT
EST: AAAATCTACAAATGTGAGGATGACAGATGTCCACGACCAATGTGCTACAA GGCCTATGGAAGCGGAAAAGAAGATAGCCCTCTATGTGATGTACCTGGATTEST: gi|32935513|gb|CF040325.1|CF040325
genomic: AAAATCTACAAATGTGAGGATGACAGATGTCCACGACCAATGTGCTACAAgtatgcttac ... tttaattaagGGCCTATGGAAGCGGAAAAGAAGATAGCCCTCTATGTGATGTGCCTGGATT
EST: AAAATCTACAAATGTGAGGATGACAGATGTCCACGACCAATGTGCTACAA GGCCTATGGAAGCGGAAAAGAAGATAGCCCTCTATGTGATGTGCCTGGATTEST: gi|32944740|gb|CF049559.1|CF049559
genomic: AAAATCTACAAATGTGAGGATGACAGATGTCCACGACCAATGTGCTACAAgtatgcttac ... tttaattaagGGCCTATGGAAGCGGAAAAGAAGATAGCCCTCTATGTGATGTGCCTGGATT
EST: AAAATCTACAAATGTGAGGATGACAGATGTCCACGACCAATGTGCTACAA GGCCTATGGAAGCGGAAAAGAAGATAGCCCTCTATGTGATGTGCCTGGATTEST: gi|148932915|gb|EE285716.2|EE285716
genomic: AAAATCTACAAATGTGAGGATGACAGATGTCCACGACCAATGTGCTACAAgtatgcttac ... tttaattaagGGCCTATGGAAGCGGAAAAGAAGATAGCCCTCTATGTGATGTGCCTGGATT
EST: AAAATCTACAAATGTGAGGATGACAGATGTCCACGACCAATGTGCTACAA GGCCTATGGAAGCGGAAAAGAAGATAGCCCTCTATGTGATGTGCCTGGATTEST: gi|32945952|gb|CF050771.1|CF050771
genomic: AAAATCTACAAATGTGAGGATGACAGATGTCCACGACCAATGTGCTACAAgtatgcttac ... tttaattaagGGCCTATGGAAGCGGAAAAGAAGATAGCCCTCTATGTGATGTGCCTGGATT
EST: AAAATCTACAAATGTGAGGATGACAGATGTCCACGACCAATGTGCTACAA GGCCTATGGAAGCGGAAAAGAAGATAGCCCTCTATGTGATGTGCCTGGATTEST: gi|148952113|gb|EC897906.2|EC897906
genomic: AAAATCTACAAATGTGAGGATGACAGATGTCCACGACCAATGTGCTACAAgtatgcttac ... tttaattaagGGCCTATGGAAGCGGAAAAGAAGATAGCCCTCTATGTGATGTGCCTGGATT
EST: AAAATCTACAAATGTGAGGATGACAGATGTCCACGACCAATGTGCTACAA GGCCTATGGAAGCGGAAAAGAAGATAGCCCTCTATGTGATGTGCCTGGATT
genomic: AAAATCTACAAATGTGAGGATGACAGATGTCCACGACCAATGTGCTACAAgtatgcttac ... tttaattaagGGCCTATGGAAGCGGAAAAGAAGATAGCCCTCTATGTGATGTGCCTGGATT
atgactcatgacgcccttgttcaccatctgttgattatgtttcattttaattaagGGCCTATGGAAGCGGAAAAGAAGATAGCCCTCTATGTGATGTGCCTGGATTTGAAAACACTAGAATGAAGCTCCTGAGACATGTTTCTTTTGTTGATTGC
ttttaat putative branch site (score: 3)
tttcatttt CT-rich tract
ttgattatgtttcatt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| tatttagcatttgatgatcaaatgtgaagaattatatgctgtgtcatgactcatgacgcccttgttcaccatctgttgattatgtttcattttaattaagGGCCTATGGAAGCGGAAAAGAAGATAGCCCTCTATGTGATGTGCCTGGATTTGAAAACACTAGAATGAAGCTCCTGAGACATGTTTCTTTTGTTGATTGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGAAGC
- - - - - -tgatgat
- - - - - - - - - - - - - - - - - tatgctg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -tgtcatg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -catgacg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -tgttgat
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - tgtttca