Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...ggtactgtgtgatgttgcttttgtgcaatagtatgccttatttgtcaaccttttcctggtgatcattgatcttatttgaccttgcaaacttgtttttcagGCTGATTGCTTGGATGATTTGGCTTTTGCAATTATGCATGAGATGAGCAAATTGTCATACCGGGTTACAGAGGAAGATGTTATCCGTGCACGTAATCAG

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G091563_T01
intron # 5
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|30306632|gb|CD001305.1|CD001305
EST:     TATGCTGTTGCTAAG                         GCTGATTGCTTGGATGATTTGGCTTTTGCAATTATGCATGAGATGAGCAAA
genomic: TATGCTGTTGCTAAGgttactgttg ... tgtttttcagGCTGATTGCTTGGATGATTTGGCTTTTGCAATTATGCATGAGATGAGCAAA
EST: gi|60337054|gb|DN204027.1|DN204027
EST:     ACATGAATTACAAGGACACTGGTCTTTTTGGTGTCTATGCTGTTGCTAAG                         GCTGATTGCTTGGATGATTTGGCTTTTGCAATTATGCATGAGATGAGCAAA
genomic: ACATGAATTACAAGGACACTGGTCTTTTTGGTGTCTATGCTGTTGCTAAGgttactgttg ... tgtttttcagGCTGATTGCTTGGATGATTTGGCTTTTGCAATTATGCATGAGATGAGCAAA
EST: gi|32848125|gb|CD987806.1|CD987806
EST:     ACATGAATTACAAGGACTCTGGTCTTTTTGGTGTCTATGCTGTTGCTAAG                         GCTGATTGCTTGGATGATTTGGCTTTTGCAATTATGCATGAGATGAGCAAA
genomic: ACATGAATTACAAGGACACTGGTCTTTTTGGTGTCTATGCTGTTGCTAAGgttactgttg ... tgtttttcagGCTGATTGCTTGGATGATTTGGCTTTTGCAATTATGCATGAGATGAGCAAA
EST: gi|60355748|gb|DN222721.1|DN222721
EST:     ACATGAATTACAAGGACACTGGTCTTTTTGGTGTCTATGCTGTTGCTAAG                         GCTGATTGCTTGGATGATTTGGCTTTTGCAATTATGCATGAGATGAGCAAA
genomic: ACATGAATTACAAGGACACTGGTCTTTTTGGTGTCTATGCTGTTGCTAAGgttactgttg ... tgtttttcagGCTGATTGCTTGGATGATTTGGCTTTTGCAATTATGCATGAGATGAGCAAA
EST: gi|5895629|gb|AW036875.1|AW036875
EST:     ACATGAATTACAAGGACACTGGTCTTTTTGGTGTCTATGCTGTTGCTAAG                         GCTGATTGCTTGGATGATTTGGCTTTTGCAATTATGCATGAGATGAGCAAA
genomic: ACATGAATTACAAGGACACTGGTCTTTTTGGTGTCTATGCTGTTGCTAAGgttactgttg ... tgtttttcagGCTGATTGCTTGGATGATTTGGCTTTTGCAATTATGCATGAGATGAGCAAA

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 4 RNA-Seq libraries.


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 198

TGTACAGAAAGCAGCAATCAATGACATTGCTGAGAGTGTAATGTCATTCAACATGAATTACAAGGACACTGGTCTTTTTGGTGTCTATGCTGTTGCTAAGgttactgttg ... tgtttttcagGCTGATTGCTTGGATGATTTGGCTTTTGCAATTATGCATGAGATGAGCAAATTGTCATACCGGGTTACAGAGGAAGATGTTATCCGTGCACGTAATCAG


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 386

TGTACAGAAAGCAGCAATCAATGACATTGCTGAGAGTGTAATGTCATTCAACATGAATTACAAGGACACTGGTCTTTTTGGTGTCTATGCTGTTGCTAAGgttactgttg ... tgtttttcagGCTGATTGCTTGGATGATTTGGCTTTTGCAATTATGCATGAGATGAGCAAATTGTCATACCGGGTTACAGAGGAAGATGTTATCCGTGCACGTAATCAG


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 301

TGTACAGAAAGCAGCAATCAATGACATTGCTGAGAGTGTAATGTCATTCAACATGAATTACAAGGACACTGGTCTTTTTGGTGTCTATGCTGTTGCTAAGgttactgttg ... tgtttttcagGCTGATTGCTTGGATGATTTGGCTTTTGCAATTATGCATGAGATGAGCAAATTGTCATACCGGGTTACAGAGGAAGATGTTATCCGTGCACGTAATCAG


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 452

TGTACAGAAAGCAGCAATCAATGACATTGCTGAGAGTGTAATGTCATTCAACATGAATTACAAGGACACTGGTCTTTTTGGTGTCTATGCTGTTGCTAAGgttactgttg ... tgtttttcagGCTGATTGCTTGGATGATTTGGCTTTTGCAATTATGCATGAGATGAGCAAATTGTCATACCGGGTTACAGAGGAAGATGTTATCCGTGCACGTAATCAG




 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

caaccttttcctggtgatcattgatcttatttgaccttgcaaacttgtttttcagGCTGATTGCTTGGATGATTTGGCTTTTGCAATTATGCATGAGATGAGCAAATTGTCATACCGGGTTACAGAGGAAGATGTTATCCGTGCACGTAATCAG
                            atttgac  putative branch site (score: 452)
                                           cttgtttttc  putative PPT
                       atcttattt  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
ggtactgtgtgatgttgcttttgtgcaatagtatgccttatttgtcaaccttttcctggtgatcattgatcttatttgaccttgcaaacttgtttttcagGCTGATTGCTTGGATGATTTGGCTTTTGCAATTATGCATGAGATGAGCAAATTGTCATACCGGGTTACAGAGGAAGATGTTATCCGTGCACGTAATCAG

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GGAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AAGATG
ggtactg
- - - - - - tgttgct
- - - - - - - - - - - - - - - gtatgcc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -ccttgca