Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

TACCAAAATGACTACAAGGTGATAAACATGGATCAGTGGATGGGATTTATGCGGTTCTGTAATGAGgtcatgttttaaatattacatatgttgcagcatttcatttgttttaaatttaaaacaatagctcaaccttgtaatcctctttgcaatatttaatatttttttattctgtcattgacacttggcatttgctttttcgcag

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G067067_T07
intron # 8
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|74233886|gb|DT641800.1|DT641800
EST:     AGGTGATAAACATGGATCAGTGGATGGGATTTATGCGGTTCTGTAATGAG                         ATAAACTTCCCATCACTTGACAATTATGATTCAGACCTTGCTTGGCCTTTG
genomic: AGGTGATAAACATGGATCAGTGGATGGGATTTATGCGGTTCTGTAATGAGgtcatgtttt ... tttttcgcagATAAACTTCCCATCACTTGACAATTATGATTCAGACCTTGCTTGGCCTTTG
EST: gi|60349328|gb|DN216301.1|DN216301
EST:     AGGTGATAAACATGGATCAGTGGATGGGATTTATGCGGTTCTGTAATGAG                         ATAAACTTCCCATCACTTGACAATTATGATTCAGACCTTGCTTGGCCTTTG
genomic: AGGTGATAAACATGGATCAGTGGATGGGATTTATGCGGTTCTGTAATGAGgtcatgtttt ... tttttcgcagATAAACTTCCCATCACTTGACAATTATGATTCAGACCTTGCTTGGCCTTTG
EST: gi|32864042|gb|CF003724.1|CF003724
EST:     AGGTGATAAACATGGATCAGTGGATGGGATTTATGCGGTTCTGTAATGAG                         ATAAACTTCCCATCACTTGAC
genomic: AGGTGATAAACATGGATCAGTGGATGGGATTTATGCGGTTCTGTAATGAGgtcatgtttt ... tttttcgcagATAAACTTCCCATCACTTGAC
EST: gi|12973745|gb|BG268634.1|BG268634
EST:     AGGTGATAAACATGGATCAGTGGATGGGATTTATGCGGTTCTGTAATGAG                         ATAAACTNNNNNNNNNCATGACAATTATGATTCAGACCTTGCTTGGCCTTT
genomic: AGGTGATAAACATGGATCAGTGGATGGGATTTATGCGGTTCTGTAATGAGgtcatgtttt ... tttttcgcagATAAACTTCCCATCA-CTTGACAATTATGATTCAGACCTTGCTTGGCCTTT
EST: gi|6827963|gb|AW331606.1|AW331606
EST:     AGGTGATAAACATGGATCAGTGGATGGGATTTATGCGGTTCTGTAATGAG                         ATAAACTTCCCATCACTTGACAATTATGATTCAGACCTTGCTTGGCCTTTG
genomic: AGGTGATAAACATGGATCAGTGGATGGGATTTATGCGGTTCTGTAATGAGgtcatgtttt ... tttttcgcagATAAACTTCCCATCACTTGACAATTATGATTCAGACCTTGCTTGGCCTTTG
EST: gi|6342613|gb|AW165437.1|AW165437
EST:     AGGTGATAAACATGGATCAGTGGATGGGATTTATGCGGTTCTGTAATGAG                         ATAAACTTCCCATCACTTGACAATTATGATTCAGACCTTGCTTGGCCTTTG
genomic: AGGTGATAAACATGGATCAGTGGATGGGATTTATGCGGTTCTGTAATGAGgtcatgtttt ... tttttcgcagATAAACTTCCCATCACTTGACAATTATGATTCAGACCTTGCTTGGCCTTTG
EST: gi|16919108|gb|BM074042.1|BM074042
EST:     AGGTGATAAACATGGATCAGTGGATGGGATTTATGCGGTTCTGTAATGAG                         ATAAACTTCCCATCACTTGACAATTATGATTCAGACCTTGCTTGGCCTTTG
genomic: AGGTGATAAACATGGATCAGTGGATGGGATTTATGCGGTTCTGTAATGAGgtcatgtttt ... tttttcgcagATAAACTTCCCATCACTTGACAATTATGATTCAGACCTTGCTTGGCCTTTG
EST: gi|74233885|gb|DT641799.1|DT641799
EST:     AGGTGATAAACATGGATCAGTGGATGGGATTTATGCGGTTCTGTAATGAG                         ATAAACTTCCCATCACTTGACAATTATGATTCAGACCTTGCTTGGCCTTTG
genomic: AGGTGATAAACATGGATCAGTGGATGGGATTTATGCGGTTCTGTAATGAGgtcatgtttt ... tttttcgcagATAAACTTCCCATCACTTGACAATTATGATTCAGACCTTGCTTGGCCTTTG

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
TACCAAAATGACTACAAGGTGATAAACATGGATCAGTGGATGGGATTTATGCGGTTCTGTAATGAGgtcatgttttaaatattacatatgttgcagcatttcatttgttttaaatttaaaacaatagctcaaccttgtaatcctctttgcaatatttaatatttttttattctgtcattgacacttggcatttgctttttcgcag

- - - - - - - - - - - - - CATGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - AGTGGA