Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

TTACGGAAGTTTACAATTGATCAACAAGACTTAGTCCAACCCTACTTTTCAAATCACTATGGTTACCCTTTCCTACAGCTGGGCAAGCGTAGAATGTCAGgtgtgttagctcctcccccccccccccttgtttgaatattatctgacgcataatggattttcttatcctacttccacttttccttgcatttatag

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G049382_T01
intron # 2
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|78077755|gb|DV506187.1|DV506187
EST:     AAATCACTATGGTTACCCTTTCCTACAGCTGGGCAAGCGTAGAATGTCAG                         TCATAATGTTGGGCTCCAAGAAGGAAAGGAATCTCAGCATGCACTTTCCAT
genomic: AAATCACTATGGTTACCCTTTCCTACAGCTGGGCAAGCGTAGAATGTCAGgtgtgttagc ... gcatttatagTCATAATGTTGGGCTCAAAGAAGGAAAGGAATCTCAGCATGCACTTTCAAT
EST: gi|74237928|gb|DT645842.1|DT645842
EST:     AAATCACTATGGTTACCCTTTCCTACAGCTGGGCAAGCGTAGAATGTCAG                         TCATAATGTTGGGCTCAAAGAAGGAAAGGAATCTCAGCATGCACTTTCAAT
genomic: AAATCACTATGGTTACCCTTTCCTACAGCTGGGCAAGCGTAGAATGTCAGgtgtgttagc ... gcatttatagTCATAATGTTGGGCTCAAAGAAGGAAAGGAATCTCAGCATGCACTTTCAAT
EST: gi|94476136|gb|EB705094.1|EB705094
EST:     AAATCACTATGGTTACCCTTTCCTACAGCTGGGCAAGCGTAGAATGTCAG                         TCATAATGTTGGGCTCAAAGAAGGAAAGGAATCTCAGCATGCACTTTCAAT
genomic: AAATCACTATGGTTACCCTTTCCTACAGCTGGGCAAGCGTAGAATGTCAGgtgtgttagc ... gcatttatagTCATAATGTTGGGCTCAAAGAAGGAAAGGAATCTCAGCATGCACTTTCAAT
EST: gi|211441856|gb|FL182593.1|FL182593
EST:     AAATCACTATGGTTACCCTTTCCTACAGCTGGGCAAGCGTAGAATGTCAG                         TCATAATGTTGGGCTCAAAGAAGGAAAGGAATCTCAGCATGCACTTTCAAT
genomic: AAATCACTATGGTTACCCTTTCCTACAGCTGGGCAAGCGTAGAATGTCAGgtgtgttagc ... gcatttatagTCATAATGTTGGGCTCAAAGAAGGAAAGGAATCTCAGCATGCACTTTCAAT
EST: gi|78109677|gb|DV528093.1|DV528093
EST:     AAATCACTATGGTTACCCTTTCCTACAGCTGGGCAAGCGTAGAATGTCAG                         TCATAATGTTGGGCTCAAAGAAGGAAAGGAATCTCAGCATGCACTTTCAAT
genomic: AAATCACTATGGTTACCCTTTCCTACAGCTGGGCAAGCGTAGAATGTCAGgtgtgttagc ... gcatttatagTCATAATGTTGGGCTCAAAGAAGGAAAGGAATCTCAGCATGCACTTTCAAT
EST: gi|93014379|gb|EB639899.1|EB639899
EST:     AAATCACTATGGTTACCCTTTCCTACAGCTGGGCAAGCGTAGAATGTCAG                         TCATAATGTTGGGCTCAAAGAAGGAAAGGAATCTCAGCATGCACTTTCAAT
genomic: AAATCACTATGGTTACCCTTTCCTACAGCTGGGCAAGCGTAGAATGTCAGgtgtgttagc ... gcatttatagTCATAATGTTGGGCTCAAAGAAGGAAAGGAATCTCAGCATGCACTTTCAAT
EST: gi|71775361|gb|DR973239.1|DR973239
EST:     AAATCACTATGGTTACCCTTTCCTACAGCTGGGCAAGCGTAGAATGTCAG                         TCATAATGTTGGGCTCAAAGAAGGAAAGGAATCTCAGCATGCACTTTCAAT
genomic: AAATCACTATGGTTACCCTTTCCTACAGCTGGGCAAGCGTAGAATGTCAGgtgtgttagc ... gcatttatagTCATAATGTTGGGCTCAAAGAAGGAAAGGAATCTCAGCATGCACTTTCAAT
EST: gi|93016747|gb|EB642267.1|EB642267
EST:     AAATCACTATGGTTACCCTTTCCTACAGCTGGGCAAGCGTAGAATGTCAG                         TCATAATGTTGGGCTCAAAGAAGGAAAGGAATCTCAGCATGCACTTTCAAT
genomic: AAATCACTATGGTTACCCTTTCCTACAGCTGGGCAAGCGTAGAATGTCAGgtgtgttagc ... gcatttatagTCATAATGTTGGGCTCAAAGAAGGAAAGGAATCTCAGCATGCACTTTCAAT
EST: gi|30306535|gb|CD001208.1|CD001208
EST:     AAATCACTATGGTTACCCTTTCCTACAGCTGGGCAAGCGTAGAATGTCAG                         TCATAATGTTGGGCTCAAAGAAGGAAAGGAATCTCAGCATGCACTTTCAAT
genomic: AAATCACTATGGTTACCCTTTCCTACAGCTGGGCAAGCGTAGAATGTCAGgtgtgttagc ... gcatttatagTCATAATGTTGGGCTCAAAGAAGGAAAGGAATCTCAGCATGCACTTTCAAT
EST: gi|71437491|gb|DR818541.1|DR818541
EST:     AAATCACTATGGTTACCCTTTCCTACAGCTGGGCAAGCGTAGAATGTCAG                         TCATAATGTTGGGCTCAAAGAAGGAAAGGAATCTCAGCATGCACTTTCAAT
genomic: AAATCACTATGGTTACCCTTTCCTACAGCTGGGCAAGCGTAGAATGTCAGgtgtgttagc ... gcatttatagTCATAATGTTGGGCTCAAAGAAGGAAAGGAATCTCAGCATGCACTTTCAAT
EST: gi|71444264|gb|DR825314.1|DR825314
EST:     AAATCACTATGGTTACCCTTTCCTACAGCTGGGCAAGCGTAGAATGTCAG                         TCATAATGTTGGGCTCAAAGAAGGAAAGGAATCTCAGCATGCACTTTCAAT
genomic: AAATCACTATGGTTACCCTTTCCTACAGCTGGGCAAGCGTAGAATGTCAGgtgtgttagc ... gcatttatagTCATAATGTTGGGCTCAAAGAAGGAAAGGAATCTCAGCATGCACTTTCAAT
EST: gi|17970113|gb|BM276864.1|BM276864
EST:     AAATCACTATGGTTACCCTTTCCTACAGCTGGGCAAGCGTAGAATGTCAG                         TCATAATGTTGGGCTCAAAGAAGGAAAGGAATCTCAGCATGCACTTTCAAT
genomic: AAATCACTATGGTTACCCTTTCCTACAGCTGGGCAAGCGTAGAATGTCAGgtgtgttagc ... gcatttatagTCATAATGTTGGGCTCAAAGAAGGAAAGGAATCTCAGCATGCACTTTCAAT
EST: gi|32919043|gb|CF023855.1|CF023855
EST:     AAATCACTATGGTTACCCTTTCCTACAGCTGGGCAAGCGTAGAATGTCAG                         TCATAATGTTGGGCTCAAAGAAGGAAAGGAATCTCAGCATGCACTTTCAAT
genomic: AAATCACTATGGTTACCCTTTCCTACAGCTGGGCAAGCGTAGAATGTCAGgtgtgttagc ... gcatttatagTCATAATGTTGGGCTCAAAGAAGGAAAGGAATCTCAGCATGCACTTTCAAT
EST: gi|76015982|gb|DT943152.1|DT943152
EST:     AAATCACTATGGTTACCCTTTCCTACAGCTGGGCAAGCGTAGAATGTCAG                         TCATAATGTTGGGCTCAAAGAAGGAAAGGAATCTCAGCATGCACTTTCAAT
genomic: AAATCACTATGGTTACCCTTTCCTACAGCTGGGCAAGCGTAGAATGTCAGgtgtgttagc ... gcatttatagTCATAATGTTGGGCTCAAAGAAGGAAAGGAATCTCAGCATGCACTTTCAAT
EST: gi|74241229|gb|DT649143.1|DT649143
EST:     AAATCACTATGGTTACCCTTTCCTACAGCTGGGCAAGCGTAGAATGTCAG                         TCATAATGTTGGGCTCAAAGAAGGAAAGGAATCTCAGCATGCACTTTCAAT
genomic: AAATCACTATGGTTACCCTTTCCTACAGCTGGGCAAGCGTAGAATGTCAGgtgtgttagc ... gcatttatagTCATAATGTTGGGCTCAAAGAAGGAAAGGAATCTCAGCATGCACTTTCAAT
EST: gi|211441853|gb|FL182590.1|FL182590
EST:     AAATCACTATGGTTACCCTTTCCTACAGCTGGGCAAGCGTAGAATGTCAG                         TCATAATGTTGGGCTCAAAGAAGGAAAGGAATCTCAGCATGCACTTTCAAT
genomic: AAATCACTATGGTTACCCTTTCCTACAGCTGGGCAAGCGTAGAATGTCAGgtgtgttagc ... gcatttatagTCATAATGTTGGGCTCAAAGAAGGAAAGGAATCTCAGCATGCACTTTCAAT
EST: gi|87298772|gb|DY470775.1|DY470775
EST:     AAATCACTATGGTTACCCTTTCCTACAGCTGGGCAAGCGTAGAATGTCAG                         TCATAATGTTGGGCTCAAAGAAGGAAAGGAATCTCAGCATGCACTTTCAAT
genomic: AAATCACTATGGTTACCCTTTCCTACAGCTGGGCAAGCGTAGAATGTCAGgtgtgttagc ... gcatttatagTCATAATGTTGGGCTCAAAGAAGGAAAGGAATCTCAGCATGCACTTTCAAT
EST: gi|76015122|gb|DT942292.1|DT942292
EST:     AAATCACTATGGTTACCCTTTCCTACAGCTGGGCAAGCGTAGAATGTCAG                         TCATAATGTTGGGCTCAAAGAAGGAAAGGAATCTCAGCATGCACTTTCAAT
genomic: AAATCACTATGGTTACCCTTTCCTACAGCTGGGCAAGCGTAGAATGTCAGgtgtgttagc ... gcatttatagTCATAATGTTGGGCTCAAAGAAGGAAAGGAATCTCAGCATGCACTTTCAAT
EST: gi|32943700|gb|CF048519.1|CF048519
EST:     AAATCACTATGGTTACCCTTTCCTACAGCTGGGCAAGCGTAGAATGTCAG                         TCATAATGTTGGGCTCAAAGAAGGAAAGGAATCTCAGCATGCACTTTCAAT
genomic: AAATCACTATGGTTACCCTTTCCTACAGCTGGGCAAGCGTAGAATGTCAGgtgtgttagc ... gcatttatagTCATAATGTTGGGCTCAAAGAAGGAAAGGAATCTCAGCATGCACTTTCAAT
EST: gi|211441855|gb|FL182592.1|FL182592
EST:     AAATCACTATGGTTACCCTTTCCTACAGCTGGGCAAGCGTAGAATGTCAG                         TCATAATGTTGGGCTCAAAGAAGGAAAGGAATCTCAGCATGCACTTTCAAT
genomic: AAATCACTATGGTTACCCTTTCCTACAGCTGGGCAAGCGTAGAATGTCAGgtgtgttagc ... gcatttatagTCATAATGTTGGGCTCAAAGAAGGAAAGGAATCTCAGCATGCACTTTCAAT
EST: gi|71437490|gb|DR818540.1|DR818540
EST:     AAATCACTATGGTTACCCTTTCCTACAGCTGGGCAAGCGTAGAATGTCAG                         TCATAATGTTGGGCTCAAAGAAGGAAAGGAATCTCAGCATGCACTTTCAAT
genomic: AAATCACTATGGTTACCCTTTCCTACAGCTGGGCAAGCGTAGAATGTCAGgtgtgttagc ... gcatttatagTCATAATGTTGGGCTCAAAGAAGGAAAGGAATCTCAGCATGCACTTTCAAT
EST: gi|149081435|gb|EE170555.2|EE170555
EST:     AAATCACTATGGTTACCCTTTCCTACAGCTGGGCAAGCGTAGAATGTCAG                         TCATAATGTTGGGCTCAAAGAAGGAAAGGAATCTCAGCATGCACTTTCAAT
genomic: AAATCACTATGGTTACCCTTTCCTACAGCTGGGCAAGCGTAGAATGTCAGgtgtgttagc ... gcatttatagTCATAATGTTGGGCTCAAAGAAGGAAAGGAATCTCAGCATGCACTTTCAAT
EST: gi|101389927|gb|EB816894.1|EB816894
EST:     AAATCACTATGGTTACCCTTTCCTACAGCTGGGCAAGCGTAGAATGTCAG                         TCATAATGTTGGGCTCAAAGAAGGAAAGGAATCTCAGCATGCACTTTCAAT
genomic: AAATCACTATGGTTACCCTTTCCTACAGCTGGGCAAGCGTAGAATGTCAGgtgtgttagc ... gcatttatagTCATAATGTTGGGCTCAAAGAAGGAAAGGAATCTCAGCATGCACTTTCAAT
EST: gi|22489209|gb|BU049119.1|BU049119
EST:     AAATCACTATGGTTACCCTTTCCTACAGCTGGGCAAGCGTAGAATGTCAG                         TCATAATGTTGGGCTCAAAGAAGGAAAGGAATCTCAGCATGCACTTTCAAT
genomic: AAATCACTATGGTTACCCTTTCCTACAGCTGGGCAAGCGTAGAATGTCAGgtgtgttagc ... gcatttatagTCATAATGTTGGGCTCAAAGAAGGAAAGGAATCTCAGCATGCACTTTCAAT
EST: gi|32918957|gb|CF023769.1|CF023769
EST:     AAATCACTATGGTTACCCTTTCCTACAGCTGGGCAAGCGTAGAATGTCAG                         CCATAATGTTGGGCTCAAAGAAGGAAAGGAATCTCAGCATGCACTTTCAAT
genomic: AAATCACTATGGTTACCCTTTCCTACAGCTGGGCAAGCGTAGAATGTCAGgtgtgttagc ... gcatttatagTCATAATGTTGGGCTCAAAGAAGGAAAGGAATCTCAGCATGCACTTTCAAT
EST: gi|78109421|gb|DV527837.1|DV527837
EST:     AAATCACTATGGTTACCCTTTCCTACAGCTGGGCAAGCGTAGAATGTCAG                         TCATAATGTTGGGCTCAAAGAAGGAAAGGAATCTCAGCATGCACTTTCAAT
genomic: AAATCACTATGGTTACCCTTTCCTACAGCTGGGCAAGCGTAGAATGTCAGgtgtgttagc ... gcatttatagTCATAATGTTGGGCTCAAAGAAGGAAAGGAATCTCAGCATGCACTTTCAAT
EST: gi|149015537|gb|EE045415.2|EE045415
EST:     AAATCACTATGGTTACCCTTTCCTACAGCTGGGCAAGCGTAGAATGTCAG                         TCATAATGTTGGGCTCAAAGAAGGAAAGGAATCTCAGCATGCACTTTCAAT
genomic: AAATCACTATGGTTACCCTTTCCTACAGCTGGGCAAGCGTAGAATGTCAGgtgtgttagc ... gcatttatagTCATAATGTTGGGCTCAAAGAAGGAAAGGAATCTCAGCATGCACTTTCAAT
EST: gi|211441852|gb|FL182589.1|FL182589
EST:     AAATCACTATGGTTACCCTTTCCTACAGCTGGGCAAGCGTAGAATGTCAG                         TCATAATGTTGGGCTCAAAGAAGGAAAGGAATCTCAGCATGCACTTTCAAT
genomic: AAATCACTATGGTTACCCTTTCCTACAGCTGGGCAAGCGTAGAATGTCAGgtgtgttagc ... gcatttatagTCATAATGTTGGGCTCAAAGAAGGAAAGGAATCTCAGCATGCACTTTCAAT
EST: gi|211441854|gb|FL182591.1|FL182591
EST:     AAATCACTATGGTTACCCTTTCCTACAGCTGGGCAAGCGTAGAATGTCAG                         TCATAATGTTGGGCTCAAAGAAGGAAAGGAATCTCAGCATGCACTTTCAAT
genomic: AAATCACTATGGTTACCCTTTCCTACAGCTGGGCAAGCGTAGAATGTCAGgtgtgttagc ... gcatttatagTCATAATGTTGGGCTCAAAGAAGGAAAGGAATCTCAGCATGCACTTTCAAT
EST: gi|76286587|gb|DV026155.1|DV026155
EST:     AAATCACTATGGTTACCCTTTCCTACAGCTGGGCAAGCGTAGAATGTCAG                         TCATAATGTTGGGCTCAAAGAAGGAAAGGAATCTCAGCATGCACTTTCAAT
genomic: AAATCACTATGGTTACCCTTTCCTACAGCTGGGCAAGCGTAGAATGTCAGgtgtgttagc ... gcatttatagTCATAATGTTGGGCTCAAAGAAGGAAAGGAATCTCAGCATGCACTTTCAAT
EST: gi|50330365|gb|CO525491.1|CO525491
EST:     AAATCACTATGGTTACCCTTTCCTACAGCTGGGCAAGCGTAGAATGTCAG                         TCATAATGTTGGGCTCAAAGAAGGAAAGGAATCTCAGCATGCACTTTCAAT
genomic: AAATCACTATGGTTACCCTTTCCTACAGCTGGGCAAGCGTAGAATGTCAGgtgtgttagc ... gcatttatagTCATAATGTTGGGCTCAAAGAAGGAAAGGAATCTCAGCATGCACTTTCAAT

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
TTACGGAAGTTTACAATTGATCAACAAGACTTAGTCCAACCCTACTTTTCAAATCACTATGGTTACCCTTTCCTACAGCTGGGCAAGCGTAGAATGTCAGgtgtgttagctcctcccccccccccccttgtttgaatattatctgacgcataatggattttcttatcctacttccacttttccttgcatttatag

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  CAGCTG