Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...gcatatcttgcaaacatggcatgttatgttacgagttatttgggcattaggcggttatatattagcctaaaatctcatttgcagtttgttaatatgtcagGAGATGAAGAGTCAAGGAGTAACCGCGGATAAGCTTCAGCTGCTGTCAGGGATATCTGGGGCTTTTCGACCTGGTGTTCTCACTGCTCTTATGGGTGTGA

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G000614_T02
intron # 13
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G000614_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 12
lower sequence: LOC_Os01g52560.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 9
gcatatcttgcaaacatggcatgttatgttacgagttatttgggcattaggcggttatatat-tagcctaaaatctcatttgc-agtttgttaatatgtcagGAGATGAAGAGTCAAGGAGTAACCGCGGATAAGCTTCAGCTGCTGTCAGGGATATCTGGGGCTTTTCGACCTGGTGTTCTCACTGCTCTTATGGGTGTGA
    |   | || | ||  | ||   |   ||   | || |||      | || | || |   || |||  ||||| |||| | |   ||| |||||||||||| ||||||||||| |||||||| || ||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |
-tgcaggatacatatattcc-tgaactcaaacttttcatgtggtgtagtgacgttaattttcataacctgtaatcttattttccaaactgtgaatatgtcagGAAATGAAGAGTCAGGGAGTAACTGCCGATAAGCTTCAACTGCTGTCAGGGATATCTGGAGCTTTTCGACCTGGTGTTCTGACTGCTCTTATGGGTGTTA


















 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

attaggcggttatatattagcctaaaatctcatttgcagtttgttaatatgtcagGAGATGAAGAGTCAAGGAGTAACCGCGGATAAGCTTCAGCTGCTGTCAGGGATATCTGGGGCTTTTCGACCTGGTGTTCTCACTGCTCTTATGGGTGTGA
                                         tgttaat  putative branch site (score: 3)
         ttatatatta  TA-rich tract