Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

TGCTCGAACACTGGAGAGGCAGTTCTCCGGAAATGCTGAATCTCGAGCTGCTGGCATGGTGATCAATACCATGGGATGGATAGAAGGTGTTGGTTATGAGgtaactaagtttcaggcttttatgagcactttgattatgctgtgtttctactgaatatgtgtgatttgttgtttaatgcttccttctggtttatgccttattgcag

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv14s0066g02630.t01
intron # 5
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: Vv14s0066g02630.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 5
lower sequence: GLYMA20G38670.1 (Glycine max), 5'ss of exon 5
TGCTCGAACACTGGAGAGGCAGTTCTCCGGAAATGCTGAATCTCGAGCTGCTGGCATGGTGATCAATACCATGGGATGGATAGAAGGTGTTGGTTATGAGgtaactaagtttcaggcttt----tatgagcactttgat---tatgctgtgtttctactgaat---atgtgtgatt--tgttgtttaatgcttccttctggtttatgccttattgcag------------------------
|||  | |   | |||||||| ||  | ||||||||||||||| ||||| | ||||||||||| ||||| |||||||||||||| ||||| || ||||| |||| |    ||    ||||    |||    |  |||||   ||| | |   ||  ||| | |   |  | |||||  | ||| |||  |  | ||      | |  |||| ||                            
TGCAGGGATGATTGAGAGGCAATTTACTGGAAATGCTGAATCTAGAGCTTCAGGCATGGTGATAAATACTATGGGATGGATAGAGGGTGTAGGCTATGATgtaattggtctttgaactttagcttattgttaaattgatcactattcagacatttaactcactgctaattatgattagtattgattatagtgttctatcctctcactcctttttttttctgtgcatgtgtattctgttgcag

upper sequence: Vv14s0066g02630.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 5
lower sequence: GLYMA09G07820.1 (Glycine max), 5'ss of exon 7
TGCTCGAACACTGGAGAGGCAGTTCTCCGGAAATGCTGAATCTCGAGCTGCTGGCATGGTGATCAATACCATGGGATGGATAGAAGGTGTTGGTTATGAGgtaactaagtttcaggcttt----tatgagcactttgattatgctgtgt---ttctactgaatat---gtgtgatt--tgttgtttaatgcttccttctggtttatgccttattgcag--------------------------
|||  |     | || ||||| ||  | ||||||||||||||| |||||   ||||||||||| ||||| |||||||||||||| ||||| |||||||| |||  |    ||    ||||    |||    |  ||||| |   |   |   ||  ||| | ||     | |||||  | ||| |||  |  | ||      | |  |||| ||                              
TGCAGGGGTGATTGACAGGCAATTTACTGGAAATGCTGAATCTAGAGCTTTAGGCATGGTGATAAATACTATGGGATGGATAGAGGGTGTAGGTTATGATgtatttggcctttgaactttagcttattgttaaattgatcaccattcatacatttaactcactactaattatgattagtattgattatagtgttctatcctctcactcctttttttttttctgtgcatgtgtattctgttgcag

upper sequence: Vv14s0066g02630.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 5
lower sequence: GLYMA10G43930.1 (Glycine max), 5'ss of exon 5
TGCTCGAACACTGGAGAGGCAGTTCTCCGGAAATGCTGAATCTCGAGCTGCTGGCATGGTGATCAATACCATGGGATGGATAGAAGGTGTTGGTTATGAGgtaactaagtttcaggcttt----tatgagcactttgattat------gctgtgtttctactgaatatgtgtgatt--tgttg--tttaatgcttccttctggt-ttatgccttattgcag------------------------
|||  | |   | |||||||| ||  | ||||||||||||||||||||| | || |||||||| ||||| |||||||||||||| || || || ||||| |||| ||   ||    ||||    |||    |  ||||| |       |   |||  ||      ||  | |||||  | |||  | || || |   | ||     | |   ||  | | |                        
TGCAGGGATGATTGAGAGGCAATTTACTGGAAATGCTGAATCTCGAGCTTCAGGGATGGTGATAAATACTATGGGATGGATAGAGGGAGTAGGCTATGATgtaattagcctttgaactttagcttattgttaagttgatcactattcagacatgtaactcactgctaattctgattagtattgactatagtgttctatcctcacactttttttttctcctgtgcatgtgatgtattctgttgcag

upper sequence: Vv14s0066g02630.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 5
lower sequence: AT3G04680.1 (Arabidopsis thaliana), 5'ss of exon 6
TGCTCGAACACTGGAGAGGCAGTTCTCCGGAAATGCTGAATCTCGAGCTGCTGGCATGGTGATCAATACCATGGGATGGATAGAAGGTGTTGGTTATGAGgtaactaagtttcaggcttttatgagcactttg-attatgctgtgtttctactgaatatgtgtgatt-tgt---tgtttaatgcttccttctggtttatgccttattgcag
||||| |   |||||||  |||||   ||||||  ||||||| ||||||||||| ||||||||||| || ||||||||||| || ||  |||||||||||||||  |||||  |  |||||  | | | |||    |||  |  | | || || | |   | | ||| ||    ||  | ||       | |  | |    | | ||||||
TGCTCAAGTTCTGGAGAAACAGTTTGTCGGAAACCCTGAATCGCGAGCTGCTGGAATGGTGATCAACACAATGGGATGGATCGAGGGGATTGGTTATGAGgtaa--aagttagatcctttttagcgtattttttggtatagttagctccttcttagtggatttcattatgcaaatgcctgataaagaactgta-tctgcttcgtcttgcag

upper sequence: Vv14s0066g02630.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 5
lower sequence: EFJ20213 (Selaginella moellendorffii), 5'ss of exon 5
TGCTCGAACACTGGAGAGGCAGTTCTCCGGAAATGCTGAATCTCGAGCTGCTGGCATGGTGATCAATACCATGGGATGGATAGAAGGTGTTGGTTATGAGgtaactaagtttcaggcttttatgagcactttgattatgctgtgtttctactgaatatgtgtgatttgttgtttaatgcttccttctggtttatgccttattgcag
 || |    ||||||    || ||  |    ||    | | ||||  || |||| ||||| ||||| |||||||| ||| | || |||||||||||||||||| |    |||||     |  ||||  || ||| |  | | ||||| | ||   ||| |  |                                           
CGCGCATCAACTGGATCTACAATTTGCGTCGAACATAGCAACTCGCTCTTCTGGAATGGTTATCAACACCATGGGCTGGGTCGATGGTGTTGGTTATGAGgtagcc--ttttca-----tcctgagagctatgactgagttttgttttttctttctatttcag-------------------------------------------

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|351053969|gb|FQ441735.1|FQ441735
EST:     CTGGCATGGTGATCAATACCATGGGATGGATAGAAGGTGTTGGTTATGAG                         TTGATTCTCCATGCTATAGATACATTCAATGCCAATGTTGGTTTTGGTTTC
genomic: CTGGCATGGTGATCAATACCATGGGATGGATAGAAGGTGTTGGTTATGAGgtaactaagt ... cttattgcagTTGATTCTCCATGCTATAGATACATTCAATGCCAATGTTG-TTTTGGTTTC
EST: gi|351048068|gb|FQ441240.1|FQ441240
EST:     CTGGCATGGTGATCAATACCATGGGATGGATAGAAGGTGTTGGTTATGAG                         TTGATTCTCCATGCTATAGATACATTCAATGCCCATGTTGTTTTTGGTT-C
genomic: CTGGCATGGTGATCAATACCATGGGATGGATAGAAGGTGTTGGTTATGAGgtaactaagt ... cttattgcagTTGATTCTCCATGCTATAGATACATTCAATGCCAATGTTGTTTT-GGTTTC
EST: gi|351037774|gb|FQ464215.1|FQ464215
EST:     CTGGCATGGTGATCAATACCATGGGATGGATAGAAGGTGTTGGTTATGAG                         TTGATTCTCCATGCTATAGATACATTCAATGCCAATGTTGTTTTGGTTTCG
genomic: CTGGCATGGTGATCAATACCATGGGATGGATAGAAGGTGTTGGTTATGAGgtaactaagt ... cttattgcagTTGATTCTCCATGCTATAGATACATTCAATGCCAATGTTGTTTTGGTTTCG
EST: gi|351044652|gb|FQ443183.1|FQ443183
EST:     CTGGCATGGTGATCAATACCATGGGATGGATAGAAGGTGTTGGTTATGAG                         TTGATTCTCCATGCTATAGATACATTCAATGCCAATGTTGTTTTGGTTTCG
genomic: CTGGCATGGTGATCAATACCATGGGATGGATAGAAGGTGTTGGTTATGAGgtaactaagt ... cttattgcagTTGATTCTCCATGCTATAGATACATTCAATGCCAATGTTGTTTTGGTTTCG
EST: gi|351053260|gb|FQ459128.1|FQ459128
EST:     CTGGCATGGTGATCAATACCATGGGATGGATAGAAGGTGTTGGTTATGAG                         TTGATTCTCCATGCTATAGATACATTTCA-TGCCAATGTTGTTTTGGTTTC
genomic: CTGGCATGGTGATCAATACCATGGGATGGATAGAAGGTGTTGGTTATGAGgtaactaagt ... cttattgcagTTGATTCTCCATGCTATAGATACATT-CAATGCCAATGTTGTTTTGGTTTC
EST: gi|110422874|gb|EC989207.1|EC989207
EST:     CTGGCATGGTGATCAATACCATGGGATGGATAGAAGGTGTTGGTTATGAG                         TTGATTCTCCATGCTATAGATACTTTCAATGCCAATGTTGTTTTGGTTT
genomic: CTGGCATGGTGATCAATACCATGGGATGGATAGAAGGTGTTGGTTATGAGgtaactaagt ... cttattgcagTTGATTCTCCATGCTATAGATACATTCAATGCCAATGTTGTTTTGGTTT
EST: gi|352789973|gb|FQ479583.1|FQ479583
EST:     CTGGCATGGTGATCAATACCATGGGATGGATAGAAGGTGTTGGGTATGAG                         TTGATTCTCCATGCTATAGATACATTCAATGCCAATGTTGTTTTGGTTTCG
genomic: CTGGCATGGTGATCAATACCATGGGATGGATAGAAGGTGTTGGTTATGAGgtaactaagt ... cttattgcagTTGATTCTCCATGCTATAGATACATTCAATGCCAATGTTGTTTTGGTTTCG
EST: gi|351046157|gb|FQ442535.1|FQ442535
EST:     CTGGCATGGTGATCAATACCATGGGATGGATAGAAGGTGTTGGTTATGAG                         TTGATTCTCCATGCTATAGATACATTCAATGCCAATGTTGTTTTGGTTTCG
genomic: CTGGCATGGTGATCAATACCATGGGATGGATAGAAGGTGTTGGTTATGAGgtaactaagt ... cttattgcagTTGATTCTCCATGCTATAGATACATTCAATGCCAATGTTGTTTTGGTTTCG
EST: gi|351037634|gb|FQ462618.1|FQ462618
EST:     CTGGCATGGTGATCAATACCATGGGATGGATAGAAGGTGTTGGTTATGAG                         TTGATTCTTCATGCTATAGATACATTTCA-TGCCAATGT-GTTTT
genomic: CTGGCATGGTGATCAATACCATGGGATGGATAGAAGGTGTTGGTTATGAGgtaactaagt ... cttattgcagTTGATTCTCCATGCTATAGATACATT-CAATGCCAATGTTGTTTT
EST: gi|351039234|gb|FQ457909.1|FQ457909
EST:     CTGGCATGGTGATCAATACCATGGGATGGATAGAAGGTGTTGGTTATGGG                         TTGATTCTCCATGCTATCGATACATTTCA-TGCCAATGTTGTTTTGGTTTC
genomic: CTGGCATGGTGATCAATACCATGGGATGGATAGAAGGTGTTGGTTATGAGgtaactaagt ... cttattgcagTTGATTCTCCATGCTATAGATACATT-CAATGCCAATGTTGTTTTGGTTTC
EST: gi|351042381|gb|FQ442848.1|FQ442848
EST:     CTGGCATGGTGATCAATACCATGGGATGGATAGAAGGTGTTGGTTATGAG                         TTGATTCTCCATGCTATAGATACATTCAATGCCAATGTTGTTTTGGTTTCG
genomic: CTGGCATGGTGATCAATACCATGGGATGGATAGAAGGTGTTGGTTATGAGgtaactaagt ... cttattgcagTTGATTCTCCATGCTATAGATACATTCAATGCCAATGTTGTTTTGGTTTCG
EST: gi|351056907|gb|FQ443534.1|FQ443534
EST:     CTGGCATGGTGATCAATACCATGGGATGGATAGAAGGTGTTGGTTATGAG                         TTGATTCTCCATGCTATAGATACATTCAATGCCAATGTTGGTTTTGGTTTC
genomic: CTGGCATGGTGATCAATACCATGGGATGGATAGAAGGTGTTGGTTATGAGgtaactaagt ... cttattgcagTTGATTCTCCATGCTATAGATACATTCAATGCCAATGTTG-TTTTGGTTTC
EST: gi|110731309|gb|EE105610.1|EE105610
EST:     AGGCATGGTGATCANTACCATGGGATGGATTAGAGGGTGTTGGTTATGAG                         TTGATTCTCCATG
genomic: TGGCATGGTGATCAATACCATGGGATGGAT-AGAAGGTGTTGGTTATGAGgtaactaagt ... cttattgcagTTGATTCTCCATG

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
TGCTCGAACACTGGAGAGGCAGTTCTCCGGAAATGCTGAATCTCGAGCTGCTGGCATGGTGATCAATACCATGGGATGGATAGAAGGTGTTGGTTATGAGgtaactaagtttcaggcttttatgagcactttgattatgctgtgtttctactgaatatgtgtgatttgttgtttaatgcttccttctggtttatgccttattgcag

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GATGGA