Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtaactaagtttcaggcttttatgagcactttgattatgctgtgtttctactgaatatgtgtgatttgttgtttaatgcttccttctggtttatgccttattgcagTTGATTCTCCATGCTATAGATACATTCAATGCCAATGTTGTTTTGGTTTCGGGTCAG

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv14s0066g02630.t01
intron # 5
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: Vv14s0066g02630.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 5
lower sequence: GLYMA10G43930.1 (Glycine max), 3'ss of exon 5
----------------------------------gtaactaagtttcaggcttttatgagcact-ttgattatgctgtgtttctactg-aatatgtgtgatttgttgtttaatgcttccttctggtt----tatgccttattgcagTTGATTCTCCATGCTATAGATACATTCAATGCCAATGTTGTTTTGGTTTCGGGTCAG
                                   | |  |   ||||| | | ||    ||||  | ||| || |  || |  |||  | | |       |     |||  |  |  | | ||  |    | |    | ||||||||| |  | ||||| ||   ||||||||| ||||||||||| ||||||| |||||||
gtaattagcctttgaactttagcttattgttaagttgatcactattcagacatgta-actcactgctaattctgattagtattgactatagtgttctatcctcacactttttttttctcctgtgcatgtgatgtattctgttgcagTTGCTCTTGCATGCAATTCGTACATTCAAGGCCAATGTTGTCTTGGTTTTGGGTCAG

upper sequence: Vv14s0066g02630.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 5
lower sequence: GLYMA20G38670.1 (Glycine max), 3'ss of exon 5
----------------------------------gtaactaagtttcaggcttttatgagcact-ttgattatgctgtgtttctactgaatatgtgtgatttgttgtttaatgcttccttctg---gtttatgccttattgcagTTGATTCTCCATGCTATAGATACATTCAATGCCAATGTTGTTTTGGTTTCGGGTCAG
                                   | |  |   ||||| | ||||    ||||  | |||||| |  || |  | |  |  |||   ||    |   |  |  ||  |||||    | | |    | ||||||||| |  | ||||| ||   ||||||||| ||||||||||| ||||||| |||||||
gtaattggtctttgaactttagcttattgttaaattgatcactattcagacattta-actcactgctaattatgattagtattgattata-gtgttctatcctctcactcctttttttttctgtgcatgtgtattctgttgcagTTGCTCTTGCATGCAATTCGTACATTCAAGGCCAATGTTGTCTTGGTTTTGGGTCAG
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|351053969|gb|FQ441735.1|FQ441735
EST:     CTGGCATGGTGATCAATACCATGGGATGGATAGAAGGTGTTGGTTATGAG                         TTGATTCTCCATGCTATAGATACATTCAATGCCAATGTTGGTTTTGGTTTC
genomic: CTGGCATGGTGATCAATACCATGGGATGGATAGAAGGTGTTGGTTATGAGgtaactaagt ... cttattgcagTTGATTCTCCATGCTATAGATACATTCAATGCCAATGTTG-TTTTGGTTTC
EST: gi|351048068|gb|FQ441240.1|FQ441240
EST:     CTGGCATGGTGATCAATACCATGGGATGGATAGAAGGTGTTGGTTATGAG                         TTGATTCTCCATGCTATAGATACATTCAATGCCCATGTTGTTTTTGGTT-C
genomic: CTGGCATGGTGATCAATACCATGGGATGGATAGAAGGTGTTGGTTATGAGgtaactaagt ... cttattgcagTTGATTCTCCATGCTATAGATACATTCAATGCCAATGTTGTTTT-GGTTTC
EST: gi|351037774|gb|FQ464215.1|FQ464215
EST:     CTGGCATGGTGATCAATACCATGGGATGGATAGAAGGTGTTGGTTATGAG                         TTGATTCTCCATGCTATAGATACATTCAATGCCAATGTTGTTTTGGTTTCG
genomic: CTGGCATGGTGATCAATACCATGGGATGGATAGAAGGTGTTGGTTATGAGgtaactaagt ... cttattgcagTTGATTCTCCATGCTATAGATACATTCAATGCCAATGTTGTTTTGGTTTCG
EST: gi|351044652|gb|FQ443183.1|FQ443183
EST:     CTGGCATGGTGATCAATACCATGGGATGGATAGAAGGTGTTGGTTATGAG                         TTGATTCTCCATGCTATAGATACATTCAATGCCAATGTTGTTTTGGTTTCG
genomic: CTGGCATGGTGATCAATACCATGGGATGGATAGAAGGTGTTGGTTATGAGgtaactaagt ... cttattgcagTTGATTCTCCATGCTATAGATACATTCAATGCCAATGTTGTTTTGGTTTCG
EST: gi|351053260|gb|FQ459128.1|FQ459128
EST:     CTGGCATGGTGATCAATACCATGGGATGGATAGAAGGTGTTGGTTATGAG                         TTGATTCTCCATGCTATAGATACATTTCA-TGCCAATGTTGTTTTGGTTTC
genomic: CTGGCATGGTGATCAATACCATGGGATGGATAGAAGGTGTTGGTTATGAGgtaactaagt ... cttattgcagTTGATTCTCCATGCTATAGATACATT-CAATGCCAATGTTGTTTTGGTTTC
EST: gi|110422874|gb|EC989207.1|EC989207
EST:     CTGGCATGGTGATCAATACCATGGGATGGATAGAAGGTGTTGGTTATGAG                         TTGATTCTCCATGCTATAGATACTTTCAATGCCAATGTTGTTTTGGTTT
genomic: CTGGCATGGTGATCAATACCATGGGATGGATAGAAGGTGTTGGTTATGAGgtaactaagt ... cttattgcagTTGATTCTCCATGCTATAGATACATTCAATGCCAATGTTGTTTTGGTTT
EST: gi|352789973|gb|FQ479583.1|FQ479583
EST:     CTGGCATGGTGATCAATACCATGGGATGGATAGAAGGTGTTGGGTATGAG                         TTGATTCTCCATGCTATAGATACATTCAATGCCAATGTTGTTTTGGTTTCG
genomic: CTGGCATGGTGATCAATACCATGGGATGGATAGAAGGTGTTGGTTATGAGgtaactaagt ... cttattgcagTTGATTCTCCATGCTATAGATACATTCAATGCCAATGTTGTTTTGGTTTCG
EST: gi|351046157|gb|FQ442535.1|FQ442535
EST:     CTGGCATGGTGATCAATACCATGGGATGGATAGAAGGTGTTGGTTATGAG                         TTGATTCTCCATGCTATAGATACATTCAATGCCAATGTTGTTTTGGTTTCG
genomic: CTGGCATGGTGATCAATACCATGGGATGGATAGAAGGTGTTGGTTATGAGgtaactaagt ... cttattgcagTTGATTCTCCATGCTATAGATACATTCAATGCCAATGTTGTTTTGGTTTCG
EST: gi|351037634|gb|FQ462618.1|FQ462618
EST:     CTGGCATGGTGATCAATACCATGGGATGGATAGAAGGTGTTGGTTATGAG                         TTGATTCTTCATGCTATAGATACATTTCA-TGCCAATGT-GTTTT
genomic: CTGGCATGGTGATCAATACCATGGGATGGATAGAAGGTGTTGGTTATGAGgtaactaagt ... cttattgcagTTGATTCTCCATGCTATAGATACATT-CAATGCCAATGTTGTTTT
EST: gi|351039234|gb|FQ457909.1|FQ457909
EST:     CTGGCATGGTGATCAATACCATGGGATGGATAGAAGGTGTTGGTTATGGG                         TTGATTCTCCATGCTATCGATACATTTCA-TGCCAATGTTGTTTTGGTTTC
genomic: CTGGCATGGTGATCAATACCATGGGATGGATAGAAGGTGTTGGTTATGAGgtaactaagt ... cttattgcagTTGATTCTCCATGCTATAGATACATT-CAATGCCAATGTTGTTTTGGTTTC
EST: gi|351042381|gb|FQ442848.1|FQ442848
EST:     CTGGCATGGTGATCAATACCATGGGATGGATAGAAGGTGTTGGTTATGAG                         TTGATTCTCCATGCTATAGATACATTCAATGCCAATGTTGTTTTGGTTTCG
genomic: CTGGCATGGTGATCAATACCATGGGATGGATAGAAGGTGTTGGTTATGAGgtaactaagt ... cttattgcagTTGATTCTCCATGCTATAGATACATTCAATGCCAATGTTGTTTTGGTTTCG
EST: gi|351056907|gb|FQ443534.1|FQ443534
EST:     CTGGCATGGTGATCAATACCATGGGATGGATAGAAGGTGTTGGTTATGAG                         TTGATTCTCCATGCTATAGATACATTCAATGCCAATGTTGGTTTTGGTTTC
genomic: CTGGCATGGTGATCAATACCATGGGATGGATAGAAGGTGTTGGTTATGAGgtaactaagt ... cttattgcagTTGATTCTCCATGCTATAGATACATTCAATGCCAATGTTG-TTTTGGTTTC
EST: gi|110731309|gb|EE105610.1|EE105610
EST:     AGGCATGGTGATCANTACCATGGGATGGATTAGAGGGTGTTGGTTATGAG                         TTGATTCTCCATG
genomic: TGGCATGGTGATCAATACCATGGGATGGAT-AGAAGGTGTTGGTTATGAGgtaactaagt ... cttattgcagTTGATTCTCCATG


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tgaatatgtgtgatttgttgtttaatgcttccttctggtttatgccttattgcagTTGATTCTCCATGCTATAGATACATTCAATGCCAATGTTGTTTTGGTTTCGGGTCAG
                   gtttaat  putative branch site (score: 4)
                                            ccttatt  putative PPT
            atttgttgtttaat  TA-rich tract