Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GTTTTTACTTGGTATGGAGCCACAATTGAAATGGATGGTATTACAGAAACTGATTATACTGCCGATGAGgtatgcctttttttttttttgtagctttattgcccagtaattcagactaattatagtagcatattccttgatttcag

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv14s0066g02630.t01
intron # 2
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: Vv14s0066g02630.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 2
lower sequence: GLYMA20G38670.1 (Glycine max), 5'ss of exon 2
GTTTTTACTTGGTATGGAGCCACAATTGAAATGGATGGTATTACAGAAACTGATTATACTGCCGATGAGgtatgcc----tttttttttttttgta-gctttattgcccagtaattcag-actaattatagtagcatattccttgatttcag------------------------------
|| |||||||||||||| || || |||||||||||||||  ||| ||||||||||||||||| ||||||||| |||    |        | |||   || || || |     || | |    |||    |  || | |      ||| |||                               
GTGTTTACTTGGTATGGTGCAACCATTGAAATGGATGGTGCTACTGAAACTGATTATACTGCAGATGAGgtaagccaacgtaaccgccctattgcgtgcattctttctgtcaaacttattggtaagacaaaaagaaaaacttgggatatcactgatgaggagattgcaactttttgatgcag

upper sequence: Vv14s0066g02630.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 2
lower sequence: GLYMA10G43930.1 (Glycine max), 5'ss of exon 2
GTTTTTACTTGGTATGGAGCCACAATTGAAATGGATGGTATTACAGAAACTGATTATACTGCCGATGAGgtatgcctttttt-tttttttgtagc-tttattgcc-cagtaattcagactaattatagtagcatattccttgatttcag--------------------------------------
|| |||||||||||||| || || ||||||||||||||   ||| ||||||||||||||||| ||||||||| |||  | |        | | || |  |||    | || | ||  | |  | | |  |  | |   |   | || ||                                      
GTGTTTACTTGGTATGGTGCAACCATTGAAATGGATGGCGCTACTGAAACTGATTATACTGCAGATGAGgtaagccaatgtagccgccatattgcgtgcattctttctgtcaatcttattggtaagacaaaaaaaaaaccc-acttgagaaatcactgatgaggagattgcaactttttgagtgcag

upper sequence: Vv14s0066g02630.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 2
lower sequence: GLYMA09G07820.1 (Glycine max), 5'ss of exon 3
GTTTTTACTTGGTATGGAGCCACAATTGAAATGGATGGTATTACAGAAACTGATTATACTGCCGATGAGgtatgcct-ttttttttttttgtagc-tttattgcc-cagtaattcagactaattatagtagcatattccttgatttcag-------------------------------
|| |||||||||||||| || || |||||||||||||||  ||| ||||||||||||||||| |||| |||| |||  | |        | | || |  |||    | || |  |  | |  | | |  |  | |      ||| |||                                
GTGTTTACTTGGTATGGTGCAACCATTGAAATGGATGGTGCTACTGAAACTGATTATACTGCTGATGTGgtaagccaatgtaaccgccctattgcgtgcattctttctgtcaaacttattggtaagacaaaaaaaacttgggatatcactgatgaggagattgaaactttttgagtgcag

upper sequence: Vv14s0066g02630.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 2
lower sequence: AT3G04680.1 (Arabidopsis thaliana), 5'ss of exon 3
GTTTTTACTTGGTATGGAGCCACAATTGAAATGGATGGTATTACAGAAACTGATTATACTGCCGATGAGgt---atgcctttttttttttttgtagctttattgccca-gtaattcagactaattatagtagcatattccttgatttcag
||||| |||||||||||||| |||||||| ||||||||| | || |||||||| ||||| || ||||||||   ||  ||| |||  ||  |     |   ||    | |||   || | |   | || || |    ||  || || |||
GTTTTCACTTGGTATGGAGCGACAATTGAGATGGATGGTGTCACGGAAACTGACTATACAGCAGATGAGgttggattacttgtttcattcctacgcttgctttaaatatgtagagcaaattttgtttactaactacatctctgtttccag

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|351053969|gb|FQ441735.1|FQ441735
EST:     CCACAATTGAAATGGATGGTATTACAGAAACTGATTATACTGCCGATGAG                         ACACCCATGATCAGTTATGTTAATGTGCATGCTGTTCTGGAAGGACGAAGA
genomic: CCACAATTGAAATGGATGGTATTACAGAAACTGATTATACTGCCGATGAGgtatgccttt ... ttgatttcagACACCCATGATCAGTTATGTTAATGTGCATGCTGTTCTGGAAGGACGAAGA
EST: gi|351048068|gb|FQ441240.1|FQ441240
EST:     CCACAATTGAAATGGATGGTATTACAGAAACTGATTATACTGCCGATGAG                         ACACCCATGATCAGTTATGTTAATGTGCATGCTGTTCTGGAAGGACGAAGA
genomic: CCACAATTGAAATGGATGGTATTACAGAAACTGATTATACTGCCGATGAGgtatgccttt ... ttgatttcagACACCCATGATCAGTTATGTTAATGTGCATGCTGTTCTGGAAGGACGAAGA
EST: gi|351037774|gb|FQ464215.1|FQ464215
EST:     CCACAATTGAAATGGATGGTATTACAGAAACTGATTATACTGCCGATGAG                         ACACCCATGATCAGTTATGTTAATGTGCATGCTGTTCTGGAAGGACGAAGA
genomic: CCACAATTGAAATGGATGGTATTACAGAAACTGATTATACTGCCGATGAGgtatgccttt ... ttgatttcagACACCCATGATCAGTTATGTTAATGTGCATGCTGTTCTGGAAGGACGAAGA
EST: gi|22013971|gb|BQ799005.1|BQ799005
EST:     CCACAATTGAAATGGATGGTATTACAGAAACTGATTATACTGCCGATGAG                         ACACCCATGATCAGTTATGTTAATGTGCATGCTGTTCTGGAAGGACGAAGA
genomic: CCACAATTGAAATGGATGGTATTACAGAAACTGATTATACTGCCGATGAGgtatgccttt ... ttgatttcagACACCCATGATCAGTTATGTTAATGTGCATGCTGTTCTGGAAGGACGAAGA
EST: gi|71862039|gb|DT011094.1|DT011094
EST:     CCACAATTGAAATGGATGGTATTACAGAAACTGATTATACTGCCGATGAG                         ACACCCATGATCAGTTATGTTAATGTGCATGCTGTTCTGGAAGGACGAAGA
genomic: CCACAATTGAAATGGATGGTATTACAGAAACTGATTATACTGCCGATGAGgtatgccttt ... ttgatttcagACACCCATGATCAGTTATGTTAATGTGCATGCTGTTCTGGAAGGACGAAGA
EST: gi|352791526|gb|FQ481105.1|FQ481105
EST:     CCACAATTGAAATGGATGGTATTACAGAAACTGATTATACTGCCGATGAG                         ACACCCATGATCAGTTATGTTAATGTGCATGCTGTTCTGGAAGGACGAAGA
genomic: CCACAATTGAAATGGATGGTATTACAGAAACTGATTATACTGCCGATGAGgtatgccttt ... ttgatttcagACACCCATGATCAGTTATGTTAATGTGCATGCTGTTCTGGAAGGACGAAGA
EST: gi|351044652|gb|FQ443183.1|FQ443183
EST:     CCACAATTGAAATGGATGGTATTACAGAAACTGATTATACTGCCGATGAG                         ACACCCATGATCAGTTATGTTAATGTGCATGCTGTTCTGGAAGGACGAAGA
genomic: CCACAATTGAAATGGATGGTATTACAGAAACTGATTATACTGCCGATGAGgtatgccttt ... ttgatttcagACACCCATGATCAGTTATGTTAATGTGCATGCTGTTCTGGAAGGACGAAGA
EST: gi|351053260|gb|FQ459128.1|FQ459128
EST:     CCACAATTGAAATGGATGGTATTACAGAAACTGATTATACTGCCGATGAG                         ACACCCATGATCAGTTATGTTAATGTGCATGCTGTTCTGGAAGGACGAAGA
genomic: CCACAATTGAAATGGATGGTATTACAGAAACTGATTATACTGCCGATGAGgtatgccttt ... ttgatttcagACACCCATGATCAGTTATGTTAATGTGCATGCTGTTCTGGAAGGACGAAGA
EST: gi|161715992|gb|FC068763.1|FC068763
EST:     CCACAATTGAAATGGATGGTATTACAGAAACTGATTATACTGCCGATGAG                         ACACCCATGATCAGTTATGTTAATGTGCATGCTGTTCTGGAAGGACGAAGA
genomic: CCACAATTGAAATGGATGGTATTACAGAAACTGATTATACTGCCGATGAGgtatgccttt ... ttgatttcagACACCCATGATCAGTTATGTTAATGTGCATGCTGTTCTGGAAGGACGAAGA
EST: gi|110422874|gb|EC989207.1|EC989207
EST:     CCACAATTGAAATGGAGGGTATTACAGAAACTGATTATACTGCCGATGAG                         ACACCCATGATCAGTTATGTTAATGTGCATGCTGTTCTGGAAGGACGAAGA
genomic: CCACAATTGAAATGGATGGTATTACAGAAACTGATTATACTGCCGATGAGgtatgccttt ... ttgatttcagACACCCATGATCAGTTATGTTAATGTGCATGCTGTTCTGGAAGGACGAAGA
EST: gi|352789973|gb|FQ479583.1|FQ479583
EST:     CCACAATTGAAATGGATGGTATTACAGAAACTGATTATACTGCCGATGAG                         ACACCCATGATCAGTTATGTTAATGTGCATGCTGTTCTGGAAGGACGAAGA
genomic: CCACAATTGAAATGGATGGTATTACAGAAACTGATTATACTGCCGATGAGgtatgccttt ... ttgatttcagACACCCATGATCAGTTATGTTAATGTGCATGCTGTTCTGGAAGGACGAAGA
EST: gi|351046157|gb|FQ442535.1|FQ442535
EST:     CCACAATTGAAATGGATGGTATTACAGAAACTGATTATACTGCCGATGAG                         ACACCCATGATCAGTTATGTTAATGTGCATGCTGTTCTGGAAGGACGAAGA
genomic: CCACAATTGAAATGGATGGTATTACAGAAACTGATTATACTGCCGATGAGgtatgccttt ... ttgatttcagACACCCATGATCAGTTATGTTAATGTGCATGCTGTTCTGGAAGGACGAAGA
EST: gi|351037634|gb|FQ462618.1|FQ462618
EST:     CCACAATTGAAATGGATGGTATTACAGAAACTGATTATACTGCCGATGAG                         ACACCCATGATCAGTTATGTCAATGTGCATGCTGTTCTGGAAGGACGAAGA
genomic: CCACAATTGAAATGGATGGTATTACAGAAACTGATTATACTGCCGATGAGgtatgccttt ... ttgatttcagACACCCATGATCAGTTATGTTAATGTGCATGCTGTTCTGGAAGGACGAAGA
EST: gi|351039234|gb|FQ457909.1|FQ457909
EST:     CCACAATTGAAATGGATGGTATTACAGAAACTGATTATACTGCCGATGAG                         ACACCCATGATCAGTTATGTTAATGTGCATGCTGTTCTGGAAGGACGAAGA
genomic: CCACAATTGAAATGGATGGTATTACAGAAACTGATTATACTGCCGATGAGgtatgccttt ... ttgatttcagACACCCATGATCAGTTATGTTAATGTGCATGCTGTTCTGGAAGGACGAAGA
EST: gi|351042381|gb|FQ442848.1|FQ442848
EST:     CCACAATTGAAATGGATGGTATTACAGAAACTGATTATACTGCCGATGAG                         ACACCCATGATCAGTTATGTTAATGTGCATGCTGTTCTGGAAGGACGAAGA
genomic: CCACAATTGAAATGGATGGTATTACAGAAACTGATTATACTGCCGATGAGgtatgccttt ... ttgatttcagACACCCATGATCAGTTATGTTAATGTGCATGCTGTTCTGGAAGGACGAAGA
EST: gi|351056907|gb|FQ443534.1|FQ443534
EST:     CCACAATTGAAATGGATGGTATTACAGAAACTGATTATACTGCCGATGAG                         ACACCCATGATCAGTTATGTTAATGTGCATGCTGTTCTGGAAGGACGAAGA
genomic: CCACAATTGAAATGGATGGTATTACAGAAACTGATTATACTGCCGATGAGgtatgccttt ... ttgatttcagACACCCATGATCAGTTATGTTAATGTGCATGCTGTTCTGGAAGGACGAAGA
EST: gi|110731309|gb|EE105610.1|EE105610
EST:     CCACAATTGAAATGGATGGTATTACAGAAACTGATTATACCGCCGATGAG                         ACACCCATGATCAGTTATGTTAATGTGCATGCTGTTCTGGAAGGACGAAGA
genomic: CCACAATTGAAATGGATGGTATTACAGAAACTGATTATACTGCCGATGAGgtatgccttt ... ttgatttcagACACCCATGATCAGTTATGTTAATGTGCATGCTGTTCTGGAAGGACGAAGA