1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' |
...gaaagttacattttcctgggaatgaaaaagaatacgatgtgatttgtgaatgattcaaattcacttctatctcactctctttgaaccttaatcctaccagAAAAGGTGAAGTCTCAGATCTAAAGTTGCAGCTCCGGCAGCATGCTGGCAGCCGGGCACCAGGTGCTGATGATGCAAAGCGGGAGCTGTTCAAGAAGGTG
species | Vitis vinifera |
transcript | Vv04s0008g03880.t01 |
intron # | 1 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: GCTCCTCCGGCACAATCTCAACGATCTCCATCACCTTCTCAACCTTCTGG AAAAGGTGAAGTCTCAGATCTAAAGTTGCAGCTCCGGCAGCATGCTGGCAGEST: gi|110699549|gb|EE076646.1|EE076646
genomic: GCTCCTCCGGCACAATCTCAACGATCTCCATCACCTTCTCAACCTTCTGGgtaagtcttc ... atcctaccagAAAAGGTGAAGTCTCAGATCTAAAGTTGCAGCTCCGGCAGCATGCTGGCAG
EST: GCTCCTCCGGGACAATCTCAACGATCTCCATCACCTTCTCAACCTTCTGG AAAAGGTGAAGTCTCAGATCTAAAGTTGCAGCTCCGGCAGCATGCTGGCAGEST: gi|71856831|gb|DT005886.1|DT005886
genomic: GCTCCTCCGGCACAATCTCAACGATCTCCATCACCTTCTCAACCTTCTGGgtaagtcttc ... atcctaccagAAAAGGTGAAGTCTCAGATCTAAAGTTGCAGCTCCGGCAGCATGCTGGCAG
EST: GCTCCTCCGGCACAATCTCAACGATCTCCATCACCTTCTCAACCTTCTGG AAAAGGTGAAGTCTCAGATCTAAAGTTGCAGCTCCGGCAGCATGCTGGCAG
genomic: GCTCCTCCGGCACAATCTCAACGATCTCCATCACCTTCTCAACCTTCTGGgtaagtcttc ... atcctaccagAAAAGGTGAAGTCTCAGATCTAAAGTTGCAGCTCCGGCAGCATGCTGGCAG
gtgaatgattcaaattcacttctatctcactctctttgaaccttaatcctaccagAAAAGGTGAAGTCTCAGATCTAAAGTTGCAGCTCCGGCAGCATGCTGGCAGCCGGGCACCAGGTGCTGATGATGCAAAGCGGGAGCTGTTCAAGAAGGTG
tcctacc CT-rich tract
attcaaatt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gaaagttacattttcctgggaatgaaaaagaatacgatgtgatttgtgaatgattcaaattcacttctatctcactctctttgaaccttaatcctaccagAAAAGGTGAAGTCTCAGATCTAAAGTTGCAGCTCCGGCAGCATGCTGGCAGCCGGGCACCAGGTGCTGATGATGCAAAGCGGGAGCTGTTCAAGAAGGTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCAAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGTT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAG
- - - - - - ttcctgg
- - - - - - - - - - - - -aaaagaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -gtgaatg