Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

TTGTGCTGCACTTTGCTGCTGCTGTATGTTGGAAGAGTGCTGCCTTTAAGgttggatgcttccactcctctacttaaatcttcaacttaaaatcttttcttctctcccttttttttttttttttttttgagaatttttaatttttttttt...

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv01s0146g00420.t01
intron # 3
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|110399724|gb|EC966246.1|EC966246
EST:     TTGTGCTGCACTTTGCTGCTGCTGTATGTTGGAAGAGTGCTGCCTTTAAG                         TTGTGCTGCTGTGTAATGGAGGAGTGGTGCTGCTGCTGCTTCTAGGGTTTG
genomic: TTGTGCTGCACTTTGCTGCTGCTGTATGTTGGAAGAGTGCTGCCTTTAAGgttggatgct ... tgagttgcagTTGTGCTGCTGTGTAATGGAGGAGTGGTGCTGCTGCTGCTTCTAGGGTTTG
EST: gi|110400784|gb|EC967362.1|EC967362
EST:     TTGTGCTGCACTTTGCTGCTGCTGTATGTTGGAAGAGTGCTGCCTTTAAG                         TTGTGCTGCTGTGTAATGGAGGAGTGGTGCTGCTGCTGCTTCTAGGGTTTG
genomic: TTGTGCTGCACTTTGCTGCTGCTGTATGTTGGAAGAGTGCTGCCTTTAAGgttggatgct ... tgagttgcagTTGTGCTGCTGTGTAATGGAGGAGTGGTGCTGCTGCTGCTTCTAGGGTTTG
EST: gi|110398928|gb|EC965409.1|EC965409
EST:     TTGTGCTGCACTTTGCTGCTGCTGTATGTTGGAAGAGTGCTGCCTTTAAG                         TTGTGCTGCTGTGTAATGGAGGAGTGGTGCTGCTGCTGCTTCTAGGGTTTG
genomic: TTGTGCTGCACTTTGCTGCTGCTGTATGTTGGAAGAGTGCTGCCTTTAAGgttggatgct ... tgagttgcagTTGTGCTGCTGTGTAATGGAGGAGTGGTGCTGCTGCTGCTTCTAGGGTTTG
EST: gi|110364707|gb|EC928157.1|EC928157
EST:     TTGTGCTGCACTTTGCTGCTGCTGTATGTTGGAAGAGTGCTGCCTTTAAG                         TTGTGCTGCTGTGTAATGGAGGACTGGTGCTG
genomic: TTGTGCTGCACTTTGCTGCTGCTGTATGTTGGAAGAGTGCTGCCTTTAAGgttggatgct ... tgagttgcagTTGTGCTGCTGTGTAATGGAGGAGTGGTGCTG
EST: gi|110400176|gb|EC966724.1|EC966724
EST:     TTGTGCTGCACTTTGCTGCTGCTGTATGTTGGAAGAGTGCTGCCTTTAAG                         TTGTGCTGCTGTGTAATGGAGGAGTGGTGCTGCTGCTGCTTCTAGGGTTTG
genomic: TTGTGCTGCACTTTGCTGCTGCTGTATGTTGGAAGAGTGCTGCCTTTAAGgttggatgct ... tgagttgcagTTGTGCTGCTGTGTAATGGAGGAGTGGTGCTGCTGCTGCTTCTAGGGTTTG
EST: gi|110396702|gb|EC962396.1|EC962396
EST:     TTGTGCTGCACTTTGCTGCTGCTGTATGTTGGAAGAGTGCTGCCTTTAAG                         TTGTGCTGCTGTGTAATGGAGGAGTGGTGCTGCTGCTGCTTCTAGGGTTTG
genomic: TTGTGCTGCACTTTGCTGCTGCTGTATGTTGGAAGAGTGCTGCCTTTAAGgttggatgct ... tgagttgcagTTGTGCTGCTGTGTAATGGAGGAGTGGTGCTGCTGCTGCTTCTAGGGTTTG
EST: gi|110394967|gb|EC960419.1|EC960419
EST:     TTGTGCTGCACTTTGCTGCTGCTGTATGTTGGAAGAGTGCTGCCTTTAAG                         TTGTGCTGCTGTGTAATGGAGGAGTGGTGCTGCTGCTGCTTCTAGGGTTTG
genomic: TTGTGCTGCACTTTGCTGCTGCTGTATGTTGGAAGAGTGCTGCCTTTAAGgttggatgct ... tgagttgcagTTGTGCTGCTGTGTAATGGAGGAGTGGTGCTGCTGCTGCTTCTAGGGTTTG
EST: gi|110396575|gb|EC962266.1|EC962266
EST:     TTGTGCTGCACTTTGCTGCTGCTGTATGTTGGAAGAGTGCTGCCTTTAAG                         TTGTGCTGCTGTGTAATGGAGGAGTGGTGCTGCTGCTGCTTCTAGGGTTTG
genomic: TTGTGCTGCACTTTGCTGCTGCTGTATGTTGGAAGAGTGCTGCCTTTAAGgttggatgct ... tgagttgcagTTGTGCTGCTGTGTAATGGAGGAGTGGTGCTGCTGCTGCTTCTAGGGTTTG
EST: gi|110398892|gb|EC965371.1|EC965371
EST:     TTGTGCTGCACTTTGCTGCTGCTGTATGTTGGAAGAGTGCTGCCTTTAAG                         TTGTGCTGCTGTGTAATGGAGGAGTGGTGCTGCTGCTGCTTCTAGGGTTTG
genomic: TTGTGCTGCACTTTGCTGCTGCTGTATGTTGGAAGAGTGCTGCCTTTAAGgttggatgct ... tgagttgcagTTGTGCTGCTGTGTAATGGAGGAGTGGTGCTGCTGCTGCTTCTAGGGTTTG
EST: gi|110401891|gb|EC968516.1|EC968516
EST:     TTGTGCTGCACTTTGCTGCTGCTGTATGTTGGAAGAGTGCTGCCTTTAAG                         TTGTGCTGCTGTGTAATGGAGGAGTGGTGCTGCTGCTGCTTCTAGGGTTTG
genomic: TTGTGCTGCACTTTGCTGCTGCTGTATGTTGGAAGAGTGCTGCCTTTAAGgttggatgct ... tgagttgcagTTGTGCTGCTGTGTAATGGAGGAGTGGTGCTGCTGCTGCTTCTAGGGTTTG
EST: gi|110402604|gb|EC960546.1|EC960546
EST:     TTGTGCTGCACTTTGCTGCTGCTGTATGTTGGAAGAGTGCTGCCTTTAAG                         TTGTGCTGCTGTGTAATGGAGGAGTGGTGCTGCTGCTGCTTCTAGGGTTTG
genomic: TTGTGCTGCACTTTGCTGCTGCTGTATGTTGGAAGAGTGCTGCCTTTAAGgttggatgct ... tgagttgcagTTGTGCTGCTGTGTAATGGAGGAGTGGTGCTGCTGCTGCTTCTAGGGTTTG
EST: gi|110400272|gb|EC966827.1|EC966827
EST:     TTGTGCTGCACTTTGCTGCTGCTGTATGTTGGAAGAGTGCTGCCTTTAAG                         TTGTGCTGCTGTGTAATGGAGGAGTGGTGCTGCTGCTGCTTCTAGGGTTTG
genomic: TTGTGCTGCACTTTGCTGCTGCTGTATGTTGGAAGAGTGCTGCCTTTAAGgttggatgct ... tgagttgcagTTGTGCTGCTGTGTAATGGAGGAGTGGTGCTGCTGCTGCTTCTAGGGTTTG
EST: gi|110365414|gb|EC928369.1|EC928369
EST:     TGTTGGAAGAGTGCTGCCTTTAAG                         TTGTGCTGCTGTGTAATGGAGGAGTGGTGCTGCTGCTGCTTCTAGGGTTTG
genomic: TGTTGGAAGAGTGCTGCCTTTAAGgttggatgct ... tgagttgcagTTGTGCTGCTGTGTAATGGAGGAGTGGTGCTGCTGCTGCTTCTAGGGTTTG
EST: gi|110402856|gb|EC963634.1|EC963634
EST:     TTGTGCTGCACTTTGCTGCTGCTGTATGTTGGAAGAGTGCTGCCTTTAAG                         TTGTGCTGCTGTGTAATGGAGGAGTGGTGCTGCTGCTGCTTCTAGGGTTTG
genomic: TTGTGCTGCACTTTGCTGCTGCTGTATGTTGGAAGAGTGCTGCCTTTAAGgttggatgct ... tgagttgcagTTGTGCTGCTGTGTAATGGAGGAGTGGTGCTGCTGCTGCTTCTAGGGTTTG
EST: gi|352785685|gb|FQ475688.1|FQ475688
EST:     TTGTGCTGCACTTTGCTGCTGCTGTATGTTGGAAGAGTGCTGCCTTTAAG                         TTGTGCTGCTGTGTAATGGAGGAGTGGTGCTGCTGCTGCTTTTAGGGTTTG
genomic: TTGTGCTGCACTTTGCTGCTGCTGTATGTTGGAAGAGTGCTGCCTTTAAGgttggatgct ... tgagttgcagTTGTGCTGCTGTGTAATGGAGGAGTGGTGCTGCTGCTGCTTCTAGGGTTTG
EST: gi|110402498|gb|EC960273.1|EC960273
EST:     TTGTGCTGCACTTTGCTGCTGCTGTATGTTGGAAGAGTGCTGCCTTTAAG                         TTGTGCTGCTGTGTAATGGAGGAGTGGTGCTGCTGCTGCTTCTAGGGTTTG
genomic: TTGTGCTGCACTTTGCTGCTGCTGTATGTTGGAAGAGTGCTGCCTTTAAGgttggatgct ... tgagttgcagTTGTGCTGCTGTGTAATGGAGGAGTGGTGCTGCTGCTGCTTCTAGGGTTTG
EST: gi|110399908|gb|EC966439.1|EC966439
EST:     TTGTGCTGCACTTTGCTGCTGCTGTATGTTGGAAGAGTGCTGCCTTTAAG                         TTGTGCTGCTGTGTAATGGAGGAGTGGTGCTGCTGCTGCTTCTAGGGTTTG
genomic: TTGTGCTGCACTTTGCTGCTGCTGTATGTTGGAAGAGTGCTGCCTTTAAGgttggatgct ... tgagttgcagTTGTGCTGCTGTGTAATGGAGGAGTGGTGCTGCTGCTGCTTCTAGGGTTTG
EST: gi|110397216|gb|EC962944.1|EC962944
EST:     TTGTGCTGCACTTTGCTGCTGCTGTATGTTGGAAGAGTGCTGCCTTTAAG                         TTGTGCTGCTGTGTAATGGAGGAGTGGTGCTGCTGCTGCTTCTAGGGTTTG
genomic: TTGTGCTGCACTTTGCTGCTGCTGTATGTTGGAAGAGTGCTGCCTTTAAGgttggatgct ... tgagttgcagTTGTGCTGCTGTGTAATGGAGGAGTGGTGCTGCTGCTGCTTCTAGGGTTTG
EST: gi|110399091|gb|EC965580.1|EC965580
EST:     TTGTGCTGCACTTTGCTGCTGCTGTATGTTGGAAGAGTGCTGCCTTTAAG                         TTGTGCTGCTGTGTAATGGAGGAGTGGTGCTGCTGCTGCTTCTAGGGTTTG
genomic: TTGTGCTGCACTTTGCTGCTGCTGTATGTTGGAAGAGTGCTGCCTTTAAGgttggatgct ... tgagttgcagTTGTGCTGCTGTGTAATGGAGGAGTGGTGCTGCTGCTGCTTCTAGGGTTTG
EST: gi|110398277|gb|EC964522.1|EC964522
EST:     TTGTGCTGCACTTTGCTGCTGCTGTATGTTGGAAGAGTGCTGCCTTTAAG                         TTGTGCTGCTGTGTAATGGAGGAGTGGTGCTGCTGCTGCTTCTAGGGTTTG
genomic: TTGTGCTGCACTTTGCTGCTGCTGTATGTTGGAAGAGTGCTGCCTTTAAGgttggatgct ... tgagttgcagTTGTGCTGCTGTGTAATGGAGGAGTGGTGCTGCTGCTGCTTCTAGGGTTTG

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
TTGTGCTGCACTTTGCTGCTGCTGTATGTTGGAAGAGTGCTGCCTTTAAGgttggatgcttccactcctctacttaaatcttcaacttaaaatcttttcttctctcccttttttttttttttttttttgagaatttttaatttttttttt

-  TGCTGC
- - - - - -  TGCTGC
- - - - - - - GCTGCT
- - - - - - - - TGCTGC
- - - - - - - -  GCTGCT
- - - - - - - - - - - - - -  TGGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - GGAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - -  TGCTGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ctcctct
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -ctctccc