1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' |
gtatccccccctctctctccccctccctccctccctcccacttaaaaatttaataatcttttggcgatttttcagTTGTGCTGCACTTTGCTGCTGCTGTATGTTGGAAGAGTGCTGCCTTTAAG
species | Vitis vinifera |
transcript | Vv01s0146g00420.t01 |
intron # | 2 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: CGCTATGGGGATGATTTCCGGGGGCGGTGTTGGTCATTCTGCAGAGGATG TTGTGCTGCACTTTGCTGCTGCTGTATGTTGGAAGAGTGCTGCCTTTAAGEST: gi|110400784|gb|EC967362.1|EC967362
genomic: CGCTATGGGGATGATTTCCGGGGGCGGTGTTGGTCATTCTGCAGAGGATGgtatcccccc ... gatttttcagTTGTGCTGCACTTTGCTGCTGCTGTATGTTGGAAGAGTGCTGCCTTTAAG
EST: CGCTATGGGGATGATTTCCGGGGGCGGTGTTGGTCATTCTGCAGAGGATG TTGTGCTGCACTTTGCTGCTGCTGTATGTTGGAAGAGTGCTGCCTTTAAGEST: gi|110398928|gb|EC965409.1|EC965409
genomic: CGCTATGGGGATGATTTCCGGGGGCGGTGTTGGTCATTCTGCAGAGGATGgtatcccccc ... gatttttcagTTGTGCTGCACTTTGCTGCTGCTGTATGTTGGAAGAGTGCTGCCTTTAAG
EST: CGCTATGGGGATGATTTCCGGGGGCGGTGTTGGTCATTCTGCAGAGGATG TTGTGCTGCACTTTGCTGCTGCTGTATGTTGGAAGAGTGCTGCCTTTAAGEST: gi|110364707|gb|EC928157.1|EC928157
genomic: CGCTATGGGGATGATTTCCGGGGGCGGTGTTGGTCATTCTGCAGAGGATGgtatcccccc ... gatttttcagTTGTGCTGCACTTTGCTGCTGCTGTATGTTGGAAGAGTGCTGCCTTTAAG
EST: CGCTATGGGGATGATTTCCGGGGGCGGTGTTGGTCATTCTGCAGAGGATG TTGTGCTGCACTTTGCTGCTGCTGTATGTTGGAAGAGTGCTGCCTTTAAGEST: gi|110400176|gb|EC966724.1|EC966724
genomic: CGCTATGGGGATGATTTCCGGGGGCGGTGTTGGTCATTCTGCAGAGGATGgtatcccccc ... gatttttcagTTGTGCTGCACTTTGCTGCTGCTGTATGTTGGAAGAGTGCTGCCTTTAAG
EST: CGCTATGGGGATGATTTCCGGGGGCGGTGTTGGTCATTCTGCAGAGGATG TTGTGCTGCACTTTGCTGCTGCTGTATGTTGGAAGAGTGCTGCCTTTAAGEST: gi|110396702|gb|EC962396.1|EC962396
genomic: CGCTATGGGGATGATTTCCGGGGGCGGTGTTGGTCATTCTGCAGAGGATGgtatcccccc ... gatttttcagTTGTGCTGCACTTTGCTGCTGCTGTATGTTGGAAGAGTGCTGCCTTTAAG
EST: CGCTATGGGGATGATTTCCGGGGGCGGTGTTGGTCATTCTGCAGAGGATG TTGTGCTGCACTTTGCTGCTGCTGTATGTTGGAAGAGTGCTGCCTTTAAGEST: gi|110394967|gb|EC960419.1|EC960419
genomic: CGCTATGGGGATGATTTCCGGGGGCGGTGTTGGTCATTCTGCAGAGGATGgtatcccccc ... gatttttcagTTGTGCTGCACTTTGCTGCTGCTGTATGTTGGAAGAGTGCTGCCTTTAAG
EST: CGCTATGGGGATGATTTCCGGGGGCGGTGTTGGTCATTCTGCAGAGGATG TTGTGCTGCACTTTGCTGCTGCTGTATGTTGGAAGAGTGCTGCCTTTAAGEST: gi|110396575|gb|EC962266.1|EC962266
genomic: CGCTATGGGGATGATTTCCGGGGGCGGTGTTGGTCATTCTGCAGAGGATGgtatcccccc ... gatttttcagTTGTGCTGCACTTTGCTGCTGCTGTATGTTGGAAGAGTGCTGCCTTTAAG
EST: CGCTATGGGGATGATTTCCGGGGGCGGTGTTGGTCATTCTGCAGAGGATG TTGTGCTGCACTTTGCTGCTGCTGTATGTTGGAAGAGTGCTGCCTTTAAGEST: gi|110398892|gb|EC965371.1|EC965371
genomic: CGCTATGGGGATGATTTCCGGGGGCGGTGTTGGTCATTCTGCAGAGGATGgtatcccccc ... gatttttcagTTGTGCTGCACTTTGCTGCTGCTGTATGTTGGAAGAGTGCTGCCTTTAAG
EST: CGCTATGGGGATGATTTCCGGGGGCGGTGTTGGTCATTCTGCAGAGGATG TTGTGCTGCACTTTGCTGCTGCTGTATGTTGGAAGAGTGCTGCCTTTAAGEST: gi|110401891|gb|EC968516.1|EC968516
genomic: CGCTATGGGGATGATTTCCGGGGGCGGTGTTGGTCATTCTGCAGAGGATGgtatcccccc ... gatttttcagTTGTGCTGCACTTTGCTGCTGCTGTATGTTGGAAGAGTGCTGCCTTTAAG
EST: CGCTATGGGGATGATTTCCGGGGGCGGTGTTGGTCATTCTGCAGAGGATG TTGTGCTGCACTTTGCTGCTGCTGTATGTTGGAAGAGTGCTGCCTTTAAGEST: gi|110402604|gb|EC960546.1|EC960546
genomic: CGCTATGGGGATGATTTCCGGGGGCGGTGTTGGTCATTCTGCAGAGGATGgtatcccccc ... gatttttcagTTGTGCTGCACTTTGCTGCTGCTGTATGTTGGAAGAGTGCTGCCTTTAAG
EST: CGCTATGGGGATGATTTCCGGGGGCGGTGTTGGTCATTCTGCAGAGGATG TTGTGCTGCACTTTGCTGCTGCTGTATGTTGGAAGAGTGCTGCCTTTAAGEST: gi|110400272|gb|EC966827.1|EC966827
genomic: CGCTATGGGGATGATTTCCGGGGGCGGTGTTGGTCATTCTGCAGAGGATGgtatcccccc ... gatttttcagTTGTGCTGCACTTTGCTGCTGCTGTATGTTGGAAGAGTGCTGCCTTTAAG
EST: CGCTATGGGGATGATTTCCGGGGGCGGTGTTGGTCATTCTGCAGAGGATG TTGTGCTGCACTTTGCTGCTGCTGTATGTTGGAAGAGTGCTGCCTTTAAGEST: gi|110402856|gb|EC963634.1|EC963634
genomic: CGCTATGGGGATGATTTCCGGGGGCGGTGTTGGTCATTCTGCAGAGGATGgtatcccccc ... gatttttcagTTGTGCTGCACTTTGCTGCTGCTGTATGTTGGAAGAGTGCTGCCTTTAAG
EST: CGCTATGGGGATGATTTCCGGGGGCGGTGTTGGTCATTCTGCAGAGGATG TTGTGCTGCACTTTGCTGCTGCTGTATGTTGGAAGAGTGCTGCCTTTAAGEST: gi|352785685|gb|FQ475688.1|FQ475688
genomic: CGCTATGGGGATGATTTCCGGGGGCGGTGTTGGTCATTCTGCAGAGGATGgtatcccccc ... gatttttcagTTGTGCTGCACTTTGCTGCTGCTGTATGTTGGAAGAGTGCTGCCTTTAAG
EST: CGCTATGGGGATGATTTCCGGGGGCGGTGTTGGTCATTCTGCAGAGGATG TTGTGCTGCACTTTGCTGCTGCTGTATGTTGGAAGAGTGCTGCCTTTAAGEST: gi|110402498|gb|EC960273.1|EC960273
genomic: CGCTATGGGGATGATTTCCGGGGGCGGTGTTGGTCATTCTGCAGAGGATGgtatcccccc ... gatttttcagTTGTGCTGCACTTTGCTGCTGCTGTATGTTGGAAGAGTGCTGCCTTTAAG
EST: CGCTATGGGGATGATTTCCGGGGGCGGTGTTGGTCATTCTGCAGAGGATG TTGTGCTGCACTTTGCTGCTGCTGTATGTTGGAAGAGTGCTGCCTTTAAGEST: gi|110399908|gb|EC966439.1|EC966439
genomic: CGCTATGGGGATGATTTCCGGGGGCGGTGTTGGTCATTCTGCAGAGGATGgtatcccccc ... gatttttcagTTGTGCTGCACTTTGCTGCTGCTGTATGTTGGAAGAGTGCTGCCTTTAAG
EST: CGCTATGGGGATGATTTCCGGGGGCGGTGTTGGTCATTCTGCAGAGGATG TTGTGCTGCACTTTGCTGCTGCTGTATGTTGGAAGAGTGCTGCCTTTAAGEST: gi|110397216|gb|EC962944.1|EC962944
genomic: CGCTATGGGGATGATTTCCGGGGGCGGTGTTGGTCATTCTGCAGAGGATGgtatcccccc ... gatttttcagTTGTGCTGCACTTTGCTGCTGCTGTATGTTGGAAGAGTGCTGCCTTTAAG
EST: CGCTATGGGGATGATTTCCGGGGGCGGTGTTGGTCATTCTGCAGAGGATG TTGTGCTGCACTTTGCTGCTGCTGTATGTTGGAAGAGTGCTGCCTTTAAGEST: gi|110399091|gb|EC965580.1|EC965580
genomic: CGCTATGGGGATGATTTCCGGGGGCGGTGTTGGTCATTCTGCAGAGGATGgtatcccccc ... gatttttcagTTGTGCTGCACTTTGCTGCTGCTGTATGTTGGAAGAGTGCTGCCTTTAAG
EST: CGCTATGGGGATGATTTCCGGGGGCGGTGTTGGTCATTCTGCAGAGGATG TTGTGCTGCACTTTGCTGCTGCTGTATGTTGGAAGAGTGCTGCCTTTAAGEST: gi|110398277|gb|EC964522.1|EC964522
genomic: CGCTATGGGGATGATTTCCGGGGGCGGTGTTGGTCATTCTGCAGAGGATGgtatcccccc ... gatttttcagTTGTGCTGCACTTTGCTGCTGCTGTATGTTGGAAGAGTGCTGCCTTTAAG
EST: CGCTATGGGGATGATTTCCGGGGGCGGTGTTGGTCATTCTGCAGAGGATG TTGTGCTGCACTTTGCTGCTGCTGTATGTTGGAAGAGTGCTGCCTTTAAG
genomic: CGCTATGGGGATGATTTCCGGGGGCGGTGTTGGTCATTCTGCAGAGGATGgtatcccccc ... gatttttcagTTGTGCTGCACTTTGCTGCTGCTGTATGTTGGAAGAGTGCTGCCTTTAAG
ccctccctccctccctcccacttaaaaatttaataatcttttggcgatttttcagTTGTGCTGCACTTTGCTGCTGCTGTATGTTGGAAGAGTGCTGCCTTTAAG
atttaat putative branch site (score: 4)
tttttc putative PPT
acttaaaaatttaata TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gtatccccccctctctctccccctccctccctccctcccacttaaaaatttaataatcttttggcgatttttcagTTGTGCTGCACTTTGCTGCTGCTGTATGTTGGAAGAGTGCTGCCTTTAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGCTGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGCTGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGCTGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGCTGC